科学方法是一个统一整体，包含了在自然科学、哲学社会科学（含人文科学）中使用的最基本方法。科学方法是科学工作的工具和手段。没有适当的手段，人类的任何目的都达不到。但手段是中性的，谁都可以用，关键在于用得是否得当，所以说“法无巧拙，善用者益”。具体科学方法本身没有立场和态度的问题，但使用科学方法却需要有科学的立场和态度。
科学方法是伴随人类社会前进的脚步发展的。所有科学，说到底是方法问题。科学方法的核心是世界观。而马克思主义的辩证唯物主义是迄今为止最科学的世界观。凡是辩证唯物主义能适用的领域，科学都必定也能适用。在新的时期，能否以马克思主义科学的世界观和方法论去分析问题和解决问题，是党员干部，特别是领导干部能否自觉实践“三个代表”重要思想，创造性地投身于社会主义现代化建设实践的根本问题。
正确学习掌握马克思主义的科学方法论，需要把握好理论与实际、规律与政策、逻辑与历史三对关系，需要做好三个结合，即结合当代世界、结合当代中国、结合具体工作实际。先谈谈如何把握三对关系。
一是理论与实际的关系。马克思主义的科学实质就是理论联系实际。但是，只有弄清理论与实际的不同和区别，才能更好地将二者结合起来。两者的区别与联系是：第一，理论是对事物和它们之间相互关系的本质的概括，而实际往往是事物及其关系的表象。表象是人们可以直接接触到的，对本质的认识，需要一个抽象思维的过程。当本质和表象不一致时，人们容易轻信表象而无视事物的本质。科学理论的可贵之处，也是困难之处，就在于透过现象把事物的本质揭露出来。所以，在很多情况下，并不是理论与实际不合，而是人们由于被现象所迷惑，不能认识事物的本质。马克思在批判庸俗经济学家时指出：“当庸俗经济学家不去揭示事物的内部联系却傲慢地断言事物从现象上看不是这样的时候，他们自以为这是做出了伟大的发现。实际上，他们夸耀的是他们紧紧抓住了现象，并且把它当作最终的东西。这样的科学究竟有什么用呢？”第二，生活实际中的问题，通常不是某一条理论就可以解释清楚的，它需要很多原理，甚至各种理论与实际具体情况的结合才能充分的说明。比如，价值理论与价格，按劳分配理论与工资等等。因此，不能凭一点理论知识，或搬一两条原理去解决复杂的社会问题。系统地学习理论，才能更准确地对复杂事物进行判断，更好地指导社会实践。第三，实际事物的不断发展、变化，要求理论也必须发展，实践是检验真理的标准。毛泽东说：“理论与实践的统一，是马克思主义的一个最基本的原则。按照辩证唯物论，思想必须反映客观实际，并且在客观实践中得到检验，证明是真理，这才算是真理，不然就不算。”所以，理论必须联系实际，才能成为强大的思想武器；理论最终要通过实践的检验，在实践中得到证明和发展，才能成为科学的理论。
二是规律与政策的关系。规律是事物的本质，是现象发展过程的内部所固有的必然的、稳定的因果联系和依赖关系。人们能够认识和利用规律，却不能创造它、消灭它。规律是一种客观的必然性，它不会按照任何国家的意志、政府的意志、社会的意志或长官的意志而改变。认识、把握规律，可以增强工作的主动性、减少盲目性、克服片面性。而政策是一种对规律的认识，政策是由人制定的，是人们在认识规律的理论基础上制定的指导人们社会活动的依据，人们可以制定它，在环境和情况发生变化时，也可以修改它、废止它。在理论基础上制定的政策，有助于对规律的发现和验证。不断的实践使人逐步加深对规律的认识，不断由必然王国走向自由王国。有助于我们在社会实践中少走弯路。社会主义改革事业发展过程尤其能说明这一点。规律与政策的关系是：我们是根据客观规律制定政策，而不是制定和创造规律本身。符合客观规律的政策对经济和社会发展就会起推动作用，而违背客观规律的政策，就会受到规律的惩罚。对此，我们曾有很多历史上的教训。正确地认识规律和政策的关系，对社会主义实践是非常重要的。胡锦涛总书记指出：“在长期的实践中，我们对共产党执政规律、社会主义建设规律和人类社会发展规律的认识取得了重大成果。这些成果深刻地体现在毛泽东思想、邓小平理论和‘三个代表’重要思想之中。”十六届三中全会提出的坚持以人为本，树立和落实科学发展观，就是我们对20多年改革开放和现代化建设规律和经验的总结和认识。
