窦宪班师后不久，他之前派出的梁讽便找到了北匈奴单于，并且说服他仿照南匈奴投靠汉朝。对于梁讽的要求，本来北匈奴单于是同意的，毕竟他想不同意也不行，因为拒绝的后果必然是接着挨揍。这点儿头脑北匈奴单于还是有的。
可北匈奴单于带着人走到私渠海边时，汉朝的大队伍已经回去。没见到大将军窦宪，北匈奴单于心里起疑，担心自己到了边境就会被宰，于是临时改变主意，派弟弟代表自己去洛阳侍奉皇帝。
窦宪一看北匈奴单于没亲自来，感觉对方没诚意，便把人又送回塞外。
这就好比求对方办事，托人给对方送礼，对方什么也没说，还把礼送了回来，不免让人忐忑不安。本来单于就是因为怕才让弟弟去的，可现在弟弟被送回来，北匈奴单于反而更加害怕了，似乎看见汉军明天就要来进攻似的。这种发自内心的害怕让北匈奴单于几天睡不好觉，最后一咬牙，又派亲信到边塞给窦宪递消息，表示自己愿意入朝见皇帝，但有个条件：让汉朝派正式的使者来塞外护送，至少得保证他个人的人身安全。
好吧，要求也不算过分。窦宪于是派梁讽和中护军班固为使，到草原迎接北匈奴单于。
可南匈奴人的动作比窦宪的还快。
眼见北匈奴不行了，南匈奴单于便要痛打落水狗，想把北匈奴的残余力量并到自己这一边，遂趁北匈奴单于靠近边塞的机会，对北匈奴发动突然袭击。
自从匈奴南北分裂之后，南匈奴得到了相对稳定的生存环境，人口和实力得到一定程度的增长，而北匈奴不仅被汉军追打，还被北方新兴的鲜卑族连续暴揍，在反复折腾中每况愈下。到了这时，不说无法与汉朝抗衡，就是单独对付南匈奴，北匈奴也力有不逮。
因此，当南匈奴抓住机会之后，北匈奴的结果可想而知。南匈奴发动一次突袭便彻底击溃北匈奴的主力，北匈奴单于负伤远遁，再不敢出现在汉朝边境。
南匈奴的这次行动让来迎接北匈奴单于的班固等人扑了个空。没办法，他们只好继续往北走。北匈奴人大概是被打怕了，现在别说见汉朝使者，可能远远地看到穿着汉朝衣服的人，就会立马如隐士般躲藏起来。这可苦了班固一行人，找不着北匈奴人，他们只能一直往前走，最后走到私渠海附近，还是没遇到北匈奴的人马。
寻隐者不遇的班固到这里也死心了，只能掉头回去跟窦宪复命。得到回复的窦宪却并不沮丧，因为夏天的时候他曾派副校尉阎盘突袭北匈奴，阎盘只带了两千多骑兵就夺回了被北匈奴人占领的伊吾地，现在北匈奴又被南匈奴击败，这证明北匈奴气数已尽。既然北匈奴已衰弱至斯，窦宪认为，那就没有安抚的必要了，干脆毕其功于一役，彻底解决问题。
永元三年(公元91年)二月，窦宪不知从哪儿得到了关于北匈奴单于的可靠消息，他立即行动，派右校尉耿夔、司马任尚、赵博等将领率精锐骑兵对其发动突击。汉军以出其不意的速度像脱弦的利箭般穿过边境，直扑草原深处，并很快在金微山(今阿尔泰山)下围住了北匈奴的主力。
北匈奴人这两年接连受到重创，正如一只待舔舐伤口的野兽需要休息，因此警觉性比平时低，以致汉军骑兵围上来时北匈奴人竟毫不知情。一脸蒙圈的北匈奴单于望着四周的汉军骑兵简直欲哭无泪，估计不禁要想：“我也没想打仗啊，投降都不给机会吗？！”
可惜耿夔等人并未给北匈奴人说话的机会，大伙儿提刀就往上冲——出来时大将军把话说得很明白，这次进攻北匈奴，目的只有一个：灭之。
陷于绝境的北匈奴单于心如死灰，看着身边的士兵一片片地倒下，只好绝望地提起刀反抗。虽然最后可能都得死，但马上就死和反抗一下再死，明显后者更划算。
