当姚启圣还在福建布政使任上时，就以郑军“异常猖獗”，亟须恢复水师提督一职为由，向康亲王杰书专门举荐了施琅。可是杰书并不了解施琅，对此采取了慎重态度，接着康熙又调杨捷出任水陆提督，这就使得施琅再出任水师提督的可能性变得不大了。
康熙欲以杨捷兼管水陆两师，但杨捷到任后便叫苦连天，自己提出“福建水陆进兵，势不能兼顾”，康熙遂下旨命姚启圣等人保荐专任水师提督的合适人选。姚启圣喜出望外，他正打算借此机会保荐施琅，不料施琅之子施世泽在海澄战役中突然被俘，由于情形不明，他到头来还是没敢明着保举施琅，只是在奏疏中含糊其词地暗示了一下。
康熙让你们保举人才，也没有让你们给他打哑谜，毫不意外，姚启圣的这封奏疏如同泥牛入海，再也没了音信。姚启圣越想越后悔，当上福建总督后不久，又鼓起勇气，再次上疏明确请求起用施琅，为了替施琅撇清可能通敌的嫌疑，他还在奏疏中特地指出：“施琅即有一子在海，尚有六子在京。”意思是说就算施世泽叛变投敌，施琅也断不会为了这一个儿子而舍弃其他六个儿子。
令姚启圣颇为沮丧的是，这时康熙已经选中万正色，福建水师提督一职轮不到施琅了。尽管他而后又第三次推荐施琅，并建议让施琅以将军的身份（施琅曾被授以靖海将军）与提督万正色共同统辖水师，或干脆将万正色移调广东，但依旧未能得到朝廷的同意。
催化剂
所谓山重水复疑无路，柳暗花明又一村，万正色在征台前夕的知难而退，重新为施琅出山带来了希望。另外一件对施琅复出极其有利的情况是，施世泽虽被迫在郑军中担任了官职，但他暗通姚启圣，谋擒郑经献厦门，旋因事情败露而被杀，此事自然有助于解除朝廷在这方面对施琅的疑虑。
借此良机，姚启圣第四次保荐施琅，果然功夫不负有心人，这次康熙终于开始考虑施琅了。
此时施琅居京已达十三年之久，而且一直在康熙身边做内大臣，“朝夕侍御”，又“参预商酌军机事宜”，可是在此之前，康熙却从未想过要起用他，哪怕是像万正色那样，先让他担任内陆水师统领。为什么？
原因很复杂。尽管施琅与郑氏父子仇深似海，但朝中仍有一些大臣怀疑施琅与郑氏集团藕断丝连，甚至认为施琅两次出征台湾受挫，不过是以飓风为借口，实际并不想真正收复台湾，后来施世泽的被俘和被迫加入郑军无疑又强化了这一印象。再退一步说，即便大家对施琅的忠诚没有疑问，但他两度征台又两度遇风而返，也会引起人们的看法，进而对其在超大规模海战中的指挥能力提出疑问，康熙可能或多或少都受到了这方面的影响，导致其无法对施琅予以完全信任。
除此以外，施琅的性格也给他自己加了不少负分。施琅效力郑军时就有恃才傲物，难以与人合作的问题，他与郑成功发生冲突，固然可以归咎为郑成功忌才刻薄，“以**刑失国士”，但也暴露了他作风粗暴，得理不让人的一面。降清及至入京后，施琅在为人处世上并未有太多改变，李光地在未与他深交之前，“素闻其骄傲”，另一名大臣席桂则说施琅“行事颇觉好胜”。康熙深受儒家思想影响，素来主张一个人即便有十分才能，也应该谦让收敛五分，施琅为人处世的风格无疑让他很不舒服，为此，他曾当着大臣们的面，指出施琅“粗鲁武夫，未尝学问，度量偏浅，恃功骄纵”。
与施琅可做一对比的是赵良栋。赵良栋也非常高傲自负，向来凌驾于众将，满汉同僚之中，他所佩服的只有赖塔、穆占，其余从王进宝等西北汉将，再到出征的皇族诸王、贝勒、贝子，没有一个被他放在眼里。康熙批评说：“赵良栋是一个骄纵狂妄的人，自许历练老成，凡事都不肯让人，以为别人都不及他……像他这样目中无人，还得了？”
