自追罪和清算多尔衮起，顺治母子就有意识地在皇族和八旗内部进行整顿，目的是加强皇权，削减旗主权势。至顺治逝世前，诸王贝勒已没有像皇太极和多尔衮摄政时期那样的实力，这才使得他们能够一反传统，在没有同宗室商量的情况下，就决定让异姓四大臣辅政。
对于让谁辅佐幼君，孝庄和辅臣们早有定论，但为了进一步试探诸王贝勒的态度，在宣读顺治遗诏后，四辅臣仍假作惶恐状，由索尼带头跪告诸王贝勒：“现在大行皇帝（顺治）留下遗诏，命令我们四人辅佐冲主（幼君）。可是历来国家政务都是由宗室协理，索尼等人都是异姓臣子，怎么能够综理呢？还是和诸王贝勒等一同负责为好。”
诸王贝勒不傻，自然知道对方这么说的用意，于是急忙答复道：“大行皇帝深知你们四大臣之心，所以才委以国家重务，这一点遗诏上已经说得非常清楚明白，谁敢干预？四大臣你们就不要再谦让了。”
索尼等人听后，即将诸王贝勒拥护辅政的态度奏知孝庄。在孝庄的授意下，四辅臣和王以下大臣先后宣誓，对辅政期间不受诸王贝勒干预，不单独同诸王贝勒等私相往来等加以特别强调。
由于皇帝尚处于童年，还没有能力处理国家事务，孝庄又不垂帘听政，所以四辅臣名为辅政，实际可以用“辅臣称旨”（即辅臣传达皇帝谕旨）的名义代行皇权。一般情况下，对诸王贝勒大臣而言，“辅臣称旨”就如同皇帝的诏令一样，不能违抗。
当然，四辅臣充其量也只是皇权的执行者，真正把持政权的仍是孝庄。此外，与四大臣辅佐政务并存的还有议政王大臣会议。后者是清初特设的权力机构，其成员“半皆贵胄世爵”，即多系诸王贝勒组成，它的权力很大，别说“四辅臣”，就算是孝庄本人出面，都不能轻易改变其决定。
以太后为中心，以四异姓大臣为辅佐，以诸王贝勒为监督，这是一个经过精心设计的权力架构，为的是不让任何一方越出界限，以免侵犯皇权，只是这样做究竟能不能达到预期效果，还得由现实博弈给出答案。
汤若望案
以往的中原王朝，包括明朝在内，都会使用大量宦官。清初则未建立相应的宦官制度和机构，虽有专门管理皇室事务的内务府，但内务府成员除一些接收的前明宦官外，主要都是上三旗包衣。
包衣为满语，是家奴之意，在身份上他们属于皇帝的家仆，而传统宦官则多数出自社会下层的普通家庭甚至是罪犯，二者自然区别很大。顺治亲政后，在前明宦官同时也是他的贴身宦官吴良辅的建议下，裁撤内务府，仿照明朝体制，建立了专门的宦官机构，名为十三衙门。
随着十三衙门的建立，宫中宦官的数量越来越多，权势也越来越大，至顺治末年，已俨然成为京城的一大势力，宦官干政和犯法事件时有发生。其间，吴良辅仗着顺治的宠幸，暗地里勾结官员，索贿受贿，事发后却被顺治袒护而未受到任何处罚。
在孝庄和辅臣们看来，宦官专权祸乱乃明朝亡国的一个重要原因。在他们所改定的顺治遗诏中，借用顺治的口气对任用宦官进行了反省：“祖宗创业，未曾任用中官（宦官），且明朝亡国，亦因委用宦寺（宦官）。朕明知其弊，不以为戒，设立内十三街门（十三衙门），委用任使，与明朝没有什么不同，以致营私作弊，更超过以往。”
四辅臣执政后，即以“变易祖宗制度”之罪将吴良辅处以死刑，同时裁撤十三衙门，重新恢复内务府。原有宦官五千人，淘汰了四千，仅留下一千“执下等役务”。
与顺治生前的开放激进不同，四辅臣在一定程度上代表着清廷的守旧势力，即便像清除宦官这样的得民心之举，他们所打的旗号也还是所谓的恢复祖宗旧制，而这样落后的政治理念，又必然会给他们的执政蒙上阴影。
鲁迅曾在他的著作中写道：“清顺治中，时宪书上印有‘依西洋新法’五个字，（杨）痛哭流涕地来劾洋人汤若望。”这里面的“杨”是指清初守旧派官员杨光先，顺治朝时他曾上疏反对汤若望所编的新历书“时宪历”，当时由于顺治尚在，汤若望如日中天，礼部对其奏疏未予受理。
到了辅政时期就不一样了。四名辅臣与杨光先的政见基本相同，他们也一向都不喜欢西方传教士，只是在顺治面前不敢轻举妄动罢了，所以顺治一死，汤若望及其他传教士的处境便开始急转直下。
1664年，已年过古稀的汤若望突患脑出血致半身不遂，不能正常行走，连说话也含混不清。杨光先趁此机会再度发难，以“历法错误”“传播邪教”“大逆谋反”等罪名，上疏参劾汤若望，要求将汤若望等人“依律正法”。礼部在收到杨光先奏疏的当天，即上呈四辅臣大臣，辅臣们立即下令，将汤若望、南怀仁等传教士以及几名信奉天主教的钦天监官员逮捕审讯，这就是汤若望案，因杨光先把发难重点集中于汤若望的“历法错误”，所以也称康熙历狱。
在审讯过程中，虽然汤若望等人想尽办法为自己辩护，在又一次预测日食时，也证明了他们的无辜和能力，但是由于整个案件被辅臣实际操控，导致对汤若望的判决反而由原来的绞刑改为斩首，后又由斩首改为凌迟。
眼看汤若望在劫难逃，就在这时，北京发生了一场大地震。在中国古代，地震属于灾异的一种，按照传统解释，发生地震乃臣下叛异或女主当国之兆。这时并不存在女主当国的问题，于是只能归结到辅臣身上，舆论认为，这次地震是上天的示警，是对汤若望被处以极刑的愤怒与惩罚。紧接着皇宫中突然起火，也同样被视为上天在继续示警。四位辅臣进退维谷，只得一起去面见孝庄，口称：“汤若望罪案，须奏请太皇太后懿旨定夺。”
