一、宪兵之重建与整编
三十八年冬，国共之战军事失利，西南战局急转直下，整个大陆乃于共产党掌握，所有宪兵部队能安全转进来台者，仅有宪兵第十八团自蒙自空运来台，宪兵第1、3、7团及第17团之一部，自广州撤至海南岛转运来台，宪兵第九团自上海转进来台。三十九年三月一日，本部奉准在台北重组成立，部址设于台北市凉州街28号，将原台北市宝庆路7号之宪兵东南区指挥所同时撤销，其时张镇将军病逝台北，任命黄珍吾将军为宪兵司令，随即着手整编宪兵部队，除保留原驻台北之宪兵第4、8两团及转进来台之第7、9两团外，将宪兵第1、3两团合编为宪兵第1团，将宪兵第18团之一个营编为特务营，其余连同海南岛转进来台之宪兵第17团一部则编拨各团。经整编后，计有第1、4、7、8、9等5个宪兵团，及特务营、通讯队、军乐队、特高组等单位。五月，派驻定海配属舟山防卫部之宪兵第9团第2营转进来台。六月，奉准成立宪兵干部训练班，于台北三重埔，由司令黄珍吾将军兼班主任。此期间为安定台澎基地，进而整军，竭全力于检肃工作。同年三月一日，“总统”颁布宪兵勤务令。
二、宪兵之组织重建（民国三十九至七十年）
民国三十九年组织系统如（附表7.28），本部在台重建组成迄今已三十余年组织系统如（附表7.29），在此期间，为配合国军整建政策与任务需要，本部组织亦经多次调整充实，特就本部组织重建，简述于后。
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政治部。三十九年四月一日，政工部改制，初设一至五科，第一科组织、政训，第二科新闻，第三科监察，第四科保防，第五科民运。四十六年五月将各科改编为第一、二、三、四、五组，第一组心战，第二组政训，第三组监察，第四组保防，第五组民运及战地政务，另增设行政室，掌政战人事，军报社掌报刊发行。五十四年九月，政治部改称政治作战部，裁撤行政室，编并第一组，主管政战人事，政治作战、组织。六十二年七月，成立眷管组，以迄于今。
办公室。三十九年三月，司令部重组时成立，掌管文书事务，原设两个科。五十一年十二月裁撤科级编制。五十六年七月，编并为内部管理处。
总务处。三十九年三月，司令部重组时成立，初设一、二、三科，第一科交际庶务，第二科营缮管理及福利，第三科医务卫生。四十一年三月裁撤，业务划归办公室及补给处。五十一年十二月，复裁撤办公室两个科，成立总务处。五十六年七月，又裁撤编并为内部管理处。六十八年一月一日再改为总务处。
人事室。三十九年三月，司令部重组时成立，掌管本部人事。四十年三月扩编为人事处，设一、二两科，第一科官兵人事，第二科总核籍录。四十六年十二月，增编第三科，第一科人事政策，第二科人事运用、勤务，第三科人事资料。五十七年四月，裁撤科级编组。
参谋处。三十九年三月司令部重组时成立，分设三科，第一科绥靖作战，第二科编装、训练、研究发展，第三科交通、通信。四十年三月裁并警务处，业务移归警务处一、二、四科。
情报处。四十年三月成立，分设两科，第一科计划调查，第二科研究考核。四十一年三月，扩编为三科，第一科计划研判，第二科侦查，第三科资料编整，另设刑事实验所。四十三年七月，裁撤刑事实验所。五十二年七月，成立第四科掌外事安全。五十三年三月扩编为五个科，第一科情报，第二科侦防，第三科行政，第四科资料处理，第五科外事安全。五十四年七月再改为四个科。五十七年七月缩编为三个科。六十二年七月裁撤科级编组。同时以任务编组方式，区分为一、二、三室及刑事支援室、电算机室等单位。
警务处。三十九年三月，司令部重组时成立，初设三科，第一科计划调配，第二科情报，第三科勤务。四十年三月扩编为四个科，第一科兵力调配，第二科编装、训练，第三科勤务，第四科通信。五十五年四月，实施精简编组，裁撤联络室，其职掌编并警务处第四科。五十六年七月，裁撤第四科，其外事联络划归警一科，外事编译划归警三科。五十七年五月复将警一科外事联络，划归情报处第三科。六十一年一月一日再扩编为四个科：一科计划编装，二科作战，三科勤务，四科教育训练。
