20世纪80年代，政府义务教育公共投资严重不足，导致了教育经费的严重紧缺。同时义务教育公共投资分担主体的重心过低，农村义务教育财政管理体制运转不灵，导致农村许多地区特别是国家级与省级贫困县的义务教育举步维艰，处于缺少政府足够财力保障的境况之中。
财政性教育经费从20世纪90年代中期后逐步走出低谷，呈现逐年上升的良好态势。国家对义务教育的投入大幅度增加，基本上形成了以财政拨款为主、多渠道筹措教育经费的投入体制。特别是从1998年开始，连续5年，中央财政支出中教育经费所占比例每年提高一个百分点，地方财政也相应地加大了教育投入力度。为落实“科教兴国”战略，帮助贫困地区加快普及义务教育，促进当地人民群众脱贫致富，在党中央、国务院的关怀下，1995年至2000年，教育部（原国家教委）、财政部联合组织实施了第一期“国家贫困地区义务教育工程”。中央财政投入39亿元，地方财政配套87亿元，共计126亿元。一期“工程”实施范围集中在22个省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团的852个贫困县，其中“八七”扶贫攻坚计划确定的国家级贫困县有568个。到2000年年底，一期“工程”圆满结束，完成了各项任务，实现了规划目标。但到2000年年底一期“工程”结束，全国尚未“普九”的县（旗、团场）还有522个，其中，315个国家级贫困县85%以上在西部地区。覆盖大约1.24亿人口，其中少数民族人口0.49亿。为此，党中央、国务院决定，“十五”期间继续实施第二期“工程”，以帮助贫困地区实现普及义务教育的目标。中央专款的分配向西部地区倾斜，为西部地区安排的资金占中央专款的90%以上。二期“工程”把校舍改造和建设继续作为重点的同时，加大了师资培训的力度，新增了免费提供教科书、配置信息技术教育设备等项目。按照规划，522个项目县共新建、改扩建中小学9827所；培训教师约46.7万人次，其中学历达标培训8.3万人；添置仪器设备3.76万台套，购置课桌凳210万套，新增图书资料2400万册；为60000多所农村中小学配备远程教育接收设备。二期“工程”的实施，使我国贫困地区基础教育办学条件得到较大改观，师资水平和教学质量得到进一步提高。
2005年年底，国务院决定将农村义务教育全面纳入国家财政保障范围。按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的原则，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障新机制，在全国农村普遍实行免除学杂费的义务教育，提高农村义务教育阶段中小学公用经费保障水平，建立农村中小学校舍维修改造投入机制，完善农村中小学教师工资经费保障机制。这项改革2006年首先在西部地区农村实施，2007年在全国农村地区全面展开。建立农村义务教育经费保障新机制，是我国教育发展史上又一个重要里程碑，对于促进教育公平、提高全民族素质产生了重要而深远的影响。
经费投入增加，使教学设施达标率显著提高，中小学危房改造工程成效显著，各地办学条件总体得到明显改善。据《2007年全国教育事业发展统计公报》的数据，到2007年，全国普通中小学校舍建筑面积135320万平方米，比上年增加2210.5万平方米。小学体育运动场（馆）面积达标校数的比例为55.24%，体育器械配备达标校数的比例为49.35%，音乐器械配备达标校数的比例为44.68%，美术器械配备达标校数的比例为43.12%，数学自然实验仪器达标校数的比例为54.27%。普通初中体育运动场（馆）面积达标校数的比例为69.23%，体育器械配备达标校数的比例为66.4%，音乐器械配备达标校数的比例为59.34%，美术器械配备达标校数的比例为58.04%，理科实验仪器达标校数的比例为73.54%。各项指标均比上年有所提高。
针对农村地区普九欠债长期困扰政府正常办学的问题，国务院开始了清理化解农村义务教育普九欠债的试点工作。决定从2007年12月起，用两年左右的时间，基本完成普九债务的还款工作。同时，针对媒体上不断报道的农村中小学卫生安全事故屡有发生的情况，启动了“新农村卫生新校园建设”工程，一揽子解决农村中小学卫生和饮水难的问题。
