袁绍等人经过两天两夜的疯狂杀戮，将洛阳的半边天都染成了红色。张让等数十人挟持着皇帝刘辩和陈留王刘协趁夜逃出洛阳，跑到巩县附近的渡口小平津附近。洛阳城里的大臣们发现皇帝不见后纷纷出城四处寻找，其中尚书卢植和河南中部掾闵贡率先找到了已经饥肠辘辘、走不动路的皇帝刘辩。
见到刘辩，闵贡先行了君臣之礼，宰杀一头羊，烤了给刘辩吃。待张让等人流着口水想分一杯羹时，闵贡勃然而起，厉声叱喝张让是“劫迫帝主、**覆王室”的混账东西。闵贡还说，自王莽以来，还没有哪个奸臣贼子能和他张让相提并论，此等奸臣理当“速死”，否则他闵某人便亲自动手。
张让等人在接连几天遭受惊吓和饥饿之后本就体虚，眼下听了闵贡的话更是如遭雷击，魂魄早已吓出体外。等到闵贡当真拔出剑连杀数人之后，张让和剩下的几十人赶紧磕头求饶。可闵贡绝非心慈手软之辈，不是张让等人随便磕几个头、喊几声“爷爷饶命”就能够糊弄过去的。眼见闵贡提剑又要杀人，走投无路的张让等人不得已投河自尽。
闵贡这一通又是呵斥又是杀人的举动，早把小皇帝刘辩吓坏，再鲜美的烤全羊也吃不下了。满地流淌的鲜血和河里漂浮的死尸更让他坐立不安，只好大晚上跟着闵贡徒步往回走。走了好几里地，闵贡才寻到一辆没有顶棚的牛车，载着平日里养尊处优的两个半大小孩儿到洛阳城外的驿站休息。
等到天明，陆陆续续有大臣听说皇帝的所在，纷纷向驿站集中，迎候小皇帝刘辩回京。但这些人都是文官，很难抵御路途中可能发生的变故，好在董卓带着军队及时出现，算是给大伙儿吃了一颗定心丸。之前董卓的兵马虽一直停留在洛阳郊外，但他夜里远远望见洛阳方向火光四起，便猜测到洛阳发生了巨变。于是他赶紧点齐兵马向洛阳开进，并在城北等到了小皇帝一行人，反倒成了第一个带兵护主的功臣。
经过一天一夜的颠沛流离，小皇帝刘辩终于回到了洛阳，但象征皇帝权力的玉玺却在骚乱中遗失，这让刘辩和诸大臣深感恐慌。
这个时候他们完全没有意识到，皇帝丢失的不仅仅是一方玉玺，整个王朝都已经变天。
虽然在骚乱中杀得最起兴的是袁绍，但骚乱过后，袁绍并不是最大的获益者，反倒是董卓借着勤王的首功夺得了话语权。不过，董卓也知道他当时带来的三千西凉军虽战斗力彪悍，却并不足以威慑京都众人，尤其当时洛阳还有其他应何进私邀赶来的将领。因此，他必须赶紧做一些事情，好稳固自己的地位。
董卓先是让他的军队趁夜偷偷出城，然后第二天装作一支新抵达的队伍大张旗鼓地进城，每过四五天便如是反复一次。一时间，洛阳的群臣都搞不清楚董卓到底带来了多少人。但董卓也知道这种多开灶、吃空饷的举动终究无法瞒太久，于是趁着大家被他兵力雄厚的假象所震慑之时，迅速收编了何进及何苗留下的部曲，又买通丁原的手下，将丁原杀死，兼并其众。
不说大家也知道，丁原的这个手下便是吕布。
此时，之前被何进派出去招兵买马的骑都尉鲍信正好回到洛阳，一看董卓这阵势便知不妙，劝袁绍先发制人，没想到袁绍根本不敢硬撼董卓。鲍信见劝说无效，又担心自己祸从口出，遂干脆抢先一步跑路，带着手下直接跑回泰山郡。
