刘瑾集团和朝中文官的斗争，按理说根本轮不到小小的兵部主事王阳明出头，他官阶不过正六品。但王阳明没有选择沉默。
戴铣和蒋钦等人被活活打死，他们的英勇事迹在两京广泛传播，成为忠臣的楷模。饱读圣贤书的王阳明当然觉得自己不能置身事外。王阳明思考良久，写下了一篇《乞宥言官去权奸以章圣德疏》，为死去的蒋钦、戴铣鸣冤：
臣闻，君仁则臣直。今铣等以言为责，其言如善，自宜嘉纳；即使其未善，亦宜包容，以开忠谠之路。今赫然下令，远事拘囚。在陛下不过稍事惩创，非有意怒绝之也。下民无知，妄生疑惧，臣窃惜之。自是而后，虽有上关宗社安危之事，亦将缄口不言矣。伏乞追回前旨，俾铣等仍旧供职，明圣德无我之公，作臣子敢言之气。
这份奏疏没有直接批评刘瑾专权，而是委婉地提出建议。他说，戴铣等人作为言官，职责就是劝谏君王，即使说错了，皇上也宜多包容，以开言路。现在皇上把他们拿解赴京，群臣皆以为不当，却无人敢言。长此以往，皇上还能从哪里听到谏诤之言？
朱厚照当然不可能看这份奏疏，但刘瑾看到了。他干脆自拟一道圣旨，以皇帝名义，廷杖王阳明四十，关入锦衣卫大牢。
这一天，几个全副披挂的锦衣卫校尉冲到了兵部衙门，把还在办公的王阳明揪出来，带到了午门。城楼上当差的侍卫望着楼下，旁边点着的香正微微地冒着烟。一根燃完了，又一根燃完了。终于，一队锦衣卫步伐整齐地从午门鱼贯而出，其中几个还举着粗圆的朱红色廷杖。
一个太监宣读完圣旨，几个粗壮大汉就把王阳明粗暴地按倒在地，用绳索绑住他的双腕，然后熟练地扒下他的裤子，让其暴露在低温中。这样当众被剥掉衣裤实是一种人格侮辱。王阳明无奈地闭上了眼睛，是生是死只得听天由命。
司礼监的监刑宦官手捧旨，用尖细的声音喊道：“用刑——”侍立在两侧的锦衣卫校尉轮流上前，用大棍猛击。每五杖即换一人行刑，左右站立的校尉高声报数，闻者无不胆寒。
大棍落了下来，每一下打在身上都是钻心疼痛，鲜血淋漓。刘瑾看来是要置王阳明于死地，可谓棍棍入骨，声声催命。才打到二十几棍，王阳明就昏死过去了。大汉们一盆凉水浇下，他又醒了过来，继续承受煎熬。
闻讯赶来的父亲王华只能呆立一旁暗中垂泪，眼见儿子被打得惨不忍睹却无计可施。
四十棍打下来，王阳明只剩下了最后一口气，随即他又被扔进了锦衣卫诏狱。
正德元年（1506年）十二月，天气奇寒。锦衣卫诏狱里潮湿霉朽，腥臭难闻。幽暗的囚室里，弥漫着令人绝望的气息。王阳明此时还不知道，他入狱后不久，父亲王华就被刘瑾调到南京去了。貌似平迁，实为贬官。
那刘瑾在还没发迹时就听说过王华的大名，并仰慕其才。后来，两人又曾一同在太子府里共事。王阳明入狱期间，刘瑾多次暗示王华，只要去他私宅坐下来谈谈，不仅王阳明可以平安无事，他父子俩还可以得到升迁。但王华就是不去，终于惹恼了刘瑾，被贬官至南京。
被关在漆黑阴冷的监狱里，王阳明夜不能寐，想起家中妻儿老小焦急的样子，想起父亲慈爱的目光，他禁不住眼泪涟涟。他悲愤难当，命笔抒怀写道：
天寒岁云暮，冰雪关河迥。
幽室魍魉生，不寐知夜永。
惊风起林木，骤若波浪涌。
我心良匪石，讵为戚欣动。
滔滔眼前事，逝者去相踵。
崖穷犹可陡，水深犹可泳。
焉知非日月，胡为乱予衷？
深谷自逶迤，烟霞日悠永。
匡时在贤达，归哉盍耕垄！
—外集《狱中诗十四首》中的《不寐》
王阳明在监狱中听到了一条趣闻。据说，刘瑾整理出了一个包含五十三人的奸党名录。其中排在前六的就是大学士刘健、谢迁，尚书韩文、杨守随和林瀚，都御史张复华等六名朝廷重臣，文坛领袖李梦阳排在第七，而年轻的六品兵部主事王阳明，居然在这份光荣榜上高居第八。可见刘瑾对这个六品主事格外注意。
然而，未知的命运总是令人恐惧。正德元年（1506年）的除夕之夜，大明朝最黑暗的幽室之中。天地虽大，除了自己这颗心，又有什么可依靠的呢？
此时，王阳明心中觉悟的种子已开始萌芽……
正德二年（1507年）四月，朝廷下诏贬王阳明为贵州龙场驿丞，择日出发。
贵州，位于大明西南，是十三布政使司中最穷的一个，通常是流放犯人的首选场所。龙场在今天的贵州省修文县。驿站是古代供信使、官员中途休息和住宿的地方。驿丞就是驿站的管理人员。
贵州龙场在地图上是一个很不起眼的地方，在明朝更是偏远山区、蛮夷之地。没有人会想到，一个传奇即将在那里诞生，历史即将被改写。