第二年，即明弘治十三年（1500年），二十九岁的王守仁在完成督筑威宁伯王越墓后，实习期满，被分配到刑部云南清吏司担任六品主事。
这个岗位不需要他去云南，而是留在京城，主要是审核云南报上来的有关刑案卷宗文书。当时云南是刑事案件多发地区，王守仁感到刑部的工作相当繁重。刑部的官员们不仅要熟悉大明律法，还时常需要面对礼与法、情与理的权衡与考量，而这也正是一个渴望成为圣贤的人所必须通晓的内容。
王守仁开始时还认为自己有了用武之地。一段时间后，他突然感觉到很累，这种累是身心俱疲。官场中人往往会把一件非常简单的事搞得极其复杂。在处理公事之外，王守仁还要在官场交际上煞费苦心。他抱怨说，官场中纷扰杂沓，根本就不是自己想做事就能做成的。一份本已证据确凿的案件，递到上级那里，却被打回，原因自然是有人收了案件当事人的贿赂；而有的案件，呈递上去却杳如黄鹤。
在负责提牢时，王守仁有一次去巡视牢狱，发现那些囚犯都以米糠为食，而朝廷拨给囚犯的口粮竟被狱卒私下用来喂猪。王守仁非常愤慨，当即召集狱吏训话：“朝廷有好生之德，即便是囚徒，也拨给米粮布被，使其不致受冻挨饿。囚犯也是人，你们却待其不如猪犬，夺食以喂猪，率兽以吃人，为朝廷招怨，你们是猪犬不如！”
作为一个有抱负有担当的官场新人，王守仁不知道自己做的工作是否有意义，是否还要坚持下去。
明弘治十四年（1501年）的一天，上司派王守仁去南直隶、淮安府，会同当地巡按御史审查囚狱案件。于是，王守仁作为中央刑部特派员上路了。
这是王守仁第一次去淮安。这座名城位于淮河与大运河的交汇处，战略位置十分重要。王守仁到了那里，通过查阅卷宗，提审人犯，走访证人，得知这些重囚大多是秋后问斩的死刑犯。王守仁发现一些死囚十恶不赦，的确该杀，但也有一些是在严刑拷打下被迫认罪的；还有一些早该被处决，因为花了大量钱财买了命，在等待出狱的机会……他认真清理了一批明显有冤情的案件，并予以平反昭雪。
在完成公事之余，他还攀登了九华山。时年三十岁的王守仁从池州出发，曾在五溪行馆停留，题诗于望华亭；至柯村歇息，宿无相寺，还留下了诗篇《夜宿无相寺》：
春宵卧无相，月照五溪花。掬水洗双眼，披云看九华。
岩头金佛国，树杪谪仙家。仿佛闻笙鹤，青天落绛霞。
此次，王守仁在公务闲暇之余，寄情于九华山水。在灵山秀水、佛国烟霞的美景中，他诗兴大发，写下了《九华山赋》与其他二十余首诗篇。他在《九华山赋》中感慨人生如梦，荣华富贵犹如木槿之花，朝荣夕逝。他慨叹自己虽然有几分雄杰之质，也没有被世俗之情所迷惑，但仍一无所获，所以真心羡慕道家神仙超脱尘世的境界。
王守仁到九华山游览消遣，实际上也是因为对官场很多事心生厌倦。“却怀刘项当年事，不及山中一着棋。”那些伟大的光辉事业毫无意义，还不如在深山中下盘棋舒坦。
王守仁自幼就对道家理论充满好奇和莫大兴趣，此时听说九华山有个叫“蔡蓬头”的道士精通道家养生之术，便四处探访求教。
这位蔡蓬头因为长年累月蓬头垢面而得名。他在九华山的山洞里居住多年，精通炼丹术。他常向山下寺庙的和尚要吃的。和尚如果脸色稍有不满，蔡蓬头立即怒目而视，转身就走。和尚急忙追上去道歉赔礼，恭敬地送上热腾腾的饭，这蔡蓬头才原谅和尚。
王守仁一听此人行事，当即叹为奇人，一心想去拜访，当面求教道家精义。道家清修之地，总是在僻静难寻之处，为的就是不会轻易被人打扰。王守仁找了许久，才找到蔡蓬头的居所。
这位道长居所极为简陋。阴暗潮湿的环境里，蔡道长正在打坐，知道王守仁前来拜访也不理睬。王守仁毕恭毕敬地等在一旁，道长却只想尽快把这位不速之客打发走，干脆不理他，打坐之后竟到后面烤火去了。