补给处。三十九年三月，司令部重组时成立，初设三科，第一科预算财务，第二科经理，第三科军械器材，另设修理所。四十一年三月编并为两科，第一科经理营缮，第二科军械器材，另附设医务所。四十二年三月，裁撤第一科，业务划归预算财务组。四十七年四月，裁撤科级编组，并改称后勤处。
主计处。四十二年四月，裁编补给处第一科，另设预算财务组。四十九年十一月，配合建立国军主计制度，扩编为主计处，掌管预算、会计、财务、统计、管理分析等业务。
军法处。三十九年三月，司令部重组时成立，初设两科，第一科侦查，第二科审判，并附看守所。五十五年四月，裁撤科级编组，各科定员改隶处部。五十七年四月，看守所长改为监狱官，编入军法处。
内部管理处。五十六年七月，由原办公室及总务处，合并改编为内部管理处，辖两科，第一科接办公室业务，第二科接总务处业务。五十七年四月，裁撤科级编组。六十八年再改为总务处。
联络组。四十二年三月，接受美援，配合美军顾问团宪兵顾问作业，成立外事联络组。五十二年四月，改称联络室。五十五年四月裁撤，其职掌及外事人员编组，编并警务处第四科。五十七年四月编并情报处。
研究发展室。五十二年四月成立，掌管研究发展业务。五十五年四月裁撤，业务划归办公室及宪兵学校职掌。
直属部队。
1.警卫连。五十五年五月，由裁撤宪兵216营第二连改编。五十一年四月裁撤编并为宪兵203团特勤连。
2.本部连：于四十一年三月成立勤务连，专责文书、缮印、传达、膳食管理，及清洁整理等任务。四十六年一月，扩编为三个排。六十八年改称本部连。
3.机车连。四十三年七月成立，担任特别警卫及外宾访华之引导随扈，初由裁编之特务营编成为宪兵机踏车队。五十九年一月，复由裁撤装甲车队、战车连员额中扩编为宪兵机车连。六十二年七月增编勤务巴士排。
4.装甲车队。该队原为装甲兵旅警卫中队，三十八年四月成立于上海。三十九年六月派第三分队，任士林官邸警卫。四十三年五月改编为独立装甲汽车排。四十七年七月改编为宪兵装甲车排。四十八年十一月改称宪兵装甲车队，担任士林官邸警卫，支援处理突发事件，及台北重大庆典军事演习之激机任务，五十九年一月裁编。
5.战车连。于五十六年九月，由台湾警备总部战车连改编，担任士林官邸警卫及庆典演习激机任务。五十九年一月裁编。
6.通信队。于三十九年三月司令部重组时成立，执行本部营区通信。四十六年六月，缩编为通信排隶属勤务连。五十三年五月，复扩编为通信队。
7.医务队。于五十一年二月，成立卫生队，就裁编宪兵201、202、203团医务所编成，支援宪训中心及地区部队医疗业务，与灾宪管制作业。六十九年三月扩编并改称医务队。
8.军犬队。该队原为宪兵学校警鸽训练班，三十五年八月成立。三十七年戡乱军事失利，将军犬分拨各团，先后散失，至五十二年三月，基于勤务需要及刑案侦破能力，由台湾警备总部拨军犬15只，成立军犬队，协力特别警卫及基地电台警备。现编配宪兵201指挥部服行警备勤务。
9.军乐队。于三十九年三月，司令部重组时成立。四十四年十月，扩编为乙种军乐队。
10.特务营。于三十九年四月，由转进来台之第十八团拨出三个连另一个排改编，辖宪兵连三，重兵器连一，通信排一，专责本部警卫。四十年三月裁撤第三连及通信排，拨交第1、8两团，通信队，干部训练班。四十三年七月，裁撤编并为警卫营及机踏车队。
11.警卫营。于四十三年七月，由特务营改编，辖三个连及机踏车队，专责本部警卫。四十五年三月裁撤，编为第201团第三营。
12.支援连。于六十九年成立，辖运输、补给、工程三个排，支援司令部后勤作业。
13.艺术工作队。于七十年四月成立，下设行政、演员、音乐三个组。
14.特种勤务队。六十六年十二月十二日奉令编成宪兵特种勤务队，初名安平计划宪兵战技队，实施为期六个月特种训练，于六十七年七月一日正式成立，辖三个区队，担任特种任务。
三、宪兵部队之配置配属双轨制度
