除了这两道禁令外，康熙还发布了第三道禁令，即禁止遗弃婴儿。这时因为当时有大臣上疏，报告京城内外，不时有人遗弃婴儿。康熙在下令制止的同时，指示户部，凡民间因贫穷而被遗弃的孩子，政府应当全部抱养，使其健康成长。
仁者爱人，三道命令其实都是一个宗旨，即人命关系重大，应当受到充分保障。此后爆发的三藩之乱让康熙进一步认识到民生多艰，尤其当他了解到殉葬之风虽被遏制，但奴仆自杀和婴儿被遗弃却屡禁不止时，更是感慨万端。战争一结束，他就在平藩善后诏谕中宣布放宽逃人法，将“逃人事概准赦免”，稍后又对时任大学士的明珠说：“近见打死奴仆者甚多，如此随便杀害人命，难道不是残害生灵吗？这都是因为处分奴主的条例定得太轻所致，让刑部再定条例。”
奴仆自杀问题或许可以靠加重对奴主的处罚来逐步解决，但遗弃婴儿就不一样了，它的背后其实是破败不堪的社会现状，是“民困未苏，疮痍未起”。试想一下，若不是被逼得实在没活路，又有多少人家愿意抛弃自己的亲生儿女呢？
康熙经常为此忧虑、叹息，在和身边大臣反复研究磋商后，实行了一系列改善民生的措施，其中之一就是奖励垦荒。
清初有许多原明朝藩王宗室的土地，在藩王宗室或死或逃后，土地已另有人耕种。自顺治朝起，朝廷几次下诏，先将这些土地收归国有，再卖给耕种者。康熙做出了一个令手下官吏们都瞠目结舌的决定，他明令停止出卖，将土地无偿送给原耕种者，并归他们名下所有，称为“更名田”。
更名田多属肥沃好地，可想而知这对原耕种者的激励有多大。据不完全统计，仅各省开垦的更名田就达到十六万六千八百多顷，超过了过去八旗圈占北京周围土地的面积（康熙在清除鳌拜集团后，已下诏停止圈地）。
除授更名田外，康熙还以授官职的方式对招民垦田进行奖励，如垦田二十顷以上，通晓文义者可授之以县丞，即便不通文义者也可授以百总，而垦田一百顷以上，通晓文义者就可以授以知县，不通文义者则授以守备。过去顺治虽然也奖励垦荒，但被开垦的土地往往尚未达到规定年限，就被勒令起科纳赋。康熙通情达理地将待开垦土地分成三等，即新荒、积荒、极荒，并规定新荒者三年起科，积荒者五年起科，极荒者永不起科，这样便解决了科差太急的弊病。
清官政治
康熙朝是清代招民垦荒的全盛时期，出现了“湖广民人往四川开垦”“山东民人到口外种地”等各方面踊跃垦荒的景象。康熙在谕旨里说：“今河南、山东、直隶之民往边外开垦者多，大都京城之米自口外来者甚多。……京城亦常赖之。”统计数据也表明此时垦地增长很快：1661年，即顺治去世的那一年，全国耕地面积为五百多万顷，到1685年，虽然其间发生了长达八年的战争，但耕地面积仍增加至六百多万顷。
田地开垦得再多再快，若遇到大的自然灾患亦可能前功尽弃。特别是自明末以来，由于战乱频繁，多年失修，至康熙初年，黄河已经泛滥成灾，十几年间，仅大的决口就达到六十多次。周围大量耕田遭到淹没，黄河南面“淮阳七州县田地一片汪洋”，大臣靳辅为此忧心忡忡地说，若听任其这样的情况继续下去，黄河大堤必将崩溃，而河南、山东两省也终将成为泽国。
河患还严重影响到漕运。当时每年有四百万石漕粮须经运河运至京师，以供官俸和士兵军饷，漕运一旦受阻，京师便“危急异常”，所以有人说：“国家之大事在漕，漕运之务在河。”康熙对此极其关注，自言十四岁时就开始关注治河技术，亲政后即把河务与三藩、漕运并列，作为必须解决的三大要务，日夜思考治理的办法。
1677年，就在平叛战争尚处于紧张时刻之际，康熙经过再三考察，下决心将不称职的原河道总督予以撤换，提升靳辅担任此职。靳辅做事勤奋负责，而且肯下功夫对治河工程进行钻研，同时他的幕僚陈潢也是一名治河能手，两人配合起来相得益彰。他们继承了明代河道总督、水利专家潘季训的办法，“以堤束水，借水攻沙”，再加上一些辅助性工程，如开中河、修坦坡等，仅用一年时间，就做到了运道无阻，海口开辟，淮阳七州县被淹民田“皆出水可耕”。
奖励垦荒、治理河患等措施不但改善了民生，也推动了整个社会经济的全面复苏。当时有人说：“自康熙二十年（1681）以后，海内始有起色。”意思就是从这个时候起，农业生产才显示出恢复迹象并向前发展。
吏治与民生紧密相连，吴三桂发动叛乱，多省从叛，乃至在全国范围内卷起一股反叛风潮，究其实，与吏治不清关系甚大。康熙深受震动，在平叛战争结束后，对吏治极为关注，并大力提倡廉吏政治。
廉吏即俗称的清官，所以康熙的廉吏政治也可以被称为清官政治。1681年，康熙曾写下三个字，作为当官之法赐予京城内外各个衙门，这三个字为“清、慎、勤”，其中“清”被列于首位。