但是没想到王守仁不仅不离开，反而紧跟在道长身后请教长生之术。蔡蓬头被王守仁黏得实在是没办法了，便说出“尚未”两个字，那意思大概是说时机还没有成熟。王守仁以为蔡蓬头是怕人多嘴杂泄露了天机，便让随从离开，一个人跟着蔡蓬头到了后厅接着拜请。不料，蔡蓬头扔给他的还是那两个字：“尚未。”
王守仁坚持请他讲讲。蔡蓬头忍不住哈哈大笑，说：“虽然你对我这臭烘烘的道士显得谦恭有礼，终究还是一副官相啊！”
王守仁悚然一惊：这蔡蓬头虽是冷嘲热讽，却是一语道破天机。自己热衷于圣贤之道，积极用世，渴望建功立业，这不是红尘中人的“官相”是什么？他虽极力谦虚求教，却总是显出降尊纡贵、礼贤下士的姿态。蔡蓬头这位民间道士对此是十分敏感的，立刻感受到了这种“官相”，马上就避而远之。
王守仁被丢在原地，独自沉默了许久。俗缘未了，何谈仙佛？难道应当彻底放弃自己在世间的所有追求，去做一个世外清修的隐逸之士吗？他还没有想明白这些人生的大关节。
王守仁又打听到九华山的地藏洞住着一位行事举止比蔡蓬头还要奇异的老和尚。王守仁执意前去拜访求教，因为他内心有太多的困惑和迷惘。
这位得道高僧住在悬崖峭壁之上，拿野兽皮当被褥，用树叶做衣服，以松果为食物，不食人间烟火，几乎完全过着原始的生活。王守仁特别喜欢结交这样的奇人异士。于是他一路攀岩走壁，历经千辛万苦，终于在一个黑黝黝的山洞中找到了这位老和尚。
老和尚当时正在睡觉，不过只是假寐，想试探王守仁的诚意。王守仁懂得老和尚的意思，便在一旁静静地等着。突然，他发现和尚的脚指露在外面，便开始帮和尚揉起脚指来。老和尚觉得来者不是寻常人，便睁开眼睛说：“道路崎岖，你是怎么到这里的？”王守仁说自己一路辛苦爬山而来，想修炼上乘功夫。老和尚很欣赏眼前这个有着一把长胡子的年轻人，两人席地而坐，纵论佛道之义。
谈到儒家之道，老和尚说：“周濂溪、程明道是儒家两个好秀才。”意思是说，王守仁没有出世求仙的命，只需要向儒家周程二人学习。周敦颐（号濂溪）是理学和心学大师，而程明道（程颢）则是心学鼻祖。老和尚是说，圣贤之道在民间，在心学上，希望王守仁能从此入手。
提到朱熹，老和尚说：“朱考亭是个好讲师，可惜未到最上一层。”显然他对朱熹的学说并不认可，这一观点与王守仁不谋而合。于是两人越谈越投机，无奈天色将晚，王守仁只得遗憾告别。
待到第二天，王守仁兴致勃勃地再来拜访时，老和尚却搬走了。失望的王守仁只得在山洞的石壁上留下一首诗，借以表达自己的遗憾之情：
路入岩头别有天，松毛一片自安眠。
高谈已散人何处？古洞荒凉散冷烟。
王守仁带着无法出世修仙的遗憾结束了九华山之旅，踏上了回京之路。那里是软红十丈的俗世，那里也许才有他的未来，背后的山林古刹也许只能让他的心灵偶尔栖居一会儿。歇个脚，打个盹么，然后他又要整整衣襟重新出发。
后来，佛家与道家思想成为王阳明心学的重要来源，却不是心学最终的归宿。
阳明洞之悟：从王守仁到“阳明子”
明弘治十五年（1502年），王守仁完成公差回京。当时的孝宗皇帝较为开明，对于文官的打压控制，远不如以前的天顺和成化时期。这个时候的王守仁又一度痴迷于文学辞章。而与王守仁同龄的李梦阳、何景明等人，正在发起文学改良运动。
李梦阳，字献吉，号空同。他二十一岁中进士后便入朝为官，傲睨当世。他曾经将皇后之父张鹤龄的种种罪状写成奏折，上书皇帝，结果他被打入监牢，险些送命。出狱之后，在街上遇见张鹤龄，愤怒的李梦阳追上去痛骂，还用马鞭打掉了张鹤龄的两颗牙齿。
他凭着一腔热血，经常用文字来针砭时弊，言辞激愤。他曾经写道：“若言世事无颠倒，窃钩者诛窃国侯。”字里行间透露出一股子无处发泄的愤青气息。