尽管孝庄在一些守旧观念上与辅臣趋同，但她尊汤若望为“义父”，曾经捐资修建天主堂，据说还受过洗，表明她在对待天主教和传教士的态度上与儿子相接近。看过辅臣们的奏折后，孝庄当即面露愠色，颇为恼火地嗔怪道：“先帝当初十分信任汤若望，你们难道都忘得一干二净？先帝称汤公为玛法，你们如此胆大包天，想处汤公死刑。先帝在天之灵能容忍吗？”
见太皇太后动了怒，四个辅臣吓得一声不敢吭，只能连连叩头称是。回去后他们就对汤若望下达了“着免死”的决定，将其和南怀仁等其他传教士陆续予以释放，但仍将五名信仰天主教的钦天监官员处斩，而原居内地的传教士则被一律驱至澳门。
选后
孝庄在未垂帘听政的情况下，犹能起到一言九鼎的作用，毫无疑问，依赖的是她在朝中积累的声望及其高超的政治手腕。
过去，用联姻的方式来促进满蒙联盟一直是清廷国策，皇太极的正宫皇后和孝庄本人都出自蒙古科尔沁博尔济吉特氏，而清廷亦以皇室之女下嫁于蒙古王公。至顺治时期，孝庄仍然遵循这一传统，从博尔济吉特氏家族中为顺治选择皇后。1665年，当她准备为康熙举行大婚时，却一改习惯做法，决定从辅臣的女儿中册立皇后——虽然仍是政治联姻，但要联姻的对象已经变成了辅臣及其家族。
除了苏克萨哈，索尼的孙女赫舍里氏和遏必隆、鳌拜的女儿都进入了选后名单。究竟选择这些女孩儿中的哪一位，其实并不主要取决于女孩儿本身或是康熙的态度，关键还是她们的家族背景怎样，以及其家族能否在康熙迈入亲政的过程中起到重要作用。
索尼是起自努尔哈赤时代的四朝元老，又是顺治、康熙两朝的顾命大臣，所以在辅臣中被列于首位。他不仅地位高、阅历深，而且能文能武，足智多谋，朝中“商议大事，无出索尼右者”，平时就连诸王贝勒都对他尊敬有加。
与索尼相比，位列第四的鳌拜和位列第三的遏必隆皆各有缺陷。鳌拜勇谋有余，战功卓著，但睚眦必报，专横擅杀。他与内大臣飞扬古有私怨，飞扬古之子、侍卫倭赫擅骑御马，用皇上的弓箭射鹿，被他告发，结果问斩。飞扬古此时正在守陵，不免口出怨言，鳌拜又将其问成死罪，导致飞扬古和其子尼侃萨哈萨均被绞死，而房产却被籍入了鳌拜弟弟穆尔玛家。
虽然孝庄并不能过多干政，但她对于鳌拜这种飞扬跋扈的劲头定然难以认同，于是在首轮挑选时，就将鳌拜的女儿从名单中给剔除了出去。
遏必隆出自名门，性格也不像鳌拜那样嚣张，但庸懦无主见，遇到争执时通常都是随风倒，即哪一方强大，他就倒向哪一方。在孝庄看来，遏必隆这种人不能完全依靠，当然拉住了有时也能起到一些作用，最终，她决定将索尼的孙女赫舍里氏册立为皇后，而遏必隆的女儿则进宫为妃。
谁家的女儿能够成为皇后，也必然将同时导致皇后所在家族力量的壮大，这是人所共知的事，不过当消息传出后，首先跳起来的却不是遏必隆或鳌拜，而是苏克萨哈。
相比于一般大臣，苏克萨哈与皇室有着更为密切的裙带关系。他的父亲苏纳早年随努尔哈赤创业，深得努尔哈赤喜爱，被招为驸马，这样算起来，皇太极是苏克萨哈的舅父，孝庄是他的舅母，因此虽然遏必隆、鳌拜都以公爵比他先列为内大臣，但苏克萨哈在辅臣中的班行却列于遏必隆、鳌拜之前，仅次于索尼。
多尔衮既是苏克萨哈曾经的上司，也是他的舅父。多尔衮死后，苏克萨哈第一个揭发多尔衮，对于顺治而言，他自然是功臣，但也因为做了“叛徒”，其人品亦遭到指摘，索尼就很看不起苏克萨哈。苏克萨哈对此耿耿于怀，遂力阻册立赫舍里氏为后，遏必隆、鳌拜各怀心思，便也随其一同前往慈宁宫面见孝庄。
孝庄虽是苏克萨哈的舅母，但平时两人意见并不一致，比如苏克萨哈对汤若望等传教士就抱有敌视态度，是一个“基督教仇视者”，在汤若望案中亦对汤若望喊打喊杀，让孝庄极为不快。这次也一样，苏克萨哈先是说赫舍里氏与康熙年庚不对，继而又在赫舍里氏的父亲，也就是索尼的长子噶布喇身上做文章。噶布喇任宫廷侍卫，政治地位不高，苏克萨哈对孝庄说：“欲立噶布喇之女为皇后，必动刀枪。满洲下人之女（‘下’为满语，意为侍卫），岂有立为皇后之理？”
尽管苏克萨哈言辞激烈，几乎已与孝庄形成正面冲突，但孝庄的意志并非他所能撼动，苏克萨哈的奏章落了个无果而终的结果。经历此事，索尼及其家族对皇室更加忠心耿耿，倒是苏克萨哈自己棋错一着，引起索尼的反感，直至在辅臣中陷入孤立境地。
圈换土地
按照莎士比亚的说法，情人是人生的第三个阶段，这时候他“像炉灶一样叹着气，写了一首悲哀的诗歌，咏着他恋人的眉毛”。
1665年10月16日，康熙举行大婚，当年他只有十二岁，被选为皇后的赫舍里氏和他同岁，只是生辰比他大上几个月。西方的莎翁恐怕不会想到，东方的恋人们会在这么早的年龄就缔结良缘，相携走入婚姻的殿堂——他们其实都还只是两个小朋友啊！
与顺治在婚姻问题上对孝庄的逆反和抗拒不同，康熙唯孝庄之命是从，而且他也没有父亲那种近乎偏执的择偶观，对祖母的安排能够心甘情愿地予以接受。另一方面，赫舍里氏出身书香世家，受过良好教育，有大家闺秀的风范，入宫后她除了对丈夫温柔体贴，进言“恳挚”外，还能孝敬太皇太后和皇太后，治理后宫也严谨谦和，宽容大度，可以说是个无可挑剔的好皇后、好妻子，也因此，她和康熙虽然是包办婚姻兼政治婚姻，但两人从一开始就非常恩爱。