这下子董卓成了洛阳及附近地区唯一真正掌握军队的人。没了对手，自身的实力又大增，董卓一跃由之前的虚胖变成了真胖。于是，他用实力说话，以近期大雨连绵为借口，直接罢免司空刘弘而代之，完成其个人政治地位的三级跳。
你以为董卓的目的到这儿就达成了？当然不。司空地位再高，也不过是三公，怎么说身边也还有两位至少名义上和他平起平坐的人，这怎么能忍！况且董卓的想法并不仅仅是换个大臣，他已经开始谋划一件更大的事情：换皇帝。
小皇帝刘辩自然是没机会得罪董卓的，因此董卓要废皇帝的心思就显得有些莫名其妙。
通俗的说法是，在城北第一次见到落魄的皇帝时，董卓向刘辩询问日间发生的事情，刘辩惊惧、害怕，口不能言，半天蹦不出一句整话。于是，董卓又问陈留王，结果小五岁的刘协反倒对答如流。董卓一看：哎呀，这小子聪明伶俐，是个当皇帝的料。而且，刘协还是与董卓同族的董太后所养大的，那他必须是皇帝的不二人选。于是，董卓“遂有废立之意”。
这或许并不准确。
董卓既然要把持朝政，皇帝当然是越笨越好。难得别人已经帮自己选了个遇事口不能言的，何必废傻子而立一个聪明的将来做自己的对手呢？至于董卓因与董太后同族，所以更亲近刘协一说，乍一听似乎说得过去，但董卓作为边将，在此之前与刘辩也好，刘协也罢，都没有见过面，更谈不上私人感情，而作为桥梁纽带的董太后也已经死去，这个时候再打感情牌，效果难免有限。况且废立之事一出，不管董卓的真心如何，在世人眼里总逃不过一个奸臣的骂名。唯一说得通的原因，就是刘协年纪更小，留给董卓操作、发挥的时间更长。
可这种得一利而取两害的行径实在算不上高明，但凡脑子里想法多一点儿的人，或许都会慎之又慎。可董卓则迅速付诸行动，推测他的意图或许并没有这么复杂，只是单纯地想通过废立皇帝一事，向天下展示自己的权威。
从后世的视角看，废立皇帝的大臣绝大多数没有好下场，哪怕如伊尹这样的贤臣，最后的结局也晦涩不明。至于其他想搞废立皇帝之事的大臣，则基本可以断定不会有好下场，这明显就是脑残行径。但董卓还是这么做了，足可见他在政治上给自己立了个没脑子的人设。
关于废立之事，董卓起初还想争取大臣的同意和配合，尤其是像袁氏这样在朝中根深蒂固的重臣。如果得到袁隗的支持，阻力就会小很多，于是他先找到袁绍商量。
为什么找袁绍呢？找他叔叔太傅袁隗不是更好吗？大概是董卓觉得袁绍好欺负，毕竟之前鲍信建议袁绍趁董卓立足未稳之际先发制人时，袁绍因为惧怕董卓的实力未敢有所行动，逼得鲍信不得不带人跑路。但此一时彼一时，袁绍再害怕，反应再迟钝，也知道董卓是什么货色了。所以，当董卓跟袁绍表露自己想废刘辩而立刘协的想法时，袁绍当即表示现在的皇帝并没有什么过错，想废嫡立庶，不只他不会同意，满朝的大臣恐怕都很难同意。
董卓一听，勃然大怒：“臭小子，你敢反对！天下的事不是我董卓说了算吗？！难道你们以为我董卓的刀不快吗？！”
受羌人风气影响严重的董卓，喜欢即兴杀人是出了名的。话说到这份儿上，袁绍心里大惊，暗道不好，接下来董卓怕是要拿他开刀了。好在袁绍反应还算快，当机立断，死里求生，噌的一下站起来，大声壮胆：“天底下难道只有你董公的刀快吗？！”随即拔出佩刀横在胸前，倒退着出门，回到家后赶紧收拾东西跑冀州去了。
