《教育规划纲要》明确指出：“充分发挥高校在国家创新体系中的重要作用，鼓励高校在知识创新、技术创新、国防科技创新和区域创新中作出贡献。”《教育规划纲要》不仅肯定了高等学校在国家创新体系中的地位和作用，而且指出了充分发挥高校在国家创新体系中的重要作用的途径和方法。
（一）国家创新体系的内涵及高等学校在国家创新体系建设中的作用
《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》提出了我国中长期科学技术发展的总体目标：“到2020年，我国科学技术发展的总体目标是：自主创新能力显著增强，科技促进经济社会发展和保障国家安全的能力显著增强，为全面建设小康社会提供强有力的支撑；基础科学和前沿技术研究综合实力显著增强，取得一批在世界具有重大影响的科学技术成果，进入创新型国家行列，为在本世纪中叶成为世界科技强国奠定基础。”建设创新型国家是一项战略性的系统工程，有赖于国家创新体系建设的全面推进和完善。
“国家创新体系”作为一个特定的概念，是由英国经济学家克里斯·弗里曼于1987年在《技术和经济运行：来自日本的经验》中首次使用的，经济合作与发展组织（OECD）于1997年提出了《国家创新体系》的研究报告，“国家创新体系”逐渐成为一个使用频率越来越高的概念。现在国际上通用的定义仍是弗里曼最初提出的，即国家创新体系“是由公共部门和私营部门中各种机构组成的网络，这些机构的活动和相互影响促进了新技术的开发、引进、改进和扩散”[39]。
根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》，我国国家创新体系是以政府为主导、充分发挥市场配置资源的基础性作用、各类科技创新主体紧密联系和有效互动的社会系统。现阶段，中国特色的国家创新体系建设重点有如下五方面：一是建设以企业为主体、产学研结合的技术创新体系，并将其作为全面推进国家创新体系建设的突破口；二是建设科学研究与高等教育有机结合的知识创新体系；三是建设军民结合、寓军于民的国防科技创新体系；四是建设各具特色和优势的区域创新体系；五是建设社会化、网络化的科技中介服务体系。
高等学校肩负着人才培养、科学研究和社会服务三大职能，是国家创新体系的主要执行主体，在国家创新体系建设中发挥着举足轻重的作用。根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》的设计，建设技术创新体系，要求产学研结合，在大幅度提高企业自身技术创新能力的同时，建立科研院所与高等院校积极围绕企业技术创新需求服务、产学研多种形式结合的新机制；建设知识创新体系要求以建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为中心，促进科研院所之间、科研院所与高等院校之间的结合和资源集成，特别是发展研究型大学，努力形成一批高水平的、资源共享的基础科学和前沿技术研究基地；建设区域创新体系，要求发挥高等院校、科研院所和国家高新技术产业开发区在区域创新体系中的重要作用，增强科技创新对区域经济社会发展的支撑力度；建设科技中介服务体系，要求充分发挥高等院校、科研院所和各类社团在科技中介服务中的重要作用。同时，在国防科技创新体系建设方面，从宏观管理、发展战略和计划，到科技人才的培养、研究开发活动和科技产业化，都要求高等学校的积极参与。总之，高等学校是国家创新体系的重要主体，在国家创新体系的各个方面都发挥着重要的作用，可以为建设创新型国家和人力资源强国提供强有力的知识、技术和人才支撑。
（二）高等学校在国家创新体系建设中的成就和不足