包括操办皇帝大婚在内，孝庄处心积虑地为康熙亲政创造着各种条件，但再高明的政治家也不可能事事料及，比如圈换土地事件的出现及其对政局的影响，就是她原先根本设想不到的。
早在皇太极时期，皇帝自将的“两黄旗”（正黄、镶黄）与亲王分管的“两白旗”（正白、镶白）之间就存在着矛盾。皇太极死后，两黄旗大臣坚决拥立皇太极之子，并以不惜兵戎相见的架势，迫使多尔衮放弃觊觎帝位的企图，接受了摄政的折中方案，自此，双方的矛盾和成见不断加深。
多尔衮在摄政期间，不仅对反对他的两黄旗大臣进行肆意报复，而且还在对北京附近圈占的土地分配时，利用摄政的便利，将本应分给镶黄旗的肥沃土地给了自己的正白旗，却把本该属于白旗的较差土地拨给了镶黄旗。多尔衮这种明显歧视和压制黄旗的做法，曾引起黄旗上下官兵的不满，只是在当时的形势下，大家敢怒不敢言，只能低头认栽。
风水轮流转，等到多尔衮一死，政局大变，正白旗被皇帝收归自将，与两黄旗合为上三旗。到康熙初年为止，旗民均已各安生业，由此引起的不愉快印象也逐渐淡薄，但镶黄旗中仍有人议论当年分地偏袒不均。听到这些议论后，辅臣们的态度截然相反：隶镶黄旗的鳌拜立意将早已分定的黄、白两旗土地再行调换分配；隶正白旗的苏克萨哈默不作声，实际就是表示反对；索尼因为苏克萨哈反对册封自己孙女为皇后，对苏克萨哈有意见，本身就持与“苏克萨哈反对的，我就赞成”相似的态度，加上正黄、镶黄一家，于是很自然地投了鳌拜的赞成票；遏必隆与鳌拜同属镶黄旗，而且他向来没什么主见，既然索尼、鳌拜都说要调换，也就随声附和。
得到索、遏的支持，鳌拜便暗中唆使旗人向户部呈文，要求镶黄旗与正白旗互换土地，如果所换的土地不足，就再圈占民地予以补充。
大学士兼户部尚书苏纳海看完旗人的诉讼后，上疏称土地分拨已久，况且前两年朝廷已经有不许再圈民地的谕旨，因此请求将八旗移文驳回，立罢换地之议。
苏纳海的反对意见被鳌拜等人弃之一旁，他们继续我行我素，打着“凡事俱遵太祖太宗例行”的旗号，以“辅臣称旨”的名义发布拨换令，强行让镶黄旗与正白旗进行大范围的土地圈换。
消息一出，无论旗人还是附近的汉民均人心惶惶，正白旗人固然不愿把好地换走，就是镶黄旗人也认为时间过去了这么久，“今换给新地，未必尽胜于旧”，而汉民面对自家土地即将被圈占的残酷现实，更有一种绝望无助之感。拨换令颁布之日，正值秋耕季节，可是“旗地待换，民地待圈，皆抛弃不耕，荒凉极目”。
转眼到了隆冬，一方面土地圈换依旧难以推行，另一方面原有家园又不让居住，各旗官员只能暂时住进庙宇草棚，穷苦百姓则连草棚子都不能住，被迫在冰天雪地中辗转流离，“号泣之声，闻于数里”。
相关的社会舆论很快流入宫中，康熙听到后极为不安，于是便借问安之机向祖母奏报。此时孝庄也从宫中的包衣、宦官以及和她一起在教堂做弥撒的女教民口中，了解到了这方面的情况。
自正白旗归入上三旗后，服务于皇室的正白旗包衣便一律被分配给太后，所以至少在理论上，正白旗包衣都是为孝庄服役的家奴，孝庄对正白旗包衣也更为信任一些，她为康熙挑选的几个乳母都出自正白旗。站在孝庄的立场，她就算不偏袒正白旗，也不能允许别人故意损害正白旗的利益，更何况圈换土地事件还在社会上引起了这么大的动**和不安，于是她当即严责四辅臣扰民，要求他们改弦更张。
恰在这时，直隶、山东、河南三省总督朱昌祚和直隶巡抚王登联相继上疏，奏请皇上停止圈换土地，朱昌祚更在奏疏中直截了当地指出，拨换令并非出自皇上本意，暗示是鳌拜背主所搞的非法活动。同一时间，苏纳海以拨换令执行困难为由，决定将派出去负责圈换的官员全部撤回。
就像汤若望案中一样，如果太皇太后表了态，发了话，一般情况下，四辅臣是不敢不接受的，但这次例外，因为鳌拜不干！
鳌拜巴图鲁
满族民间艺人有一种特有的表演形式，类似于汉族的说书，名为“满族说部”。满族说部擅长记录本民族英雄的前世今生，但流传下来的英雄史诗并不多，以鳌拜为主人公的《鳌拜巴图鲁》乃其中之一，足见鳌拜在满人心目中的影响和地位。
鳌拜自青年时期就驰骋疆场，立大小战功无数，并在战场上救过皇太极的命，被皇太极赐号“巴图鲁”（满语，英雄或勇士之意）。孝庄喜欢回忆往事，曾多次向宫人和康熙讲述当年鳌拜身中利箭，被射得像个刺猬一样，但仍杀敌如虎，拼死保护丈夫的事迹。鳌拜的英雄形象也因此给康熙留下了极为深刻的印象，后来当他回顾大清艰辛的立国史时，仍不忘提及鳌拜，说“太皇太后常念其勇耳”。
“国初勋旧，无不知有鳌拜者。”清军入关后，鳌拜奉命率部追击农民军，李自成、张献忠这两位明末农民军的领袖都先后死于其追击。与此同时，他对继位的幼帝顺治表现得忠心耿耿，为此在多尔衮摄政期间屡遭打击，不是有功无赏就是无罪受罚，甚至还曾三次被判处死刑。