与李梦阳一同发起文学改良运动的，还有何景明，这是一位更加狂傲之人。在京城做官时，一次赴宴，何景明竟然让仆人带去了一只便桶。整个宴会席间，他就坐在便桶上读书，不理旁人，以示对时人的不满。
先朝的旧臣和当朝的新进官员在文学上发生了一场激烈的争斗。因为对现实不满，这些新进官员大力提倡复古，他们认为只有复古才能提升士气，革新朝政。
以“前七子”“后七子”为代表的文学复古派，是弘治至隆庆年间最具声势的文学流派。前七子之首李梦阳喊出“文必秦汉，诗必盛唐”的口号。王守仁能与他们一起切磋诗文，足见王守仁文学造诣非同一般。在清代《古文观止》中，明朝文学家中入选文章数量最多的正是王守仁，共有三篇。
所以，李梦阳等人极力邀请王守仁加入这场文学改良运动。可是，王守仁早已看出此举是在用有限的精神，做无益的事情。想要改造现实，只有从改造思想入手，所谓复古不过是流于形式罢了。
有一天，王守仁在反复思考推敲字句时，忽然似有所悟。他猛地扔下笔，说：“我怎么可以把心血和精力浪费到这无用的虚文上？”
这是他内心思想向前跃升的第一个转折点。他悟出圣贤之道并不在于雕琢辞章，做表面文章，而在于悟透世间大道，在于经世致用。因此，他不再以写出一流文章为追求的目标。
弘治十五年（1502年），三十一岁的王守仁迎来了思想信仰的重大转变。
这一年八月，王守仁肺病复发，于是向朝廷上书，乞求归乡养病。获得批准后，他回到家乡余姚。使他经常咯血的肺病直接威胁着他的生命，让他对未来更加没有信心，期望靠修炼打坐渡过难关。而在静修治病的同时，他的心灵之门也悄然开启。
山阴古城风景秀丽，河湖众多，特别适合静修。王守仁在会稽山中找到一片适合修道之地，就是位于会稽山南的一处洞穴—阳明洞。洞里面曲径通幽，饶有趣味。
王守仁就在洞里住了下来，修炼道家的导引术，并给自己起了一个别号：阳明子。他独自在深山之中，“池边一坐即三日”，“醉眠三日不知还”。他在会稽山留下很多诗句，比如“池边一坐即三日，忽见岩头碧树红”。
《寻春》诗曰：
十里湖光放小舟，漫寻春事及西畴。
江鸥意到忽飞去，野老情深只自留。
白暮草香含雨气，九峰晴色散溪流。
吾侪是处皆行乐，何必兰亭说旧游。
王守仁那颗玲珑透彻、脱俗超尘的心跳跃于空灵优美的诗章之中。而《山中立秋日偶书》则是一番云水风度：
风吹蝉声乱，林卧惊新秋。山池静澄碧，暑气亦已收。
青峰出白云，突兀成琼楼。袒裼坐溪石，对之心悠悠。
倏忽无定态，变化不可求。浩然发长啸，忽起双白鸥。
诗中展示了王守仁洒脱澄明的情怀。他一度沉醉在这种生活方式中，神超形越，远离红尘。他弃绝了一切俗念，心灵在融通无碍的世界中御风而行。
后来据他的弟子描述，王守仁修炼导引术几个月之后，甚至有了一些预知未来之类的超自然能力。有一天，王守仁正在洞中打坐，突然把书童叫了过去，说：“有四位相公来拜访，你们可往五云门迎之。”书童来到五云门静候，果见王文辕、许璋等四人前来拜访，此四人都是王守仁的好友。书童将受王守仁差遣，特意前来相迎一事告知四人，四人都感到诧异。见到王守仁之后，他们问他：“你怎么能预知我们要来？”王守仁笑着说：“只是心清而已。”
王守仁越谦虚，四位客人就越发佩服。自然，他们也把这次经历讲给了更多人听。很快在绍兴城内，越来越多的人慕名前来拜访王守仁，询问各种问题。
其实，王守仁此时只想追求心灵的平静，希望自己能达到佛教中“无相无想”超越世间一切羁绊的境界，但他心中仍有一份无论如何都挥之不去的牵挂。他的祖母岑太夫人已经八十多岁了，一直对他疼爱有加，父亲对他有养育之恩。他放不下这份亲情，他们都是他在这个世界上最亲的人，难道真的要永远离开他们，隐身大山，埋头修炼？这样即使能够长生不老，又有多大价值呢？
