恢复“六三”学制后，虽然主流学制仍以“六三”为主，但仍有一些地方从中小学整体来考虑，认为小学学制不必延长，仍然保持五年制，初中学制应从三年延长为四年。他们认为从中小学的课程安排、教学质量和学生身心发展的实际情况来看，主要矛盾集中在初中阶段：课程门类多，课业负担重；学生分化严重；学生正处于少年期和青年初期，生理和心理方面变化较大，但还不够成熟和稳定，需要特别予以关注和指导；农村大量初中毕业生不能升入高一级学校学习，需要在校时就对他们进行必要的从事生产劳动方面的准备教育。鉴于这种情况，为了尽快确定中小学的基本学制，国家教委会同有关省份进行了小学和初中阶段的“六三”学制与“五四”学制的比较实验。
“五四”学制在我国部分地区的中小学实施始于20世纪80年代。从1980年开始，辽宁彰武四合城中学就决定将原设的三年制初中改为四年制，并在课程、教材等方面进行了实验。1981年，曾任北京师范大学常务副校长的肖敬若发起成立“学制研究小组”，明确提出中小学实行“五四”制的设想，并联合北京师范大学附属中小学等单位开展“五四”制改革实验。此外，全国其他地方也相继自主开展这方面的实验。1987年国家教委召开了全国学制改革经验交流会，山东、辽宁、吉林、北京等地的“五四”学制实验表明：“五四”学制在培养学生全面发展、大面积提高教育质量上有明显的优越性。此后，国家教委部署进一步扩大区域性的“五四”制实验，开始在部分地区试行“五四”学制。代表性学校如北京景山学校、上海建青实验学校、杭州市安吉路实验学校等。各地经验表明，试行“五四”学制后，初中四年制可比初中三年制增加900多学时。这样，各年级可以减少并开科目，减少周学时，增加劳动技术课和音乐、体育、美术等科目的学时，增加课外由学生自由支配的时间；学生学习语文、数学、外语等科可以更扎实，学习历史、地理、生物等科可以更完整，有些学科还可以分散难点，减少学生学习上的两极分化。总之，“五四”学制有利于全面提高学生的素质。许多地方的农村改为四年制初中后，走普通教育与职业技术教育相结合的路子。以辽宁省农村实验中学为例，该校于1981年8月实施四年制初中，初中四年比原来初中三年增加了1000多学时。学校把增加的学时用于以下几个方面：一是保证学好文化课，打好语文、数学、物理、化学、生物等学科的基础。给语文、数学增加了68学时。把物理、化学、生物等科分散开设，使难点分散、课业负担减轻，学生学得扎实。二是紧密结合农村生产、生活实际，改革文化课教学内容。在政治课内增加农村经济政策、生产责任制和生产经营管理等内容；在语文课中增加农村常用字、农村应用文；在数学课中增加了土壤成分简易测定；在地理课中增加了乡土地理、乡土资源；在历史课中增加了家乡史等内容。三是把职业技术课正式纳入教学计划，为学生将来从事农村经济建设打好基础。该校用总课时15%的时间进行职业技术教育，学习农业生产的基本知识和先进技术。学校建立了农村标本园、农业实验园、林业苗圃、果园、温室等实习基地。四是开展各种课外活动，发展学生特长。该校学制改革成果显著，不仅为上级学校输出了合格新生，还为当地农村的经济建设和社会发展培养了大批适用人才。据该校对六届四年制初中470名毕业生的调查，有188名升入高一级学校，升学率为40%，在全县名列前茅。[4]
“五四”制的倡导者和支持者认为，实行这个学制具有一定的合理性。
首先，“五四”学制的倡导者认为，缩短小学修业年限，延长初中修业年限，是近几十年来的国际趋势。欧洲一些经济发达国家，小学学制一般都比较短，四年或者五年，中学学制一般都比较长，亚洲的日本也有此倾向。[5]他们认为中国的教育也应该向发达国家看齐，借鉴发达国家的成功经验。
其次，“五四”学制倡导者认为此学制符合青少年的成长规律和教育规律，并有“试验”为依据。他们认为随着人民生活水平的逐步提高，儿童的身心发展已经不同于以往，儿童在成长到十一岁左右时，在身心两方面都进入一个急速成长的时期，但“六三”学制却将这些孩子置于小学五六年级进行教育，不利于孩子的智力成长。[6]中学阶段人的生理处于青春发育期，是青少年心理发展的特殊时期。实行“五四”学制就有可能对这一时期的青少年给予较好的教育和培养，以及对他们身心发展各方面给予更多的关注，避免或缓解由于三年制初中过分紧张给学生造成的学业、思想、心理上的一系列问题。