顺治亲政后，视鳌拜为心腹重臣，君臣之间极为相得。鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治便亲临鳌拜府邸看望慰问。孝庄病重，顺治朝夕侍候，鳌拜也没闲着，昼夜于宫中服侍，连休息和吃饭都顾不上。
在顺治朝时，鳌拜深得顺治和孝庄的信任，未料到了康熙朝却判若两人：平时骄横跋扈，气势夺人，以至于别人看到他都得绕着走；忤己者动辄置之死地，因为私人恩怨，就假公济私，擅杀飞扬古父子。
变化这么大，其实也没什么特殊原因，就是他自以为战功显赫，不知不觉地飘了起来！一开始，鳌拜是不把辅臣外的百官和亲王贝勒放在眼里，后来就盯住了苏克萨哈。
在辅臣之中，鳌拜最能打仗不假，军功也最高，但却不识汉字，或许是因为这个原因，他在辅臣中被排在了末尾。后来鳌拜事败，有人便说顺治临终前其实根本未召见他，遗诏中也没有把他列为辅臣，是鳌拜“自称顾命大臣”，厚着脸皮占了别人的位置。这种说法虽无任何事实根据，但也在某种程度上表明了其处于最末位的尴尬——如果像索尼一样排在首位，恐怕就没人会这么说了吧？
鳌拜可不甘心当“老末”，就算班行上他可以暂排末位，但话语权上却一定要争做第一。
索尼的资历、声望和议政能力都超出鳌拜远甚，鳌拜不敢与之明争，不过索尼年老多病，一者确实精力不济，二者也存在明哲保身和畏事避祸的想法，在很多事情上都往往疏于过问。遏必隆和鳌拜同属一旗，且每议军事大政，常常附和于鳌拜，即便有时觉得鳌拜的意见不对，也不敢说半个不字，等于是鳌拜的应声虫，故被评价为：“有一专横之鳌拜，即有一缄口不语之遏必隆。”
索尼不太管事，遏必隆不敢管事，唯有居于辅臣次席的苏克萨哈既想管事又敢管事。
同为满臣，四辅臣均有保守和排斥汉文化的倾向，不过苏克萨哈善于结交，凡有杰出才干的汉官，他都会虚心结纳和收为门下，所结纳的汉官被他一一记述于文札，收藏起来，竟“积之盈箱”。能够这么做，说明苏克萨哈有着与普通满臣不一样的眼光，他处理事务也确实颇有主见，平时经常和鳌拜争吵不休，两人更因此“积以成仇”。
鳌拜与苏克萨哈本是姻亲，可是在权力争斗面前，什么亲情友情都轻于鸿毛。圈换土地事件也绝非偶然，他实际上是鳌拜蓄意制造的一起阴谋，为的就是利用自己在辅臣中所处的绝对优势，达到扳倒苏克萨哈的目的——苏克萨哈出自正白旗，其主要势力也集中于正白旗，打击正白旗就等于打击苏克萨哈！
孝庄的干涉和苏纳海等人的抵制，犹如把鳌拜逼入了一个十字路口。他深感圈换土地有被迫中断的危险，中断尚是小事，最让他担心的还是苏克萨哈与苏纳海等人结党，然后直通宫掖，令他一败涂地。
如何才能反败为胜？鳌拜一咬牙，把心一横，决定冒着可能得罪太皇太后的风险，向苏纳海等人下手。他认为苏纳海等人不但阻挠圈换，而且其中的苏纳海隶满洲正白旗，朱昌祚隶汉军镶白旗，二者与正白旗的苏克萨哈“系一体之人”，如果将他俩先行杀掉，就等于坏了苏克萨哈的一手一足，以后再向苏克萨哈开刀，则事必有成。
主意一定，鳌拜即以“辅臣称旨”的名义下令逮捕苏纳海、朱昌祚、王登联，革职交刑部论罪，其他抗命官员亦分别予以处罚。
大冤案
苏纳海等人都是重臣，康熙闻讯，知道他们并没有什么大罪，只不过是惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是急忙召集辅臣赐座询问，意图出面进行调停。席间，鳌拜坚决要求处死苏纳海等人，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈深知鳌拜挑起圈换事端和严惩苏纳海等人，实际矛头都是指向自己，可他又怕出语反对导致惹祸上身，只好继续选择终席沉默不语。
四辅臣中出现了三比一的局面。“索尼、遏必隆、鳌拜三人均奏称当斩（苏纳海等），逼迫朕杀之”，康熙此时年仅十三岁，虽然平时也经常参加辅臣议政，以从中学习执政经验，但毕竟还缺乏在这种特定情况下的历练，鳌拜等三名辅臣的态度令他一筹莫展，一时也找不出适当的言辞来为苏纳海等人缓解困境。
这时鳌拜不断催促康熙：“臣等所见皆同，请皇上发落！”康熙犹在迟疑，鳌拜干脆走向御前，拿起御用朱笔，写下“苏纳海、朱昌祚、王登联，不遵上命，立即处斩”十七个大字，然后昂首出宫而去。
尽管康熙从始至终“未允所请”，不同意对苏纳海等人重处，只同意了刑部所拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。可是鳌拜事后仍然倚仗在辅臣中的优势，矫诏将苏纳海等三人处以了绞刑。矫诏下达时，苏纳海正被关押在刑部，两名八旗兵突然闯进牢房，凶神恶煞地站到了他的身旁。见对方虎视眈眈地逼视着自己，苏纳海轻蔑地拿眼睛瞟了瞟他们，说：“我是大臣，本有礼仪，快取酒来！”一番痛饮饱餐后，他吩咐家仆把布垫在地上，然后脱衣躺下，盖上被单，拿起弓弦自勒而死。
苏纳海、朱昌祚、王登联为国计民生而抗疏力争，深得民心，直隶百姓认为他们“死非其罪”，在他们死后以地方名宦的身份予以祭祀和悼念。这件事也给年幼的康熙造成了极大的刺激和伤害，直到四十年后提起，仍痛心地说：“至于巴图鲁公鳌拜、遏必隆，为圈地事杀尚书苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联，是件大冤案……朱昌祚等人不但不应该被杀，也不应该被治罪。”