“让所有孩子都能上得起学，上好学”，是中国政府推进教育公平的坚定承诺。在义务教育阶段，城乡孩子应该平等享有接受教育的权利。为此，2008年春天，我国在16个省份和5个计划单列市进行免除城市义务教育学杂费试点。据统计，在这项试点工作中，共有1702万名城市义务教育阶段学生免除了学杂费，占全国城市义务教育阶段学生总数的60%。中国的义务教育在新的起点上做出了让民众满意的新成绩。2008年秋季学期起，免除城市义务教育阶段学杂费在全国范围内实施，惠及全国2.59万所城市中小学的2821万学生。据《2008年全国教育事业发展统计公报》的数据，2008年，全国教育经费为14500.74亿元，比上年增长19.37%。其中，国家财政性教育经费（包括国家财政预算内教育经费、各级政府征收用于教育的税费、企业办学中的企业拨款、校办产业和社会服务收入用于教育的经费）为10449.63亿元，比上年增长26.20%。普通中小学校办学条件进一步改善。全国普通中小学校舍建筑面积136521.37万平方米。小学体育运动场（馆）面积达标校数的比例为55.88%，体育器械配备达标校数的比例为50.61%，音乐器械配备达标校数的比例为46.31%，美术器械配备达标校数的比例为44.97%，数学自然实验仪器配备达标校数的比例为54.70%。普通初中体育运动场（馆）面积达标校数的比例为69.3%，体育器械配备达标校数的比例为66.9%，音乐器械配备达标校数的比例为60.27%，美术器械配备达标校数的比例为59.15%，理科实验仪器配备达标校数的比例为73.51%。
2009年全国共落实农村义务教育经费保障资金1108亿元（其中，中央财政落实609亿元，占55%；地方财政落实499亿元，占45%），其中公用经费资金613亿元，补助家庭经济困难寄宿生生活费资金94亿元，校舍维修改造长效机制资金217亿元，免费教科书资金161亿元等。2009年共落实城市免杂费相关经费268亿元（中央财政落实52亿元，地方财政落实216亿元），主要包括免除学杂费补助资金75亿元，免除教科书、提高公共经费补助水平和校舍维修改造长效机制等资金173亿元。《国务院关于深化农村义务教育经费保障机制改革的通知》指出，国家统一义务教育学校公用经费基准定额，各省（自治区、直辖市）制定的生均公用经费基本标准低于基准定额的差额部分，当年安排50%，所需资金由中央财政和地方财政按照免学杂费的分担比例共同承担。
为贯彻落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》，进一步规范和拓宽财政性教育经费筹资渠道，支持地方教育事业发展，2010年印发的《财政部关于统一地方教育附加政策有关问题的通知》要求：统一开征地方教育附加；统一地方教育附加征收标准；各省、自治区、直辖市财政部门要严格按照《教育法》规定和财政部批复意见，采取有效措施，切实加强地方教育附加征收使用管理，确保基金应收尽收，专项用于发展教育事业；凡未经财政部或国务院批准，擅自多征、减征、缓征、停征，或者侵占、截留、挪用地方教育附加的，要依照《财政违法行为处罚处分条例》和《违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》追究责任人的行政责任，构成犯罪的，依法追究刑事责任。由此可见，国家通过规范和拓宽义务教育经费渠道，更好地促进义务教育的发展。
《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》明确提出，到2012年实现国家财政性教育经费支出占国内生产总值比例达到4%的目标。之后，政府通过统一内外资企业和个人教育费附加制度、全面开征地方教育附加、从土地出让收益中按比例计提教育资金等方式拓宽经费来源渠道，多方筹集财政性教育经费。据财政部发布的《2012年中央财政支持教育发展情况》指出，中央和地方各级财政坚持加大投入与加强管理并重，不断完善体制机制，2012年全年全国财政性教育经费支出达2.2万亿元，实现了国家财政性教育经费支出占国内生产总值比例达4%的目标。其中，中央财政教育支出3781亿元，比2011年增长15.7%。在促进义务教育均衡发展方面，2012年，中央财政安排农村义务教育经费保障机制改革资金865.4亿元，全国约1.2亿名学生享受免学杂费和免费教科书政策，中西部地区约1333万名家庭经济困难寄宿生获得资助，进一步提高中西部地区农村中小学校舍维修改造单位面积补助标准。同时，中央财政安排补助资金82亿元，继续对已免除城市义务教育阶段学生学杂费的地方以及进城务工人员随迁子女接受义务教育问题解决较好的地方给予奖励支持。中央财政安排“特岗计划”资金45亿元，实施范围扩大到集中连片特困地区，中央财政工资性补助标准达到西部地区年人均2.7万元、中部地区年人均2.4万元。同时，将中西部地区农村幼儿教师培训纳入“中小学教师国家级培训计划”，安排中小学教师国家级培训计划资金13亿元，提升中小学师资队伍水平。中央财政安排180.14亿元，为农村薄弱学校配置图书、多媒体远程教学设备等，支持“农村义务教育学生营养改善计划”国家试点地区农村学校改善就餐条件或配备必要的餐饮设施，支持农村寄宿制学校学生附属生活设施建设，支持县镇学校扩容改造。同时，继续安排“全国中小学校舍安全工程”建设资金20亿元，安排营养膳食补助资金150.5亿元。