董卓虽然没有追杀袁绍，但他的心思已经显露，也不避讳什么了。九月，董卓大会群臣，表示自己准备效仿伊尹、霍光两人的事迹，改立陈留王为帝。随即他又提醒大家，当年霍光做这件事的时候，田延年在旁按剑，有敢阻挠者皆以军法从事。
即便董卓这样**裸地明示，依然有人敢于与之对抗。尚书卢植起身，第一个表示反对：“太甲这个人无道，昌邑王犯了一千多件错事，这才有大臣的废立之事。当今陛下有什么错，跟他们的情况哪里一样？”
董卓历来不屑与人争辩是非曲直，更没有以德服人的耐心，只要有人意见与他相左，他的做法便非常简单：杀之。
于是董卓便要让人把卢植拉出去砍了，因董卓所信用的蔡邕、彭伯等人拼命拦住，才堪堪保住卢植的性命。
有了卢植这个范例，其他大臣再不敢反对董卓了。太傅袁隗更是甘做董卓的打手，按照董卓的意思将小皇帝刘辩废为弘农王，立陈留王刘协为帝。袁隗还亲自解下刘辩身上佩戴的玺绶奉于刘协，然后带头下跪北面称臣，并于第二年改元初平。
刘协便这样成为汉帝国的最后一任皇帝，也就是后来的孝献帝。
一般而言，大臣废立皇帝需要得到一个人的支持，那便是太后。可董卓不同于常人，太后什么的，他根本不放在眼里。他在何太后的眼皮子底下就把事情办完了，何太后却只敢在一旁偷偷地抹眼泪。
政治是不同情眼泪的，更何况董卓也没打算放过何太后。刘辩被废几天之后，董卓便用毒酒鸩杀了她。至于被废为弘农王的刘辩，也没比何太后多活多少日子，同样被董卓鸩杀。
董卓并不是不知道管理一个国家需要很多人才，他也想招揽人才，取得士人的支持。因此，在把持朝政后，他第一时间便宣布给党锢之祸时遭殃的党人翻案，恢复陈蕃等人的爵位，让他们的子孙继承，又征召各地人才到洛阳为官。董卓提拔人才有一个异于常人的特点：火箭提拔。有个非常极端的例子，一个叫荀爽的名士，从白身到被提拔为司空，仅仅用时九十三天。
虽然董卓努力做出求贤若渴的样子，但他急躁、残忍的性格注定难以得到士人的认同。蔡文姬的父亲蔡邕是董卓十分看得起的人才，当初他想让蔡邕到自己手下当差，蔡邕却不怎么看得起董卓，便托病不从。董卓一听，好嘛，不配合，便马上换了一副嘴脸，让人给蔡邕捎话：“你蔡邕虽然骄傲，但我董卓别的本事没有，就是能灭人三族，杀你不跟转下脚腕一样简单！”
蔡邕听罢，觉得比起气节，还是命比较重要，只好乖乖地到董卓府上就职。至于其他士人，因畏惧于董卓的残暴，只要被点了名，基本上没有敢不来的。
对于董卓霸道、残忍且恶毒的行径，满朝的大臣不敢提出一点异议，因为但凡敢公开反对他的人，绝少能活下来。董卓对自己的司空职位不满，于是转职太尉，又假节钺；还是不满，想了想干脆将自己加封为相国，而且如当年萧何一般“赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿”。这下他才算稍微满意，遂得意地跟手下人表示，自己是比皇帝还有权的人。