鳌拜将圈换土地的事宜转交拨地侍郎巴格执行。据巴格奏报，此次圈换共骚扰近京十个州县，这还不包括刚开始时已经圈换完毕的四县之地，旗民及汉人深受其害，失业者达数十万人。
在圈换土地事件中，鳌拜把白黄旗矛盾、辅臣之间的个人恩怨和所谓祖制、“辅臣称旨”交错利用起来，既不理睬太皇太后停换土地的旨意，也无视康熙对严惩苏纳海等人所持的反对态度，唯以打击和制裁正白旗为其目的，其处事之专横，手段之毒辣，皆为时人所瞪目。
康熙开始对鳌拜予以戒备，并在听理政事过程中，多次对鳌拜及其党羽进行抵制。苏纳海等人被害的当年，吏部尚书阿思哈、侍郎泰必图按照鳌拜的意图，提议每省派两名大臣设衙于总督、巡抚衙门旁，以对督抚进行稽查和监视。吏部右侍郎冯溥坚决反对，认为督抚皆国家重臣，派人监视是不信任和不尊重的表现。泰必图听后大怒，“瞋目起立，张拳向冯”，竟试图对冯溥动武。冯溥毫不畏惧，从容驳道：“既然是公议，为什么不容许我再议呢？而且我说得对不对，自有皇上裁断，岂是你们能够擅自做主的！”
冯溥冒着得罪鳌拜集团，可能步苏纳海等人后尘的危险，毅然向康熙递呈奏疏。经过苏纳海案，康熙也提高了观察和分析问题的能力，他知道在与鳌拜集团打交道时，不但不能模棱两可，就是稍一犹豫，都会被对方找到空隙，因此看完奏疏后立即对冯溥表示支持。见康熙态度坚决，泰必图大为沮丧，“反交好于冯”。
孝庄同样受到很大触动，而她所受到的触动，又绝不止于鳌拜不睬其旨意这么简单。当初她和顺治在决定以辅政体制取代摄政体制时，为了对辅臣进行制约，以避免他们逾矩，曾制定协商一致原则，即要求辅臣个人不得单独谒见皇帝或太皇太后，亦不得擅自处理政务，凡事必须四人共同协商，一致同意。辅政期间，只要四位辅政大臣恪守协商一致原则，便没有超出规范，比如在汤若望案中，虽然孝庄对辅臣们的处理方式并不满意，但她也只是抓住机会保全汤若望等传教士而已，未对此案作更多干涉。
可是自圈换土地事件起，协商一致原则便在无形中被打破了，辅臣们已默认只要多数同意，就可启奏并决定重大问题，而再不必一致同意。这意味着辅臣间的权力平衡关系不复存在，而且以后随着辅臣各自权势、能量和地位的变动，势必还会继续形成相互结合或对立，直至出现个人操纵政局的擅权局面。
孝庄最为担心的就是这一点。不过她对此早有筹谋，康熙大婚，为什么独独选中赫舍里氏为皇后？就是相信赫舍里氏的爷爷索尼的实力和智慧，相信他可以让康熙在前进途中得到最大助力，如今辅臣体制出现危机，索尼不会看不出来，也绝不会置若罔闻，无动于衷。
御门听政
正如孝庄所预料的那样，作为康熙的岳祖父，索尼虽然因各种原因在苏纳海案中与鳌拜保持了一致，但事后也感到十分忧虑：鳌拜权势日张，与苏克萨哈水火不容，而遏必隆又一味附和于鳌拜。自己年老多病，时日无多，如果有一天不在人世，还有谁能遏制鳌拜的势力？辅政机制岂不成了鳌拜的一言堂？
1667年，康熙十四岁，索尼策动“三辅臣”与他共同上书康熙，请其按照顺治十四岁亲政的先例实行亲政。归政虽不是鳌拜的本意，但迫于舆论和索尼的压力，却不能公开表示反对，只能跟着一道上书，至于苏克萨哈、遏必隆，则更无理由不参与奏请了。
康熙收到奏疏后，担心时机还不成熟，怕自己“年尚幼冲，天下事务殷繁，未能料理”，同时考虑索尼在辅臣中尚能起到牵制鳌拜的作用，因此提出要“四大臣”继续辅政数年。此后尽管索尼等人仍屡行陈奏，但康熙只将奏疏“留中不发”。
索尼确实可以牵制鳌拜，有他在，鳌拜再能蹦跶也很难跳到天上去。可惜的是仅仅几个月后，索尼就不幸病逝了，索尼一死，鳌拜更加张狂，他甚至自我提升，以首席辅臣自诩。内弘文院侍读熊赐履遵旨上条奏，指出有人急功近利，“趋目前尺寸之利以便其私，而不知无穷之弊已潜倚暗伏于其中”。鳌拜见疏后像被打到七寸的蛇一样跳起来，大叫着说：“这是在参劾我！”他要求对熊赐履予以治罪，同时让康熙下旨禁止言官上书。康熙立即毫不客气地驳斥道：“他（指熊赐履）自陈国家事，与你何干？”
眼看辅臣机制的负面作用越来越大，康熙遂以辅臣多次奏请为由，率辅臣一同去向孝庄请示亲政事宜。
实事求是地说，在辅政期内，包括鳌拜在内的几位辅臣作用还是很大的，没有他们，在幼帝登基的情况下，政局不可能保持基本稳定。孝庄很清楚这一点，所以她既希望康熙能够早日亲政，但又觉得康熙终究还是太小，怕欲速而不达，于是对三位辅臣说：“皇帝尚年幼，如果你们都谢政，把天下事交给皇帝，皇帝恐怕不能独自料理，是否缓一两年再说？”
鳌拜并不肯轻易放弃既得权力，只是康熙亲政已是大势所趋，他无法逆潮流而动罢了，现在发现孝庄对康熙亲政不大放心，就赶紧抓住机会表态：“皇上躬亲万机，臣等仍行佐理。”也就是请求在康熙亲政后，继续保留辅政体制。