事实证明，哪怕是在绝境中，敢于反抗和斗争的人也有可能避免最坏的结局。身陷重围的北匈奴单于也不例外，一番死斗之下，他竟然奇迹般地冲出了汉军的包围圈。汉军将士想追赶，却始终没能追上。
永元三年(公元91年)的这一战是历史上中原王朝和匈奴的最后一次大规模交战，北匈奴主力大部分被歼灭，北匈奴单于在乱军中逃走，“不知所在”(《后汉书·窦融列传》)。
金微山之役结束了汉、匈之间长达两百多年的纷争，汉朝获得了最终的胜利。作为指挥这一战的大将军，窦宪自然志得意满，因此变得目空一切。朝廷的大臣哪怕心里对窦宪的为人嗤之以鼻，表面上也不得不装出一副毕恭毕敬的样子。于是，满朝之中，耿夔、任尚这样的武将成了窦宪的狗腿子，班固、傅毅之类的文臣成了窦宪的笔杆子，副手邓叠、女婿郭举、亲家郭璜成了窦宪的心腹，其他窦家子弟则充斥朝廷各个角落。
甚至当时地方上新任命的刺史、郡守、县令，离开洛阳之前也几乎都到窦宪府上拜过码头。这些人不图别的，单就图混个脸熟。可窦大将军哪有这么多闲工夫理睬他们？于是，很多人只能干等，有时候光排队就得排几十天。大臣中偶有几个不服的，比如尚书仆射郅寿、乐恢之徒，不过发了几句牢骚，说了些不利于大将军的直言，便被逼自杀。这下朝中哪里还有人敢对窦家人吱声？
朝堂的大臣尚且如此，地方上的百姓便更遭殃。本来窦家人已经够横行霸道，这次窦宪灭了北匈奴，威名更盛，窦家人便更嚣张跋扈，其中执金吾窦景尤其不像话。执金吾这个官职前面介绍过了，负责京城治安，出巡排场在百官中排第一。窦景做了执金吾，自己如豺狼，手下的奴仆则似野狗，到了洛阳街上便到处乱咬，欺压百姓、强抢民女、夺人财物的事情每天都在上演。为了避免和窦景起冲突，一旦窦景家的奴才出现在街头，整条街的商贩和百姓都纷纷闭门谢客，前一刻还热闹非凡的街道瞬间清场。大伙儿防窦景家人比防强盗、马贼还夸张，而地方上的官吏对此只能集体噤声。
即便窦景这么过分，窦太后知道后也不过是免了他的官，并没有其他惩罚，而且还让他以特殊身份参加早朝。至于其他窦氏子孙，大概在窦太后眼中，和窦景相比，他们的行为举止还算克制，故暂不予理睬。这里面只有年纪最小的窦瓌读书最多，在窦家还算像点儿样。看着家人的行为都这么出格，而自己又没法儿纠正，窦瓌干脆选择眼不见心不乱，自顾自地跑到颍川做太守去了。
大家都能看出来，按常理说，一个家族不像话到这种程度，也就意味着他们快完蛋了。作为窦家两个核心人物之一的窦宪这时候还将兵在外，做着他成为千古名将的美梦。能在这个历史节点上以主角的身份完成击败匈奴的使命，是窦宪的福。他兀自沉浸其中，正准备对北匈奴的残余力量进行清洗，丝毫察觉不到窦家的灭顶之灾正悄然来临。
可大臣、百姓都不敢言语，还有谁能对付窦家？
大家或许忘了，除了大臣和百姓，国家还有一个人，不仅敢说话，而且天生应当反对窦家。这个人就是皇帝。
小皇帝刘肇继位的时候只有十岁，到永元四年(公元92年)也不过虚岁十四的光景，放到现在妥妥地“还是个孩子”。但与常人不同，早年生母的遭遇和这几年自己当傀儡皇帝的经历，让这个孩子相当早熟。经过学习，刘肇以古鉴今，知道窦家如果想继续掌权，一个未及弱冠、任人摆布的小皇帝就显得非常重要，而随着自己年纪越来越大，越有可能被太后以各种名义换掉，因此留给他的时间已经不多了。