2013年，我国义务教育进入均衡发展的新时期。为改善农村义务教育薄弱学校教学和生活条件，提高农村教育质量，促进义务教育均衡发展，2013年，中央财政累计下拨农村义务教育薄弱学校改造计划补助资金207亿元，用于支持农村义务教育薄弱学校改善基本办学条件，包括教学装备类项目和校舍改造类项目。2013年，教育部、国家发展改革委、财政部印发《关于全面改善贫困地区义务教育薄弱学校基本办学条件的意见》，要求从2014年开始，通过完善农村义务教育经费保障机制、加大财政投入，优化财政支出结构，最大限度地向贫困地区义务教育倾斜，适当调整薄弱学校改造计划、继续实施初中改造工程等措施，加大项目统筹与经费投入力度，在3至5年内，聚焦贫困地区义务教育薄弱学校，全面改善基本办学条件，深入推进义务教育学校标准化建设，整体提升义务教育发展水平。为此，从2014年起，中央财政对农村义务教育薄弱学校改造计划进行适当调整，并加大了投入力度，安排310亿元补助资金支持贫困地区义务教育薄弱学校改善基本办学条件，比2013年增长近50%。中央财政下达了2014年农村义务教育学生营养改善计划专项资金162亿元，比2013年增加了5亿元，增长了3.2%，其中，安排集中连片特困地区国家试点补助资金130亿元，安排地方试点中央奖补资金32亿元。同时，对于城市义务教育，2014年，中央财政进一步加大了投入力度，安排城市义务教育补助经费130.4亿元，比2013年增加约10.1亿元，增长8.35%。
为了解决城乡义务教育经费保障机制有关政策不统一、资源配置不够均衡、综合改革有待深化等问题，2014年，中央财政在继续对各地实施城市免学杂费政策给予奖励性补助的基础上，依托全国学生学籍管理信息系统在分配进城务工人员随迁子女接受义务教育中央奖励资金时，研究部分教育经费跨省域可携带性问题，将流出地公用经费中央补助资金转移支付到流入地，以支持流入地政府按基本教育公共服务均等化原则，解决进城务工人员随迁子女接受义务教育问题，有效提高了经费分配的准确性和针对性。
2015年11月，国务院印发了《关于进一步完善城乡义务教育经费保障机制的通知》，按照“坚持完善机制、城乡一体；坚持加大投入、突出重点；坚持创新管理、推进改革；坚持分步实施、有序推进”的总体要求，首次提出建立统一的城乡义务教育经费保障机制，明确从2016年春季学期开始，国家统一确定生均公用经费基准定额；从2017年春季学期开始，统一对城乡义务教育学生（含民办学校学生）免除学杂费、免费提供教科书、补助家庭经济困难寄宿生生活费。新政策中强调：一是统一城乡义务教育“两免一补”政策，原来农村学生享受“两免一补”，城市学生只免学杂费、对低保家庭学生免费提供教科书和对家庭经济困难寄宿生补助生活费的政策，调整为对城乡义务教育学生全部实行“两免一补”政策，至此，我国已对所有义务教育阶段学生实行免费义务教育，标志着我国实现了真正意义上的免费义务教育；二是统一城乡义务教育学校生均公用经费基准定额，2016年全国义务教育学校生均公用经费基准定额为：中西部地区小学每生每年600元、初中800元，东部地区小学每生每年650元、初中850元。将中央对农村和城市实行不同的经费分担机制，即中央只分担农村义务教育经费，城市义务教育经费由地方负责、中央适当奖补，调整为中央和地方对城乡义务教育实行统一的分项目、按比例分担的机制。具体来讲，国家规定课程免费教科书资金由中央全额承担，地方课程由地方承担；家庭经济困难寄宿生生活费补助资金由中央和地方按照5∶5比例分担，贫困面由各省（区、市）重新确认并报财政部、教育部核定；落实生均公用经费基准定额所需资金由中央和地方按比例分担，西部地区及中部地区比照实施西部大开发政策的县（市、区）为8∶2，中部其他地区为6∶4，东部地区为5∶5。
据财政部2017年5月发布的《中央财政下达城乡义务教育经费保障机制预算1170亿元》指出，按照《国务院关于进一步完善城乡义务教育经费保障机制的通知》部署，统一城乡义务教育经费保障机制改革分两步走。第一步：从2016年春季学期起，统一城乡义务教育学校生均公用经费基准定额；第二步：从2017年春季学期起，统一城乡义务教育学生“两免一补”政策，实现相关教育经费随学生流动可携带。为确保实现国务院第二步改革目标，中央财政下达城乡义务教育经费保障机制预算1170亿元，比2016年增加约70亿元，增长6.4%，要求各地在继续落实好农村学生“两免一补”和城市学生免除学杂费政策的同时，向城市学生免费提供教科书并推行部分教科书循环使用制度，对城市家庭经济困难寄宿生给予生活费补助。政策的实施使全国1.43亿城乡义务教育学生获得免费教科书，1377万城乡家庭经济困难寄宿生获得生活费补助，约1400万进城务工人员随迁子女实现“两免一补”和生均公用经费基准定额资金可携带。中央财政补助资金分配重点向中西部农村地区倾斜，从城乡看，中央财政安排的保障机制资金农村占82%，城市占18%；从区域看，中西部地区占77%，东部地区占23%。
21世纪以来，农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，对于我国义务教育发展无疑具有重要意义。尤其是建立城乡统一、重在农村的义务教育经费保障机制，无疑是推动我国城乡义务教育发展一体化的重大体制机制创新，对于促进我国义务教育健康发展具有重要的意义。