一方面是远离红尘，成仙成佛；一方面是父母深恩，人间亲情，到底如何做个了断？就在他天人交战、犹豫不决的时候，忽然灵光一现，他瞬间觉悟道：“此孝悌一念，生于孩提。此念若可去，断灭种性矣。”
孝道是基于普遍人性情感和伦理的观念，是融入中国人生命血脉与灵魂的文化理念。王守仁对此体会尤深。而佛教和道教追求的是弃绝人伦，也就是放弃对亲情的执着，弃绝人间温暖幸福之源。这与王守仁珍重父母亲情和强烈的家国情怀格格不入。
人活在世间还是要有所担当的，不能抛弃亲情和该尽的责任。至此，王守仁心中的迷雾一扫而空，感到如释重负。他站起来走出山洞，深吸一口气，外面的空气新鲜纯净，他感到人间俗世才是最真实、最亲切、最温暖的所在。
对于当初在打坐修习导引术时成功预感几位朋友的到来之事，王守仁后来叹道：“这是簸弄精神。”他并不追求这种玄幻的东西。王守仁的信仰由天上落到人间，由虚空变为实有，这一转变的意义十分深远。
心学与佛道从此分道扬镳，王守仁开辟了一个全新的儒学思想境界。
之后人们将这个阳明洞中走出的思想家王守仁叫作“阳明先生”。本书也从此时开始将王守仁改叫王阳明。
王阳明身体有一些好转之后，便离开阳明洞，在洞外盖了个茅屋，专心治学。
读书之余，他也喜欢登山，沉浸在大自然的美景之中。不久之后，他又前往杭州，在西湖边上住了下来。西湖美景甲天下，在这样的环境中，王阳明忘记了世间的钩心斗角、尔虞我诈，心情自然也好了起来。
杭州是吴越和南宋的都城，更是江南佛寺道观高度集中之地。王阳明一向喜欢结交异人，到了杭州，怎么可能闲得住？在杭州，他写下了著名的《西湖醉中漫书》二首：
（一）
十年尘海劳魂梦，此日重来眼倍清。
好景恨无苏老笔，乞归徒有贺公情。
白凫飞处青林晚，翠壁明边返照晴。
烂醉湖云宿湖寺，不知山月堕江城。
（二）
掩映红妆莫谩猜，隔林知是藕花开。
共君醉卧不须到，自有香风拂面来。
还有一首同题诗也写得不错：
湖光潋滟晴偏好，此语相传信不诬。
景中况有佳宾主，世上更无真画图。
溪风欲雨吟堤树，春水新添没渚蒲。
南北双峰引高兴，醉携青竹不须扶。
在阳明弟子眼里，老师在杭州养病时最值得称道的一件事，无疑是虎跑寺中一语惊醒梦中人。王阳明听说虎跑寺有一个和尚，已经闭关三年，终日不发一语，不视一物。在别人看来，大师功力已经非常了得，但王阳明却有另外的理解。他想会会这个高僧，但寺院的人都好心地劝他：“你还是省省吧，人家高僧不可能搭理你。”
王阳明亮出自己六品官员的身份，让寺中小和尚带他去见高僧。来到高僧住所，只见那位高僧一动不动地盘坐在蒲团上，如同一座雕像。
王阳明上前说：“这和尚终日说什么！终日眼睁睁看什么！”
这就是传说中的禅机。和尚一听，睁开了双眼，“啊呀”一声，起身合十作礼。
王阳明问：“你是哪里人，离家多久了？”僧人回答：“广东人，离家十多年了。”
王阳明盯着他问：“家中还有何人？”和尚回答：“还有老母，未知死活。”
“想念她吗？”和尚不语。一片沉默。最后，和尚语带愧疚地回答：“怎能不想念啊！”
王阳明满意地点点头，继续说道：“思念父母是人的天性，岂能断灭？你既然说自己不能不想念，就是真性显现。你既然心里想着母亲，却整日呆坐，徒增烦恼。俗话道：‘爹娘便是灵山佛，不敬爹娘敬何人？信何佛？’去吧，回去看望母亲吧。”
和尚听不下去了：“施主说得极是。”和尚想起亲娘生死未卜，当场放声大哭起来。
后来，这高僧连夜赶回家，探望母亲去了。
和尚即使闭关三年，还是放不下世间亲情。王阳明不禁感慨道：“人性本善，说得一点没错，从这个高僧身上，可以看得很清楚。”