为了让赵良栋得到一点教训，康熙在平叛战争结束后将其降职，让他进京任銮仪使。从赵良栋这件事上不难看出，康熙把施琅长时间放在身边，却不轻易使用，应该也有着打磨其性情的用意和良苦用心。
姚启圣四荐施琅，起的是催化剂作用，借助于万正色缺席，征台急需用将这样一个有利条件，它把康熙对施琅的考察推进到了一个新的阶段，即可以起用的阶段。当然这并不表明康熙心中已经完全没有疑虑，比如郑经为什么要授施世泽以官职，会不会与施氏父子还有什么不为人知的默契，又比如施琅的能力究竟能不能胜任征台战役，经过这么多年的磨炼和沉淀，能否改变骄傲自负的性格，以减少在战役中出错的概率。
康熙需要找一个人来解惑，并通过他来验证自己的判断，而这个人就是内阁学士李光地。
李光地是福建安溪人，三藩之乱期间，他任翰林院编修，请假回乡省亲，正好碰上郑经派兵进入福建，李光地立即招募乡间勇士，协助清军主力击退了进犯泉州的郑军。当时一位同乡翰林前来相见，让李光地劝康熙派兵渡海，彻底歼除郑氏集团，以确保地方安宁。李光地对海战讳莫如深，只能回答说，郑军败退台湾后，与大陆远隔重洋，不是想杀回来就能马上杀回来的，再者如果要派水师远征台湾，等于是把惯于陆战的官兵驱入大海，不但成败难以预料，而且也不知道可能要伤亡多少人，对于这种人命关大的大事，他实在不敢随随便便向皇上开口。
李光地回京后，康熙予以嘉奖，补授其为内阁学士，从这个时候起，他才与施琅有了交往。一开始李光地对施琅的印象并不好，因为施琅当着面就夸说自己的本事如何如何，只要让他再次挂帅征台，保证“海上可平”云云。李光地的第一感觉是此人乃骄狂之辈，嘴上夸夸其谈，却未必能够成事，所以并没有太在意。后来有一天，两人在礼部侍郎富鸿基家见面，在谈到顺治朝郑成功围攻南京之役时，施琅就郑军的长短处做了分析，李光地蓦然惊觉其见解深刻独到，顿生钦佩之情，对这位老乡的印象也完全改观。
众里寻他千百度
经过一次次的促膝深谈，李光地发现，原来施琅并不是一个能言善道的人，口辞也完全称不上伶俐，但是“辛辛苦苦说出一句，便有一句用处”，平时话不多，然而一口唾沫一颗钉，“言必有中”，绝不会无的放矢。
无论是出于乡梓情怀，还是着眼于国家大计，李光地都不会认为收复台湾可有可无，他不敢跟康熙提及此事，只是一时找不到一个有能力指挥征台战役，又有把握打赢海战的能人而已。施琅的出现，让他喜出望外，颇有“众里寻他千百度，蓦然回首，那人却在灯火阑珊处”之感。
李光地对施琅极为推崇，评价极高，认定施琅“必非平常”且“大服其智略”。他还说自己多次与施琅交谈，每次都觉得施琅就好像是初次与光武帝刘秀见面的邓禹（东汉开国第一功臣），或者是刚刚见到刘备的诸葛亮，假使能够让施琅挂帅征台，必能取得像岳飞“剿灭”杨幺那样的功绩（杨幺起义军是水军，故李光地有此比方）。
后来有人将施琅与赵良栋并称，李光地却认为连赵良栋都比不上施琅：“赵良栋御下有方，临事机智，但要承揽天下大事，确保其克期成功，未必如施。”自此，他一改以往的审慎态度，积极主张征台，并抓住一切机会在康熙面前为施琅说话。
