《教育规划纲要》中明确提出了高等教育统筹协调发展的思想：“适应国家和区域经济社会发展需要，建立动态调整机制，不断优化高等教育结构。”这里，《教育规划纲要》提出了优化高等教育结构，实现高等教育统筹协调发展的基本思路。
（一）高等教育统筹协调发展的内涵
高等教育的发展既离不开政治、经济、文化等社会子系统在高等教育外部的辅助与配合，同时也离不开高等教育内部结构的调整和优化，内外因素不可分割，彼此之间相互影响。因此，高等教育统筹协调发展有双重含义；一是指高等教育系统与社会其他子系统之间的协调发展，即高等教育发展应该反映经济社会发展的需要，并促进经济社会发展；二是指高等教育系统内部各高等学校之间以及各学科之间的协调发展，即区域高等教育的协调发展，质量、结构、特色、成效的协调发展，各层次各类型各门类人才培养规模和比例的协调发展，高等学校的教学、科研和社会服务的协调发展等。要实现高等教育的统筹协调发展，既要注重高等教育系统内部的协调，同时也要调整高等教育系统与社会各个系统之间的关系，实现共赢。
实现高等教育统筹协调发展，既有利于高等教育系统自身的发展，又有利于社会其他子系统的发展。第一，实现高等教育统筹协调发展能够完善高等教育体系。协调发展能使高等教育系统内部各个子系统能以最优形式存在，最大限度地实现自身价值，促进高等教育系统本身更有生命力地持续发展。第二，实现高等教育统筹协调发展，客观上可使高等学校获得更大的办学自主权。“统筹协调”主要是指政府部门从宏观上为高等教育制定发展蓝图，但具体到微观层面一般会以“因地制宜”等形式从政策上给高等学校留下许多自主的空间，可使其获得更多的自主权。第三，实现高等教育统筹协调发展能促进社会进步。社会各个子系统之间都是相互联系、彼此影响的，高等教育的统筹协调既离不开政治、经济等各方面的配合，又能反过来带动这些子系统的发展，最终促进整个社会的进步。
（二）我国高等教育统筹发展的现状及存在的问题
《教育规划纲要》在序言中明确指出：我国“教育结构和布局不尽合理，城乡、区域教育发展不平衡，贫困地区、民族地区教育发展滞后”。具体到高等教育领域，在高等教育大众化发展的十多年里，激增的入学人数加速了高等教育系统问题的暴露。具体到高等教育结构而言，主要存在以下几个方面的问题。
1.我国高等教育结构不合理
经过十年来的扩充发展，我国高等教育结构方面的不合理日益明显。第一，高等学校的层次和类型不合理。目前我国各类型的高等学校几乎都以“成为大而全的综合性研究型大学”为目标，这种不合理的定位导致各层次、各类型的高等学校趋于同质化，结构十分不合理。第二，人才培养层次结构不合理。我国高等教育的人才培养整体“重学术、轻职业”，在这种人才培养理念的指导下，学术型人才过剩，不符合劳动力市场对技术型人才需求更高的现实，严重浪费教育资源。第三，高等学校的学科设置不合理。大部分学校的学科设置以就业市场为风向标，大量设置自然科学、工程科学类学科，盲目设置热门专业，忽视人文学科、社会科学等市场需求不高的学科建设。第四，高等职业教育与职业岗位需求关系不密切。近几年，我国开始注重发展高等职业教育，但高职中的专业设置却不甚合理，不能满足职业岗位的需求，导致教育资源和人力市场资源的双重浪费。
2.我国高等教育区域间发展不平衡
我国幅员辽阔，各区域之间的发展极不平衡，同时由于宏观调控不够，高等教育也呈现出区域间发展不平衡，特别是高等教育东西部差距过大的问题。就高等学校数量而言，存在东部地区高校密集，尤其是教育部直属重点大学集聚度高，中西部地区和边远地区高校数量不足等现象。由于我国高等教育投入与分配机制是以重点学科、重点实验室、院士、教授等数量的多少而设计的，这也就意味着重点院校所获教育经费更多。因此，就高等教育经费的分配而言，东部地区所获得的教育经费也远高于中西部地区。