康熙在选任和表彰清官时，对督抚人选尤其注意，这是因为督抚乃各省的最高长官，“统率群僚”，其操守品行如何，直接关系到一省或二三省的吏治。
两江总督于成龙清廉自守，生活艰苦朴素，几乎相当于一个清教徒或苦行僧，像他这样的封疆大吏，又任职于江南繁华之地，每顿菜竟然只吃一碗青菜，“终年不知肉味”，遂有“于青菜”之名。康熙对于成龙最为称道，于成龙入觐时，他亲召其至懋勤殿，当面称赞于成龙：“尔为今时清官第一”，并鼓励他继续努力，“人贵始终一节”。后来他又对大学士明珠说：“居官清廉如于成龙者甚少，世间全才未易得。”
站在清官能臣对立面的，自然是贪官酷吏。清沿明制，每三年要对京官和外官考核一次，分别称为京察和大计。三藩之乱期间，由于战争频仍，无论京察还是大计，都往往流于形式，平藩以后，康熙加强了考核：1683年大计，共有一百零四名贪酷者被革职拿问；1683年再行大计，又有七十九人因贪酷而革。
除了京察、大计，康熙平时对贪酷者也会予以打击，“此类贪官，不加诛戮，众不知警”。传教士白晋曾就此记述道：“不管是什么人，只要因贪污而被告，皇帝就对此毫不留情。皇帝通过刑部对这些人审讯以后，不仅罢了他们的官，而且还予以极其严厉的惩处。”湖广总督蔡毓荣就因侵吞吴三桂家财人口，且收受吴党残余人员重贿，遭到了革职解任，籍没家产，与其子一同发配黑龙江的严厉处分。
醉翁之意不在酒
清王朝以少数民族入主中原，很早就有招徕汉人和以汉治汉的意识，但在很长一段时间内，从清廷到各级八旗（也包括汉军八旗）出身的官吏，与汉族士大夫阶层之间尚存在着严重隔膜，朱国治在江苏借故兴起大狱，杀害苏州才子金圣叹，便是其中一个典型例子。另一方面，汉族士大夫出于华夷之辨的传统观念，也多以前朝遗民自居，不愿与清王朝合作，甚至不少已经仕清者都怀抱着“忍死偷生，罪孽难除”的负疚感。
在古代中国，士被奉为四民之首（“士农工商”），有人更认为“得士心则得民心，得民心则得天下”。对于后者，康熙也许一开始领会并不深刻，但到了三藩之乱，在经历“各省兵民相率背叛”的可怕现实后，犹如被醍醐灌顶，让他一下子认识到了争取汉族士大夫归心有多么重要。
1678年2月，刚刚从平叛战争的危急局面中暂时挣脱出来，康熙就下令在正常的科举制度之外，特开“博学鸿词”科。按照康熙的诏谕，他将亲自担任该科目的主考官，“朕亲试录用”，而入试者必须由各级官员举荐，被举荐人不管已仕未仕，是官是民，只要“学行兼优，文章卓越”就行。
经过层层推荐，一大批“名儒硕彦”入选，其中未仕者多于已仕者，未仕者又多为遗民，所谓“与其选者，山林隐逸之数，多于缙绅”。 不过事情并没有所想象的那么顺利，“明末三大儒”中的顾炎武、黄宗羲以及同为当时学术界领军人物的李颙、傅山均在被举之列，但他们全都坚辞不出，顾炎武、黄宗羲是宁死都不肯出山，李颙、傅山亦借病推辞，官府只好令役夫将李、傅连人带床一并抬往京师，结果李颙中途绝食，“水浆不入口”，傅山虽到京城，却又不肯执笔。
康熙深知顾炎武等人的分量，内心不可能一点都不失望，但并未发怒，也没有对顾炎武等人表现出任何嗔怪之意，甚至对于一个字都没写但总算来京的傅山，还以其年高为由，直接绕过考试，授之以中书舍人的官职。
康熙之所以如此，是因为他开博学鸿词特科本来就是醉翁之意不在酒，最重要的不是在正常科举制度之外选拔人才，而是要通过这种方式网罗山林遗贤，以期“消海内漠视新朝之意”。换句话说，开特科其实是一种政治姿态，是“定天下之大计”，在这种情况下，顾炎武等人能来京应试固然再好不过，即便不来，也要一概包容，这样才能最大限度地减少遗民的对抗情绪。
抛去不愿参加以及愿意参加但因亲丧等事来不了的，实际到京参加特科考试的共有一百四十三人，考试后录取了五十人。康熙在阅卷过程中对遗民特别宽松，试题要求写一诗一赋，有的遗民仅作一诗，卷都没能答完，但仍被录取，还有的诗写得只是一般，就是康熙说了句“斯人固老名士，姑略之”，最后也得以通过。
康熙分别将被录取者授以翰林、编修、检讨等职，分派给他们的活儿是纂修《明史》，此举再次显示出康熙在运用政策方面的高明——被录取者尤其遗民对当清朝职官或许只是时势所迫，但对前朝大多充满感情，让他们修史，既可迎合其孤臣孽子之心，又能人尽其才，确保《明史》的编修质量。
