除了渡江北上外，吴军在进攻方向上当然还可以有别的选择，刘玄初外的其他谋士、将领献计献策，分别提出了“下九江，扼长淮，以绝南北运道”“出巴蜀，据汉中，塞崤函以自固”等主张。不过康熙对此也早已防范在先，并站在战略高度提前做出了部署。
明清时的东南向为财富之区，赋税重地，“军国之需，尽仰给于江南”。吴军若要“下九江”，目标就是要在占领东南后，切断京城及清军的物资补给，康熙对此看得非常清楚，他指示“江西水陆皆与楚、闽接壤，尤宜固守”，下令固守江西并加强长江上游各重镇的防务，以阻止吴军顺流东下。
“出巴蜀，据汉中，塞崤函”，无疑志在西北，而康熙对西北也极为重视，将它和江南摆在同等重要的地位，除以重兵防守四川外，还特别重托陕西总督哈占、甘肃提督张勇、陕西提督王辅臣，让他们严密防守西北边陲，切勿给敌军以可乘之机。
吴三桂反叛后，朝廷闻变仓促，最初不及布防，所谓“京兵未出，诸道兵未集，地方处处无备”，但等到康熙进行全面布局和调整后，情况就不一样了。此时吴军无论是长驱北上，还是顺流东下，抑或进兵西北，都无法再一蹴而就，吴三桂本人也有束手无策之感，只是其他人不知内情，才会觉得吴三桂愚蠢固执，横竖听不进别人的意见（“三桂皆拒弗从”）。
反叛浪潮
就在八旗劲旅将吴三桂堵在湖广，使其进退不得的时候，南方突然掀起了一股汉官汉将从叛的浪潮。
打头阵的是广西将军孙延龄。孙延龄原系定南王孔有德藩下标员，地位不高、权力不大而且“无大才略”，他能够出人头地乃至成为封疆大吏，靠的是妻子孔四贞。孔四贞系孔有德之女，孔有德死后，全家只有孔四贞逃到京城，孝庄将其收为养女，封和硕格格。孙延龄因妻而贵，被授以“和硕额驸”的称号，朝廷“命之掌管王旗”，直至出任广西将军。
广西是孔有德生前的南征区域，孙延龄在广西所节制的部队即为孔有德旧部，作为其部下的都统王永年、副都统孟一茂等人也都是孔有德的旧将。众所周知，明末官军的专横跋扈，在历史上是颇为少见的，“进止多不从节制”，三藩势力就来源于这些人，孔有德的旧部虽有别于三藩，但也有着“素不奉约束”的习气。孙延龄年轻，缺乏统兵经验，“不能弹压官兵”，王永年便不把他放在眼里，竭力架空他，导致“一军唯知有都统，不知有将军”。
孙延龄不甘大权旁落，乃以王永年克扣军饷为由对其进行参劾，王永年亦与孟一茂等人合疏，参劾孙延龄贪赃枉法及纵容属下为害百姓。两边内讧，互不相让，弄得桂林“城门昼闭，乡民不敢入城”。
康熙闻讯派人到广西进行调查，最终查出孙延龄的罪状属实，但因念及他与孔家的关系，康熙特命宽免其罪行，没有对他进行追究。谁知日渐骄纵的孙延龄不仅不感恩，反而埋怨朝廷没有治王永年的罪，乃至“恨永年刺骨”。吴三桂叛乱后，康熙特授他为抚蛮将军，令其统兵固守广西，然而孙延龄仍纠结于个人私怨，一心只想着如何对王永年等人进行报复。
吴军占领湖南后，能否在湖南站住脚跟，既取决于他们和八旗军的正面攻守，也与湖南相邻各省尤其广西的态度息息相关，甚至如果广西能够与广东携手出击，就可以直接威胁吴三桂的后方。吴三桂因此致书孙延龄，对他百般拉拢，孙延龄认为这是一个私仇得报的机会，于是便假借议事的名义，将王永年、孟一茂等召至府中杀害，继而“遣人纳款于三桂，蓄发易衣冠，举兵反”。
在这股反叛浪潮中，最大牌的汉籍叛将不是孙延龄，而是三藩之一、靖南王耿精忠。耿精忠“鸣剑之心，已非一日”，还在迁藩期间，就已与麾下诸将密谋反叛。获悉吴三桂叛乱后，康熙立即下令停撤平南、靖南二藩，召回派往广东、福建履行撤藩任务的使臣，但这依旧没有能够挽回耿藩之心。
当时福州街头巷尾流传着一句谶语，云：“七星再拜真天子，分明火从耳边起，杀尽三山牛出血，身骑白马军中止。”耿精忠得知后大喜，自己的日夜图谋已天意相吻合：省城官方为防止火灾，在藩府所在地挖有七井，这就是“七星”，“七星再拜真天子”隐喻着福州要出皇帝；“分明火从耳边起”，火耳合并是个耿字，暗指皇帝就是耿精忠；福州境内三山鼎立，所以福州别称三山，“杀尽三山牛出血，身骑白马军中止”，当然是说耿精忠将在福州起兵，要杀他个人仰马翻了。
1674年4月20日，耿精忠诈称海寇来犯，将福建总督范承谟诱至藩府并加以扣留幽禁。当天，他伪托其祖父耿仲明入山海关时与三桂有约，率部起事，分别派兵袭取浙江、江西，与吴三桂遥相呼应。
在三藩之中，唯有广东的平南王尚可喜一直坚定地站在朝廷一边，也因此为朝廷所特别倚重，康熙晋封他为亲王，使他成为继吴三桂之后得此最高爵位的第二个汉人。孙延龄叛变后，康熙又命尚可喜出兵进行招抚和剿灭，同时阻止吴三桂势力顺势进入广西，不料尚可喜尚未建功，曾为耿精忠旧部的潮州总兵刘进忠便密通耿藩，拥兵反叛，这使广东方面亦陷于腹背受敌，举步维艰的困境。
法国传教士白晋如此评论吴三桂叛乱：“这一叛乱的危害性是如此之大，因为它为其他的叛乱提供了机会。”乾隆朝史家赵翼分析得更为透彻：“三桂蓄力已久，天下皆震其威……兵锋甚锐，是以四方响应。”