一方面是感到康熙年幼，仍需鳌拜等人辅佐，另一方面，鳌拜以往所为，也尚在孝庄可以宽恕和容忍的限度之内，其貌似诚恳的态度更给孝庄制造出一种假象，让她认为鳌拜在康熙亲政后会改弦更张，不至于再像辅政期内那样肆意妄为。在这种情况下，她表示鳌拜提出的方案两全其美，作为过渡未尝不可，于是当即表示赞成，命礼部择吉日为康熙举行亲政大典。
1667年8月25日，农历七月初七，亲政大典如期举行。这一天，康熙头戴皇冠，身着龙袍，至太和殿接受王以下的庆贺礼，同时“布告天下，咸使闻知”。
当年顺治在亲政时，定于初五、十五、二十五日三天在太和殿视朝，平时则不定期到乾清门（乾清宫的正门，离皇帝所居内廷最近的正门）听理政务。大典一结束，康熙便立即前往乾清门听政，直接与政府官员见面，嗣后他打破父亲上朝的规矩，“每日听政，必御正门”，且寒暑无间，风雨无阻，这就是“御门听政”。
辅政时期，奏章总要拖到次日才能处理，汉大学士又均不入值，只有辅臣等少数几个人在内廷议定朝政。康熙如此热衷于御门听政，就是要改变这些弊病，以便尽可能及时发现和制止鳌拜等人的专权越轨行为。
亲政后的康熙经过前期的磨炼，在观察问题或处理政务方面，都有了一定的主见和能力。盛京缺一个兵部侍郎，朝廷一再更换人选，不到十天已奉旨三易其人。冯溥上疏称：“朝廷处理国事，在没有正式下旨前就应当慎重，不应该在下旨之后再随便改动。”鳌拜党羽、大学士班布尔善把冯溥的奏章压下不发，康熙知道后专门把冯溥的奏疏要过去仔细阅读，看后认为他说得很对，遂命相关部门予以采纳。
对于鳌拜本人，康熙在加以戒备的同时也毫不迁就。鳌拜企图主持起草皇帝亲政大赦诏书，借以捞取政治资本，康熙未予理睬，而是另用他人，密拟赦诏，“临期颁行”。又有一次，朝廷明令冯溥调任左都御史，内阁已有康熙批示的红本，调令的文件也已抄发，可是鳌拜仍力图取回改批。冯溥不同意，理直气壮地阻止说：“本章既批发，不便更改。”鳌拜大怒，欲加罪于冯溥，康熙连忙出面对冯溥表示支持，并且严肃地告诫鳌拜：“辅臣待人处事，理应详尽慎重。”
教导主子
亲政就意味着要收回辅臣代理国政之权，辅臣的政治地位则应由主导降至附从，康熙亲政后的一系列施政举动，也表明辅臣的权势确实已经出现动摇和下降。不过由于辅臣“仍行佐理”，所以他们的朝班班次仍然排在亲王之上，更重要的是，鳌拜并不想如孝庄所期待的那样，逐步向康熙交权以及体面退出。
在现实生活中，权力像是一根毁人不倦的魔杖，很少有人能在它的蛊惑下独善其身，如果一个人已被权力欲冲昏头脑，你要他马上停下来，几乎就等于要他的命。与此同时，依附于鳌拜的党羽都不愿失去自己的靠山，一直在旁边不停地煽风点火，这些因素都促使鳌拜不但不愿交权，反而擅权野心进一步膨胀。
康熙亲政之初，各地频频发生自然灾害。自然灾害就是所谓的灾异，汤若望案时北京发生大地震，尚可以怪到辅臣头上，如今皇帝已经亲政，便会被解释成是皇帝可能德行有失，所以上天才会给予惩罚。康熙为此忧心忡忡，左右之人尽知，鳌拜在宫中的耳目众多，探听到这一情况后，便以“商议启奏应行事宜”为名，直接对康熙进行施压。
索尼死后，苏克萨哈依次递补，排名第一。鳌拜为了利用他，假惺惺地对他进行拉拢，鼓动对方在自己的奏疏上署名，并且耸人听闻地说：“恐御前有奸恶之人暗害忠良，我等应将太祖、太宗所行事例敷陈。”
鳌苏之争早非一日，苏克萨哈知道鳌拜突然拉他“教导主子”绝非善意，所以不愿署名，即便鳌拜、遏必隆数次相邀，仍遭到他的坚决拒绝：“教导主子之处，谁有意见，各行陈奏，何必会同列名？”
在苏克萨哈死活不肯署名的情况下，鳌拜只好与遏必隆单独上疏。在奏疏中，他用强硬而又骄横的口吻，“教导”康熙应像太宗（皇太极）那样，凡有谕旨，不只给一人，而且必须让众臣同奏，不能允许某人单独秘密入奏。因为担心苏克萨哈密行启奏，他还特地提醒康熙，说若苏克萨哈真有此举，应指出查明，予以根绝。
辅政时期，辅臣固然可以自行决策，但皇帝亲政后，就必须变成辅助决策，也就是说，遇到任何事，辅臣都只能是奉召商议，最后决定权掌握在皇帝手中，鳌拜自己也知道，“皇上若召在何处，（我等）遵旨就在何处”。据此而言，康熙把谕旨交给谁，以及大臣是同奏还是单独密奏，都是皇帝该考虑的事，岂是他们辅臣所能干预的？
鳌拜对康熙的“教导”，表明他根本不愿改变原有辅政方式，不肯交出代行皇权的权力。实际情况也是这样，本来康熙亲政后，辅臣不应再有批阅奏疏之权，但平日里鳌拜仍与遏必隆商议：“皇上亲政后，所奏事件在何处批理？”
除了不愿交权，鳌拜还“教导”康熙要听得进劝谏之言，近善远恶。当然，他所说的劝谏之言绝不是熊赐履、冯溥等的言官之词，说穿了，其实就是要给康熙设置条条框框，以便进行控制。所谓“近善远恶”更是企图限制康熙与朝官们的广泛接触，把他变成没有独立思想的傀儡，以便达到其干预朝政，架空小皇帝的目的。
看完鳌拜、遏必隆共同署名的这份奏疏后，康熙未在上面加任何朱批，这表明他对鳌拜的言辞不仅不以为然，而且产生了厌恶和反感的情绪，之所以未加申斥，只是为了保证亲政初期的政局稳定罢了。