到修《明史》的时候，康熙对“遗贤”们又进行了一轮争取，顾炎武、黄宗羲以熟知明朝史事及掌故双双被推荐进入明史馆。不过顾、黄态度如故，一个重申“若必相逼，则以身殉之”，在谢绝聘请后即离开京城，迁居他乡，另一个也以母病和年老为由加以婉拒。尽管未能如愿，但康熙依旧未大动肝火或加以治罪，他改换了一种方式，谕令：“凡黄宗羲有所论著及所见闻，有资明史者，着该地方官抄录来京，宣付史馆。”
在古代，皇帝言行乃是最生动最有效的教育示范。在康熙的身体力行下，包括遗民在内的汉族名士身价倍增，满朝官员特别是满洲大员都以尊崇名士为荣。傅山到京后借病躲在京郊，“八旗自王公侯以下及汉大臣在野者，履满其门”，江宁巡抚汤斌屡屡访贤和推荐遗民士子入仕，为造访一名节高望重的遗民，甚至步行两诣山中。
随着康熙开特科和修《明史》，汉族士大夫、山林遗隐对清王朝慢慢由敌视转为亲附，即便是顾炎武、黄宗羲，虽然他们死活都不愿入仕清王朝，但其实对这个王朝的态度也已悄然发生改变。顾炎武为了“庙堂之上”能为“万世开太平”，主动向当地官府献上了自己的意见书，黄宗羲则不仅同意清廷取走并抄录他的明史著述，而且还派儿子和门人同到北京参与修史，之后凡有所见，也必定要移书史馆，有人因此戏说他是以在野明朝遗老的身份遥控史局。
豪侠本色
在康熙整修内政期间，局部地区的战争仍在持续，其中郑氏抗清力量更被清廷视为东南沿海的最大隐患。
郑成功早在康熙元年即1662年就已病死，其子郑经继承了他在郑氏集团中的地位。自三藩战乱开始，郑经便出兵福建，郑军与清军的角斗也几乎贯穿了平叛战争的始终。
在耿精忠、尚之信先后降清后，郑经成为清军在东南地区的主攻对象，被迫退遁金门、厦门，但郑经不甘失败，旋即又派大将刘国轩统兵数万，向防守海澄的清军实施反攻。海澄为漳州、泉州之门户，附近清军包括满洲骑兵都竞相前往增援，由此爆发了海澄战役。
八旗骑射技术精湛，如果打陆战，郑军占不了多大便宜，但海澄三面临海，只有一端陆路通往漳州，所以海澄战役主要是海战。海战一向都是八旗军的软肋，却是郑军的强项，在郑氏集团中，刘国轩尤为顶尖的海战名将，他挑选精锐兵勇，驾驶着快船，利用潮水涨落的规律声东击西，首先把清军弄得疲于奔命，接着抓住战机，出其不意地截断了海澄通往漳州的陆路，将其重重围困。
在被围困八十三天后，海澄城池陷落，满汉官兵一万两千余人全军覆灭。这一战令“闽省震恐”，一时间清军人人惊惧，“山寇”们则纷纷与之呼应，郑军趁势攻占数城，并进围泉州。
对于八旗军在内陆各战场的进展，康熙曾屡次表示过不满，但从他的角度出发，实际是一种高标准、严要求，就内心来讲，他从不怀疑八旗军的陆战能力。海战则不同，从康熙自己到满洲官兵，都不熟悉海疆作战的技战术，海澄战役的失利又增强了这种不自信，以至于在海澄被围期间，康熙一度表现得束手无策。在给福建统帅、康亲王杰书的谕旨中，他竟然把希望寄托在满汉军营中的闲散或打杂人员身上，许诺说这些人只要有胆量冲进海澄城，救出被困官兵，一律按收复上等府城的条件予以奖励。
康熙当然不是一个轻易会被困难和失败所击倒的人，他很快就意识到，要在短时间内让满洲兵胜任海战是件不现实的事，况且东南沿海不比其他地方，满洲兵去了以后确实人地生疏，难以应付。相比之下，郑军多系沿海土著，熟悉地理人情，也更容易获得当地人的援助，比如与郑军呼应的所谓“山寇”其实就是地方武装。
要想平定海疆，乃至最后收服台湾，看来只有一种办法，那就是重用汉人，特别是重用闽浙人。康熙一面紧急从江浙绿营中抽调兵力增援福建，一面对福建官员进行调整，这其中最为引人注目的就是将福建总督郎廷相予以撤换，由原福建布政司姚启圣擢升此任。
在三藩彻底平定之前，康熙实际抽不出太多精力来对付郑氏集团，这方面的战事多数情况下都须由福建总督直接办理。作为康熙对郑策略和战略的具体执行者，总督的角色至关重要，新任总督姚启圣也因此受到朝野高度关注。
姚启圣是浙江绍兴人，年少时便长得英武挺拔，据说有一年他到松江的赵知府家做客，中午睡觉的时候鼾声大作，知府府中的仆人偷眼观瞧，都以为他像一头下山的猛虎，其身材之壮硕可见一斑。
姚启圣不但体壮如虎，而且性格“豪**不羁，喜任侠”。顺治初年，他以书生的身份游历通州，遭当地土豪侮辱，姚启圣愤慨之下遂投效清军。那时候清军南下不久，急需汉族文人帮助他们治理地方，于是姚启圣很容易就得到了一个通州知府的职位。利用这个职位，他把土豪抓起来并予以杖毙，之后便潇洒地挥挥手，辞官离开了通州。
这并不是姚启圣第一次快意恩仇。有一年他郊游萧山，遇到两个士兵强抢民女，民女的老父跟在后面痛哭不止，姚启圣见状大怒，当下夺过士兵的佩刀，杀掉这两个士兵，解救了民女。