吴三桂历仕两朝，戎马经年，所将官兵甚多，镇守云南期间，更借“西选”网罗党羽，亲信遍及各省，再加上吴军一开始那种摧城拔寨、气势如虹的劲头，以及相形之下清军望风披靡、形势甚危的窘境，都给予外界以强烈刺激和暗示，所以只要吴三桂稍一煽惑，与之有着各种各样联系的汉官汉将便很容易予以响应。在孙延龄、耿精忠反叛期间，他们也先后加入了叛乱阵营，其中仅提督就有六人，总兵及以下将官更是不计其数。
神龟
“东西南北，在在鼎沸”，新一轮反叛潮来势汹汹，本已有所缓和的局势又被拖回了波云诡谲的深水区。趁着朝廷焦头烂额，忙于四处扑火之际，吴三桂重新发起攻势，见八旗劲旅紧扼荆楚，他一边派兵袭击荆州清军驻地，“每声言渡江”，一边依照谋士、部将们“下九江”“出巴蜀”的建议，向东西两翼分兵，“一由长沙窥江西，一由四川窥陕西”。
江西处在湖南、福建的夹攻之中，叛军尚未杀到，已经是民心不稳，乱象环生。按照康熙的说法，“地方奸徒”（也称“土寇”）四处捣乱，他们或啸聚一处抗拒官兵，或给叛军运送粮草，或散布传单制造混乱，或窝藏叛军奸细和向叛军提供情报，“所在背叛，忠义全无”。江西如此，受叛军威胁的其他省份情况也好不了多少，此时云、贵、湘、川、黔五省被叛军占领，又有这么多周边省份内部不稳，至此，全国大乱，山河破碎的局面已昭然若揭，实非中央政府发两份安民告示所能遮掩。
形势发展增加了吴军将士对未来的期待。之前谋士刘玄初上书吴三桂，打了弱与强、贫与富的两种比方。在他看来，吴军的老根据地只有云南，云南一隅之地，论地方经济实力，尚不足东南一郡，而朝廷却地域广大，仅荆、襄、江、汉之间，便能云集“吴越之财货，山陕之武勇”，因此吴军是弱者、贫者，朝廷是强者、富者。弱者的长处是快捷灵活，强者的优势是力大威猛，弱者与强者斗，弱者利于速决，强者利于持久。同样的道理，如果贫者与富者打官司，贫者最好能及早了结官司，因为你耗不过富者。
刘玄初据此极力反对顿兵不进的做法，认为越僵持下去对吴军越不利，最后只会自取灭亡。其他吴军将领、谋士的看法也大同小异，无论是“下金陵”还是“出巴蜀”，尽管各有侧重，然而从战略上讲都有一个共同点，那就是全力向前推进，决不能停顿下来。如果说原先吴军不是不想推，是推不动的话，现在则不同了，他们已经有了这个条件和可能。
让众人感到不解和失望的是，他们的统帅吴三桂虽然已重新发动攻势，但却始终没有表现出“直捣黄龙而痛饮”的愿望和决心，即便渡江云云也只是停留在口头上而已。吴三桂的这一态度甚至引起了海外关注，朝鲜国王得到报告称：“（清国）变异迭出，兵连祸结，而姑无朝夕危急之势矣。三桂苟有大志，扫清中原，则必已深入，而尚据一隅而不进，其无大志可知也。”
报告对政治局势的观察不可谓不深刻犀利。说穿了，吴三桂原本就没有什么雄才伟略，他只是一个舍不得丢弃荣华富贵的王爷，所谓“恢复汉家天下”之类的政治理想都离他太远了，特别是在荆襄防线受挫后，他已基本丧失了推翻清廷的信心，剩下来的念头都是如何才能保住既有果实，争取与清廷“划江而国”。
吴三桂是个很迷信的人。当初吴军杀入湖南，原本气势如虹，但当他们到达湘北的澧州时，突然雷电交加，一声霹雳过后，吴三桂所乘坐的车子竟被闪电击中，连车夫的须眉衣帽都烧焦了。吴三桂作为从生死场中冲出来的武将，当然不会怕什么雷电暴雨，他所畏惧的是天意——是不是老天给我警示，让我止步于此，不要再前进啦？
嗣后吴三桂禁止人们谈论这件事，但他自己却对此耿耿于怀。后来他听说衡山有一座岳神庙，庙里藏着一只铜钱大小的白龟，寿命达百年以上，当地人奉为神灵，常向它占卜吉凶且十分灵验。言者无心，听者有意，吴三桂亲自前往岳神庙，去了之后他把一张全国地图铺放在神座前，将“神龟”置于地图上，接着便默默祝祷，观察“神龟”的走向。
只见“神龟”在地图上蹒跚而行，然而始终没有越出长沙、岳州、常德的范围，最后又回转到云南停止。吴三桂一连占卜三次，结果都是一样，这使他终于确信自己以云贵为根据地，割据长江南端的设想完全符合天意。
动物比人诚实，即便“神龟”，也不会为了骗一点香火钱就故意投人所好，而人却往往会按照自己的主观愿望，一厢情愿地去揣测所谓的“天意”。吴三桂似乎从来没有设想过，“神龟”的走向会不会寓示着另外一种可能？彼时的他一脑门子都是这种念头：形势对我有利，我既有军事实力，又占半壁江山，儿子还是皇帝懿亲，朝廷必肯与我讲和！
画地讲和
1674年5月初，吴三桂用船只将被扣留的撤藩使臣折尔肯、傅达礼放还武昌，还让二人带去一封给康熙的信件。防守武昌的将军尼雅翰当即上报朝廷，并将二人及信件送往京城，康熙闻讯大喜，派侍卫迎至黄河，宣旨慰问，又命赏赐折尔肯等人衣帽鞋袜。