鳌拜碰了一鼻子灰，又羞又恼，便将一肚子邪火都集中到了苏克萨哈身上。在他看来，苏克萨哈拒绝在奏疏上署名，无异于将他们的矛盾暴露在了康熙面前，使他陷于被动，否则的话，康熙的态度也不至于如此强硬。
“教导主子”未遂事件成为鳌苏关系进一步恶化的显著标志，此后鳌拜便联合遏必隆和其余同党，不断对苏克萨哈进行排斥和打击。苏克萨哈的力量本来就不强，苏纳海案后，镶黄旗被鳌拜完全控制，正黄旗对鳌拜随声附和，而正白旗则遭到了严重削弱，在这种情况下，苏克萨哈根本无法与鳌拜进行正面抗衡，即便他在辅臣中的排名上升到第一，亦无济于事。
苏克萨哈的四个儿子都是内大臣，据说有相士看到他们，曾私下告诉别人：“苏公的这些儿子没有一个能够善终，苏公恐怕会有不测之祸啊！”其实就算不当面听相士这么说，苏克萨哈也已经有了朝不保夕之感，为免像苏纳海等人那样死于非命，他逐渐产生了隐退的想法，早在康熙亲政前便多次启奏孝庄，表示“夕归政于皇上，朝即具疏”辞去辅臣之职。
就在康熙亲政的第六天，苏克萨哈以身染重病为由，正式上疏恳请解职，并请求去遵化为顺治守陵。在给康熙的辞呈中，他一吐心中积郁，说如果能够如愿解职守陵，则“如线余生，得以生全”，暗示正是因为鳌拜过于专横，自己才不得不隐退，以避风险。
苏克萨哈辞职的更深一层用意，是试图以退为进，迫使鳌拜、遏必隆也相应辞职和交权，从而归政于康熙。这显然是争权失败后的一种“同归于尽”，因为索尼已死，如果苏克萨哈再隐退，四大臣只剩两大臣，辅政体制势必也需要取消。
一不做，二不休
苏克萨哈以为自己用心良苦，其实是干了一件愚蠢的事。
在政治权斗的领域，必要时缺乏勇气，不够坚决果断，一味想着后路，都是大忌，而这些在苏克萨哈身上都有着不同程度的体现。比如在苏纳海案中，他明明支持苏纳海等人，却因害怕引火烧身而只以沉默了事，倘若当康熙为苏纳海等人调解时，他能够勇敢地站出来，与鳌拜等人进行据理力争的辩论，则康熙就不致那么困窘，而苏纳海等人的结局也可能要好得多。
如今的“以退为进”也一样。康熙亲政后，孝庄让辅臣“仍行佐理”，自然是不希望辅臣们马上辞职不干，如果你苏克萨哈真的感到自己濒临绝境，想保护自己或是要倒逼鳌拜、遏必隆归政，就完全没必要把话说得那么隐晦，或者至少也应该在私底下跟孝庄和康熙提前交个底，通个气，让对方心里有数才行。
冒冒失失地弄个哑谜出来，效果往往只会适得其反。果然，康熙对苏克萨哈的处境及其用心并不十分清楚，见他突然奏请守陵，顿有措手不及之感，既不理解也很不满意，于是不但没有批准，还派了礼部侍郎米斯翰等人前去责问。
感到措手不及的还有鳌拜。苏克萨哈的辞呈触动了他的痛处，使其极为愤怒，而康熙对苏克萨哈的误会正好给他创造了机会，他立刻以“辅臣称旨”的名义，用皇帝的口气斥问苏克萨哈：“你奏请守陵，还说‘如线余生，得以生全’，不知道朕有什么地方逼迫了你？你在什么地方不得安生？为什么守陵就能得以安生呢？朕十分不解！”
鳌拜素来痛恨苏克萨哈不买他的账，早有陷害报复之心，他一不做，二不休，借康熙的权威，宣布捉拿苏克萨哈及其家属，交议政王大臣会议审理，同时被逮捕的还有苏克萨哈的族人、前锋统领白尔赫图以及侍卫额尔等。本来还有更多的人可能被牵连，幸亏苏克萨哈的妻子不像她丈夫，做事非常果断，一听到即将大难临头的消息，首先想到的就是“无遗祸举朝也”，将苏克萨哈平时和与别人来往的书信全部焚之一炬。
紧接着，鳌拜又召集遏必隆及大学士班布尔善、图海等人，连夜在遏必隆家的马圈内进行密谋，给苏克萨哈拼凑编造了二十四款大罪，颠倒黑白地说他辞职是“不念先帝遗诏，终其所守”，“不愿皇上亲政”，甚至苏克萨哈阅读过《洪武实录》，也被定为“欲效法洪武之罪”。
根据捏造的罪名，鳌拜向议政王大臣会议提议，拟将苏克萨哈一家及白尔赫图、额尔等全部予以处决，这一提议很快便在会议上得以顺利通过。后来有人认为天道好还，苏克萨哈被害乃是他背叛多尔衮的报应，虽是无稽之谈，但苏克萨哈当年的这一举动确实让他在宗室中名声扫地，以至于关键时候无人肯站出来替他说话。
通过决议后，众人前去向康熙奏报。康熙这才清醒过来，认识到鳌拜与苏克萨哈有私怨，他与同党借机对苏克萨哈罗织罪名，是要置其于死地。
议政王大臣会议也称“国议”， 它决定的事，通常连亲政的皇帝都不能不予以正视，所谓“诸王会议既定，虽至尊无如之何”。这对康熙造成了非常大的压力，他一边派近臣前去宽慰苏克萨哈，一边前往慈宁宫，将此事经过以及自己有意保护苏克萨哈的想法向孝庄进行报告，征求她的意见。
苏克萨哈在辅臣中多少能对鳌拜起到牵制作用，孝庄既不希望他辞职，当然也不愿意他被鳌拜杀掉，因此赞同康熙对苏克萨哈予以保护。在祖母的支持下，当鳌拜和诸王大臣集体上奏苏克萨哈案及其判断书时，康熙便“坚执不允所请”。
康熙到底还是年纪太小，经验不足，由于事发突然，情况紧急，他又再次犯下了与苏纳海案时一样的错误，即只是“未允所请”，不同意对苏克萨哈的拟罪，却没有坚决、明确地表示不应对其治罪。
康熙模棱两可的回答，助长了鳌拜的气焰，他竟然不顾君臣礼仪，捋起袖子，露出胳膊，气势汹汹地冲到康熙面前与之进行辩论，而且一连数日不肯罢休。