因为犯下人命案，姚启圣只得投奔族人，被列籍于镶红旗。在八旗乡试（专为八旗子弟所举办的科举考试）中，他考了第一名，因而被选授为广东香山知县。
不管到哪里，担任什么职务，姚启圣的豪侠本色依旧。别人做官都是把银子带回家，他却是从家里往外拿银子——前任香山知县亏空（指公共财政负债，并不一定是贪污）了数万银两，被关在大牢之中，姚启圣很同情他，为了把他放出来，就“悉为代偿”，自掏腰包弥补了亏空。
姚启圣在香山当了六年知县，六年后因违反海禁之令被撤职罢官，而且“永不叙用”。由于仕途无望，加上他从小生活在浙江海滨，在广东任职期间又熟悉了海上贸易，所以就自然而然地走上了经商之路。
姚启圣很有经商头脑，从他后来捐资的数目来看，其经营获利颇丰，如果继续下去，做一个广东大富豪没有任何问题，但这终究不是他的理想。他的理想还是入仕，他虽不是官迷，可是从小到大，都“颇有图王定霸之想”，那种“学成文武艺，贷与帝王家”的抱负也从未能够离他远去。
终于，时局的急剧变化，给怀大志者提供了重返仕途的机会。吴三桂起兵反叛的消息传出后，正在广东经商的姚启圣闻讯急忙赶回浙江，与其子姚仪捐资招募数百勇士，一起到康亲王杰书帐下效力。朝廷正在用人之时，自然不会将一个熟悉东南情形的革职知县拒之门外，姚启圣遂得以权署诸暨县事。
此时的姚启圣长髯飘飘，目光如炬，虽已弃官经商多年，但智勇不减当初。他统领着子弟兵，于战场之上所向披靡，三年之内，便因屡建奇功而连升两级，成了福建布政使，如果算上这次升为福建总督，已经是第三次超升了。
希望你能做个好官
临危受命的姚启圣第一次给康熙呈递奏折，谈及治闽方略，就让康熙眼前为之一亮。康熙很少夸人，但他对姚启圣却不吝赞扬：“闽督今得人矣，贼定可平！”
在福建沿海，百姓多有子弟参加郑军，他们对于郑氏的同情往往要超过对清廷的好感，原总督因此不仅对福建人疑神疑鬼，普通不予信任，而且还时有挟怨陷害行为，使得福建军民整日提心吊胆，非常缺乏安全感。
与前任相比，姚启圣对东南地区特殊民情的理解更为深刻，他上任后即发布了“禁讼安民”的告示，不许好讼之徒诬陷良民，强调只要本人没有接济和私通郑军的行为，即便有子弟在郑军中也不会加以追究，非但如此，任何人如果能够招得自己的子弟和亲属投诚，还可以得到赏银，甚至“题授职衔”。
稳定民众情绪固然重要，但治本之策，莫过于改善民生，减轻老百姓的经济负担。由于郑清两军在福建长期对峙，福建人“一苦于贼（指郑军），二苦于兵（指清军），三苦于贪官污吏”，其中最让民众苦不堪言的，则是“民丁尽占民房、米谷发县采卖、夫徭繁重难当”。
姚启圣对症下药，多次上疏请求将满洲兵撤回及限定在闽官兵的住房数目，实在兵房不够用，宁可自己捐钱盖房，以便将官兵占住的房屋清出来还给居民。对于出征夫额，他加以严格规定，把不得已必须使用的夫额尽量压到最少，同时严厉惩处扰民者，涉及绿营直接予以处罚，涉及八旗也通过与亲王、将军、都统交涉，务使其有所收敛。
姚启圣当官不为钱，他除了自己做表率，不收礼、不要钱外，还三令五申，“苦劝文武百官，万万不可再害极苦百姓”。有一次他邀请一个姓马的藩司到府上做客，马藩司一来，他就命其入座，而且让两名力士一左一右夹着对方，不让他动弹。
马藩司尚在惊疑之中，姚启圣已经下堂朝他拜了八拜。马藩司一时窘迫万状，待两名力士松手后，就赶紧向姚启圣连连叩头，并问总督大人何故要给自己行此大礼。姚启圣神色自若，娓娓道来：“没什么别的原因，就是希望你能做个好官，帮我而已。今后凡是我想做的事，贵司一定要帮我坚决执行下去，尽心尽力，不许有丝毫欺瞒。”
原来马藩司平时也没少干侵害百姓利益的事，姚启圣对此完全掌握，但他采用的是先礼后兵的手法，即先行大礼苦劝，如若发现没有效果，马藩司仍“骗害百姓”，那对不起，下一步就是让你“自取杀身亡家恶报”了。马藩司深受触动，又羞又愧，回去后就马上行动起来，将“搜剔害民之事”都尽行除去。
姚启圣接任署事时，福建形势已经极为严峻，将领们人心惶惶，然而姚启圣不但不以为意，反而还很高兴地说：“贼失策了！”问其缘故，他告诉众人，郑军统帅刘国轩在拿下海澄后，不攻漳州而攻泉州，是因为他认为漳州的清军多，泉州的清军少，但泉州距离海澄比漳州更远，势必拉长郑军的补给线，而且泉州的城防也不差，不是郑军说攻就能攻下来的。
姚启圣认为郑军舍近取远，舍瑕攻坚，很难取胜。他又进一步分析，古代兵法有云“兵多贵分，兵少贵合”，郑军总兵力不过三万，“聚而势雄”，可是他们自拿下海澄后又攻取数城，这些城池都要分兵把守，分则势弱，势弱则易破。