在没有看到吴三桂的信件前，康熙曾以为是乞降信，但他又不相信这种形势下吴三桂会投降，遂谕令勒尔锦：“朕考虑吴三桂向来狡诈，这里面（指写乞降信）可能藏有诡计。如果他服罪请降，王（勒尔锦）及将军等要商量对其进行招抚，同时要提高警惕，切勿上当。他若真的有心投诚，王等应以礼受降，但对其部属仍应严防，不可分散兵力，急于前进。”
直到折尔肯、傅达礼携信件抵达北京，康熙才知道吴三桂并不是要乞降，而且对其反叛亦无丝毫悔意。不久，达赖喇嘛五世上疏康熙，说：“若三桂力穷，乞免其死罪。万一鸱张（嚣张之意），莫若裂土罢兵。”吴三桂在反叛前与借与西藏互市之机，“岁遣人至藏熬茶”，双方关系相当密切，达赖的上疏表面是为康熙献计献策，实际是吴三桂的授意，要康熙承认既成事实，“裂土罢兵”，分国土给吴三桂。
吴三桂的信件没有保留下来，清宫实录也没有记载具体内容，但联系达赖的上疏以及吴三桂在长江南岸顿兵不进的情况，可知信件的内容很可能涉及吴三桂“划江而国”的图谋，以及遣还吴应熊等要求，也就是吴三桂在酝酿举兵谋反时，其婿侄们所建议的“索世子世孙于北，画地讲和”。
吴三桂及其婿侄还有达赖们，都太不了解康熙了。康熙从小接受严训，有着远大抱负，他连三藩这样的割据局面都不能接受，又怎么能够容忍“裂土罢兵”“划江而国”？达赖的建议因此遭到他的严词拒绝：“朕乃天下人民之主，岂容裂土罢兵，但（吴三桂）果悔罪来归，亦当待以不死。”
吴三桂起初轻视康熙，而康熙则打心眼里从头至尾都看不起吴三桂。同是降清的汉官汉将，除吴三桂外的另外两位藩王都是一开始就为清军效力，只有吴三桂是中途投诚，走投无路才被迫“摇尾乞降”，这不单是康熙的认识，也是整个清朝皇室对吴三桂的印象。吴三桂从献关到统一战争，为清廷立下汗马功劳，但到康熙当皇帝时，天下大定，他对此已经没有什么太深的感受，倒是吴三桂称霸西南乃至带头起兵反叛的种种行为就发生在眼前。
吴三桂反叛时发布了一个反清檄文，而清廷也有讨吴檄文，檄文痛骂吴三桂为人臣仆，“迭事两国，而未尝全忠于一主”，文字间对于吴三桂人格的蔑视可谓一览无余。继讨吴檄文之后，康熙又通过与达赖的对话，指出顺治封吴三桂为藩王，让他的儿子娶了公主，自己又加封他为亲王，其所受恩典，不但越过所有朝臣，自古以来都少见，“吴三桂负此殊恩，构衅残民，天人共愤”。
在康熙眼中，吴三桂就是这样一个不忠不义之徒，根本不配与自己平等对话，更不用说什么谈判平分疆土了。在给刑部、兵部的上谕中，他提道：“近览吴三桂奏章，语词乖戾，妄行乞请。”
吴三桂的婿侄们所效仿的是“汉高分羹之计”。这个故事中的项羽虽然优柔寡断，但并非心慈手软之人，死在他手上的仇家和无辜者不计其数。其实他在听了刘邦“也分我一碗汤”的话后，已经勃然大怒，准备杀了刘太公和吕雉，之所以改变主意，还得归功于那个在鸿门宴上吃里爬外的项伯，是他的一番迷魂汤，灌得项羽临时改变了主意。
吴三桂的谋士刘玄初对此心明眼亮，他在劝告信中给吴三桂提了两个建议：第一，不要放还撤藩使臣并企图让他们为你代言，他们被你抓了，已经是“辱国之臣”，回去后自己还害怕朝廷追责，又岂敢替你代言；第二，不要幻想世子（吴应熊）能够活着回来，因为“朝廷宁失四海，决不令世子返国也”。
果然，康熙的朝中没有项伯，多的是对吴三桂及其家族咬牙切齿的大臣。大学士王熙密奏康熙，请求将吴应熊正法，并将其首级传至湖南、四川，认为这样做不仅可以打击吴三桂，彻底粉碎吴三桂及其党羽的幻想，而且能够影响作战双方的士气，“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”。诸王大臣也都认为“（吴三桂）怙恶不悛，其子孙即宜弃市，义难宽缓”，劝康熙大义灭亲。
康熙原先不杀吴应熊，部分原因是希望牵住吴三桂的心，有一天主动悔过投降，但吴三桂军事势力的持续扩张以及吴三桂“画地讲和”的实际举动，让他认识到已不可能再把对方拉回头，至此，剩下来也就只有能否“大义灭亲”，与吴应熊彻底决绝了。
大义灭亲
春秋时，卫国公子州吁弑君篡位，卫国大夫石碏设计除掉州吁，又派家臣杀掉了与州吁同流合污的儿子石厚。《左传》在记载这件事时，给予石碏极高褒扬，认为他是一位纯粹正直的臣子，尤其因痛恨弑君者而选择把儿子杀掉的行为，更是了不起，“大义灭亲，其是之谓乎”——所谓大义灭亲，大概说的就是这种事情吧！
石碏的故事是“大义灭亲”一词的最早起源，从那以后，大义灭亲便俨然成了中国古代伦理道德中的一项判断标准，无论是普通百姓还是贵族大臣甚至皇帝，都必须接受它的检验。康熙当然也必须过这一关，因为只有这样才能证明他是一个好皇帝，而不是相反。
在臣民们的注视下，康熙终于做出了选择。1674年5月18日，他接受诸王大臣的建议，将吴应熊及其子吴世霖处绞，其余幼子免死入官（但三藩之乱平息后仍被处死），包括吴应熊的随从在内的应坐人犯分别正法。谕旨中说：“朕考虑乱臣贼子自己作孽，处罚他们的刑章分明，众人也都一致赞同进行处罚，朕不能再私下包庇。”