先发制人，后发制于人。刘肇决定趁大家还不把他视作威胁、没把他放在眼里的时候，先一步干掉窦家，夺回大权。但朝中大臣多是窦家的党羽，光凭刘肇一个半大小子根本不能成事。别的不说，逼急了，大家撸袖子上的话，刘肇连三十多岁的窦太后都不一定干得过。于是，刘肇决定找人帮忙。
找谁好呢？刘肇第一个想到的就是自己同父异母的哥哥——前任太子、如今的清河王刘庆。两人的母亲以前情同姐妹，而且两人从小一起长大，又有相似的经历，故同病相怜。虽然刘庆被刘肇夺了太子的位置，但这并不妨碍他们的私人感情。
不过，刘庆也就比刘肇大一岁，两个乳臭未干的小子加在一起，年纪也不比窦宪大。他们还得找人。
可现在主事的是窦太后，皇宫里几乎都是她的人，刘肇想避开窦太后的眼线很难。找谁好呢？
其实，这个时候刘肇已经没得选了，他父亲刘炟在世的时候把原本住在宫里的侍中们全赶到了宫外，非有事不能入禁中。眼下偌大一座皇宫，除了宫女就是太监，刘肇要找人，就只能找太监。在一众太监中，为人机敏且有心机的中常侍、钩盾令郑众最得刘肇赏识。刘肇很快便将他引为心腹，与之谋划起扳倒窦家的计划。
当然，这么大的事情，如果在朝中没有重臣支持，光凭两个小孩子加一群不男不女的就能把事做成了，那跟天方夜谭没什么区别。
事实也是如此，其实刘肇在做这件事的时候，朝中一直有一位重臣在支持他，或者说刘肇所做的一切，都是这个人在背后指点的也不为过。
有这样的人吗？
有，这个人就是丁鸿。
丁鸿是当时的大儒，学问之深是得到明、章两位皇帝赞誉的。刘肇继位后，丁鸿出任主管宗庙礼仪的太常一职。
永元三年(公元91年)十一月，刘肇到长安刘邦的高庙祭祀。这时候刘肇下了一道诏书，书中说：“高祖的功臣里面，以萧何、曹参的功劳最大，他们的家族应当传世不绝，但曹家自容城侯后绝嗣。朕在长陵东门远眺，便可看见两位功臣的墓冢，一想到两位功臣的气节，心里十分感慨。有忠有义的人理当获得宠信，这是不变的道理，因此朕派使者用一只猪和一只羊的中牢待遇祭祀他们，命大鸿胪寻访曹氏后人继承曹家的爵位，以表彰萧、曹两家的功劳。”
刘肇真是高明啊！他这看起来是要找曹参的后人，表彰萧何和曹参的功劳，完全无可厚非。可对于朝廷而言，萧何和曹参的功劳是什么？是忠于刘氏，是让吕后在刘邦死后也不敢肆意妄为的气节。
刘肇想给大臣们传递的，是这样一个信息：他现在也需要像萧、曹那样有忠有义的大臣，这样的人才有资格获得皇帝的宠信。
这样的话，为了不引起窦太后的警觉，刘肇只能如此委婉地表达。而大概也只有忠于刘氏的大臣才能窥破皇帝的意思，第一个读懂这道诏书的重臣就是丁鸿。
或许就是从这时起，丁鸿成了刘肇最亲信的大臣，开始直接参与铲除窦家的计划。有了皇帝的信任，四个月后的永元四年(公元92年)三月，司徒袁安病逝，丁鸿第一时间接任了司徒这一要职。现在，刘肇身边内有郑众，外有丁鸿的支持，他的计划只差一个适当的执行机会。
刘肇的机会在哪儿呢？其实只要窦太后没警觉，刘肇处处有机会。唯一不好办的，就是手握重兵的窦宪现在还带兵在外。一旦洛阳有异动，窦宪这个不可控因素将会给刘肇带来巨大的伤害，因此刘肇还得等，至少得先想办法把窦宪弄回洛阳来。
这件事情看起来极难办到，因为此时窦宪打匈奴已经打成了“瘾君子”，他正在策划对盘踞在漠北的北匈奴残部进行一次彻底的清扫。以窦宪的脾气，他只享受在朝廷应当得到的权利，而根本不会理会他对朝廷有什么义务。