正如姚启圣所预计的，郑军围泉州久攻不下，在军需屡屡告急的情况下，只得对民间征发重税。与此同时，他们在兵力上也开始捉襟见肘，刘国轩采取的办法是强拉当地乡勇充伍，为了防止充伍乡勇逃跑，又将乡勇家属强制遣送到台湾当作人质，结果弄得安土重迁的当地百姓怨声四起。
这边郑军惹起民怨，那边姚启圣安定民心的各项措施也已奏效，这使得闽人对郑军不再予以支持。郑军在占领区内根本站不住脚，清军一反攻，泉州附近各城就尽被清军所收复。刘国轩眼看形势不妙，急令全师从泉州城外撤出，于是泉州危机得以解除。
倾家**产干事业
刘国轩攻泉州不成，又转而打起了攻漳州的主意。1678年10月，郑军卷土重来，进兵漳州，其时泉州聚集着两万余绿营兵，但当姚启圣屡发调令，请他们赴漳会剿时，却无一响应。打仗最怕的就是调动不了部队，姚启圣就此向康熙提出：“若军队调动，必俟大将、王令，不免坐失时机。”康熙立即批示回复，允许总督以后可以一面调遣绿营，一面通知各王、将军，以免迁移误事。
姚启圣虽然得到了康熙的支持，但战机稍纵即逝，坐等泉州援兵已经来不及了，他当机立断，调漳州城内的靖南王耿精忠、将军赖塔等率满汉官兵出漳州城决战。次日黎明，姚启圣与耿、赖等亲自督战，分兵七股向郑军发起冲击，郑军则以木马、铳炮、火箭、喷筒迎战，双方从凌晨一直打到中午，喊杀声震天动地。
海澄战役，郑军巧妙地利用了他们在海战中的长处和优势，漳州战役却是硬碰硬的陆战。打陆战，吴三桂的百战之师尚不是八旗军的对手，郑军就更不用说了，最后清军冲破了用以阻挡骑兵的木马，砍开战阵，连破十六座郑营。
郑军溃败遁逃，可当逃到河边时又无舟可渡，结果当场溺死万余人，旗帜、盔甲、布幔、辎重弃满山野，“是役也，乃‘海贼’（指郑军）二月登犯以来，从未有此大败”。
漳州战役后，清军乘胜而进，陆续收复了漳、泉所属诸县，但石码、海澄尚在郑军手中，刘国轩在这一带深沟固垒，建立了首尾相环的坚固阵地，清军一时很难攻破。
郑军虽然在沿海还能勉强维持，然而其高层已经动摇，特别是郑经不像乃父郑成功那样刚毅果决，整日萎靡不振，导致大权旁落，众心涣散。康熙在军事相持不下的情况下，便指示姚启圣沿着对方的这一缺口集中力量发动进攻，具体措施即进行招抚，用姚启圣的话来说，就是：“固闽人之心，而后贼（指郑军）可退，又必出奇计，使台人反为吾用，而后贼可亡。”
姚启圣乃招抚高手，在未做总督之前，不少三藩骁将都是经他劝说附清的，对于扭转战局曾起到重大作用，这也是他能够受到康熙赏识的一个重要原因。不过姚启圣对于郑经的招抚并不顺利，郑经希望清廷能够仿朝鲜例，将台湾作为大陆的附属国，具体来说就是“不削发、不登岸、不称臣、不纳贡，约为兄弟之国”，康熙坚决不同意：“台湾皆闽人，不得与琉球、高丽（即朝鲜）相比。”朝野多数有见识的大臣如学士李光地等人，也都认为“岂有国家如此盛大，肯与为兄弟之理”。由于双方的想法和价码实在相去太远，姚启圣两次派人前往厦门招抚劝谕，但两次都失败了。
除了企图遣使说服郑经外，姚启圣还尽量拓宽联系面，扩大招抚郑军将士，以“高官厚禄，买散人心”。他采纳海上投诚人员黄性震的建议，在漳州特设“修来馆”，规定凡是从郑军那边来投的文官武将，不问职位大小均一视同仁，且厚礼款待，授予官职。
除了当官的，兵民归降也予以积极收纳，愿意入伍参加清军者，立拨在营，给以军饷，愿意回家务农者，立送回籍，令府县予以妥善良安置，不许豪强欺凌和仇家报复。得知投诚官兵大多不愿到外省屯垦，姚启圣又奏请康熙，将界外无主田地给予投诚官兵屯种。
应该指出的是，招抚郑经固然系康熙所授权，但公开招抚却并非康熙公开指示要做的，而是姚启圣以地方官资格，自行筹划经费从事的活动。
经过连年战争，清廷在财力、物力方面都已相当困难，别说拨付招抚费用，就是地方上组织军需供应都难以完全满足需要。为了减轻国家负担，姚启圣便把自己通过经商赚得的钱都拿出来，不断地捐资捐膳，据不完全统计，他一生共捐资四十七万五千余两。按照当时的捐纳制度，捐银五百两便可加官一级，至1680年，即三藩平定时，姚启圣已通过捐纳累计加级四百余级，当然这对他的升赏已无任何实际作用。