在吴应熊的在京亲属中，唯一没有受到株连的只有建宁公主。康熙深知她是政治婚姻下的牺牲品，且吴应熊父子皆已为朝廷所杀，虽然从康熙的角度来说，这么做乃是为祖宗社稷不得已而为之，然于情于理，他对自己的姑母终究不能不抱有歉疚之情。吴应熊获罪后，康熙仍对这位姑母恩礼备至，多次下谕表示：“公主被反叛所连累，多年来生活过得艰难窘迫，朕每每想到此处，未尝不感到难过。”
不管康熙如何予以关照，建宁悲惨的命运都早已注定，她的余生都只能在孤独和痛苦中慢慢度过了。建宁夫妻曾经共同生活的宅第名为公主府，亦称额驸府，此宅原来的主人是前明大学士周延儒，周延儒被崇祯赐死，而后吴应熊父子又被诛杀，所以人们都认为它的风水很不好。
公主府归宗人府所管，建宁死后，无子嗣可以继承，宅第自然由宗人府收回，另行分配给其他王公，但在很长一段时间内都无人敢住。一直到民国，由于有人自缢于此，凶宅之名遂不胫而走，民间将其列为北京“四大凶宅”之一。
生活从来都不会饶过任何人，失去爱人的魔咒很快也应验在了康熙自己身上。6月6日，皇后赫舍里氏生下一名皇子（赫舍里氏所生的第二个皇子，第一个皇子已于四岁时夭折），康熙此前虽然已经做过几次父亲，但依然非常高兴，他当即给皇子取乳名保成，意为保证成功，平安成长。与此同时，皇后本人却因难产而昏迷不醒，当天她即抛下丈夫和孩子撒手人寰，死时年仅二十一岁。
康熙和赫舍里氏所经历的是青梅竹马一般的爱情，康熙一直对赫舍里氏抱有一种特殊情感，她的暴卒令康熙悲痛不已，喜得嫡子的欢快心情顿时烟消云散。
赫舍里氏死后，康熙亲自执笔，为她撰写了感情真挈、朴实无华的谥文（康熙后两任皇后去世，谥文均由大臣撰写）。清朝皇后的谥号一般都以“孝”字开头，但康熙别出心裁地给赫舍里氏多加了一个“仁”，使其谥号为“仁孝”，显示出赫舍里氏在康熙心目中独一无二的地位。
不仅如此，康熙还下令为赫舍里氏辍朝五日，以示悼念。明清虽然都有因丧辍朝制度，但在为皇室成员辍朝方面，主要限定于大行皇帝和皇太后，皇后嫔妃的例子很少，此时又正值平定三藩之乱的非常时期，康熙能够这么做，实为难得。
辍朝五日之后，除了国事不能丢开外，康熙仍旧沉浸在对亡妻的缅怀之中。他先将赫舍里氏的梓宫安放在紫禁城西，由于自己的陵寝尚未兴建（皇后照例需入葬皇帝主陵），他又亲自将梓宫送往巩华城（明行宫所在地，也称沙河店行宫），夜晚方归，而无论皇后梓宫是在紫禁城西还是在巩华城，他都经常前去举哀。海内外观察家均注意到了康熙这一异乎寻常的举动，朝鲜使臣回国后向其国王报告：“清皇不恤国事，**嬉日甚，每往哭沙河宫殡后之所。”
朝鲜人把康熙对皇后的悼念理解成贪图享乐，荒疏国政，固然有着他们自己的主观偏见，但也说明，在这个世界上，谁都不能完全代替别人的感受。就好像康熙同情建宁的遭遇一样，说到底，也仅仅是同情而已，只有当不幸降临到自己身上的时候，他才会真正感受到那种可能随时被“大义”灭掉的“亲”有多么可贵，痛失爱妻的康熙正是如此。
更大的亏
距吴应熊父子被处死两个月后，吴三桂才得到消息，当时他正在吃饭，闻讯立即放下酒杯，流着眼泪说：“今天是真的骑虎难下了！”又说：“皇上不过是个少年，竟可以做到这一步？完了！”说完，他把面前的食物一推，一口也吃不下去了。
康熙的处变不惊和运筹帷幄早已令吴三桂刮目相看，但他仍然低估了这位少年皇帝，他没有想到康熙平叛的决心如此之大，对于双方谈判的桥梁能够说斩断就斩断，既不给别人留退路，也不给自己留后路。
除了武功足以鹤立鸡群外，吴三桂与大多数降清的明末将领没有什么不同，即无远见，无理想，无节操，为人处世“善持两端”，随时发生动摇。自举兵反叛以来，其实他就有些懊悔，觉得自己可能做了一件亏本生意，心里一直想着的都是如何才能少蚀点本钱。
吴应熊父子对吴三桂而言当然是相当重要的，占领湖南后，他借谈判“生得其子”的信心已经大增，然而正所谓“机关算尽，反误了卿卿性命”，转眼之间，这一线希望就被无情割断了。
一边是如意算盘的被彻底打破，一边是徒然沦为牺牲品的爱子幼孙，吴三桂百感交集，既愤恨失望，又痛心沮丧，其间因而发病，“竟以似死人”，但为了不致动摇军心，他又不敢在众人面前过于表露自己的悔恨情绪，只能暗地里老泪纵横，像崇祯临死前那样埋怨“诸臣误我”，说自己“吃这一伙（指他的婿侄、部将）了”。
吴三桂还不知道，他更大的亏吃在哪里。由于低估了康熙和对谈判存有不切实际的幻想，吴军没有借反叛潮涌起之机，发动孤注一掷的大举进攻（不管是往哪个方向），这是他在战略决策上的一个重大失误，且未来没有任何可以挽回和弥补的余地。吴军大将吴国贵后来承认，“（吴三桂）从前所为皆大误也”，他认为吴军当时最正确的做法应当是“宁进而死，不退而生”。