3.省级高等教育统筹协调权力过小
我国的高等教育管理体制是以“在国务院领导下，分级管理、地方为主、政府统筹、社会参与”为原则的。在我国，中央政府对全国的高等教育有着全局性的管辖权力，包括立法权、规划权、统筹权、监督权等，而高等教育统筹协调的基本单位则主要是“省”（直辖市、自治区）。近年来，中央政府采取了一系列措施加大省级政府对高等教育统筹协调权力，例如，从2000年1月开始，国务院授权省、自治区、直辖市人民政府审批设立高等职业学校，并在教育部备案；2005年9月起，国务院又进一步将高等职业学院及专科学校设置的审批权、高等学校专科教育招生计划权授予省级政府等。但由于政治体制、文化惯性、不完善的法律系统以及长期形成的高等教育管理体制模式等各种原因，省级政府对于高等教育的统筹协调权，如立法权、规划权、资源配置权、行政督导权、机构处置权等并未得到充分落实。因此，中央政府有必要进一步下放教育管理权限、完善相关配套措施，增大省级政府对高等教育的统筹协调权限。
（三）促进高等教育统筹协调发展的政策措施
鉴于我国高等教育统筹发展的现状及存在的问题，《教育规划纲要》在指导思想中明确提出要“立足社会主义初级阶段基本国情，把握教育发展阶段性特征，坚持以人为本，遵循教育规律，面向社会需求，优化结构布局，提高教育现代化水平”。具体而言，应该从以下方面来实现高等教育的统筹协调发展。
1.优化高等教育内部结构
《教育规划纲要》指出：“优化学科专业、类型、层次结构，促进多学科交叉和融合。重点扩大应用型、复合型、技能型人才培养规模。加快发展专业学位研究生教育。”解决高等教育结构不合理的状况，主要从以下几个方面来着手。首先，要建立科学的高等学校分类体系，使各所学校都有章可循，依据自身实际情况，明确定位、形成办学特色。其次，优化学科专业和层次、类型结构。以人才市场需求和学术发展为双重依据，确立高等学校的人才培养层次和学科设置，不可偏废任何一方。就我国高等教育的现状而言，更应重点扩大应用型、复合型、技能型人才培养规模，加快发展专业学位研究生教育。再次，重视高等职业教育的发展，根据市场需求合理制定高等职业教育发展的规模和人才培养的模式。
2.分区域制定不同的发展战略
《教育规划纲要》指出：“优化区域布局结构，设立支持地方高等教育专项资金，实施中西部高等教育振兴计划。新增招生计划向中西部高等教育资源短缺地区倾斜，扩大东部高校在中西部地区招生规模，加大东部高校对西部高校对口支援力度。鼓励东部地区高等教育率先发展。”我国高等教育在不同区域之间的发展极不平衡，因此，在对高等教育进行统筹规划的时候应该要因地制宜。第一，促进东部地区高等教育率先发展。国家出台鼓励性政策，扩大地方政府统筹高等教育的权限，推动东部地区高等教育率先发展，建成若干高等教育强省（市），继续保持东部地区高等教育的原有优势，使其能为高等教育改革发展发挥带动作用。此外，还应选择有条件的省（市）开展高等教育综合改革实验。第二，支持中西部地区高等教育加快发展。中央财政应加大对中西部地区高等教育的投入。以提高中西部高校教师待遇、改善办学条件、提高人才培养质量和科学研究水平为目标，重点建设100所中西部本科高校，提高中西部高等教育发展的总体水平，支撑中西部区域经济、社会和文化建设的快速发展。力争在中西部地区形成一批水平高、有特色、贡献大的高等学校。