宪兵配属军中制度沿自民国四十年七月，经陆海空军联席会报决议建立三军宪兵后，于四十一年六月实施宪兵配属三军制度，及宪兵团、营、连新编制，成立本部勤务连。由宪兵第1、4、7团开始配属陆军军、师级部队。七月，第一期配属军中宪兵制度开始，实行新编制，以各团第1、47连为军宪兵连，配属军级单位服务，营部兼军部宪兵组业务，其余各连为师宪兵连，配属各军所属之各师级单位服务，连部兼师部宪兵组业务，团属特务连撤销，另成立警卫排，宪兵第1团团部配属于台湾南部防守司令部服务，宪兵第四团团部仍驻台中督导训练，宪兵第7团团部配属于台湾北部防守区司令部服务。七月，重新调整配置宪兵为基隆、台北、新竹、台中、台南、高雄6个队，连同嘉义、苗栗、凤山、彰化、台东、屏东、宜兰、花莲、澎湖、金门等10个宪兵队，除澎湖、金门由配属军中单位之宪兵担任外，余则分别由宪兵第8、9两团服行地区配置之宪兵队勤务，及各军总司令部宪兵联络组。十月七日，本部厘订统一建立三军宪兵方案，复经于四十二年七月一日，在宪兵学校复校典礼时，再经国防部参谋总长周至柔上将指示：“建立陆海空三军统一之宪兵。”同年七月“国防部”参谋会报决议：“建立三军宪兵”之原则，经本部复拟方案呈核，始于同年九月二十五日，奉“国防部”（42）编缮字第0619号令转奉“总统”核定“建立陆海空三军宪兵方案”，十月十三日，本部又再拟呈“建立三军宪兵干部召训办法及预算”，并拟定“三军宪兵甄选办法”，送请“国防部”第五厅参办，并全力推进三军宪兵之建立，有关勤务制度之规划，干部之储备，兵源之选拔训练，均限期完成。及与陆军总司令部完成对配属宪兵有关协定后，始又拟定建立三军宪兵编组概要，人数统计，于同年十二月开始第一期配属，四十三年五月完成陆军第一、二军团宪兵第1、7两团之全部编配，各团扩编为5个营24个连，并成立国防部及陆、海、空、勤各总部宪兵独立第1、2、3、7、11共5个营。四十四年十一月完成第二期配属，四十五年三月一日成立陆军总部，及军团、军、师宪兵处、组、编制，及其预备第1～9共9个师宪兵连，始撤销军中宪兵团番号，改编为独立营、连，由本部统一赋予番号完成第三期之配属，至此宪兵配置与配属双轨制度方完全建立。
四、宪兵部队之编制整建
本部自四十五年至七十一年间，宪兵部队在复兴基地，30余年来，经先后多次整编，使宪兵兵力已达6个地区指挥部，52个独立宪兵营，24个独立宪兵连，13个独立宪兵排，9个直属连队，21个调查组，4个特种车辆连，6个重兵器连，官兵编制员额达2.5万余人，对配合国策，遂行反攻复国任务，确以奠定坚实基础。兹将此段时期宪兵指挥部成立及编组，靖安案改编情形分述如后。
（一）宪兵指挥部成立及编组
1.宪兵201指挥部。五十七年三月一日，基于特别警卫及警备治安需要成立富山警备区指挥部，初由本部副司令杨显涵将军兼指挥官，负责编组，专责福山地区警备治安作战与特别警卫任务，后派本部副参谋长何承先将军兼任指挥官，五十九年三月一日，改编成立宪兵201指挥部。
2.宪兵202指挥部。于五十一年四月，由第216营及201、202团第4营，宪讯中心拨入员额编成宪兵第203团。至五十九年一月撤销团番号，改编为202指挥部。现驻台北兼员台北宪兵队及博爱警备区任务，六十九年六月一日增编后勤，预财组，七十年四月后成立兵器连，特种车辆连。
3.宪兵203指挥部。于四十五年三月一日，由第八团更改番号为第201团，至五十九年一月，撤销团番号，改编为203指挥部，六十六年九月扩编为少将编阶指挥部，六十九年六月增编后勤，预财组，七十年四月成立兵器连，现驻台中兼员台中宪兵队任务。
4.宪兵204指挥部。于四十五年三月一日，由第9团更改番号为第202团，至五十九年一月，撤销团番号，改编为204指挥部，六十八年九月扩编为少将编阶指挥部，六十九年六月增编后勤，预财组，七十年四月成立兵器连，特种车辆连，现驻高雄兼员高雄宪兵队任务。
5.宪兵205指挥部。六十八年八月一日，由特战第24总队改编成立，驻桃园中兴营区，担任警备治安任务，兵器连、特车连比照其他指挥部同时编成。