早在新一轮反叛潮掀起之际，康熙已经在动用他全部的资源，竭力抵消各路叛军进攻给己方所带来的压力。那一时期，受威胁最大的是江西，江西为广东门户，水陆皆与楚闽接壤，乃吴、耿两军必争之地，该省一旦有失，必然危及广东，如此长江以南将悉为叛军所有。康熙对此极其重视，认为“江右为粤东咽喉，江浙唇舌，所关綦重”，他一接到江西巡抚奏报，得知吴军“欲犯江西袁州、吉安”，便马上向袁州、吉安和江西其他地区派出重兵，以防止吴、耿会师江西。
等到吴三桂从梦中惊醒，最佳的出兵时机其实已经错过。在感觉谈判的退路已断，不得不与清军殊死一搏的情况下，吴三桂才命令所部向江西急进。尽管如此，夹攻江西的吴、耿两军仍保持着迅猛的势头，兵锋所指，“守兵或降或遁”，加上“土寇”的里应外合，致使江西形势十分吃紧。康熙急忙调整部署，相继派出定南将军希尔根等满人将领前往江西助剿，同时命增援广东的部队调转方向，先增援江西，原定去荆州的八旗援军也随之改赴江西。他还通过手书谕令要求将领们必须死保江西，尤其袁州、吉安、赣州等要地更不容失陷，因为这些地方若有闪失，“广东声息必至梗阻，广东梗阻则势益危急”。
经过将近一年的鏖战，清军终于打破了叛军对江西的夹攻，江西转危为安。在此过程中，康熙的反应之快以及调兵遣将的效率之高，均令人惊叹。事实上，从战争开始，他就命令兵部在原有的驿站之外，每四百里设置笔帖式、拨什库（二者均为办事官员的官名）各一，从而建立了一个专门的通信机构。这一新机构的差员每一昼夜可行千余里，由北京到荆州五天便可以往返，由北京到浙江则只需四天，在当时的条件下，可以说已将畜力交通的使用发挥到了极致。
康熙每天接到的各地奏章达三四百本，经他一个字一个字亲自批阅的有四五十本，包括军务在内，一天手批口谕，可处理五百余件事务，这使得他虽然足不出京城，但对前方战况变化以及将士勇怯与否均了如指掌，从而可以做到“指麾臂使于数千里之外”“上下畅达，事无稽迟”。据说吴三桂在得知康熙驿报神速，机谋深远后也自叹弗如，唯有仰天长叹，说：“难以和他争锋啊！”
正是因为对前线情况洞若观火，所以康熙对参战的八旗军并不满意。他原先曾抱着乐观想法，认为只要八旗劲旅一出，叛乱很快就能平定，南下荆州征剿的大将军勒尔锦也信誓旦旦地向他做出保证，说“进取云贵之期，不过八月”。实际情况却是相反，八旗军行进迟缓，不过六百里的路程，居然走了一个月，致使吴军乘虚猛进，迅速占领湖南，将其势力推进到了长江南岸。
问题到底出在哪里？康熙分析后得出结论，认为主要还是将领不行，由于将领不行，使得八旗士兵没能表现出他们应有的战斗力和进取心，即俗话说的“兵熊熊一个，将熊熊一窝”。
军威万里风雷疾
清初八旗军的统帅多为开国诸王，至三藩之乱爆发时，不仅开国诸王大多已不在人世，就是顺治朝有过战争经验的第二代宗室诸王，很多也早早就在青壮年时期夭折，而从顺治末年到康熙初年，国家渐渐安定，少有战事，宗室子弟难得再有上阵历练的机会，当然更不用说取得战功了。在这种情况下，康熙很难挑到高级爵位和显赫军功同时兼备的人选，为此只好先顾一头，将至少爵位能够威压众人的亲郡王派去前方压阵。
被选中的亲郡王多为开国诸王的后代，但他们上了战场之后，不是指挥不当，就是“耽于安乐，胆怯如鼠”。顺承郡王勒尔锦就是个典型例子，他是礼亲王代善的曾孙，代善被努尔哈赤赐号“古英巴图鲁”，是勇士之最的意思，即便到勒尔锦的爷爷、父亲，也是勇不可当，轮到勒尔锦则全无父辈们的风采。事实上，他在荆州防线之所以缺乏作为，既有天时地利的客观条件限制，也有主观因素，清代笔记中就记载了勒尔锦坐镇荆州期间，听说吴军杀到，竟至“踉跄而归”。
勒尔锦打仗缺乏勇气，从地方上攫取财物，“希图回家为富足之计”倒是不落人后，主帅的行为举止直接影响到普通官兵的心态，不少人也因而“逍遥河上，殊无斗志”。康熙对此非常不满，他严厉斥责勒尔锦等人，认为常德、澧州、岳州、长沙等湖南要地本来都是可以保住的，最终陷落，“皆是你等畏懦不前，坐失险要之故”。
三藩之乱初期，无良将可用的现实曾经深深困扰着康熙，也令朝廷在一段时间内陷入了疲于应对的被动局面。朝鲜人在中国收集情报，就从一个汉人口中听到这样的话：“皇帝年少性急，近因丧患兵乱，心气暴发，不能自定。诸王诸将亦无智虑之人，吾辈不知死所。”
既然没有现成的良将可用，那就只能把更多的人派到战场上去，比如除亲郡王之外的贝勒、贝子，一边让他们经受战争的磨炼，一边从中挑选和发掘可造之才，但勒尔锦的教训让康熙认识到，不能只派毫无经验的皇族嫡系上去单打独斗，还得为之配备经验相对丰富的参赞集团。正好此时南方前线只有荆州由大将军勒尔锦统辖，其余各地的将军都互不统属，康熙认为这样不便于协调作战，容易贻误战机，于是便决定增派大将军及其参赞集团。
1674年7月28日，康熙授康亲王杰书、贝勒董额为定西大将军，命二人分别赶赴浙江、四川（实际仅至陕西），至10月23日，在不到三个月的时间里，他陆续增派了五名大将军。这些大将军多数位高权重同时也欠缺军事经验，但身边另有具备军事经验的底层宗族子弟作为参赞，以对其进行协助。