自从董卓把持了朝政，他的残忍、嗜杀得以充分展示。同时他害怕别人杀他的恐惧也暴露无遗，只要是他看不顺眼的，便只有死路一条。有一次，一个叫扰龙宗的侍御史只因为给董卓汇报工作的时候没有解下腰间佩剑，便被认为有行刺意图，话还没说就被董卓槌杀。至于那些临时或事先被董卓抓起来，在酒席间或聚会时被当众残杀用来助兴的反对者，更是不胜枚举。董卓也不是只针对反对他的大臣，那些没反对他的，他想杀照样杀。洛阳城里的女子同样没逃过厄运，哪怕是公主、妃嫔，只要是董卓看上的，没有人能逃过他的魔爪。
董卓是残忍的虎豹，他手下的士兵则是疯狂的野狗。当时洛阳经过一百多年的发展，早已成为全国最富庶、人口最多的地区。面对这样一块肥肉，董卓毫不迟疑地放出了手下的野狗，纵容他们在洛阳城里烧杀抢砸，**掳掠，简直无恶不作。董卓还给这种刮地皮的行动取了个专门的名称：搜牢。经过士兵们的反复搜牢，繁华的洛阳在短短数月之间便民不聊生。
董卓祸害的不止洛阳一座城，但凡他的士兵可以到达的地方，无一例外都会遭到毁灭性的破坏。比如，董卓曾率军至阳城，当时城中百姓正聚集在一起祭祀土地神。董卓一看百姓乌泱泱一大片，杀意顿起，纵兵将百姓中的男的杀死，将头砍下来，挂满马车前部驾牲口的两根直木，车上则装满财物和妇女，然后和众士兵唱着高歌如凯旋的战士般返回洛阳。
董卓除了喜欢杀人，喜欢美女，还喜欢钱财。世界上怎么来钱快？去偷、去抢还是慢的，不足以满足董卓迅速膨胀的胃口，于是他想到一条最直接的路子——铸钱。董卓为了迅速敛财，取消了流通数百年的五铢钱，转而改铸面值更大、重量更轻的小钱。可铸钱需要大量的铜，眼下朝廷的铜量不足，怎么办？多加人手，增大铜矿的开采力度？
可以，但没必要。
董卓的办法是把长安城里当年秦始皇收天下兵器所铸的十二铜人，连同西汉皇宫中那些笨重的铜马、铜钟等大件铜器全都销毁，开小灶铸大钱。依靠这种手段，董卓迅速掠夺了大量财富，却导致社会出现严重的通货膨胀，一石米的价钱达到数万钱，足是价格最低时的上千倍之多。
可这仍不能满足董卓对财富的欲望。既然从活人、假人身上弄不到钱了，他便把手伸向死人。
何太后被逼死之后，董卓非但没有给她安排任何陪葬品，反而趁着何太后与孝灵帝合葬的机会，命吕布带人重新打开孝灵帝的文陵，尽取墓中珍宝。其为敛财所施之伎俩，真可谓无所不用其极。
在董卓的残暴压迫下，洛阳的大臣们只能选择沉默，要么在沉默中忍受，要么在沉默中逃亡。不只袁绍，袁绍同父异母的弟弟、后将军袁术和骁骑校尉曹操等，也纷纷逃离洛阳。
袁术逃跑可以说是受了袁绍的牵连，可曹操为什么要跑呢？
反正绝不是因为献七星刀。
当时董卓准备任命曹操做骁骑校尉，还要将他纳为心腹，与他商量国家大事。就在这个节骨眼儿上，曹操跑掉了。可能曹操预见到董卓必败无疑，因此不愿意和他绑在一条船上。更可能的是，他已经下定决心要为拯救天下而战。
中平六年(公元189年)十二月，逃出洛阳的曹操在陈留停下了脚步，随后做了一件当时谁也不敢做的事情：拉起一支队伍，以武力对抗和改变这个腐朽的社会。
当年年末，汉家的天下进入了新的也是最后的时期。它开始的标志便是曹操举起武装斗争的旗帜，同时联系袁绍、袁术这些从洛阳跑出来的人，以及诸多地方实力派，和他们一起谋划以武力对抗董卓。