没想到，这个刘肇没办法解决的问题，窦宪帮他解决了。永元四年 (公元92年)四月，窦宪突然班师回洛阳。
窦宪突然回来，不是冥冥中受到了什么感召，而是他正巧要完成自己的人生大事——娶妻。
虽然计划的是要扳倒窦家，可当窦宪真的回来之后，刘肇还是不动，表面平静得如一潭死水，没有泛起一丝波澜。甚至知道刘肇心思的人也开始怀疑皇帝是不是放弃了，毕竟眼下看来，似乎继续维持这种微妙的平衡也没什么不好。
然而，这时候窦宪的女婿郭举往这潭死水里插了一脚，彻底打破了这种暂时的平静。
窦氏一党中，窦宪的副手邓叠、邓叠的弟弟邓磊与邓叠的母亲，并同窦宪的女婿郭举、亲家郭璜几人组成的小团体与窦太后较亲近，其中又以郭举最得窦太后宠信，郭举和邓叠的母亲甚至可以随意出入皇宫。也不知道从什么时候起，这些人开始密谋策划，有了找机会把刘肇杀掉的打算 (举得幸太后，遂共图为杀害)。
窦太后自恃震慑全场，宫中无人不服于她，但偏不巧他们密谋的这件事被郑众知道了。郑众知道了，刘肇也就知道了。这下刘肇紧张了，虽然不知道窦太后准备什么时候下手，但等死无疑比马上死更令人恐惧。于是，刘肇偷偷地和刘庆、丁鸿、郑众等商量，要赶在窦太后动手之前对窦家进行清洗。
刘肇不得不下定决心实施他的计划。
可他还是没有行动，因为临到真的要和窦家撕破脸皮的时候，刘肇突然有了一个之前没想到的疑虑：怎么说窦太后都是他的嫡母，窦宪是他名义上的舅舅，自己和母亲、舅舅对抗，这不是不孝吗？万一以后落人口实怎么办？
在以“孝”治国的汉代，“不孝”对皇帝而言是个蛮严重的问题，不仅有可能损害自己的名誉，甚至有可能失去民心，更别提会让自己死后在青史上留下骂名。刘肇思来想去没有主意，最后决定效法之前的君主，因此要在书中找找支持自己想法的证据，看看之前的皇帝们有没有做过他现在要做的事情。
某日，刘肇找来刘庆，让他想办法找几卷书回来。
刘庆一听到书名，汗都下来了。可他自己也没有这几卷书，只好等天黑了，偷偷地去找千乘王刘伉。刘伉倒是有皇帝要的书，但大概从来没看过，好一阵捣腾才从成堆的竹简中找到皇帝需要的那几卷交给刘庆。刘庆接过书，急急忙忙转身就走，临走还反复叮咛刘伉此事不传六耳。
拿到书后，刘庆没敢耽搁，连夜进宫去见刘肇。两人支开宫女、太监后，刘庆才敢把藏在袖子里的书卷拿出来给刘肇看。
那这几卷神秘的书卷是什么呢？为什么刘肇这么怕别人知道，难道是先帝的遗诏，或者是武功秘籍？
各位少安毋躁。待刘肇郑重地展开书卷，先露出来的几个字就能说明为什么他如此谨慎了——刘庆拿来的是《汉书》中的《外戚传》。
《外戚传》中能有什么？自然是皇家外戚的故事，其中就有当年孝文帝逼死舅舅薄昭、孝武帝杀舅舅窦婴的事！
原来刘肇打算的，不仅仅是简单地从窦家手里夺权，而是要夺了窦家人的性命。他非常清楚打蛇不死的后果，因此不出击则已，出击就要一招毙命。
刘肇的行为有理有据，做事缜密果断，难怪后来自窦太后以下，窦家及其党羽都缺乏警觉。谁能想到这个平时闷声不吭的小子这么厉害？
所以说，什么是天分？
这就是天分。
可惜《外戚传》毕竟记载简略，凡事只知大概，不晓详情，总还是让人不能尽兴。于是，第二天刘肇又让刘庆去找郑众，让他仔细说一下文帝、武帝时期外戚们的故事。