征剿阵容由此大为改观，包括勒尔锦内，已有六名大将军转战于前线，正如康熙自己在诗中所写：“临轩重简轻藩出，军威万里风雷疾。”大将军们不仅在出征时带去归其指挥的八旗劲旅，而且到任后可统一指挥、相机调动所在辖区内的部队，因此大将军辖区实际就是作战区。在自己所在的作战区内，大将军通常拥有相当大的自主权，不必凡事都奏请皇帝批准，特殊情况下甚至允许改变皇帝的旨意，勒尔锦就曾得到康熙的指示：“勿唯朕谕与议政大臣之议是非。”
康熙这一轮的战略部署是固守荆襄，对吴三桂占据的湖南、四川取守势，但对江西和东南区域取攻势，包括康亲王杰书在内，新派的六名大将军里有三名都被投入江浙，而且全是亲王。
相对于康熙清晰的作战思路，吴三桂却让谋士和部下们有些捉摸不透。在湖南境内，他命人砍伐树木，赶造楼船巨舰，做足了要渡江北上的架势，而已经造好的吴军战船也奉命日夜出没于长江和洞庭湖之上，似乎随时都会对北岸的清军驻地发起猛袭。可是数月过去了，吴三桂在渡江方面依然毫无动静，也无速下荆州之意，每逢部下请战，他用来推托的借口还是老一套，即八旗骑射厉害无比，吴军没法到平原上去和他们决战。
吴三桂向来都是个滑头的角色，很少肯干一锤子到底的事情，面对八旗军这样的强敌，保存实力，不轻易与之决战，的确符合他的一贯个性。另外，康熙的江上布防乃至整个平叛部署都布置得极其周密，从7月至10月，接连有三位大将军被派往川湖赣三省，按照各自使命，他们或主攻岳州，或由江西取长沙，或由陕西攻打四川，这也使得吴军四面受敌，难逞其志。
不过话又说回来，吴三桂如果决意要渡江也没太大问题：北渡并不是非和八旗军决战不可，八旗骑射固然厉害，可既然只能拼到底了，总得在战斗中领教和适应，而且越早越好；康熙在湖南、四川采取的是守势，三位大将军最初所策动的攻势均为牵制性质，为什么用他们进行牵制？就是要阻截吴军在正面的伸展。
吴三桂不是看不到这些，他之所以裹足不前，其实是因为他根本不想北渡。
一个人的格局和抱负决定了他到底能走多远。吴三桂叛乱的主要动因是抗拒撤藩，在发起叛乱，据有长江以南的数省之后，他便以为划江为国已成定局，即便吴应熊父子被杀，在他看来也只是与朝廷对等谈判已无可能，但他仍可以凭借军事实力割据一方，而康熙也莫奈他何。
在康熙加派大将军出征期间，吴三桂不断增兵防守湖南，除了派三员得力大将并守岳州外，又在醴陵造设木城，并增设总兵十余人，士兵七万，另外还有三千苗彝兵。相比于造舰，这才是吴三桂真正的军事部署，而造舰云云只是做做样子的障眼法。无怪乎魏源会以史家的眼光如此评论：“三桂年老更事多，欲出完全，不肯弃滇黔根本，初得湖南，即下令诸将毋得过江，以为事纵不成，可以划江而国。”
这分明是在出卖我
三藩之乱期间，朝鲜驻华使臣向其国王报告，说：“清人调兵，犹不用汉人，故汉人之于清人无怨无德矣。”其实这是一个带有主观臆断的虚假信息。当时全国的八旗军总共只有二十余万，不打仗时一半在京，一半散驻各地，虽然在战争中康熙已把八旗军的机动兵力都尽可能派上了前线，但在数量上仍远不及叛军。相比之下，由汉人组成的绿营约有六十余万，为八旗军的三倍，这是一个各方都不敢忽视的力量，因为他们在战争中支持哪一方，哪一方的力量和声势就会大增，即古语所谓的“助楚则楚兴，助汉则楚亡”，除非康熙不想赢得战争，否则他怎么可能忽视绿营（也包括八旗汉军）？
另一方面，绿营对朝廷的忠诚度在总体上不及八旗，却也是事实，仅在云、贵、湖广、四川，附逆从叛的绿营提督和总兵就不在少数，所以自平叛战争开始以来，康熙既注意提高绿营兵将的地位，发挥其作用，但也从未放松对他们的戒备和防范。
各省绿营中，康熙对陕西最为关注。陕西乃边陲要地，“素号严疆”，该省绿营向以骁勇善战驰名，而且兵力也超过他省，用康熙的话来说就是：“天下绿旗（即绿营）兵无如陕西强壮，而其数较各省倍重。”陕西的不少绿营将领在历史上与吴三桂有关系，在西北诸将中颇具威名的甘肃提督张勇、陕西提督王辅臣过去都是吴三桂的老部下，尤其王辅臣与吴三桂的关系更为密切，倘若他们串通一气，由侧面进攻北京，无疑将对清廷造成严重威胁。
还在吴三桂出兵湖南、四川，康熙调兵遣将最为繁忙的时候，他就特地降谕陕西总督哈占及张勇、王辅臣等人，让他们积极举报吴三桂用于招降的“伪札、伪书”，并表示：“你们都是朕擢拔的股肱之臣，捍御边境、绥辑军民就全依靠你们了！”
果然，吴三桂派人找到王辅臣的旧属汪士荣，命他间道潜入平凉，将自己的两封信和两道任命札送交王辅臣，同时托王辅臣将其中一封信和一道任命札转交给张勇，企图策动他俩随己叛乱。
吴三桂过去虽待王辅臣不薄，即便王辅臣负气离开云南，他仍亲自为之送行并赠送两万两银子作为路费，但康熙作为皇帝，对王辅臣更有莫大的知遇之恩，不但授予要职，而且在进京陛见时无微不至，仅仅共赏花灯、赐枪这些，就足以把王辅臣感动到不知说什么才好。如此一比较，孰轻孰重，一目了然，更何况吴三桂已经成了反叛者，要他走的也是一条叛逆之路，从个人利害得失的角度进行权衡，王辅臣也不可能再投向吴三桂。