李光地态度的改变与康熙对施琅的疑虑之处恰好碰到了一起。当康熙召见李光地，问施世泽被郑经所杀，是不是真的是因为暗中归附朝廷。李光地不仅做了肯定的回答，而且告诉康熙，郑经害怕清廷重用施琅，所以委其子以官职并把风声放出来，为的是想让清廷对施琅生疑，后来知道施世泽和其父亲一样心向朝廷，才把他给杀了。
康熙接着又问李光地：“施琅果真有什么本事？”李光地说：“施琅自幼从军，经历得多，对海上路径及其情况都非常熟悉，海贼（指郑军）很怕他。”康熙听后点了点头，表示同意李光地的看法。
1681年8月，康熙专门留李光地商议平台之事。李光地奏请尽速出兵收复台湾，同时针对朝野一些官员反对平台的言论，痛斥他们“大都是畏难有六分，而养寇以自重亦有四分”。
除了要不要出兵，康熙最关心的当然还是怎么出兵。李光地分析说，满洲兵惯于陆战，但不能适应水战，上了船别说打仗，光坐上面都晕，所以去不得，而“南兵”（即南方的汉兵）对船只熟悉，了解水战的打法，完全可以使用他们。
既然说到要使用南兵，则必然得物色统率南兵的南将，这实际上是李光地在有意把话题引到起用施琅上来。不出所料，康熙听后问李光地：“在你心目中，有认识的人可为将吗？”
李光地号称“理学名臣”，极懂侍君之道，虽然他心中认可的人选只有施琅，但为了表明自己的慎重，同时避免受人之托的嫌疑，他并没有马上说出施琅，而是先故意加以推托：“命将大事，皇上圣明神武，臣怎么敢参与？”之后经康熙“敦问再三”，他才奏道：“此非小事，容臣考虑几天，斟酌妥当后再复旨。”
过了几天，康熙派大学士明珠前去催问，李光地见时机已到，便让明珠转告康熙：“计量起来，还是施琅。”他归纳的理由一共有四条：施琅全家被郑氏所杀，与其是世仇，其心可保；施琅熟悉郑氏集团情形，无人能出其右；施琅有谋略，非一勇之夫；郑氏所害怕的，唯施琅一人，若用施琅，首先在气势上就胜了一筹。
听了明珠的回奏后，康熙又特地召问李光地：“你能保施琅没有其他问题吗？”显然，经过李光地的推荐，康熙对施琅的才干已经深信不疑，也确信若发动征台战役，没有人能够替代施琅，然而对于施琅的忠诚，他似乎还有些担心。
决定施琅命运的关键时候到了，只要李光地出现一丝动摇，都可能让事情发生变化，此时李光地表现出了一个朝廷重臣的担当，他果断而又颇有分寸地答道：“倘若说到才略，实在无人能与施琅相提并论，当然功成之后，还是要靠皇上妥善处置。”
李光地对施琅的力保，意味着他必须为此承担极大的责任，而这也打消了康熙心中所存的最后一丝疑虑。1681年9月10日，他下决心对姚启圣、李光地的建议予以采纳，遂任命施琅为福建水师提督，加太子少保，任务是相机攻取澎湖、台湾，原福建水师提督万正色则改任陆路提督，配合其行动。
战则必胜
施琅进京时五十岁尚不到，等他重返福建，已经成了一个花甲老人。在过去的十三岁光阴里，他没有一天不盼着能披上战甲，重新跨海出征，当然也会时时进行复盘，想一想自己当年究竟错在了哪里，以及怎样进行修正。
飓风无疑是造成两次征台均无功而返的最直接原因。水师出发不久，海上便朔风呼啸，浪翻潮涌，一连很多天都是这样，施琅在无奈之下，只得率船队返回金门，以暂避风浪。待到天晴后，水师再度出发，不料船队驶入澎湖口不久，又骤遇狂风大作，一时间，暴雨倾盆，波涛汹涌，白雾茫茫中，根本就看不清登陆点在哪里——澎湖虽有山峦，但都很矮小，很难辨认，更不用说在能见度这么低的情况下了。