有了理论依据，刘肇心里就淡定多了，现在他可以行动了。
六月初，刘肇下诏免去窦家的党羽、太尉宋由的职务，由司徒丁鸿暂代太尉一职，同时兼任卫尉。这是他动手前最后的准备。
司徒是百官之首，太尉总领三军，卫尉管理宫中禁军，掌握了枪杆子，刘肇毫不犹豫地开始行动。六月二十三日，刘肇前往北宫，下诏称窦宪企图弑逆，故命令执金吾和五校尉领兵驻守南宫和北宫。然后，他下令关闭城门，逮捕郭璜、郭举、邓叠、邓磊等人，将他们全部送往监狱处死，其亲属全部流放合浦。
之后重头戏来了。刘肇派谒者仆射到窦宪家收回窦宪的大将军印信、绶带，将他改封为冠军侯，并且勒令窦宪、窦笃、窦瓌、窦景四兄弟全部之国。
虽然刘肇碍于窦太后的面子没有直接处死这几个舅舅，但他并不打算就此了事。在敦促窦宪四兄弟回到封地后，刘肇马上派酷吏前往窦宪、窦笃和窦景的封国，进行严格的督查，深挖他们以往的不法行为，逼得他们几个不得不自杀谢罪。至于那个洁身自好的窦瓌，刘肇虽没有过于追究他的罪责，但他也在六年之后死于刘肇生母梁贵人兄弟的迁怒之下。
一夜之间，根须庞大的窦氏便被连根拔了个干净。我们在感叹刘肇办事干脆利落之余，不禁感到一丝奇怪：这个在刘肇口中号称要谋反的窦家，为何如此不堪一击？
史书上都说窦宪准备要“弑逆”，就是要杀皇帝。也就是说，窦宪的罪名是谋反。可实话说，看不出他有什么谋反的意图，也不像有谋反的样子。回洛阳两个多月，他一直忙的大概就是准备结婚这一件事。于是，有人便说，窦宪是被冤枉的，所谓谋反是一起冤案，不过是刘肇这小子要收回权力的一个幌子罢了。
可如果窦家完全是被冤枉的，那他们为什么不喊冤、不反抗？要知道，窦家可不是一个人，而是上至太后，下至文武百官，洋洋洒洒好大一群人。他们完全可以在事前、事中或者事后出来反抗一下。虽然可能没什么用，但吼两嗓子总还是可以的。为什么这么多人集体噤声，默认了呢？
因此，窦宪的案子绝不可能完全是一起冤案。也就是说，窦家确实有人想过或者说过要杀皇帝，而且这个人，或者他的同伙，是窦家非常核心的人物，足以让窦宪背上谋反的罪名也不敢反驳。
那想杀皇帝的人是谁呢？
答案其实很明显，应该就是窦太后和窦宪的女婿郭举。
之前已经说过，郭举作为窦宪的女婿，不仅可以随意出入皇宫，而且非常得窦太后的宠爱。窦太后的这种宠爱可不是一般意义上姑姑对侄女婿的宠爱，也非上级对下级的信任和喜爱，否则对于两人的关系，一般来说应该会写作“郭举得宠于太后”。然而，史书上的记载是“(郭)举得幸太后”。
如果你还反应不过来，那请想象一下如下场景：以汉朝皇室混乱的男女关系为背景，一个是三十多岁、正值虎狼之年的寡居太后，一个是二十岁左右、以“举”为名的精神小伙。你细品，这个“幸”字其实用得极为传神。
杀了皇帝，谁来坐龙椅？就凭他郭举？因此，所谓弑逆，可能就是床帏之间**时刻随口而出的戏言罢了，但这戏言不巧被窗外的郑众听了去，也就成了拿不出手却无法反驳的铁证。
皇家虽然乱，但也是要面子的。大概就是“你知道我乱可以，你说我乱不行”这么回事，于是只好将弑逆的锅甩给窦宪。至于窦太后，虽然没有遭受明面上的惩罚，最后大概也遭了软禁。永元九年(公元97年)闰八月，郁郁不欢的她年纪不及四十便崩了。
以刘肇的聪明，干掉窦家的主要成员显然还不能代表这场斗争取得全胜，接下来当然是对朝中大臣进行大换血。于是，自前任太尉宋由往下，刘肇以依附窦家的名义将那些靠着窦家关系上位的官员全部清洗。