用倾家**产干事业一语来形容姚启圣毫不为过，他真的是把家里的每一个铜板都捐了出去，以致后来死的时候已经家徒四壁，“肃然无储蓄，诸子卖田以葬，贫如故”。即便这样，招抚资金还是有缺口，使得姚启圣不得不挪用司库银，京城官员不明了内幕，一名都御史听到姚启圣挪用官款的传言，便提出弹劾，说姚启圣“借司库银十二万，经营取息，侵占民利”。康熙那时对贪污亏空追查很严，然而在看到这一奏折后却只佯示追查，敷衍而过，直到姚启圣死后，已确证“亏帑金以百万计”，康熙仍“概予放免”。究其原因，就是姚启圣这样做或许不合规范，但基本符合康熙的意旨。
由于姚启圣在扩大招抚的过程中言而有信，对其政策能够完全兑现，因此对郑军官兵产生了很大的吸引力，一时“至者如归”。年底还没到，郑氏的五镇（镇为当时的军队建制，相当于军）大将均率所部投诚，之后也陆续有其他郑军官兵来投。这些武装都是久经战阵的海上部队，此前一直在沿海顽强抗清，他们的归附，不仅削弱了郑军部署在海疆地区的武装力量，使得海疆逐渐趋于平静，而且为姚启圣初步改造军队创造了条件。
清军在福建的主力仍为八旗，相比于八旗，福建本地和从江浙地区抽调的绿营本来应该更适应海战，但绿营积弊太深，腐化现象极其严重，其将官“以食饷兵丁充伴当、书记、军牢等役”，关键时候不听将令，最典型的就是到漳州战役时，姚启圣以总督之尊都调动不了他们。姚启圣痛定思痛，一边对归附郑军加以整编，一边整顿绿营，经过重定军制，严格训练，终于使福建清军也拥有了一批能够胜任海战任务的水兵。
水师提督
清军在海澄战役中的惨败教训表明，要想战胜“以水为家，以船为命”的郑氏集团，就必须建立一支训练有素、攻守兼备的独立水师，而要做到这一点，又必须专设水师提督，以便对水兵进行集中操练和指挥。康熙初年，施琅曾专任福建水师提督，并厚集舟师，攻占过厦门、金门，但在由他担任主帅的征台战役失败后，他即被调往京师任内大臣，水师提督也随之撤销。
尽管福建水师提督的位置空了很长时间，但在康熙的心目中，其实早就有了一个合适人选，此人即岳州水师总兵官万正色。万正色系福建泉州人，此人善使大刀，平叛战争中经常持大刀带头冲杀，人称“黄大刀”（万正色在投清后已改姓黄），不过他最具价值之处还是指挥水战的能力不俗，在湖南前线，正是万正色率水师大破吴三桂水军，才使清军最终得以攻克岳州。
除了“剿寇洞庭，著有劳绩”外，万正色关于福建沿海水陆攻守的方略也深得康熙嘉许。在清军攻取岳州、长沙诸处后，内陆水师可以腾出来用于沿海，康熙遂调任万正色为福建水师总兵官，率所部赴闽参战，不久又正式将其擢升为福建水师提督，统辖全闽水师。
万正色莅任水师提督时，郑军在沿海的处境已经极为困难，他们虽然有水陆数万人，但都局促于狭窄地方，因为军饷不继，只能强征于民，老百姓不堪重负，反过来又对他们表示不满，“道路侧目”。在这种情况下，康熙决意收复厦金，以图澎湖、台湾，他批复将姚启圣精选的一万四千名海战水兵拨给万正色统领，又从山东、河南等省征调大批善用火绳枪的鸟枪手，并集中和添造了许多战船。
即将到来的厦金战役不是陆战，是海战，虽然福建水师的阵容已经焕然一新，但能否通过这次海战的考验仍是一个悬而未决的问题。不少前线将帅对此疑虑重重，觉得仅仅依靠自身新近建立起来的水师难以建功，他们认为必须按照多年前出征厦金成功的经验，向荷兰借船。
在整个17世纪，荷兰都是名副其实的海洋霸主，向有“海上马车夫”之称。荷兰海军使用一种名为加利恩帆船的巨型战舰，因其至少由两层甲板所构成，所以中国人称之为夹板船，这种战舰不仅体积巨大，而且因其舰载炮为红夷大炮，威力极强。在第一次厦金战役中，清军一共向荷兰借了十七舰夹板船，当时确实对攻取厦金起到了举足轻重的作用。
康熙征求大臣们的意见后，便亲自写下借船敕谕，内容是请荷兰国王派出二十艘夹板船，与清军协力攻取厦金二岛。康亲王杰书奉命派信使带着敕谕前往荷兰，不料信使在出海途中遇到了海盗，没能到达荷兰就又返回了中国。
连音信都不能通，还能指望荷兰海军如期而至吗？康熙指挥调度了整个平叛战争，深知兵贵神速的道理，他指示福建方面：“速靖海氛，不必专候荷兰舟师。”
这时候对于究竟还要不要借助外力，前线将帅也产生了分歧。习惯于陆战的杰书、姚启圣等都主张继续向荷兰借船，荷兰船队什么时候到达，什么时候再向厦金进兵，如若荷兰船队延期，暂时便只能“内迁边海人民，坚壁清野，以待其困”。福建巡抚吴兴祚、万正色则力主即时进兵，他们的依据是福建水师已有新旧大小战舰两百四十艘（还有大小船只五十艘即将加入），郑军虽有船三百多艘，看起来比清军稍多一些，但清军新造鸟船大而坚固，驾驶便利，为郑军所不及，换句话说，福建水师即便不借荷兰船，也一样可以稳操胜券。吴兴祚特地告诉康熙，福建水兵已有两万八千余人，且士气高昂，他到定海水师驻地检阅，亲眼见到提督万正色以下官兵人人踊跃求战，剿“贼”立功心切。