按照康熙先前的指令，王辅臣立即拘捕汪士荣，随后便派义子王继贞将汪士荣连同“伪札、伪书”一并解送京城，交给朝廷处理。康熙对此非常高兴，嘉其“坚守臣节”，授王辅臣三等精奇尼哈番（清代爵名，意为三等子爵），授王继贞大理寺少卿，“加恩以彰激劝”。
王辅臣的做法却把张勇给激怒了。张勇与王辅臣一样系明末降将，但他的资历较深，在顺治朝时即出任云南提督，是当时军职最高的绿营武官，以后出镇西北的时间也比王辅臣要早。
张勇自认要论对清室的忠心程度，自己绝不亚于王辅臣，最重要的是，既然吴三桂托王辅臣向他转交“伪札、伪书”，事情已经涉及他，王辅臣在决定向朝廷检举前就理应和他打个招呼，或至少邀他密商一下，结果王辅臣什么都没做，使他陷入了尴尬处境。
张勇很担心因此遭到朝廷的怀疑和猜忌，他愤愤地对王辅臣说：“我俩本来关系很好，不分彼此。你想做忠臣，也应该先让我知道，然后我俩共同派人向朝廷汇报，可是你却抛下我，一个人向朝廷表忠心，而令朝廷对我产生怀疑，这分明是在出卖我！哼，我倒要看看，你这个‘忠臣’究竟能做到几时？”
不久，归附吴三桂的四川总兵吴之茂派人向张勇送劝降书，张勇总算逮着机会，赶紧将来使同劝降书一起解交给康熙处理，康熙也下令“从优议叙”，给予嘉奖。
虽然张勇为自己洗脱了嫌疑，但他也从此和王辅臣翻了脸，两人私下里势同水火。其实王辅臣并不见得有张勇想象的那么阴险，他是一个比较纯粹的武人，斗大的字一个不识，做起事来往往欠缺考虑，同时他又不像吴三桂等人那样设有幕府，紧要关头身边无人能够及时提醒，以便“得其一言为用”。也正是因为这个缺陷，当面临下一个人生选择时，王辅臣终于没能保持足够的理智，走向了一条不归之路。
是要置我于死地
这边王辅臣、张勇刚刚因检举“伪札、伪书”受到嘉奖，那边吴三桂已下川湖，陕甘应声告急。陕甘倘若沦陷，则吴三桂便能将西北、西南连成一气，足可自保，陕甘一路的军事也因此变得特别敏感和重要起来，急需派朝中重臣前去主持。
刑部尚书莫洛曾为鳌拜党羽，鳌拜被擒后，本来要被问罪，但由于他在任山陕总督时素得民心，建有惠政，遂得以免罪。康熙经过斟酌，认为他是主持西北军事的最佳人选，遂特授莫洛为经略大臣，并加武英殿大学士，命其率满兵进驻西安。
康熙派重臣经略陕西的另一个目的是监督绿营将领。在吴军进攻四川的过程中，从四川巡抚、提督、总兵起，汉官汉将纷纷从叛，致使吴三桂几乎未用吹灰之力就占领了四川全省，康熙对此无论如何放心不下。按照他的职权设定，莫洛到陕西后，“巡抚提镇以下悉听节制”，四川总督、巡抚都是满人，自然不用监督，莫洛受命监视和节制的对象主要还是王辅臣。
康熙虽然防范绿营将领，但不流露于表面，而且懂得如何通过抚慰和关怀等手段，拉近与这些将领的距离。莫洛却无此心计，也不能正确理解皇帝派他赴陕的意图，他时常把对绿营将领的怀疑和戒备直接写在脸上，结果铸成了大错。
当时安西将军赫业已率八旗军进抵四川，在克复七盘、朝天等险关后直抵重镇保宁。吴三桂的大将吴屏藩、从叛的原四川提督郑蛟麟等力拒固守，同时大量吴军盘踞于广元所属的百丈关诸处，两军相持不下。康熙认为，吴军主力正在荆襄一线与己方相持，不如乘此机会由四川“径袭其后”，即先克复四川，接着或取贵州或取云南，于是他诏令各部一面增兵保宁，一面增援汉中、广元一线，莫洛及其陕西官兵也接到了这一诏令。
王辅臣奉旨“听莫洛酌遣”，也就是听从莫洛安排，或者入川跟着赫业的八旗军打保宁，或继续留守原驻防区平凉。王辅臣接旨后主动要求进京密陈韬略，康熙考虑军事征剿任务繁重，来往不便，因而劝谕他不要进京，如有重要建议，可与莫洛面谈。王辅臣依令从其驻防地平凉骑马飞奔西安，向莫洛陈述了有关征剿的几点想法，谁知莫洛非但听不进去，反而认为“其意忤谬”。王辅臣个性倔强，为人傲气（否则当年也不会离吴三桂而去），莫洛的态度严重伤害了他的自尊，从此便对莫洛产生了怨恨和嫌猜。
为了摆脱莫洛的辖制，王辅臣再次上奏康熙，表示“愿往湖南随征立功”，因为他当年曾随洪承畴出师湖南，熟悉当地的风俗民情。可是康熙并不了解他的真意，更不知道他与莫洛的关系已经如此紧张，便答复说无论到湖南还是到四川，都可立功。王辅臣的请求被拒，只得继续随莫洛调遣，但内心一直怏怏不乐，保宁之战打了几个月仍无结果，陕西作为提供粮饷的后方压力很大，莫洛担心时间长了陕西百姓难以承受，便奏请亲赴汉中增援，以速下保守。康熙同意了他的请求，同时催促新任命的定西大将军董额也迅速进兵四川。
鉴于先期奉命入川的四千绿营兵已因缺饷而逃散，莫洛请准康熙，决定增募万余绿营兵用于征剿，并檄王辅臣随征。王辅臣长期统带绿营，对绿营的情况比莫洛更熟悉，他劝告莫洛说新招募的士兵还不能予以充分信任，带他们进征四川为时过早，莫洛置之不理，根本不把他的话当回事儿。
