1644年，李自成进北京，朱由检吊死，明朝灭亡。不久，吴三桂放清军入关，击败大顺军。清朝皇帝迁都北京城。1645年，福王朱由嵩在南京被明朝遗臣拥立登基，改元弘光。弘光政权不到半年就灭亡。唐王朱聿键在福州称帝。郑成功一心复兴明朝，得朱聿键赏识，被封忠孝伯，出任御营中军都督。
1646年，郑成功率军多次与清兵作战。不过，军政大权在其父郑芝龙手中。郑芝龙无意全力抗击清军，还经不住洪承畴诱降，向清军投降了。郑成功带着官兵到金门，继续抗清。
郑成功以金门为根据地，从沿海各地招兵买马，召集抗清志士。1648年，清朝江西总兵金声桓、王得仁反清，清朝广东提督李成栋也率部投向南明，反清复明声势高涨起来。遗憾的是，各方反清势力各自为政，给了清军各个击破的机会。
1649年，郑成功被封为延平王。这一年，郑成功率军进行反攻，收复了一些地方，但围攻潮州失败，不得不退回闽南。1650年，郑成功用计夺取厦门。这一年，施琅与郑成功反目，逃离厦门，向清朝投降。
1651年，郑成功率军在闽南小盈岭、海澄等地抗击清军，并取得磁灶战役、钱山战役和小盈岭战役的胜利，收复平和、漳浦、诏安、南靖等地。1651年春，郑成功又取得江东桥战役胜利，攻下长泰，围攻漳州，取得海澄战役胜利。
清朝两次诱降郑成功，均被拒绝。1654年，西宁王李定国与郑成功联系，约定从东、西两个方向夹攻广东，再沿长江北伐，进攻江西、安徽、江苏等各省，复兴大业。郑成功派出的军队令李定国失望。不过，郑成功这年率军攻下了漳州、同安、南安、惠安、安溪、永春以及德化诸县，战绩还是非常夺目的。
1655年，清军准备大举进攻厦门，郑成功放弃已占领的漳州、泉州，坚壁清野，借此巩固防御体系，同时派军北上浙江，南下广东，让清军腹背受敌、难以兼顾首尾。郑成功本人率军相继在泉州和护国岭击败清军。
1658年，郑成功率军与浙东的张煌言会师，准备一起北伐，收复失地。北伐军在羊山海域遭遇飓风，损失非常惨重。郑成功只得退回厦门。隔年，郑成功再次率军北伐，势如破竹，攻下镇江、瓜洲，取得定海关战役、瓜洲战役、镇江战役胜利，并包围南京。江东一时震动。后来，郑成功意外遭到清军突袭，兵败退回厦门。
北伐失败后，郑成功所部大伤元气，还面临军粮不足问题。为了解决后勤给养，郑成功决定收复已被荷兰人占领的台湾岛。1661年，郑成功率领2.5万将士，乘坐数百艘战船，从金门料罗湾出发，先夺取澎湖列岛，然后全力进攻台湾岛。
荷兰人在台湾修筑了热兰遮城和赤崁城两个防御要塞。郑成功率军从鹿耳门海道进入台江内海，然后在禾寮港登陆，想先攻下赤崁城。在台江海域，郑成功率军与荷兰军舰展开了激烈的海战。这一战，他击沉荷兰军“赫克托号”战舰，取得了台江内海控制权。不久，郑成功又率军在北线尾击败了荷兰陆军，并迅速包围赤崁城，逼迫赤崁城的荷兰军乖乖投降。
攻下赤崁城后，郑军从海陆两个方向围攻热兰遮城。2万多大军的粮饷调度不易。郑成功想胁迫热兰遮城的荷兰军投降。荷兰守将揆一拒绝投降，负隅顽抗。郑成功下令强攻热兰遮城。荷兰军困兽犹斗。郑军损失惨重。
强攻不下，大军粮食又短缺。郑成功及时改变策略，派出大部分将士到台湾南北各地屯田、征收钱粮，留下一部分将士长期包围热兰遮城，将荷兰军给困死。
1661年7月，从巴达维亚赶来的荷兰援军抵达台湾。援军有600多人和11艘军舰，还带来大量补给品、火药。荷兰军试图反扑郑军。
不久，停泊于外海的荷兰援军遭遇台风，不得不到澎湖湾躲避。荷兰“尤里克号”军舰搁浅。郑成功派人俘虏了“Urck号”军舰的船员，并迅速做好迎战荷兰海军的准备。台江内海海战爆发，郑成功因事先准备充足，大获全胜，击沉1艘荷兰军军舰，俘获了数艘，导致荷兰海军丧失了主动出击能力。
荷兰士官汉斯·朱里安·拉德主动投降郑成功。他提供了情报，让郑成功掌握了荷兰军的部署情况。郑成功下令将士们用大炮轰击热兰遮城。荷兰军守将揆一写信给郑成功，主动提议“和谈”。郑成功一边对荷兰军保持武力高压，一边与他们谈判。几经谈判，荷兰军向郑成功屈服，率部退出台湾。台湾再次回到了华夏儿女手中。
康熙继位后，实行迁界令，从山东到广东沿海民众内迁20里，以断绝郑成功的经贸财源。不仅如此，他还下令毁掉沿海的船只，不准船出海，并杀了郑芝龙，挖了郑氏祖坟。接连得知噩耗，郑成功在内外交逼中急病而亡，年仅39岁。
郑经继续经营台湾，奉永历帝为正朔。施琅率清军水师攻克了澎湖岛后，郑成功孙子郑克塽于1683年向清朝投降纳土。1684年4月，台湾正式纳入清朝版图，成为福建省一部分。
在民族危亡之际，郑成功依然保持气节，抗击清军，寻机夺回被西方列强占领的台湾，在巩固边防、维护统一、防止外来侵略方面做出贡献。他率领地方军击败17世纪拥有全球最强海军的荷兰，是对西方列强最大的威慑，对此后200多年华夏族的安全有积极意义。