1906年11月，清廷虽然决定在中央设立资政院，但直到1907年6月两广总督岑春煊奏请，均未引起政府的足够重视。光绪皇帝对预备立宪的进展很不满意，斥责各级官员办事不力。7月6日，光复会的核心人物之一徐锡麟在安庆率巡警学堂学生起事，将巡抚恩铭击伤，恩铭旋即死去。起事虽然马上遭到镇压，但对清廷震悚很大。奕劻“闻皖恩铭被戕警耗，大惧，以为实行预备立宪，庶可免暗杀之患”[1]。对慈禧、光绪说：“欲弭革命之叛乱，舍实行立宪主义，实无良策。盖此辈无他术，只以中国为专制政体，专以压制为惑人之术，我若及早颁布实行，则革匪无术以惑人。”[2]两江总督端方致电陆军部尚书铁良说：“吾等自此以后无安枕之一日，不如放开手段，力图改良，以期有益于天下。”[3]此时国际形势也发生了重大变化。清廷加快了筹备工作，改组考察政治馆为宪政编查馆，再派外务部右侍郎汪大燮、邮传部右侍郎于式枚、学部右侍郎达寿分别到英国、德国和日本考察宪政。增设资政院也被提到了议事日程。7月25日，直隶总督袁世凯奏请迅速设立，以“采群言”，说：“预备立宪之方，莫亟于此”[4]。8月11日，御史赵炳麟提出：“资政院宜实有议院性质”，议案得多数同意者，“政府不得拒绝”；政府违法失政，多数同意弹劾者，“必付行政裁判官评议，其重大者，政府不得居其位”[5]。御史徐定超更进一步，12日奏请迅设上下议院。9月18日，署理黑龙江巡抚程德全认为：资政院“选举之途略狭，权责之寄太轻”，国会为“宪政之精髓”，不如“径开国会”，奏请在设立责任内阁的同时，“创立国会，以重监督政府之权。”[6]
经过讨论，会议政务处同意袁世凯的意见，否决了赵炳麟的意见，认为议院与政府立于对等地位，不应有所偏重，“今以资政院为议院基础，借为政府之监督，在宪法未定、议院未立之时，组织办法，应使彼此相维，先使议政、行政权限分明，庶无凌虐之弊。”[7]
根据会议政务处的意见，1907年9月20日清廷颁发上谕，命设资政院。上谕言：“立宪政体取决公论，上下议院实为行政之本。中国上下议院一时未能成立，亟宜设资政院，以立议院基础。着派溥伦、孙家鼐充该院总裁。所有详细院章，由该总裁会同军机大臣妥慎拟订，请旨施行。”[8]从此，资政院的筹备工作有了具体负责人。