第二次征台比第一次更惨，由于来不及撤回，有两艘船只当场被打翻，“悲号之声，犹如从水中发出”，其余船只也被吹散各处，就连施琅自己所乘战船都漂流到了南边的潮州地界。
施琅从小生长在海边，军旅生涯也多是与大海打交道，所谓“生长滨海，总角从戎，风波险阻，素所履历”，连敌人的面都没有见到便铩羽而归，这种尴尬结果是很多人都料想不到的。究其原因，是施琅在那次征台之前，从未到达澎湖、台湾，他所接触的海只是东南尤其福建沿海，熟悉的风汛仅限于沿海一带，加上由于朝廷限期出征，使得他当时也没有充裕的时间去等候适当风汛。
征台失利后，施琅进行了自我反思，承认：“台湾乃远洋绝岛，狂风恶浪，四时无常，水性难测，比之沿海，颇为殊异。”他开始着手进行深入细致的调查研究，每次澎台有郑军投诚而来，或者捉到相关的俘虏，他都要详细询问，向对方了解和熟悉相关情形。以后虽然离闽赴京，但他仍一边认真总结两次征台未果的教训，“日夜磨心熟筹”，一边密切注意福建沿海动向，悉心研究包括风潮信候在内的海洋气象。
经过长时间的苦心钻研，施琅对再次征台变得越来越有把握，三藩之乱结束后，他曾上疏康熙，在用阴阳五行的一套来论证台湾郑氏气数已尽的同时，自告奋勇挂帅征台，说在他看来，即便是像刘国轩那样表面桀骜的所谓郑军“巨帅”，也不过都是“狐鼠”之辈，绝非他的对手。
施琅当然不会真的认为刘国轩只是“狐鼠”，事实上，他私下一直评价刘国轩为“佳士”“好汉”，无论智谋还是武功都与自己相当，乃战场上不可小觑的劲敌。他这么说，固然是因为急于进征台湾，但同时也是一种战则必胜的信心显示。
还在授命之际，施琅胸中就已经有了一个成熟可行的征台计划，他也明白这是自己的最后一次机会，必须牢牢抓住，重蹈覆辙的事别说发生，连可能性也不允许有。当他重返福建时，已是秋冬时节，西北风多，他判断这种风向对征台不利，而且经过查验，征台战役所能使用的水兵只有一万一千余人，战船也未齐备，于是经奏请朝廷批准，他决定延期征台，以便一面等候风汛，一面造船练兵。
在督造适用海船的同时，施琅将选练兵将作为头等要务，而姚启圣等人前期所招抚的大量郑军降兵，也为他“以郑治郑”，放手选人创造了条件。按照“兵在精不在多”的原则，施琅亲自挑选并为官兵们安排岗位，其中惯于驾驶海船的做水手，惯于海上作战的当水兵，为的是让他们能够各逞其能，尽施所长。
兵精尚需将锐。施琅对将领的要求是历经海战，有战绩在身，而且能够在战时身先士卒，“冲风破浪，勇敢克敌”，只要符合要求，不管是郑军降将还是下级官兵，都可入选。除此之外，施氏家族成员也是将领中的一个重要组成部分。施家本身就是一个武人大家族，从施琅的四个儿子再到他的侄子、侄孙、堂弟、堂侄等，总计超过三十多人，皆勇敢善战，此次也全部随施琅出征。施琅把他们分拨到各个战船上，有的直接用于冲锋陷阵，有的作为监军，对各自船上的官兵进行调度和激励。
至1682年5月，宁海将军喇哈达、侍郎吴努春专程到厦门阅兵，见福建水师已拥有大小海战三百艘，精锐水兵两万余，且“船坚兵练，事事全备……将士摩拳擦掌，人人感奋”，不由得交口称赞，认为施琅的选练卓有成效。
眼看万事俱备，然而在此期间，施琅却与姚启圣发生了激烈冲突。
针尖对麦芒