那刘肇怎么知道谁是依附窦家的呢？很简单，窦宪之前一直在忙结婚的事情，而一人之下的大将军结婚，任何一个跟他有关系的人，还能不趁机有所表示，不然接下来自己怎么在朝廷混？于是，自中央到地方，但凡跟窦家有关系的，或者想搭上窦家这条线的官员，都赶紧派人到洛阳随份子钱，其中就包括汉中郡的太守。
然而，汉中太守的这个决定遭到了李郃的反对。李郃此刻只是汉中的户曹，但位卑未敢忘忧国，他并没有因为自己职位低就一味地唯权唯上。而且他后来做到了司徒，证明此公颇有些眼光和政治智慧。眼见窦家如此跋扈，猜想他们可能也蹦跶不了几天了，李郃就不愿意让自己的上司蹚这趟浑水。
汉中太守却不以为然：“大将军平定匈奴，立不世之功，且背后有窦太后支持，正值如日中天之际，什么人敢与他为敌！你也知道窦家人专横跋扈，如果这次不去巴结一下，事后窦家迁怒于我，怎么办？！”
“大人……”
李郃正要争辩，只见太守大手一挥，打断了他的话：“我意已决，不必再言。”
李郃见上司主意已定，难以劝说，于是退而求其次：“大人如果一定要去送礼，请让小人去办这件事。”
送礼其实是个技术活，太守也正为这事头痛，毕竟不是简单地把东西拿到大将军府往门里一塞，走个过场就能完事的。对于要巴结窦宪的人来说，礼不能白送。送什么、什么时候送、如何能在数以百计的礼品中脱颖而出、如何能在三言两语间让窦大将军记住自己，这些问题收礼的窦宪可以不想，送礼的官员却不可视而不见。至于李郃的办事能力，太守是了解的，既然他主动把事情揽过去，太守求之不得，便欣然同意。
但太守没想到的是，李郃这个人阳奉阴违，说是赶着去送礼，走得却不紧不慢，还故意绕远路。他五月份出发，到了六月底却还在半路上晃**。等李郃走到长安附近的扶风郡时，窦宪挨撤职、被赶回封国的消息已传遍天下。结果，刘肇在窦宪家中搜出了送礼的名单，但凡名单上有名有姓的，都被视为与窦宪交往的官员，全部遭到免职。只有汉中太守保住了官位。
在被作为窦家一党遭到清算的人中，还有一个人不得不提，那就是《汉书》的作者班固。
据说当初班固有个家奴有一次喝高了，当街冲撞了洛阳令种兢。种兢虽然只是一个县令，但他管的是首都洛阳，自然不是好相与的，寻常人哪里敢惹？可怒火中烧的种兢考虑到班固是窦宪的人，还是把气咽下了。但事情并没有就此揭过，等到窦宪一死，班固被免职，种兢立即行动，以搜查审讯窦宪党羽的借口抓捕班固，并大肆网罗班固的所谓罪责。但还没等到审判，几个月后，六十一岁的班固便死在狱中。
班固是不是窦宪的人？当然是，就凭他当年所作《封燕然山铭》的开头“惟永元元年秋七月，有汉元舅曰车骑将军窦宪”一句，不仅堂而皇之地说窦宪是“汉朝皇帝的大舅”，更将其放在“车骑将军”之前。如此拍马屁，班固自然是窦宪的笔杆子。因此，虽然后来皇帝刘肇下诏谴责种兢公报私仇的恶劣做法，但也挑不出更多毛病，只是将害死班固的狱吏处死，抵罪了事。
班固的死是可惜的，而且他的《汉书》还未完成。随后，皇帝下诏命他的妹妹班昭继续完成班固的遗作。可班昭同样没能在死前完成《汉书》的创作，最后是班昭的门生马续奉旨补足了最后的“天文志”，这才有了我们今天看到的《汉书》这一历史巨著。
对于刘肇来说，清除窦家党羽的同时，他还有一件事得做，那就是封赏功臣。