为什么一定要即时进兵，吴、万都提到，海上作战利用风汛极为重要，若坐等荷兰船队，最早也要到农历五六月份，那时风汛转南，郑军处于顺风，清军逆风，势难取胜，甚至如果郑军知道清军不能逆风作战，还会先发制人，对定海水师驻地进行袭击，迫使清军水师撤回内港，从而加剧沿海的紧张局势。
看完吴、万的奏章后，康熙心里有了底，他当即做出裁断，命令福建方面即刻向厦金进兵。
进军令
1680年3月4日，万正色统率水师由定海出发，不过第一站不是厦金，而是海坛。这是因为此时郑军在沿海的水师都集中于海坛，若先行击破海坛，可令郑军军心先行崩溃。
两天后，水师到达海坛。万正色将前锋分六队实施冲锋，自己亲率舟舰继后，同时出动全部轻舟，从左右两面并力夹攻。福建水师在自己的处女战中展现了训练成效，他们炮火齐发，共击沉郑船十六艘，海坛手到擒来。
万正色攻下海坛后，与吴兴祚的陆师协同南下，又在崇武海面与郑军展开激战。郑军在失去海坛后，果然军心动摇，虽然郑将朱天贵等人率三百余艘舰船倾巢而出，但仍不占上风，被清军击沉舰船二十余艘，只得仓皇遁逃。
在第二次厦金战役中，清军采取了多路出击，水陆夹攻的战术，杰书、姚启圣等人各率水陆官兵向郑军发起攻击，打得郑军首尾难顾，狼狈不堪。刘国轩本来向石码、海澄方向奔逃，无奈清军水师在后面紧紧尾追，甩都甩不掉，逼得他只好转往厦门。眼见连这位郑军统帅都被追得跑来跑去，海澄守将更加无心恋战，随即便献城归降，使得清军一举收复石码、海澄。
对于郑军一方而言，海澄乃厦门、金门之门户。海澄一失，厦金二岛均失去屏依，留守岛上的郑军已成风声鹤唳、土崩瓦解之势，在刘国轩奉命返台后，他们纷纷降清，清军没花太大的力气，便先后攻占了厦金。
福建沿海最后一支与清军对抗的郑军武装，是铜山岛的朱天贵部，但在清军攻占厦金后不久，朱天贵也接受了姚启圣的招抚。这样算起来，前后接受招抚的郑氏集团及与其有联系的官兵总计已达十三万人以上（被瓦解的尚不计在内），其中的许多人都具备海战经验和能力，并且选择加入了清军水师，清郑两军的力量由此发生了此消彼长的根本转变。
在康熙的计划中，收复厦金是第一步，进兵澎湖、台湾是第二步，但在清军克服厦金，澄清沿海之后，兵部所得到的谕令却是：“台湾、澎湖，暂停进兵。”
并不是康熙改变了主意，而是要慎重行事。澎台毕竟不比厦金，那是越洋海战，先不说登岛作战后如何，就是要越过整整一座海峡也极其不易，其间危险的大海，狂暴的台风，随时都可能摧毁清军水师，况且郑军失去厦金，只是失去在大陆的根据地和跳板，澎台是他们的老巢，你要攻澎台，他们还不得跟你死磕到底？
经过三藩之乱和平叛战争的锤炼，康熙已经变得相当成熟老练，他一方面下令裁减在福建的满汉驻军两万六千人，以减轻当地民众的负担和军需压力，另一方面又留下话来，说“如有进取机宜，仍令明晰具奏”，也即收复澎台的目标不变，但眼下最重要的还是观察情况，等待时机。
1681年初，清郑双方都发生了历史性的转折事件。在清军一方，三藩之乱被完全彻底地予以平底，这使得康熙能够把更多的精力转移到对付郑氏集团上来，他公开表示：“云南、贵州的叛乱已经平定，要削平造反的逆贼，只有台湾一地。”在郑军一方，郑经病故，长子继位后随即被绞杀，年仅十二岁的次子郑克塽继位，内部越发混乱不安。
当年五月，姚启圣接连收到台湾方面内线的密报，称郑氏集团“主幼国虚”，他据此上疏请求：“会合水陆官兵，审机乘便，直捣巢穴。”康熙接读姚启圣的奏疏后，让大臣们讨论，学士李光地赞成征台，发表意见说：“郑经已死，他的儿子郑克塽年幼，部下争权夺利，军民离心离德。这个时候如果出动大军征伐，一定能够成功，机不可失！”康熙听后当即表示：“你说得很对，朕正打算这么做。”
1681年6月21日，在确认征台的时机和条件都已成熟后，康熙发布了相当于进军令的谕旨，宣布：“宜乘机规定澎湖、台湾。”
进军令既下，首先需要解决的就是主帅人选。作为克复厦金，扫清海疆的最大功臣，福建水师提督万正色原本是康熙考虑的第一人选，但万正色自克复厦金后就竭力主张防守海疆，反对出兵台湾。他向康熙上《三难六不可疏》，强调刘国轩“颇能用兵”“智勇不可当”，得出的结论是 “台湾断不可取”，其保守畏难的态度，与其刚入闽时毅然与郑军决战时的英姿豪气已判若两人。这让康熙颇为失望和不满，说：“我仗他（指万正色）有本事，委之重任，而他却畏服贼将，不成说话。”