王辅臣应命随莫洛出征，觉得兵力不够，就向莫洛请求增兵，莫洛倒是给他添了两千骑兵，但却又抽走了王辅臣所部的两千匹好马，而易之以疲弱的劣马。
谁都知道战马对骑兵的重要性，勒尔锦在荆州错过战机，原因之一就是战马不得力，王辅臣怒不可遏，当众说：“经略（指莫洛）尽调我良马，而以疲瘠者给我，是要置我于死地！”
王辅臣的部下多与吴三桂有旧，吴军在数月之间连下川湖的消息传至西北，令他们动摇不定，私下里纷纷向王辅臣进言，要求响应吴三桂。王辅臣虽然嘴上说“宁杀我，无负朝廷”，但内心其实也很犹豫，所以清代官书中多责其“怀叛志”。这样的心理加上王辅臣与吴三桂的特殊关系，以及他本人“信以处友”，颇重友情但又常常喜欢意气用事的个性和为人，成为王辅臣产生反叛念头的基础，而莫洛的怀疑和轻视则像催化剂一样，使他的念头很快变成了行动。
说反就反
得知莫洛仅率新招募的绿营兵出征，康熙也觉得不妥，紧急派人传谕说：“断不可轻易率兵前进，进必有变。”莫洛固执己见，依旧率部启行，并由秦州入川。
这时因四川水陆粮道皆为吴军被阻，清军粮运不继，已自保宁撤兵，康熙命莫洛亲自殿后接应，同时他又考虑到莫洛所统军队都是新招募的绿营兵，战斗力薄弱，而巴蜀山路险恶，若不以八旗军继之其后，一旦遇上吴军首尾夹击，就难以策应，为此专门传谕董额，要他“兼程而进”，争取尽快与莫洛会合。
董额接到了指示，但所部仍然行动迟缓，未能及时赶到会合地点，更让人意想不到的是，前来夹击莫洛军的不是吴军，而是自己人——王辅臣军！
1674年12月30日，莫军行至宁羌州，其驻地与王辅臣的军营相距仅两里许。王辅臣趁其不备，一面暗地里截住各处险隘，一面率众喊着“马羸饷缺”的口号，向莫军军营实施了突袭。
随王辅臣入川部队的实力其实并不强，但莫军更弱，而且还猝不及防，处于完全被动的地位，幸亏莫洛的亲随满兵临危不惧，奋起抵抗，才拼力击退了王军的第一波攻势。
开弓没有回头箭，王辅臣亲自上阵督战，指挥部属对莫军枪炮齐发。莫军营地在弹雨中被摧毁，莫洛也在被一颗火绳枪流弹击中后当场身亡，官兵有的逃走，有的死于敌军之中，余下的两千余绿营士兵全部被王辅臣收降。
被收降的士兵并不愿参加叛乱，在王辅臣率部从宁羌州（今陕西省汉中市宁强县的旧称）撤至沔县（今陕西省汉中市勉县的旧称）的途中，他们纷纷逃亡，跟着王辅臣自平凉入川的部卒也因思乡而散去了数百人，这使王军的力量变得更加薄弱。本来董额的八旗军已到了沔县，如果立马扑上去弹压，王辅臣很可能吃不了兜着走，但董额和刚到荆州前线时的勒尔锦一样胆怯惧战，听说王辅臣发动兵变，吓得不敢动弹，不仅未就近对王军“相机剿定”，而且还以栈道被阻塞，部队无法前进为由，急速退回了汉中。
通过董额的奏报，康熙得知了宁羌兵变的消息，不过当时还不清楚莫洛的下落和变乱详情，为了防止事态扩大，他在采取应变措施，四处调兵增援西安的同时，传谕兵部和陕西总督哈占，要求在查证王辅臣反叛事实之前，不得加害其妻小。
康熙认为自己待王辅臣那么好，“谊则君臣，情同父子”，王辅臣此前也表示了对朝廷的忠心，怎么可能说反就反？在他看来，即便事情被证明是真的，王辅臣也极可能只是遭到了部下的挟持和胁迫，身不由己之故，“即王辅臣果反，或出一时胁迫，亦未可定”。
直到莫洛标下的一名军官自栈道逃回，向陕西方面报告他目睹的情况，哈占再据此上奏，康熙才知道王辅臣真的反叛了，而且并不是受到什么挟持或胁迫，因为有人看到他亲自督阵并打死了莫洛！
康熙“闻之，殊为骇异”，内心受到了很大的震动和冲击，但仍想不通这究竟是怎么一回事：王辅臣如果早就想着要反叛，又何苦要将吴三桂招降他的书札及来人送交朝廷处理？难道是和吴三桂唱双簧，故意在朝廷面前演一出苦肉计？
康熙下令召见王辅臣的义子、已被委任为大理寺少卿的王继贞。王继贞一进内廷，康熙就似告似问地对他说：“你父亲反了！”王继贞并不知道王辅臣反叛的事，王辅臣事先也没有和他通气，一时间被问得丈二和尚摸不着头脑，只好应声答道：“我不知道啊！”
康熙见状便把宁羌兵变的奏疏交给他看，王继贞不看犹可，看后吓得浑身战栗，连话都说不出来了。过了好一会儿，他才把王辅臣与莫洛之间的矛盾告诉康熙，康熙弄清原委后，安慰他说：“你不要害怕，我知道你父亲一向忠贞，决不至于做出谋叛的事。现在看来还是经略（莫洛）不善于调度指挥，所以才会发生平凉兵变（即宁羌兵变），以致逼得你父亲不得不从叛。”
康熙重新生出了招抚王辅臣的希望，他让王继贞立即前去平凉面见王辅臣，“你把我的命令告诉你父亲，就说你父亲无罪，杀经略（莫洛），罪在众人（指王辅臣的部众）。你父亲必须竭力约束部众，破贼立功，这样朕连众人的罪行也将一并赦免，决不食言”。
王继贞随身还带去了康熙的敕谕。在这份敕谕中，康熙没有因宁羌兵变责备王辅臣一个字，反而把责任都归咎于自己，表示如果王辅臣能够反正，将既往不咎，且官职不变，仍可继续担任陕西提督，“朕推心置腹，决不食言”。