康熙在启用施琅的谕旨中，曾向施琅指出，如果他要进剿台湾，必须与福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、陆路提督万正色，再加上宁海将军喇哈达、侍郎吴努春，共同进行商议。施琅离京之际，他在召见并赐宴瀛台时，又特地进行嘱咐：“你到地方后，应与文武百官同心协力，以靖海疆。”
显然，康熙的意思是要求六人同征，但他并没有确定谁是主帅。六人小组的成员若论官阶和职位，有的在施琅之上，有的与施琅平级，商讨时意见很难统一，一旦出现这种情况，六人便各自向皇帝反映，请求定夺。如以进兵时间为例，施琅奏请延期征台，姚启圣、吴兴祚则进兵心切，又如在风向和主攻方向上，施琅与姚启圣的观点也是南辕北辙，施琅主张利用南风，集中船队力量先打澎湖，“扼其咽喉”，姚启圣却认为应利用北风，分船攻击，同时进兵台澎两地。
施琅深感自己受到了掣肘，难以放开手脚备战，他到福建后不久，便上疏康熙，要求督、抚“居中节制”，征台的军事指挥也由六人商讨改为他一人独自决策。
接到施琅移送的疏稿后，姚启圣大惊失色，“心中如焚如溺，而不能自已”。他当初不惜顶着天大的干系，推荐比自己还大三岁的施琅复出，其最初用意无非是要为自己收复台湾增加一个有力的帮手，怎么可能想到施琅会“忘恩负义”，竟然要甩开自己单干呢？他当即上疏，表示反对施琅专征，坚持至少督、抚、提同征。
对于来自施、姚两方面的意见，康熙进行了平衡，他同意吴兴祚因为刑名、钱粮诸务，“不必进剿”，其余除姚启圣外的四人亦不再参加征台决策，不过仍保留姚启圣，强调对于征台战役，“总督姚启圣应一同前往”。
六人小组被改为了两人搭档，但这样一来矛盾不仅没有得到根本解决，还呈现出继续激化的趋势。本来姚启圣为了不与施琅闹翻，已经打算在风向和出兵日期上做出让步，全都按照施琅的方案执行，孰料康熙的圣旨一到，他的腰杆变硬，马上又反悔了。
福州水师上有施琅，下有五镇总兵官，他们均为经姚启圣招降过来的原郑军将领，当姚启圣奉旨体察军情，与其会商时，他们都异口同声地说北风进兵好。不管这些将领是屈于压力，还是真实本意，但他们的支持无疑令姚启圣大受鼓舞：你施琅可以说我在海战方面是个外行，可五镇总兵官没有一个不熟悉风汛水性，他们都认同我，难道他们也是外行？
姚启圣更加坚持自己的观点，甚至还每天派五镇总兵官去对施琅进行劝说，让他同意乘北风进兵。
两人搭档俨然已成为两个对等的权力中心，而且彼此意见针尖对麦芒，这种发生在领导层面的混乱，让底下的将领无所适从，不知道究竟应该听谁的指挥，备战因而大受影响——施琅作为水师提督，竟然连手下将领都与其意见不合，又如何进行部署？
这时候征台战役尚未正式打响，成败祸福均不可知，所以作为施、姚来说，他们并不如有些人所揣度和想象的那样，是在不顾大局的争功，而是确实认为自己的提议更有利于收复台湾。由于分歧难以弥合，两人只能通过上疏皇帝来解决，问题是那个时代通信很不发达，康熙也不可能每次都像平叛战争时那样，投入极大成本去专门构建一个战时通信网络。施、姚的奏疏从福建发往北京，再从北京反馈福建，一来一去要浪费很多时间，战场情况瞬息万变，如此屡屡错过战机便在所难免，两人的关系也急剧恶化，关于他们不和的传闻不但三军皆知，连福建普通官民都有所耳闻。
1682年4月，施琅向康熙发去密疏，指出姚启圣“生长北方（姚是南方人，此处所说北方系指他非闽人），虽有经纬全才，汪洋巨浪之中恐非所长”，希望能够把姚启圣留在厦门，“居中节制”，确保后勤，由他带兵专征台湾。
