朱厚熜登基继位第五天，就提出要给自己亲生父母适当的称号和相应的礼制。
这也是与张太后和杨廷和等人发生冲突的引爆点：他不是孝宗朱佑樘的儿子，他有自己的亲生父母。既然他做了皇帝，那按常理，他的亲生父母必然是太上皇和皇太后。
这显然与张太后和杨廷和事先的约定有了冲突。杨廷和认为：当今圣上的亲生父母不能是太上皇和皇太后，因为他的帝位是从孝宗朱祐樘、武宗朱厚照那里继承来的，而不是从亲爹那里，就应当“继统须继嗣”。无论是讲饮水思源，还是知恩图报，都应如此。
朱熹说过，继承别人的皇位后，就要称此人为父，这是天理。而对于亲生父亲可以称皇伯、叔父。如此一来就可名正言顺、令天下咸服。程颐也说过：“为人后者谓所后为父母，而谓所生为伯叔父母。”以程朱理学为据，朱厚熜就应当以孝宗为“皇考”，兴献王为“皇叔考”。
于是，来自礼部的一道奏折便呈放在朱厚熜面前：“宜尊孝宗曰‘皇考’，称献王为‘皇叔考兴国大王’，母妃为‘皇叔母兴国太妃’，自称‘侄皇帝’名，别立益王次子崇仁王为兴王，奉献王祀。有异议者即奸邪，当斩。”
朱厚熜内心对此极度抗拒：“父母也是可以随便更换的吗？”
这杨廷和和其他大臣一共六十多人，多次上书力谏，望这位嘉靖皇帝认孝宗朱祐樘为父亲，兼顾天理人情，如此才符合体统。但是，兴献王只有朱厚熜这一个儿子，奉亲至孝的朱厚熜认为，自己为了当皇帝不认亲爹会遭天下人耻笑，良心上也实在过不去。
这时，一个关键性的人物出现了：张璁。张璁，字秉用，号罗峰，浙江温州府永嘉（今温州市龙湾区）三都普门村人。少好经学，博学多才。但张璁运气不佳，七次进京参加科举都名落孙山，此时他中举人已经差不多二十年了。在正德十六年（1521年）第八次会试考上中了进士，这一年他已四十六岁。
他没有被选中成为庶吉士，没能进入翰林院，而是被分配到礼部，只是个实习生而已。不过，张璁一进入政坛，就遇到了“大礼议”事件。他找到黄绾和方献夫这两位王门弟子虚心请教，反复研讨，写下了一鸣惊人的《大礼疏》。文中详细分析了杨廷和“继嗣论”中的漏洞，他的结论是嘉靖皇帝完全应该称自己亲爹为父，于情于理都无可指责。这道奏疏简直来得太及时了。朱厚熜在看完《大礼疏》后喜极而泣：“此论一出，我父子之情得以保全了！”
朱厚熜写了一封手谕，尊父亲为“兴献皇帝”，母亲为“兴献皇后”，要求内阁为自己草诏。按朝廷制度，没有内阁草诏，皇帝任何手谕都不具备合法性。杨廷和看到这封手谕，当即便封存不发。然而他没有想到，张璁的《大礼疏》引发的论争却一发而不可收。朝野上下都卷入了一场针锋相对的激烈争论之中。
由此，明代历史上震动朝野、天下人议论纷纷的“大礼议”事件就拉开了序幕。
值得强调的是，张璁奏疏中的核心理念都来自王阳明的心学理论。文中言之凿凿、反复强调的“礼本人情”，成为打击冷冰冰的程朱理学的犀利武器。
在程朱理学中，所谓“礼”是圣人依据天理构筑的外在规范；在阳明心学里，心即天理，礼缘人情。因为人同此心，心同此理，所以礼才得以行万世而皆准。即使是在儒家创始人孔子那里，讲到“仁”的理念时，也正是基于人皆有孝悌之情。
活泼、有温度的人情、人心，天然包含了一切圣贤规制的天道人伦之理。不近人情、不得人心的“礼”注定不能长久。按此道理，朱厚熜对自己的亲生父母有发自内心的感恩行孝之情，当然不能因为做了皇帝就弃之不顾。因为这是完全合天理、顺人情的。
张璁这道奏疏不仅得到了朱厚熜的激赏，也得到了不少官员学者的认同。当时赋闲在家的杨一清给老友乔宇写信说：“张璁此论，圣人不易，恐终当从之。”南京吏部尚书石宝也暗中告诉张璁：“慎之，大礼说终当行也。”王阳明得知后，也“心喜其说”。
