军机大臣见代表团没有解散，恐怕代表闹事，特催善耆解散。
善耆答道：“国会期限缩短宣统五年，舆情甚属欢舞，惟代表团以鄂、汴两省电争，又责代表无状，致无从解散，亦是各尽其职。”[29]尽力为代表团辩解。
军机大臣说：“如再不遵，当即施以强迫办法。”
善耆不敢违背谕旨，但又不愿担当强行解散代表团之名，不卑不亢地答道：本部“系奉旨剀切晓谕，并未奉旨强迫驱逐，故无论如何，绝难从命。”[30]
代表一面继续同政府斗争，一面商议善后。他们虽已明知无法使朝廷收回成命，但还是上书质问副署上谕的会议政务处大臣，将其无理揭示在全国人民面前。质问书说：既然你们知道内忧外患急迫，为什么不协赞皇帝于明年开设国会？既然知道九年规划可以修改，为什么还要拿着与宪政无关的问题作为延缓国会的借口？既然说缩短期限系采取督抚奏章，为什么不按多数督抚的意见明年即开国会？既然知道以往的筹备有名无实，以后有何方法加以督责？[31]
各省同志会不知代表团作何打算，纷纷来电询问代表的行止和进行方略。代表们经过详细讨论，最后做出决定，并通告各省：
一、代表团。既奉朝命劝谕解散，自不能再行存在，致招干涉。纵国会期限之缩短，揆之请愿之初衷，殊未圆满，亦未便于一时之间出而要求，盖既为事实上决无效力，诚不如暂时消灭代表团，异日再有要求，另行组织。
二、同志会。其宗旨本不仅在请愿，并为灌输一般国民之宪政知识而发，且原章规定，非国会成立后不得解散。此次所得请愿之效果，并未圆满，自应存此机关。在京总部于代表团解散以后，政党之基础未成立以前，即为同人通讯之所。
三、国会期限。上谕既定宣统五年，遽请收回成命，诚恐难达此希望，拟由种种方面督促之。稍缓须臾，或可要求四年春间或秋间召集。
四、宪法、议院法、选举法及官制、内阁组织法。此数项为国会未开以前应行设备之事，自应要求赶早编订，并设法参预之。
五、政党。各处函电皆嘱改组政党，兹事体大，势不可不慎重将事。今议先拟纲要一通，已经举人起草，月底发表，大概作一底稿。至如何组织，均祈海内贤达指示方针，如有函电，暂以北京《国民公报》内附设之同志会为机关部。
六、各省之行动。代表团既奉散归之命，不能再作要求。然直省中如有主张急进，仍继续要求者，尤所切望。盖一面促动政府，一面唤起民气，微特可以为将来倡议宣统四年召集国会之动机，且令一般国民希望宪政之热度再进一步，亦未始非国利民福之举。[32]
国会请愿代表团解散了，孙洪伊、陈登山、方还、李素、吴赐龄和于邦华等人仍留在请愿同志会，继续坚持工作，并与各省保持着联系。他们还致函各报，请鼓吹开放党禁。孙洪伊因长期在京，身为咨议局议员却没有参加会议，有负职守，致函直隶咨议局，辞去议员职务。直隶议员一致认为，孙洪伊既受全局委托办理请愿之事，苦心孤诣，多著勤劳，没有同意。
其后，孙洪伊等人认为现在虽然不能再行请愿，但仍需要继续唤起人心，振起民气，上督政府厉行宪政，下启人民知识，遂提出几条政治纲领，以同志会名义通告全国：
其一，宜督促政府速立新内阁。军机大臣不负责任，设立新内阁没有明确期限，没有监督，深恐仍事敷衍。资政院弹劾军机大臣并请速立内阁折稿已经起草，如无后援，尚恐能力薄弱，或难奏效。拟由各省同志会要求督抚代奏，请明发上谕，于年内成立内阁，使中央行政机关确实负起责任。
其二，宜要求参与宪法。宪法为国家根本大法，关系巨大，纂拟宪法大臣不过名义上总其大成，其实均出于协纂之手，而协纂诸人必然从宪政编查馆调派，这些人多留学东洋，若令以日本宪法纯然施之吾国，其危险不可思议。一国有一国的历史、地理、风俗、习惯，岂可强同。日本宪法不能通行于我国的，一为紧急命令，二为缔结条约不通过议院，三为修改宪法必由君主提出，其余值得研究者还有不少。此系国家之存亡，人民之生死问题，应由各省同志会电请资政院具奏，将来宪法条文纂拟之后，作为法典议案，交资政院协赞通过，然后由君上裁可颁行。
其三，宜请开释党禁。立宪国家纯以政党为组织要素，我国今日正在政党发生之时。但数千年专制政体才经蝉蜕，民气薄弱，怀疑阻挠丛生，非得明发上谕，将旧时禁网廓除一清，不足以资鼓励。戊戌党禁，实为冤狱，至今未闻见赦，若不即日昭雪，从民所好，则四海疑沮之心势必未能尽泯，伟大政党亦将无自发生。应由各省同志会签名具稿，上书资政院陈请，提作议案，据情上奏，开释党禁。以示朝廷与民更始之至意，而令举国人民跃然兴感，易视改听，无有忌讳，则政党始兴。
其四，宜灌输国民宪政知识。我国幅员辽阔，省城与通商大埠风气固已开通，内地偏僻地区，国民宪政常识犹未普及。朝廷既缩改国会期限，自应一面督促政府定行宪政，一面启迪民智。应由各省同志会多编白话浅说，阐发宣讲，以尽我党先觉之责。
通告说，以上四项，甚望急促办理，以显示民党之精神，作为组建政党的基础。同人在京正在组织宪法研究会，各省也可成立，条举所得，以备纂拟宪法大臣采择。至于政党，现在正在起草纲要，暂设干事部，作为通讯联络机关，明年春夏间再举行大会。[33]
至此，国会请愿代表团解散，国会请愿同志会的主要任务也由请愿速开国会转向参与拟订宪法，特别是组建政党方面。