施琅的密疏不用直接向姚启圣移送，但姚启圣仍然在宁海将军喇哈达处看到了密疏的内容。他不看则已，看后“不禁惊异欲死”，遂忙上疏为自己辩解，说我虽然生长在北方，可是也已经出海数月，在海上安然无恙，不呕不吐，他施琅凭什么说我在海上毫无长才？
按照姚启圣的说法，通过这段时间的出海操练，他非但不晕船，而且对于指挥海战也有了进步，完全可以随船出海指挥作战，如果实在不行，他宁愿与施琅各带人马出征。至于后勤，他筹备已非一日，所需早就齐全，根本不用再留在厦门。
姚启圣最后表示，他“宁愿死于海，而断不肯回厦门偷生”，为此，他甚至可以在风向上依从施琅，条件是进兵的时间绝不能再拖了。
轩然大波
围绕施、姚的争议，康熙命令议政王大臣进行合议，商量的结果是施、姚不宜分开，出兵日期也不能一拖再拖。
康熙本身是个有自知之明的人，因为知道海战较于陆战更为复杂，自己也不像陆战那样熟悉海战，所以在施琅几度上疏奏请延期征台的情况下，他一直都采取十分谨慎的态度，并不促令其进兵，但这并不表明其内心对征台的进展感到满意。他据此接受议政王大臣会议的结果，驳回了施琅专征的请求，而要两人和衷共济，同时对屡次延期出兵多少也有些责难的意思。
接到康熙的旨意，施琅压力倍增，而姚启圣虽然是这一回合较量的得胜者，但对前景却也不敢感到乐观。两人又争论了十多天，在大将军赖塔介入并支持施琅的情况下，姚启圣终于勉强同意按施琅的意见进兵。
1682年5月28日，施琅、姚启圣率大军开拔，直指澎湖。在清军出发前，台湾郑氏集团已经预先获悉了此次行动，刘国轩奉命率郑军主力驻扎于澎湖的各处军事要地，就准备等清军过后，从背后进行抄袭。
除了敌人已有准备，难以达成突袭效果外，海面风急浪大的状况也对清军船队造成了困扰，在这种情况下，施琅认为攻下澎湖没有把握，经征得姚启圣同意，断然下令回师返闽。
从结果上来看，这次军事行动更类似于演习，而且清军也未有什么损失，但却在朝廷里引起了轩然大波。有人借机攻击施琅，说武力攻击台湾本身就是一个错误，施琅不顾条件是否许可就一意征台，只是要公报私仇。更有甚者，还居心叵测地说施琅虽归顺清廷多年，但依然心怀二志，朝廷不应再委以大任。
舆论的变化让朝中的主抚派再次找到了依据，大臣梁清标、徐元文等均向康熙进言：“如今天下太平，凡事不宜挑起争端，应当以和平清静为主，请皇上暂时停止进兵台湾。”康熙在起用施琅前已对他进行过长时间的考察，他固然不相信施琅公报私仇和心怀二志的说法，但对于施琅是否有能力完成征台任务，以及征台战役要不要继续进行，也开始踌躇起来。当另一位大臣孙蕙奏称进取台湾宜缓时，他便“以其言为当”，也就是认为孙蕙说得对。
在孙蕙启奏的次日，康熙召见已获准送母亲返还原籍的李光地，颇有些忧虑地对他说：“朕对于陆地用兵，向来可以筹算周详，但现在是海战，海上情形难于遥制。”接着便问李光地有没有看过孙蕙的条奏，李光地说我已经看了，孙蕙所言不失慎重，如今郑氏内乱，我朝方盛，实乃天亡郑氏的好时机，不过就算天时、地利都好，也必须整合人事和进行努力啊，绝没有不费一草一木，敌将就会自动归降的道理。