第三，加大东部地区对西部地区高等学校支援力度。继续推进东西部高等学校对口支援工作，增加支援项目，显著提升受援高校的师资队伍水平、人才培养质量、科研服务能力、学校管理水平。有计划、大批量、多方位选派西部高等学校教师、管理人员和技术人员到东部地区高等学校进修学习。联合开展科研活动，共建优质教学资源和科研资源共享平台。扩大实施东部支援中西部地区招生协作计划，着力提高中西部地区高等教育的毛入学率，促进高等教育入学机会公平。促进中西部高等学校毕业生在本地就业。鼓励、引导东部高等院校毕业生到中西部地区就业、创业。
3.加强省级政府的高等教育统筹能力
《教育规划纲要》第十五章第四十五条就明确提出：“健全统筹有力、权责明确的教育管理体制。以转变政府职能和简政放权为重点，深化教育管理体制改革，提高公共教育服务水平。明确各级政府责任，规范学校办学行为，促进管办评分离，形成政事分开、权责明确、统筹协调、规范有序的教育管理体制。”由于我国高等教育管理的基本行政单位是“省”（或区），因此，加强省级政府的统筹协调职能可以更顺利地实现高等教育的统筹协调发展。《教育规划纲要》第十五章第四十六条就明确规定“加强省级政府教育统筹”，“完善以省级政府为主管理高等教育的体制，合理设置和调整高等学校及学科、专业布局，提高管理水平和办学质量。依法审批设立实施专科学历教育的高等学校，审批省级政府管理本科院校学士学位授予单位和已确定为硕士学位授予单位的学位授予点。”在具体执行过程中应该要注重以下四个方面。第一，在进一步划分中央和地方管理教育权责的基础上明确省级教育统筹的内涵。第二，适当减少教育部直属高等学校的数量，重点建设服务于国家的、以战略性、基础性学科为主的高水平大学。强化教育部的宏观管理、公共服务和监管评估职能。第三，进一步向省级政府下放教育管理权限。第四，加强省级政府对本省范围内各类高等教育发展规划、学位授予单位布点、重点学科和专业设置等的统筹力度。总而言之，应该要完善“中央和省级人民政府两级管理、以省级统筹管理为主”的高等教育管理体制，进一步明确、并加大省级政府的统筹权限。最终实现《教育规划纲要》第十五章第四十五条规定的“中央政府统一领导和管理国家教育事业，制订发展规划、方针政策和基本标准，优化学科专业、类型、层次结构和区域布局。整体部署教育改革试验，统筹区域协调发展。地方政府负责落实国家方针政策，开展教育改革试验，根据职责分工负责区域内教育改革、发展和稳定。”
4.推进跨行政区域之间的合作，实现教育资源共享
《教育规划纲要》中第二十一章第六十七条还要求在有条件的省份开展教育统筹综合改革试点工作。“探索政校分开、管办分离实现形式；合理部署区域内学校、学科、专业设置；制定办学条件、教师编制、招生规模等基本标准；推进县（市）教育综合改革试点；加强教育督导制度建设，探索督导机构独立履行职责的机制；探索省际教育协作改革试点，建立跨地区教育协作机制等。”由此可见，推进跨行政区域的高等学校间合作，实现高等教育资源共享是新时期高等教育统筹协调发展的重要课题之一。经济合作的日益密切，使得各行政区之间的界限日益模糊，高等学校之间彼此合作、共享教育资源完全具备可行性。例如，长江三角洲区域教育合作及联动发展项目将该区域内的高等学校结成联盟，不仅共建“学分银行”，而且还建立有利于学生就业的户籍制度，促进区域内高等学校人才的自由流动。此外，中央财政还设立专项经费支持沿海地区高职院校对中西部地区高职院校教师培训与学生实训项目。这些都是值得借鉴的跨区域高等教育合作的成功经验。