于是，这次“大礼议”渐渐成为一场以权力斗争为核心，以理学心学为武器的意识形态的较量。那些在杨廷和改革中失势的官员纷纷跳了出来，声援张璁，而王门一期的席书，王门二期的黄绾、方献夫、黄宗明等人也坚定地站在张璁一边。
另一位南京刑部主事桂萼也操着笔跟上来了。桂萼，字子实，号见山，江西安仁（今江西东乡东北）人。正德六年（1511年）进士，授丹徒知县，因为人性刚烈，多次忤逆上官，仕途颇不顺利，被发配到南京刑部做了一个六品主事。
桂萼在官场摸爬滚打了十来年，很不得志。他通过在京任翰林修撰的兄长桂华获知朝中关于“大礼议”的纷争，又亲眼看见了张璁的神奇行事，悟出改变命运就在此时，便也跳将出来。他主动结交张璁，共同商讨策略，决心一起将“大礼议”这场意识形态斗争进行到底。
嘉靖二年（1523年）十一月，又一波攻势开始了。桂萼率先上书发难：皇上应速发明诏，追尊兴献王为皇考，并立庙于大内。称孝宗为皇伯考，武宗为皇兄，封蒋氏为圣母皇太后。这就是要彻底翻盘、推倒重来。桂萼简直是赌上了身家性命，公然与内阁叫板，大有分庭抗礼、势不两立之势。
朱厚熜拿着桂萼这份热度滚烫、陈辞激烈的奏折，心头为之一热。他边读边点头，大为激赏：“这本奏疏意义重大，天理纲常，要靠它维持了！”言毕，他马上趁热打铁，下旨召张璁、桂萼、席书入京议事。然后召杨廷和集议，一起讨论桂萼这份非同寻常、挠到自己痒处的奏疏。
然而，让朱厚熜等人没有想到的是，杨廷和选择了退场。他神情淡然地对皇帝行礼后，叹息道：“老臣请陛下允许还乡。”
朝堂顿时陷入一阵难堪的沉默之中。精明强干的内阁首辅居然不战自降了，朱厚熜不知道他葫芦里卖的什么药。
其实，此时的杨廷和确实不想干了。长达四十多年的朝臣生涯让他感到了疲惫和厌倦。而朱厚熜对杨廷和的跋扈和傲慢早已不满，干脆来个顺水推舟，点头同意了杨廷和致仕归里的请求。朝中一些言官纷纷上书，请求留下杨廷和。朱厚熜一律不答，扔在一边不理。
这时，都察院左都御史吴廷举提议，让两京官员统一上书，各陈所见，以备采择。于是论辩双方再次上书展开论争。朱厚熜却只对张、桂等人的奏疏表示肯定和赞赏，反对方的奏章一概不看，扔在一边。
他敕令礼部，均按桂萼所奏彻底推倒重来的方案执行。礼部尚书汪俊一再以各种理由抵制也无用，无奈之下他辞官而去。朱厚熜也不挽留，让礼部侍郎吴一鹏代署部事，一切按他的旨意来办。
哪怕群臣二百多人黑压压地到左顺门跪伏哭谏，也没能扳回局面。朱厚熜命锦衣卫连捕吏部员外郎马理等一百三十多人下狱，其余的人把姓名记录下来，强行驱散。朱厚熜大笔一挥，诏令四品以上官员夺俸，五品以下官员廷杖，结果翰林院编修王相等十七人被活活打死。杨慎、王元正因带头闹事，被发配边荒，遇赦不宥。内阁大学士毛纪、石珤则致仕而去。
嘉靖三年（1524年）九月，朱厚熜下诏改称孝宗为“皇伯考”，昭圣皇太后为“皇伯母”，追尊兴献王朱祐杬为“皇考恭穆献皇帝”，母蒋氏为“圣母章圣皇太后”。桂萼、张璁因为上书有功，被调到京城，位极人臣，成为炙手可热的内阁大学士。席书就任礼部尚书，方献夫当上吏部尚书。唯独黄绾因事忤逆朱厚熜，最终只为南京礼部侍郎。
经过“大礼议”事件后，朱厚熜由当初受到相权和后宫双重压制的傀儡小皇帝，逐渐成为主导朝政、大权在握的实权天子。此后，没有什么力量能制约这位嘉靖皇帝，他也逐渐变得独断专行、刚愎自用。
嘉靖七年（1528年）六月，朱厚熜命人编纂《大礼集议》和颁布《明伦大典》，对杨廷和等人强迫自己认弘治皇帝为父亲的言行作了严厉批判，把自己的相关谕旨及支持自己的大臣的奏疏汇集成册，颁布天下，让全天下人知道自己对孝道的坚持，知道那些反对自己的大臣的言行是多么荒谬！
为时三年的“大礼议”，以嘉靖皇帝朱厚熜获胜告终。“大礼议”原本是君权与相权的权力争斗和冲突，也是程朱理学与阳明心学的一次正面交锋。那么在“大礼议”事件中，王阳明的态度如何呢？