三是逻辑与历史的关系。通过逻辑发展的形式和方法，可以帮助我们掌握现实和洞悉现实。恩格斯曾说：“历史常常是跳跃式地和曲折式地前进的，如果必须处处跟随它，那就势必不仅会注意许多无关紧要的材料，而且也会常常打断思想进程。”从事物发展本身看，事物的发展都有自己的规律，它是一种逻辑的过程，是不依意志为转移的；但是，任何事物的发展，又都是在特定的环境中发展，环境的影响会部分破坏事物发展的逻辑，人类社会的发展就更突出地表现了这一点。从认识的角度看，在趋势上，逻辑的发展与历史的发展同样揭示了事物发展的必然性。逻辑是人通过对事物发展过程的演绎思辨来完成，而历史是人通过对事物实际发展过程的归纳来完成。
马克思研究资本主义社会一开始就运用了逻辑的方法，他从商品这个细胞开始，进而研究了资本主义的生产方式、分配方式，分析了两大对立的阶级：资产阶级和无产阶级，最终得出了无产阶级必将战胜资产阶级，社会主义必将代替资本主义的结论，实现了逻辑和历史的统一。对逻辑与历史关系的认识，要求我们在社会主义建设的实践中，既要看到事物发展的必然性，坚定信念；又要充分认识到事物发展的复杂性，做好应对的准备。有助于我们在实现社会主义现代化建设的宏伟目标时，既要树立坚定的共产主义信念，又要充分考虑到实现这项前所未有的宏伟事业过程中的各种困难，自觉地把理想和现实结合起来，在实现共产主义这个目标下，脚踏实地去实践。
马克思主义理论的精髓是社会实践，把握三对关系的目的，就是使我们能够在实际工作中自觉地运用马克思主义立场、观点、方法，指导我们的建设和工作。所以，落到实处就必须做好三个结合：
一是要结合当代世界。国际政治舞台，虽然世界政治的多极化和经济的全球化仍是发展的趋势，和平与发展仍然是社会发展的主题。但是，在这样的格局中，各种政治力量的相互关系，以及相互较量的形式发生了变化。一方面，各国之间要求以相互尊重、求同存异的精神来处理国际事务，尊重世界多样性，促进国际关系民主化的要求日益高涨；但是，另一方面，美国在国际事务中加紧推行单边主义和霸权主义。各种力量相互胶着，此消彼长，给国际事务的处理增加了复杂性。同时，世界经济的全球化，对各国来说是机遇也是挑战，一些发展中国家“经济主权”面临挑战，一些国家的政府也面临更大的考验。科技的迅速发展和科技成果迅速转变成生产力的过程越来越快，对经济形态的变化产生重大影响，要求构成上层建筑中的一切因素，如：法律、体制、政策、管理方式等等，都必须有更快的适应力和更灵活的应变方式，才能适应世界多极化、经济全球化和科技迅速发展的需要；所以，我们必须具有世界眼光，才能在复杂多变的环境中，判断形势、把握趋势、抓住机遇、发展自己，迅速提升我们的综合国力。
二是要结合当代中国。就是要从实际出发，把握好战略机遇期。党的十六大报告指出：“综观全局，21世纪头二十年，对我国来说，是一个必须紧紧抓住并且可以大有作为的重要战略机遇期。”抓住这个机遇期，全面建设小康社会，实现中华民族伟大复兴，是历史赋予中国共产党和全体中国人民的神圣使命。要完成这个使命，必须立足国情，脚踏实地地去奋斗。从社会整体状况来看，我国正处于并将长期处于社会主义初级阶段，人口多、底子薄、发展不平衡的状况将长期存在；从实现我国现代化建设的进程来看，我们已经走完了中国现代化建设的第二步，实现了小康；正处于实现目标的第三步，向建设富强民主文明的社会主义国家的目标迈进。因此，大力发展生产力仍是当前我们的首要任务。以胡锦涛同志为总书记的党中央指出：“一定要坚持从基本国情这个最大的实际出发，既增强工作的紧迫感，以只争朝夕的精神抓住机遇加快各项事业的发展，又充分考虑社会主义现代化建设的长期性和艰巨性，做好长期艰苦奋斗的思想准备，防止和克服急于求成、急功近利的心态和做法，老老实实地艰苦创业，踏踏实实地艰苦奋斗。”坚持以科学的发展观来全面推动社会主义物质文明、政治文明、精神文明的发展。
三是要结合具体工作实际。就是要把中央的方针政策贯彻到自己的工作实际中去，坚持讲实话、出实招、办实事、务实效，真正把工作的着力点放到研究解决改革发展稳定中的重大问题上和解决群众生产生活中的紧迫问题上。要树立正确的政绩观和科学发展观，想问题、办事情、做决策，都要符合中国现阶段国情。坚持一切从实际出发，按客观规律办事，既积极进取，又量力而行，不盲目攀比；坚持办实事，求实效，惜民力，不搞劳民伤财的“形象工程”、“政绩工程”；坚持察实情，讲真话，不虚报浮夸；坚持统筹兼顾，立足当前，着眼长远，不急功近利，确保各项工作都能经得起实践、群众和历史的检验。