再次，“五四”学制有利于提高义务教育的质量。倡导者认为小学五年足以完成小学的任务量，拿出一年的时间把初中改为四年，可以使语文、数学、外语三门基础课的内容更充实一些，学生学习的时间更多一点，同时也可以使物理、化学、生物、历史、地理等知识相对完整一些，生产劳动知识教育时间更充裕一些，音乐、美术等课程也容易普及，课外由学生自己支配的时间更多一些。总体来说，有利于提高义务教育的质量，有利于素质教育的推广。
最后，“五四”学制的倡导者根据辽宁等省份推行此学制实验的学校的经验认为，“五四”学制有利于加强劳动技术教育，能有效地为农村经济发展和学生就业服务。他们认为实行初中四年制，农村学生不仅能学到比较完整的文化基础知识，而且能学到一些生产劳动技术，培养学农、爱农、务农的思想，使初中毕业生既有升学的要求，又能在生产劳动中更好地发挥作用。
20世纪80年代开展义务教育以来，“五四”学制就是我国义务教育学制中的一种类型。但随着政府对“六三”学制的推行，“五四”学制开始在全国范围逐渐减少。但近年来，越来越多的人认为，小学六年学制过长，不仅消耗了小学生大量的成长时间和精力，在课程内容的范围与难度上也没有太大的提高，而初中由于课程内容加深加量，三年的时间相对于大量的学习内容明显不足，所以有些地区开始重新改“六三”学制为“五四”学制。2005年，北京市义务教育“五四”学制开始试点，2010年前后，安徽合肥、河南濮阳、浙江宁波和温州等地积极试点“五四”学制，山东青岛、烟台、淄博、莱芜、济宁、新泰、东平等地全部采用了“五四”学制。北京景山学校创办于1960年，是一所专门进行城市中小学教育改革试验的学校。从建校起，学制改革就是该校教育改革试验的一项重要内容。1984年该校把“六三”制改为“五四”制，其小学语文及数学教材被教育部批准为实验教材，在全国很多学校推广使用。北京景山学校进行了多年学制改革试验，取得了丰硕成果。“小学5年完全可以完成教学阶段的任务，初中阶段4年有利于减轻过重的课业负担”，曾任该校校长的范禄燕认为，“五四”学制是义务教育阶段一种比较好的学制。[7]2015年上海市教委发布了《关于本市义务教育阶段实行五四学制的通知》，要求各区县教育行政部门和各义务教育阶段学校要按照义务教育阶段实行五四学制，规划和建设学校校舍；配置教学设施设备和场地；配齐配足教师队伍。学籍管理按五四学制实施，小学生修完五年级，学科考试成绩合格发给小学毕业证书；初中生修完九年级，学科考试成绩合格发给初中毕业证书。
对于新时期出现的义务教育学制由“六三”学制向“五四”学制的转变，教育专家以及家长们的观点各不相同。李家永分析，从“五四”学制试验的选点来看，大部分是经济文化水平在中等程度以上的地区。在经济比较落后的地区，还有相当数量的没有受过正规培训的民办教师和代课教师，在这样的师资条件下，小学五年不一定能合格地学完原来六年的内容。另外，在一些少数民族地区，学校为双语教学，用六年时间完成规定的教学任务已经很困难，再缩短一年必然会导致教育质量的下降。选择“六三”学制不必增加校舍、师资等即可实现，同时也不会导致过多的家庭教育支出，可以防止辍学率、流失率上升。
杭州市安吉路实验学校在实行多年的“五四”学制后，校长骆玲芳的看法异曲同工：“教育不能跟风。我们必须根据实际情况办教育。要想改变学制，一定要做好师资、经费、设备等方面办学条件的准备工作。随意改变学制是违背教育规律的，毕竟孩子的认知水平是随年龄增长而增长的，提前学习，只会让学习困难生增加。”[8]
许多老师都支持“六三”学制，其中一个原因是现有教材编制得较难、较深，按照五年的小学授课时间老师根本讲不完，因此学校出现了不停地加课的情况，学生吃不消，老师也直喊累。[9]
“五四”学制难以大面积推行的原因，主要是各地发展不均衡，尤其是一些经济比较落后的地区，还存在相当数量的民办教师和代课老师，小学五年难以完成六年的教学任务，而且在一些偏远地区，小学教育是大部分孩子所能享受到的全部教育，如果再缩短一年，对他们的发展很不利，故“五四”学制很难在这些地区推广。此外，初中的教学配套设备相对于小学来说，需要的经费多一点，如校舍、实验器材、体育器材等要比小学花费的多得多，如果突然把初中三年变为四年，对许多地区来说等于突然增加了一笔费用，实施起来有一定的难度。更重要的是，“五四”学制是否能提高教学质量，值得商榷。