6.宪兵206指挥部。于六十九年三月一日，由陆军独立第53旅改编成立，驻台中清泉岗硬汉营区，担任警备治安任务，兵器连、特车连比照其他指挥部同时编成。
（二）靖安案改编情形（六十八年）
陆军特战24总队改编为宪兵205指挥部
陆军特战242大队改编为宪兵311营。
陆军特战424大队改编为宪兵312营。
陆军特战243大队改编为宪兵312营。
陆军特战312大队改编为宪兵314营。
陆军特战31总队部改编为宪兵315营。
陆军特战313大队改编为宪兵316营。
陆军特战314大队改编为宪兵317营。
陆军特战31总队各大队余额改编为宪兵318营。
陆军特战42总队部改编为宪兵319营。
陆军特战423大队部改编为宪兵320营。
陆军特战422大队部改编为宪兵320营。
陆军特战244大队部改编为宪兵322营。
陆军特战421大队部改编为宪兵323营。
陆军特战241大队部改编为宪兵324营。
陆军特战311大队部改编为宪兵325营。
陆军特战42总队各大队余额改编为宪兵326营。
（三）靖安三号改编情形（六十九年）
陆军独立第53旅改编为宪兵206指挥部
陆军独立第53旅空降步兵第七营改编为宪兵324营。
陆军独立第53旅空降步兵第八营改编为宪兵328营。
陆军独立第53旅空降步兵第九营改编为宪兵329营。
陆军独立第53旅空降炮兵营改编为宪兵330营。
陆军独立第53旅搜索连、工兵连改编为宪兵331营。
陆军独立第53旅勤务支援连及各营余额改编为宪兵332营。
五、宪兵之教育及发展
（一）宪兵学校编组
三十九年三月一日本部在台重组成立，同年六月一日奉准成立宪兵干部训练班，设教务、总务两组，政治处，下辖学员、军官、军士3个队，由前司令黄珍吾将军兼任班主任。四十年增设外事、特高军官、通信、初级储备干部等4个队。四十一年又增设人经班、警训班、刑事队。四十二年七月一日奉准恢复宪兵学校，由本部参谋长吴志勋将军任复校首任校长，设政治、教育、行政3处，编制教职员50员。四十三年扩编政治部、研究室、联络组、班队指挥部，实施三军宪兵教育，并增设海、空军副教育长各一员，下辖高、初级班、士官班、特业班。四十五年增设预财室。四十八年修编官长160员，士官兵141员。四十九年增设副校长。五十一年增设陆军副教育长，五十三年精简为官长152员，士官兵133员，其教育之实施，除于四十四年十月增设教官1～5组隶属于教育处外，并发展为1～6个队，第1队高、初级班，第2队预官班，第3队战技外事、刑调、通信、监狱等5个班，第4队专修学生班，第5队常备士官班，第6队预备士官班。五十五年四月成立总教官室，辖教官1～5个组，五十七年八月再缩编为官长133员，士官兵120员，五十九年五月该校由原台北县三重埔迁建台北县五股新校址，六十年七月复再精简官士20员改列为聘雇，六十四年至六十八年之间，复将原有班队，扩编1～13队，以两个队代训警察干部。
（二）宪兵训练中心编组
本部在台重组成立后，深感新兵之训辅，须有专设机构以司其事，乃于四十五年九月就原宪兵第9团第一营为基干，编组成立新兵训练大队，初以营长蒋德大兼大队长，训练衡山案转科宪兵。四十七年二月更名为宪兵部队训练指挥部，改隶宪兵学校指挥，由该校班队指挥官兼负其责，十月又奉准成立宪兵新兵训练大队，由郭宗上校兼大队长，下辖六个中队，由宪兵201、202团各抽调一连担任训练任务。五十年五月扩编成立宪兵训练中心，由何承先上校任首任指挥官，辖训练、行政两组及政治处，3个训练连。五十三年八月扩编为9个训练连，并设教练官。五十六年五月各训练连由四排改三排制。六十二年底，因其训辅兵员增加，共扩编为15个训练连。六十四年七月一日，因其训辅兵员增加，再扩编3个新兵训练营营部，一个勤务支援排。六十八年七月三十一日，再增编第4营及18、19、20、21、22，5个连干部。六十九年三月一日再次增编23、24两个连干部。宪兵训练中心原设立于台北市新生南路，五十三年五月迁址于台北县泰山乡，继因增加编制，扩大容量，于七十一年在台北县林口乡扩建营舍，于七十二年秋季迁入。