《菜穗子》的结构从表面上看是比较松散的，如果根据情节划分，其实是分别讲述了菜穗子、菜穗子母亲和都筑明三个人各自的故事。母亲三村夫人幼年接受过良好的教育，丈夫去世后，她来到O村居住，并邂逅了前来度假的作家森於菟彦。两人在精神上彼此吸引，却因世俗不容而倍感痛苦。森先生远走他国，郁郁而终，三村夫人也在几年后突发心脏病去世。目睹了母亲恋爱全过程的菜穗子，因无法忍受那种陷于爱情中的精神折磨，与青梅竹马的朋友都筑明不告而别，在东京迅速同一位名叫黑川圭介的上班族结了婚。圭介性情木讷，婚后仍只与自己的母亲相处甚欢，这让被婆婆排挤的菜穗子感到十分落寞。而母亲去世的打击更使她郁郁寡欢，终因患上肺病而住进高原疗养院，过起了与世隔绝的生活。一方面，作者将母亲的故事放在了小说的前传《榆树之家》中，与菜穗子自己的故事遥相呼应；另一方面，与她一起长大的都筑明性格忧郁，因从小失去双亲，由住在O村的姑妈照顾，少年时代与菜穗子的过往成了留存在他记忆中最深刻的一幕。多年后，都筑明成为一名建筑师，却难以融入平庸的日常生活，时常迷失在自己的各种感伤情绪中。一次街头邂逅让他重新回忆起与菜穗子一起度过的往昔，回忆起O村。肺病加重的他决定放弃工作，前往O村度过人生最后的时光。
我们可以从《菜穗子》中看到许多《起风了》的影子，比如相似的人物设定、类似的情节乃至环境。堀辰雄似乎并不是一位乐于推陈出新的作家，同样，他也不是一位热衷于反映现实的作家。他的小说创作全盛期正值日本入侵中国，与许多日本作家不同，堀辰雄似乎对现实毫不关心，只将注意力集中在笔下人物纤细的神经上，看他们在愁肠百结的心灵处境中挣扎覆灭。这种对宏大叙事的疏离态度是否可以证明这位作者是缺乏现实感的呢？也许并非如此，举个小说中的例子，森於菟彦最后是在北京去世的：
一年前，森先生离开日本，似乎是为了躲避什么人。但他抵达中国后，仍然来过两三封信。读他的信，不难看出他钟情于“如古老森林一般”的北京城。他还曾在信中玩笑般地提到，自己愿意在这样的地方孤单地度过晚年，然后不为人知地死去。不曾想这玩笑话如今却成了真的。也许森先生将初见到北京的想法写进信里寄给我的时候，就已经看穿了自己的命运……[2]
在三村夫人看来，森先生是主动带着自我放逐的想法离开日本和心爱的女子，于异国终结自己生命的。这不单是爱情受挫后的应激反应，更是一种顺应了自身感受的理性选择，其中蕴含着对自我命运的深刻思考。那“如古老森林一般”的北京城显然被赋予了另一种意义，指向另一个归宿。它在任何方面都迥异于当时的日本社会，把它作为生命的终点站，是带着一种隐晦的反叛和悖离姿态的。堀辰雄将这样一个耐人寻味的细节放在小说里，恐怕是想在不破坏其独属的艺术原则的前提下，对现实做出小说家的回应。而这，也是艺术得以切入现实的一个独特角度。
此外也必须注意到，虽然堀辰雄从不直接描写战争，但他笔下的人物几乎个个都处在死亡的阴影之下。三村夫人和森於菟彦都离世了，都筑明在小说最后也已处于弥留之际，菜穗子更是孤身一人徘徊于生死之间。死亡，是堀辰雄作品中不变的主题，也是作家自己最想要理解的东西。描述死亡，并挖掘其中的意义，既是他的追求，也是他创作的动力。《起风了》也是描写死亡，但结构较为简单。相对来说，《菜穗子》中对死亡的态度更加暧昧，也更为复杂。这首先表现在人物之间的关系的疏离上。从前传《榆树之家》中就可以发现，菜穗子与母亲之间的关系有着一种强大的内在张力。母亲不止一次在日记里表达自己对女儿心思和性格的不解，只能用“任性”来形容，这恰恰体现了母亲对菜穗子真正的想法是无法了解透彻的。反过来，菜穗子对母亲身上散发的感伤和浪漫情怀既向往又害怕，但终究还是无法承受母亲因爱情而遭受过的痛苦。母女俩看似迥异的人生选择背后折射出的，其实是两人相似的内在气质，那就是无法摆脱对理想生活的欲求。于是，表面上母亲是借着写日记的方式来阐述自我，实际上却是与遥远的菜穗子进行对话。一切的困惑不过是为了更深的理解，母亲是带着想要进入女儿内心深处的愿望离世的，这一层潜在的对话关系为小说复调结构的形成奠定了基础。此外，菜穗子与都筑明这一对彼此吸引的少年伙伴间也充满了隔阂感。都筑明的理想主义以更为直接的方式影响着他，使他对庸俗的生活产生了强烈的困顿感。相对地，菜穗子的挣扎则隐晦消极得多。虽然最终两人没能走到一起，但作者采用了一种类似于对位法的叙述方式，让他们在各自的生活轨迹里行进的同时，彼此映照，构成另一场持久的对话。