在这里，李光地实际上是用婉转的方式对孙蕙及主抚派进行了批评。康熙当然听得出来，他对李光地说：“朕别的倒不特别担心，就怕像孙蕙说的，海风将出征船队吹入外洋，贼军（郑军）乘势攻击，使水师蒙受重大损失。”康熙还说不是孙蕙一个人这么讲，姚启圣等人也有奏本持相同看法。
李光地告诉康熙，施琅在京时，他也曾问对方类似的问题，施琅当时的反应是大笑，说：“讲这话的人，都没有亲身经历过海战。”
照施琅看来，海洋本来就是一个异常复杂和艰险的战场，别说吹入外洋，就是在飓风面前，百万战舰亦不过粃糠而已，然而大家所处条件都一样，清军水师顶不住飓风大洋，难道郑军水师就能顶得住？打个比方，如果清军水师偶然漂至外洋的某处地方，即便与郑军水师仅相距一丈，双方的船要碰在一起都是件很难做到的事，到那时候，大家都得求妈祖她老人家多多保佑，谁也不可能多占得一点便宜。
施琅让李光地放心，说我当年在福建做靖海将军时，其实曾经遇到过你所说的那种情况，三百艘战船都进入了外洋，海上狂风暴雨持续三天三夜，但我们的战船无一损伤（应是指第一次征台），所以今后遇到这种事根本不要怕，就算无功，也不致蒙受大的损失。
李光地所讲述的他与施琅的这段对话，既帮助康熙释疑解惑，也基本消除了他的顾虑。李光地又进一步宽慰道：“海上唯凭风信，可进则进，可止则止，施琅谙熟水师，想来一定不会有什么问题。”
康熙后来提道：“台湾之役，众人都说不可取，只有李光地以为必可取，这是他值得称赞的地方。”他当即传旨福建，对施琅表示支持：“如今既已进兵，应于金门、厦门等要害之处添兵防御，以壮声威。”
如此大的转折
尽管施琅安然度过了来自京城的这场危机，但他并没有停止对于专征权的争取。1682年8月15日，他上“决计进剿疏”，再次要求由他一人独征，让总督姚启圣、巡抚吴兴祚留在后方接应粮饷，并立下军令状，称只要自己能够得到专征权，“必破台湾”，如若不成，“治臣之罪”。
康熙想不到在已被自己屡次明确回绝的情况下，施琅仍会一而再，再而三地索要专征权，最初很是生气，认为施琅作为人臣不应该有这样的“妄奏”。可是两个多月过去了，他却并没有对施琅直接进行批驳，而是让议政王大臣们就此事再进行讨论，更加出人意料的是，多数大臣居然都建议答应施琅的要求，将专征权授予他。
康熙又转向大学士们，问：“你们的意见如何？”武英殿大学士明珠奏道：“如果让一个人领兵进剿，可以更好地让他达成目标，如果两人同行，则未免彼此掣肘，不便于其行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵似乎可行。”康熙表示同意，说：“对。”当下便发布敕谕，批准施琅专征：“施琅相机自行进剿，极为合宜。”按照旨意，姚启圣从此只负责办理后勤供应，军事指挥上不得对施琅进行干预。
事情出现如此大的转折，就不能不说到李光地。李光地虽然只是一个内阁学士，但已深得康熙的信任和重用，据李光地自己说，康熙平时很少跟身边的学士交谈，唯独对他是一个例外，“我为学士二年，蒙顾问者百余次”。本来康熙为了便于向李光地咨询征台问题，不希望他这个时候回乡，只是有人说李光地回福建后也可以有益于进取台湾，他才同意给李光地放假，所以李光地虽然不在京城，但仍肩负着为施琅出兵进行谋划的责任，同时康熙也通过他了解福建方面的真实情况。