我国高校不但为社会主义现代化建设培养了大批高级专门人才，而且在科学研究和社会服务方面取得了很大成就。首先，我国高等学校凝聚着一大批高水平的科学家、学科带头人，成为我国自主创新的主阵地，在基础研究和高技术前沿领域取得了许多创新性成果。“十五”期间全国高校累计获得国家自然科学奖75项，占全国授奖总数的55.07%；国家技术发明奖64项，占全国授奖总数的64.40%；国家科技进步奖433项，占全国授奖总数的53.57%，其中，国家自然科学一等奖1项，国家技术发明一等奖2项，后者打破我国连续6年无国家技术发明一等奖的局面。[40]在哲学社会科学方面，高校研究人员贡献了80％的研究成果，为理论创新作出了重大贡献，在很大程度上起到了“思想库、智囊团”的作用。其次，我国高校通过发挥自身学科力量强、技术起点高的优势，开发出一批事关国家核心竞争力、具有广泛应用前景的关键技术，如方正计算机汉字激光照排和电子出版系统、同方威视集装箱检测系统、中南炭炭飞机刹车片、东软CT和华中数控和“农大108”玉米新品种等，涌现出一批诸如北大方正、清华紫光、清华同方、交大昂立等著名的研究型大学高科技企业。最后，通过共建和合作，我国高校更加紧密地融入区域经济社会发展和区域创新体系建设中去，成为区域创新体系中的一支不可缺少的重要力量，成为当地经济的“人才泵”“思想库”“创新源”。[41]
同时，我们也应该看到，我国高校在促进创新型国家建设方面还存在不少问题，在国家创新体系中的作用还没有得到充分发挥。第一，由于我国长期以来一直实行以科研机构为主的科研体制，与专门的科研机构相比，高校科研力量比较分散，重大攻关项目的研究能力尚显不足。第二，科研经费严重不足，缺乏持续稳定的科研资助机制。第三，科研成果的原创性不足，低水平重复的现象还时有所见。第四，由于高校在传统上是以人才培养和理论研究为主，重学理研究、轻技术开发的现象还普遍存在，许多大学在职称评定、工作考核时并没有把技术开发与知识推广列入考核指标。第五，由于没有相应的奖励政策和信息平台，许多研究项目在结题后便束之高阁，技术转化速度较慢。另外，由于人才培养、研究与开发在大学往往属于不同职能部门的任务，产学研结合不够，难以发挥研究与开发的育人作用，使创新人才培养失去了一条有效的途径。
（三）充分发挥高等学校在国家创新体系中的作用的措施
《教育规划纲要》要求“充分发挥高校在国家创新体系中的重要作用，鼓励高校在知识创新、技术创新、国防科技创新和区域创新中作出贡献”，并就如何加强高等学校科学研究和社会服务工作制定了具体措施。
1.加强自然科学与工程技术研究，增强高校自主创新能力
《教育规划纲要》指出：“大力开展自然科学、技术科学、哲学社会科学研究。”为了充分发挥高校在国家和区域创新体系建设中的重要作用，我国将加强自然科学与工程技术研究，积极引导高等学校以国家和区域战略需求为导向，承担重大科技任务和国家大科学工程项目；加强重点科研基地、创新团队建设和创新科技平台建设，积极推动高等学校科研创新团队建设计划，坚持以重点实验室、工程（技术）研究中心等创新基地为依托，以优秀学术带头人为核心，大力加强科研创新群体的建设，面向国内外吸引、汇集一批著名学者和专家，逐渐形成一批具有世界一流水平的创新团队，并成为我国攀登科技高峰和解决重大科技问题的国家队。
2.繁荣发展哲学社会科学，促进社会主义文化大发展大繁荣
《教育规划纲要》指出：“积极参与马克思主义理论研究和建设工程。深入实施‘高校哲学社会科学繁荣计划’。”为此，我国将鼓励高等学校积极参与实施马克思主义理论研究和建设工程，继续实施高校哲学社会科学繁荣计划，大力推进马克思主义理论创新，建设以当代中国马克思主义为指导，具有中国特色、中国风格、中国气派的哲学社会科学学科体系和教材体系，完善哲学社会科学研究的创新平台体系和资金支持体系；设立若干国家级哲学社会科学创新基地，构建哲学社会科学研究创新平台体系；设立哲学社会科学中长期重大专项和跨学科研究资助项目，完善团队攻关研究与个人自由探索并重的科研基金体系；加强中华优秀传统文化研究，加强经济社会发展中的重大现实和理论问题研究，推动高等学校哲学社会科学优秀成果和优秀人才走向世界，提升国家文化软实力；设立“国家哲学社会科学奖”，奖励在哲学社会科学领域作出突出贡献的专家和重大标志性成果；实施高校哲学社会科学“走出去”战略，推动高校哲学社会科学优秀人才和优秀成果走向世界。