鳌拜的猛攻强逼使得事态急转直下。鳌拜党羽、安亲王岳乐跟着领衔启奏，继续把苏克萨哈往死里整，并当场揭发苏克萨哈曾对康熙有轻蔑之语。在他的推波助澜下，畏惧鳌拜的诸王大臣全都脱下帽子，“免冠叩头”，意思是宁冒着被摘乌纱帽之险，也坚决奏请杀掉苏克萨哈全家。
面对诸臣的跪请，少年天子惊慌失措，他从来没有见到过这么大的阵势，毫无心理准备，一时之间，整个人都变得恍惚起来。万不得已，他被迫做出让步，同意按原议处置，只将苏克萨哈的凌迟改为处斩。
相士的预言不幸得到了印证，苏克萨哈终于还是没能逃脱被杀身灭族的噩运。除他自己被害外，共被诛四子十二孙，他的儿媳因怀孕免死而被系于狱中，尔后分娩生下一个婴儿，可怜就连这个婴儿都未能幸免，仍旧被斩首于市！
隐忍
苏克萨哈案是继苏纳海案后，康熙朝的第二个大冤案，也是康熙亲政后的首个大冤案，被害人身份之高、人员受株连之广、结果之悲惨均令人震惊。
康熙即便一开始对苏克萨哈的请辞有误解，但也从不认为他该杀，问题就在于他作为皇帝，却根本无力保护苏克萨哈及其家族，即便他已经亲政。更让康熙感到痛心和难过的是，尽管他极不情愿，可还是被逼着下达了处决令，也就是说鳌拜实际是借他的手杀了苏克萨哈。此后，苏纳海案、苏克萨哈案便成了康熙的一块心病，虽逾数十载，但依然对此难以释怀，他在多个场合谈话时，都对“杀皇考章皇帝所遗一大臣全家”，表示“后悔莫及，殊甚愤恨”。
毫无疑问，康熙在苏克萨哈案中所受到的打击之大，刺激与伤害之深，还要远远超过苏纳海案，但这也成为他人生的一个重要分水岭。他开始明白，要做成一件事或者保护一个人，光凭良好愿望是不行的，还得更多地依赖自己的能力。
如果能力不够怎么办？祖母告诉他：隐忍！
孝庄在辅佐两代幼君的过程中，一共经历过三次大的危机。第一次是摄政期间的多尔衮随着其权势和地位的不断扩大提高，渐渐对摄政失去耐心，那时的情形看上去就算他不篡位，也会拥兵割据，从而引起清廷内部的大乱。第二次是董鄂妃去世后，顺治因伤心过度而看破红尘，打算传位于康亲王杰书。如果顺治当时真的这么做的话，也极可能引发内乱，甚而造成南方抗清力量与三藩的联合。
在这两次危机中，孝庄都采取了隐忍不发的态度：当她发现多尔衮的思想有所异动后，仍然只是限于扼制他的篡位或割据企图，此外不管多尔衮自称“叔父摄政王”还是“皇父摄政王”，都睁一只眼闭一只眼；对于一心想剃发出家的顺治，她虽然也恨铁不成钢，但未采取任何过激措施，除了对顺治严厉训斥，就是把顺治所信赖的高僧都发动起来，百般设法对其进行阻拦。
隐忍最终都换来了报偿，前者以多尔衮猝死而告终，后者以顺治放弃出家念头而结束。孝庄长袖善舞，弭大患于无形，不能不让人佩服她的老谋深算，应变得法。
鳌拜的专擅是第三次大危机。与苏纳海案后的形势相似，苏克萨哈案后，鳌拜再度成为最大的胜利者和获利者。在索尼已故，苏克萨哈被杀的情况下，四大辅臣中只剩下一个无足轻重、唯唯诺诺的遏必隆。遏必隆在辅臣中的排名本在鳌拜之前，为讨鳌拜欢心，遏必隆某日上朝时故意后退数步，俯首对鳌拜说：“我怎好上座。”鳌拜闻言微笑，随即大摇大摆地昂首走到了他的前面。鳌拜的党羽在列名启奏时，也索性将鳌拜的名字放到了遏必隆之前。
遏必隆畏惧鳌拜，甘居其后，事事听其摆布，其他王公大臣也大多不敢得罪鳌拜，凡事皆附和其意。鳌拜趁势在朝廷内外广植党羽，“文武百官，尽出伊门”，其中仅分据军政要职，把持要津的鳌拜集团成员即不下二十余人，连敬谨亲王兰布、安亲王岳乐、镇国公哈布萨等王公都唯其马首是瞻。
鳌拜的个人势力达到顶峰，基本上把持了朝政，“一切政事先于私家议定，然后施行，又将部院启奏官员带往私门商酌”，甚至“红本已发科抄，辅政大臣鳌拜取回改批”。法国传教士白晋记载道，“在他（康熙）十五六岁时，四位摄政王中最有势力的宰相（鳌拜），把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此任何人都没有勇气对他提出异议。”后来的史学家们往往将这一时期称为“鳌拜辅政时期”，究其原因，就是鳌拜已实质性独掌朝中大权。
当初孝庄和顺治用鳌拜等异姓大臣辅政，本意是要吸取顺治幼年时期多尔衮专权的教训，用来帮助和保护康熙，但谁也没有料到，“亲王多尔衮”虽然没有了，鳌拜却成了“权臣多尔衮”。解决这一危机最便捷的办法是让辅臣归政，然而苏克萨哈已以他全家人的鲜血表明，鳌拜短期内根本不可能自觉自愿地归政，而倘若在条件不允可的情况下强行这么做，轻者功败垂成，重者将“激生事端”，打蛇不成反被蛇咬，危及康熙的帝位乃至人身安全。
隐忍，只有继续隐忍，才能像在遭遇前两次危机时那样渡过难关。孝庄自己这么做，也同时把她的经验和策略传授给了小皇帝。苏克萨哈被害后，尽管康熙内心极度愤懑，但却授鳌拜为一等公，原有的二等公由其子那摩佛袭替。当年康熙只有十四岁，很难设想他一开始就能够拥有如此度量和政治智慧，清史研究者认为，这种做法必出自孝庄的授意。