谁是功臣？最重要且最得皇帝信任和倚重的功臣当然是丁鸿和郑众。但丁鸿已位居司徒，更身兼数职，再次被封赏无形中也增加了这个老头儿的负担。没过两年，丁鸿便病死了。
丁鸿一死，刘肇便更加信任和依赖年富力强、身体倍儿棒的宦官郑众。郑众这个人的心思极为深沉，皇帝对他越信任，他越低调；皇帝越赏赐他，他越推辞。反过来也一样，郑众越低调，皇帝越信任他；郑众越是不受封赏，皇帝越觉得过意不去，因此越来越信任他。永元四年(公元92年)之后，刘肇先提拔郑众做大长秋，后来又让他参与议事。永元十四年(公元102年)，郑众成为汉朝第一个享受封侯待遇的太监，被封为鄛乡侯，食邑一千五百户。
单纯地信任一个宦官，问题还不算大，但刘肇的问题是，他信任的不只是一个郑众。还有不少宦官在扳倒窦家的过程中出过力，他们也深得刘肇信任，比如中常侍、尚方令蔡伦。甚至可以说，比起大臣和外戚们，刘肇在某种程度上更愿意亲近和相信宦官。
这些都还问题不大，因为年轻的刘肇有足够的政治智慧驾驭这些宦官，而且他很懂得体恤百姓。
“长安回望绣成堆，山顶千门次第开。一骑红尘妃子笑，无人知是荔枝来。”世人皆称杜牧的这首《过华清宫》道尽了唐玄宗的荒**、杨贵妃的恃宠而骄。然而，这些为了满足统治者一己私欲的贡品，其输送过程之艰辛又何止于此？
要知道，新鲜水果的特点当然就是“新鲜”二字。自水果从树上摘下来到进入食客口中，间隔的时间自然越短越好。在没有冷链运输的年代，为了和自然规律抢时间，人们将人力因素发挥到了极致。
临武县县长唐羌在给皇帝刘肇的上书中详细地描述了作为贡品的荔枝、龙眼的运送过程：国家以南海郡(今广州)所产的荔枝、龙眼为贡品，水果采摘下来后立即包装，然后以快马日夜兼程地从南海直运洛阳。途中每十里有一个驿站，驿卒到驿站后换马，每五里有一个吏员在路上等着。等着干吗？当时南海郡很多地方都还是未开化之地，路难走不说，还到处都是“景阳冈”，毒虫、猛兽特别多，人好好地在路上走着，指不定哪里就会蹦出一只白额吊睛的大虫将人吃了。如果途中出现伤亡，在路上等着的吏员就要发挥作用——不是替同事治疗或收尸，而是接过贡品继续赶路，至于死了的，如果没有意外，大概会曝尸荒野(奔腾阻险，死者继路)。
刘肇一手拿着荔枝，一手拿着唐羌的上书，看着唐羌上书中结尾的一句：“如此，这两样水果才能送达殿上，却未必有什么延年益寿的功效。”他陷入了深思。良久，他招来宦官下诏，从此免去南海郡荔枝、龙眼等贡品的输送。
此外，刘肇主政以后非常重视农业生产，为了减轻百姓的负担，还多次下诏减赋赈灾，关心百姓的生产生活。至于地方上前后报告的八十一次祥瑞事件，刘肇都以自己德行不够为理由统统压了下去。
一切似乎都预示着谁都无法阻止国家即将迎来又一个鼎盛时期，除了那早已注定的天意。然而，对于汉朝是否能够再现一段盛世这个疑问，十三年后老天表态了。
元兴元年十二月辛未(公元106年2月13日)，年仅二十七岁的刘肇突然驾崩，只留下年轻的邓太后。
太后邓绥是邓禹的孙女，家学渊博，行为得体。虽然她得以太后的身份临朝称制，但她毕竟年轻，如果在朝中没有可信任的大臣，很难指挥得动那些混迹官场多年的人精。于是，她不得不依靠自己的哥哥车骑将军邓骘，以及那些尚算忠心于皇帝的宦官。
至此，刘秀当年为了防止外戚和宦官乱权采取的一系列措施全部宣告失效。