3.深化科研体制改革，营造良好创新制度环境
《教育规划纲要》指出：“促进高校、科研院所、企业科技教育资源共享，推动高校创新组织模式，培育跨学科、跨领域的科研与教学相结合的团队，促进科研与教学互动、与创新人才培养相结合。”为此，我国将按照统一领导、统筹兼顾、分层管理、整体推进的原则，形成领导有力、责任明确、管理到位的高校科研管理体制；创新高校科研机制，形成符合科学发展规律、与社会主义市场经济相适应、质量导向明确、组织运行高效、评估监督有力、成果转化迅速的高校科研运行机制；设立高校基本科研业务费，建立高校科研事业费制度，支持开展自主研究。促进高校、科研院所、企业科技教育资源共享，推动高校创新组织模式，培育跨学科、跨领域的科研与教学相结合的团队，促进科研与教学互动；围绕学科发展和国家科研需求，对重要领域、重点学科、重大项目给予重点支持，通过局部突破带动自主创新能力的全面提高；实施基础研究特区建设工程，支持一批教师在科学前沿潜心从事自由探索式基础研究，大力开展原始创新研究，取得重大原始创新成果；统筹科技体制改革和高等教育体制改革，加大基础研究力量向高等学校的转移，逐步形成科教融合的高校科研制度，促进科学研究与人才培养的有机结合，在高水平科研实践中培养创新团队和优秀人才；探索高校项目管理体制创新，提高学校对科研经费的自主统筹权，重视科研项目对学科建设的积累作用，推动科研能力的持续提升。在科研评价机制方面，《教育规划纲要》要求“完善以创新和质量为导向的科研评价机制。”为此，我国将进一步完善和落实以质量和贡献为导向、符合科学和技术发展规律的科研评价体系，改进评价程序和办法，推行研究成果代表作评价制度，将成果转化情况纳入科研评价的范围。
4.积极推进产学研合作，促进科技成果转化
《教育规划纲要》指出：“推进产学研用结合，加快科技成果转化”。在构建以企业为主体的技术创新体系的新形势下，我国探索建立新型的产学研合作机制，推进高校科研体制创新，建立和拓宽高校与企业、科研机构之间有效的联系渠道，通过联合、共建、融合等方式，加强高等学校与企业、科研院所的合作，为企业技术创新提供坚实的人才、知识、技术和文化支撑。在国家重要科技领域，我国将通过体制机制创新，建立高等学校和科研院所、企业之间的战略联盟，促进产学研用合作。我国将推进产学研合作相关法规建设，支持和鼓励企业、事业和社会机构参与高校的人才培养和科学研究，支持高校把学科发展、人才培养的要求和企业、科研院所的实际需要结合起来，选择适宜的学科领域为企业提供服务；制定和完善支持大学生实习的有关政策和法规，与企业、科研院所共同构建校企合作的开放、共享的大学生、研究生实习、实践和实训基地，建立由高校、企业、科研机构共同培养适应经济社会发展需要的创新人才的有效机制。另外，我国还将重视大学科技园建设，大力促进大学科技成果向现实生产力转化。
5.全方位开展社会服务，推动地方高校融入区域创新体系
《教育规划纲要》指出：“高校要牢固树立主动为社会服务的意识，全方位开展服务”，鼓励高校在“区域创新中作出贡献”。为了鼓励高等学校探索全方位、多样化的社会服务模式，我国通过政策引导、计划支持等方式加强高校科研创新能力建设，推动地方高校融入区域创新体系，充分发挥高校在区域创新体系中的引领和支撑作用，促进高等学校以多种方式服务于国家、区域和地方经济社会发展；鼓励高校利用高新技术普及和转化科学研究成果，推动社会建设和文化建设，提高公众科学素质和人文素质；鼓励高校积极推进文化传播，继承、弘扬、发展先进文化，构建哲学社会科学研究成果转化体系，充分发挥智囊团和思想库作用；引导和支持高等学校全面参与决策咨询服务，为国家和地方经济建设、政治建设、文化建设、社会建设和生态文明建设作出更大贡献。