不光康熙看重李光地，当时同柄朝政的两位宰相级重臣，即明珠和议政王大臣索额图，也都很看重李光地，特别是明珠，李光地许多关于进取台湾的意见，都得到了他的支持，甚至当康熙问明珠，关于征台的某事应该如何处理时，他总是回答“顷问学士李光地”或者李光地如何说等。
可以想见，在施琅上疏后，康熙必定已向李光地征求了意见，而李光地来自福建的报告也必定起到了作用，否则很难解释，为什么康熙等人会在这两个月中突然改变态度。
施琅终于如愿以偿地得到了专征权，这让他大受鼓舞。实事求是地说，他之所以一再提出专征，也是不得已而为之。因为跨海进剿，不仅需要捕捉战机，而且必须当机立断，稍有犹豫或扯皮就会与大好机会擦肩而过，甚至导致征台失败。此前正是由于他和姚启圣等人在征期、用兵、分工配合上存在着诸多分歧，才使得在他复任福建水师提督的一年有余的时间里，已接连错失两次征台机会，而督提之争也搅得军心动摇，将士们莫知所从。
接到专征之旨时已是秋冬季节，其时施琅正在平海卫指挥海上操练，同时声称要利用北风进剿台湾，以便混淆视听，迷惑郑军。过了一些天后，他又改口称“北风太硬”，未便进剿，令各路兵马返回军营，自己也回到了厦门。
北风进兵不是施琅的真实选择，那是姚启圣的思路，只是他已没有机会参加征台了，只好将建功的希望和重心重新放在招抚上。第二年，姚启圣再次派人赴台招抚，然而仍遭拒绝。
眼看“仅抚不剿”的做法已经走进了死胡同，康熙催促施琅“速进兵”，早已做好准备物施琅一接到进军命令，马上将大队舟师齐集铜山岛，誓师出征。
大受其益
时值夏季，与施琅的想法不同，他的很多部将都认为既然以前也曾一再延期，这次不如继续拖到冬季，假戏真做，把去年秋冬的海上操练变成实战。他们的理由是炎热的天气会让士兵疲劳，而且夏季和台风季节重叠在一起，台风也会造成渡海困难。
这次施琅却无论如何不肯再延期了。尽管他对闽台比大部分清将都更熟悉，居住京城期间也从没有放弃老本行，然而毕竟十几年过去了，现实状况总会有所改变，为此，他在重返福建后，便立即派专人查阅有关的气候资料，并进行了实地海情和风的观测，从而基本熟悉和掌握了台湾海峡最新的气象情况。
气象资料表明，虽然夏季台湾地区高湿高温多雨，但能见度较好，特别是在偏南风时，风速和缓顺畅，有利于水师横渡海峡。同样，夏季台风的发生率的确很高，不过并不是天天都刮狂风，只要能够避开台风的袭击，就可以挑选出一段好天气顺利出航。
施琅以此为基础，进一步分析说，在澎湖海上作战，很难一战即胜，到时就需要临时停泊，可是冬季北风强劲，不利于船队的航行和停泊。夏季出兵除了有利横渡外，其炎热多台风的特点，让一般人都以为不宜渡海作战，郑军的防务才可能出现松懈，对他们的攻击也可以做到出其不意，攻其不备，从而避免去年征台时无功而返的遗憾结局。
1683年7月8日，施琅率官兵两万一千余人，配置两百多艘战船，从铜山岛出发，浩浩****进军澎湖。施琅把澎湖作为主攻方向，而不直接进攻台湾本岛，是因为考虑澎湖是台湾的门户，如果不预先攻破这个屏障，台湾就不可能攻下来，或即使侥幸攻下来，清军也会有后顾之忧，极易为郑军内外夹攻。他对先取澎湖的计划并不隐瞒，为的是吸引刘国轩守澎湖：刘国轩是郑军中现存最有威望也最能打仗的大将，如郑氏集团派其他人守澎湖，其主力也仍在台湾，则郑军在澎湖战场“虽败未必灭”，但如刘国轩亲守，他除了自己外，一定还会把主力都带来，可望聚而歼之。