与历史上改朝换代不同，清朝取代明朝有明显“摘桃”意味。起义军与官军生死搏斗，推翻明朝，而清军在吴三桂引领下趁中原混乱攻入，夺走李自成即将到手的天下。李自成造反，是中原内部的事，即使他当皇帝也只有改朝换代之感，而没有亡国感。清朝入关坐天下，明朝遗民有亡国感，因此反清斗争此起彼伏，即使手无缚鸡之力的读书人，内心鄙视清朝，慑于武力不敢反抗，也会用文字和舆论力量反清。
反清思想广泛流传。从清朝产生到灭亡，反清复明组织都一直存在。为巩固统治，清朝数代皇帝大兴文字狱，镇压和惩罚反清人士，从思想领域加强专制统治。结果是，他们取得胜利，也导致清朝从此僵化了。
为打击异己分子，镇压对自己统治不利的思想言论，统治者发明了文字狱。文字狱很多朝代都有，但清朝文字狱特别多，也特别残酷，达到登峰造极无以复加的程度，甚至导致传统文化从此扭曲变形。
文字狱是清朝文化领域内特有现象，与满族人文化不自信、反清有紧密联系。
清朝祖先曾被明朝统治过，当过明朝册封的官员，他们反明也带有造反性质。清朝统治者对这段历史讳莫如深，将旧有史册堪削禁毁，以“大逆”罪名杀戮继续编写、收藏这类书的人。很多人不经意间就为清朝文字狱所害。
清朝统治者最为头痛的是文化领域反清运动。
传统知识分子鄙视和反对清朝，在文化战线上坚持斗争，在清朝初期比较常见。部分传统知识分子眷恋明朝，宣扬“夷夏之防”等思想，或者歌颂明朝人物、反清斗士等，或者在文化领域宣传反清复明。清朝初期文化领域反清最有影响力的，莫过于屈大均。
屈大均生于1630年，1648年参与陈邦彦等人发动的抗清斗争。陈邦彦等人遇害后，屈大均埋葬了他们，然后削发为僧。1656年，屈大均以化缘为名，云游四海。他先后到南京拜过孝陵，又到北京景山哭拜过明末帝朱由检，跟顾炎武、朱彝尊等人交往。他一路走，一路记录各地的山川险阻，暗中为复明做准备。他还曾与魏阱、祁班孙等人秘密联络过郑成功一起反清，为郑成功提供过情报。
各地抗清斗争失败，尤其是清朝接管台湾后，屈大均潜心著书立说。他不畏惧清朝禁令，宣传反清复明思想，还写了《皇明四朝成仁录》为抗清志士歌功颂德。这本书在明朝遗民中引起极大反响，鼓舞了反清复明斗争意志。1696年，屈大均在家乡病逝。后来，《皇明四朝成仁录》被举报，被禁止，遭焚毁。
清朝统治者使用文字狱手段对付屈大均等文化反清斗士，但发现屡禁不绝，不得不逐步调整文化管控政策。
顺治四年（1647年），清朝查获一本记载抗清志士悲观故事的《变记》，宣布“自今闱中墨牍必经词臣造订，礼臣校阅，方许刊行，其余房社杂稿概行禁止”，设置言论检察官，实施言论出版审查制度。这是清朝控制思想文化领域的开始。到康熙时，清朝又对历史著作、文学著作进行政治立场严查。到雍正时，统治者更是断章取义捕风捉影地在私人书信文字中查找罪证。
不过，这种严格控制人思想和言行的举动，并未真正阻止反清思想的传播，像《皇明四朝成仁录》以及《止维录》等宣传反清的书，依然在民间秘密流传。清朝统治者意识到，在文化层面仅仅靠镇压解决不了根本问题，唯有以修书为名搜罗各种书籍，列出提倡读的书籍，销毁禁止读的书籍，才能实现思想领域长治久安。
正因为这样的考虑，乾隆时期文字狱达到顶峰。他们到很多古籍中找罪证，甚至鼓励民间揭发“诬捏撰写分散传播之犯”。然而，防民之口甚于防川，言行越禁止，传播越快。乾隆皇帝爱新觉罗·弘历为文字狱所累，最终干脆下令收集天下书籍，进行系统编辑删改，作为后世读书人学习标准，同时借助收集天下藏书的机会，查出文化领域反清的知识分子及作品，毁掉一些不利于统治的书。他以整理传统文化古籍为名，下令组织忠于清朝的学术精英编辑《四库全书》，从文化根源上进行管控。
《四库全书》有全面系统整理文化的正面影响，也有窜改和禁止对清朝统治不利言论或者语句的弊端。它在文化领域贡献不小，但在思想领域对中国人进行了空前的思想钳制和传统文化阉割，使此后大多数中国人思想变得奴化和麻木起来。
清朝的禁书五花八门，令人叹为观止。那些涉及思想、历史、政治以及少数民族的书籍，都被列入禁止的名单中。明朝人写的文集、诗集、历史著作、人物传记、科学札记等，也都被禁被毁，以致明朝领先世界的某些科技成果在清朝灭亡多年后才为人所知，甚至如今我们读《四库全书》里《明史》中某些皇帝的本纪，还会发现不是中断遗漏没记载，就是好事省略记载坏事详细记载。
清朝文字狱从顺治朝开始，到乾隆朝达到高峰。这一时期也是清朝从逐步巩固统治到创造康乾盛世时期。康乾盛世相对明末是一个巨大历史进步，但康乾盛世与文字狱并存，也导致清朝逐渐走向思维文化封闭时期。这一时期的文化专制导致后代越来越封闭，越来越保守，越来越麻木，从根本上断绝了康乾盛世后再现盛世的可能。