张居正是历史上最有权力的读书人。他用强权推行改革，遭到守旧官僚忌恨，也无意间给皇帝朱翊钧造成威胁。这情况与当年霍光类似，但遗憾的是，朱翊钧远远没汉宣帝刘询的智慧，而是情绪化地对待张居正及其改革措施。
朱翊钧为所欲为处置张居正时，张居正已死，秉笔太监冯保也死了，李太后还政给他，不再过问朝政。他大权独揽，以为可以按照自己意志治理天下，谁知从此跟朝臣杠上了。1586年，内阁首辅申时行请册立皇长子朱常洛为太子。朱翊钧不愿意，大臣们也不让步，形成长达30年的国本之争，导致统治阶层出现严重心理分裂。
太子自古以来被称为国本。早立太子，能稳定政局，培养太子的执政能力，保障权力稳定过渡等。朱翊钧对此事任性而固执。他自认为很年轻，册立太子不着急。事实上，他想立宠妃生的朱常洵。但这违背祖制。朱元璋制定皇位继承制：皇权继承人有嫡子立嫡子，嫡子死，有嫡孙则立嫡孙，无嫡子立庶长子，长幼顺位。朱元璋是这么规定的，也是这么做的。嫡长子朱标被立为太子。朱标死后，朱允炆以嫡长孙身份被立为皇储。明朝人认同这种祖传的皇位继承制。王皇后没生儿子，没有嫡子，那么就该立庶长子朱常洛。首辅申时行在政事上处处迁就朱翊钧，唯独在册立朱常洛为太子这件事上坚持不让。
国本稳，天下固，皇位继承的祖制，这些朱翊钧都知道，但他宠爱郑氏，大权在握又叛逆任性，大臣们越阻止，他越想那么做。这一次，朝臣们都没迁就他，集体坚持遵守祖制，集体抵制他。士大夫们自诩以天下为己任，能否劝谏帝王遵守礼制，已经被视为他们是否为忠诚之士的重要判定标准。朱翊钧此前有过大权旁落张居正的恐怖体验，坚决不愿意委屈自己迁就大臣们。他认为，那样就意味着自己是大权旁落的傀儡。双方都不让步，明朝大臣们和皇帝朱翊钧就册立太子的事杠上了。
内阁首辅申时行上书立朱常洛为太子，朱翊钧不理会。其他官员陆续上书请求册立朱常洛为太子。这种车轮战术让朱翊钧大怒，将那些上书的官员一一撤职，并下旨：再有妄言者重治！不过，这种威胁对明朝当时的大臣根本没作用。海瑞以苦谏闻名，深得朝野称赞。不少人是亲眼见过的。他们继续上书，请求册立朱常洛为太子。朱翊钧下旨处罚他们。另一批官员又继续上书，请求册立朱常洛为太子。朱翊钧被惹烦了，对朝政有明显厌恶感，一气之下不上朝了，即使地方官员有缺也不管。
这件事一对峙就是4年。1590年，四名内阁大臣集体联名上书，请求册立朱常洛为太子。朱翊钧不接触、不回应，你们上你们的书，我在后宫享受我的清闲。朱翊钧此举激怒文官集团。四名内阁大学士集体辞职，抗议朱翊钧回避朝政。朱翊钧一看他们不像闹着玩的，态度稍微缓和一点，好说歹说挽留他们不要辞职，答应考虑他们的请求。不过，这一危机过去后，朱翊钧又绝口不提立太子的事。
1592年，六部的相关官员，一个接一个请求册立朱常洛为太子。一个个被贬官降职发配，一个个都摆出从容赴死架势。此时，王皇后被冷落多年，且习惯性流产，身体非常弱，不可能生出嫡子，且会活不多久。朱翊钧想，等王皇后死了，晋郑氏为皇后，朱常洵就变成嫡子，就有理由册立他为太子了。于是，他选择退让半步，同意让长子朱常洛按照太子待遇读书接受教育。
郑氏并没按照朱翊钧所想成为皇后。太子问题依然是他与大臣们都过不去的坎儿。朱常洛到了结婚年龄，大臣们又不断上书请求册立他为太子。朱翊钧见怪不怪，不理会。大臣们坚持了，闹腾了，不过依旧没说服皇帝。在无可奈何之际，有人想到去游说早已经还政的李太后。李太后多年不听政，发现朝廷出现严重分裂，不能不管。1601年，李太后下懿旨，同意册立皇长子朱常洛为太子。朱翊钧才不得不正式公开宣布册立朱常洛为太子。
不过，朱翊钧依然不喜欢朱常洛。朱常洛太子地位直到1614年朱常洵到了封地才最终稳定下来。国本之争总算结束。但是，此时明朝已经积重难返，离灭亡不远了。
国本之争体现了朱翊钧任性的一面，也体现了士大夫直言劝谏之风，但言路风气从此破坏，言官议论朝政夹杂私心，导致党争迅速形成。文官集团的分裂以及相互倾轧，争夺最高话语权，使明朝国力严重内耗，从而加速了明朝的灭亡。
朱翊钧死后，朱常洛继位。朱常洛继位一年而死。朱由校继位后，沉迷于木匠活儿，将朝政交给宦官魏忠贤。魏忠贤专权，东林党人与他展开了尖锐斗争。他利用权力，强力镇压东林党人。东林党人继续坚持斗争。双方这一斗争就是十几年。
朱由校死后，朱由检继位。朱由检虽然处置魏忠贤，但此时无论士大夫集团，还是宦官集团，都极其腐败堕落，没有最差，只有更差。祸不单行的是，天灾和外患又接连而至。
1644年，李自成进北京时，绝望之中的朱由检在景山自缢，临死前还说自己不是亡国之君。确实如此——朱由检爷爷朱翊钧任性治国，导致朝廷君臣心理分离，错失明朝再次走向兴盛的机会。