康熙当然可以硬性命令万正色率部出征，但强扭的瓜不甜，如果让一个带有负面情绪的将领去指挥并决胜这样一场艰巨的海战，是很难济事的。
显然，主帅的问题一天不解决，征台之事就不可能有所进展，所以当务之急，是必须找到新的合适人选。只是这个人并不好找，他不但要谙熟军事，而且还要善于海战，敢当重任。在福建前线的军政大员，万正色是个少见的海战高手，但却没胆量征台，姚启圣军政全优，才略优长，且不缺勇气不缺担当，惜乎并非指挥海战的将才……
智勇万人敌
自出任福建总督起，姚启圣便以收复台湾为己任，不过他也明白自己的软肋在哪里，而且正如康熙曾看中万正色一样，他也有一个心仪的海战将领，此人就是万正色的前任施琅。
施琅与万正色同为福建泉州人，他是个天生的大力士，据说后来投军时，募兵的将军在院子里放了一个铁鼎，几千个新兵试过去，没有谁能举起来，施琅看了看说：“没什么难的。”随即卷起袖子，一下子就举起了铁鼎，而且他还举着走了十几步，再将铁鼎放置原处时，连脸色都未变。
将军的帐下也有力士，平时没人能碰他一根毫毛，但这名力士与施琅较量了一下，竟然也完全不是对手，将军大为惊异，称赞施琅：“神力也！”
施琅就是一个天生的军人坯子，而时代也为他提供了从戎创立功业的大好机遇。少年时的施琅正值明末动**时期，他和弟弟施显一同就塾读经，有一天课余两人看三国史，看完之后施显大发感慨地对他说：“大丈夫应当磊磊落落，著勋名于千古。当今四方**，正是英雄建功立业、光宗耀祖之时，我们兄弟俩膂力不输于古人，还用得着埋首在这里读经吗？”
施琅对弟弟的这番言辞深表认同，他父亲施大宣希望施琅长大后能当上公侯将相，所以对兄弟俩弃文习武的志向也表示赞成。在父亲的支持下，施琅很早就拜师学艺，从剑术到阵法无不精通，加上天生神力，使得他从军后迅速脱颖而出，年纪轻轻便“智勇万人敌”。
施琅原来是郑成功的部下，而且在郑成功的所有部下中，以年龄最小、最为知兵善战著称。他担任郑军前锋大将，“百战居先”，因战功赫赫而深得郑成功的器重，凡军机大事，郑成功必定要先与之磋商。
随着施琅在郑军中的声誉和影响力越来越大，他的形象逐渐被神化。有人说他打仗迷了路，是一群老虎为他引路，把他带出了迷径。还有人说，某次部队打了败仗，大家都找不到北了，这时山岭里有一位老人为施琅指明了道路方向，施琅欲以物相谢，老人笑而不受，但等施琅走出几步，再回头看时，老人突然又不见了。
到后来，施琅的部队已被民间视为“岳家军”。他本人少年得志，读的书不多，性格上也有骄横好胜的一面，平时不知收敛，得意起来竟会对人狂言：“大将军（郑成功）能有今天这块基地安身，全仗我施琅一人，不然大将军岂有今天的声势。”
自古一山不容二虎，郑成功靠威信统领郑氏集团及军队，处事极为严刻独断，听到这些话自然不会高兴，而且他还接到密告，称施琅自言做梦时梦见自己是北斗七星中的第七星！
郑施之间的嫌隙由此而生，他们的最终决裂则来自一个偶然事件。有一个亲兵犯法应当被判死刑，但找到郑成功并求得了他的庇护。施琅知道后，直接跑到郑成功住所，把亲兵又给抓了起来。郑成功下令不要杀，施琅不听，指责郑成功“自徇其法”，仍然立即处死了亲兵。郑成功视为抗命，盛怒之下将施琅及其父施大宣、其弟施显予以逮捕，而且准备全部杀掉。
在一些亲信部将和当地居民的帮助下，施琅用计逃出了郑成功当时所控制的厦门，其间他就像春秋时的伍子胥一样，为了避开搜捕，历经艰险，曾经饿着肚子在石洞中躲了两天两夜。成功脱逃后，施琅请人出面周旋，期望能够恢复与郑成功的旧有关系，但郑成功拒绝和解，先派人刺杀施琅，刺杀不成，便杀害了施大宣、施显。
施琅走投无路，只得降清。起初他在清军中并不受重用，“郁郁不得志”，直到顺治末年，郑成功声势逼人，清廷发现施琅熟悉海上情形，才把他当作前锋派上去与郑军作战。施琅抱着为亲人报仇的强烈愿望拼死作战，一战就攻破了郑军营垒，因功先后被授副将、总兵。至此，郑成功才后悔起来，说：“楚国之祸，其在于胥矣。”——楚王杀害伍子胥的父亲和兄长，伍子胥从楚国逃到吴国，成为吴国重臣，最后协同孙武带兵攻入楚都，差点令楚国亡国！
郑成功去世后，施琅被擢升为福建水师提督，第一次厦金战役正是由他发起和指挥。彼时万正色尚未显山露手，论海上作战的经验和指挥能力，清军中没有谁能超过施琅。后来清廷发动第一次征台战役，封施琅为靖海将军，授其以专征之权，但施琅两次出征，两次都遇到飓风，不得不中途返航。由于出征失利，导致清廷内部主张招抚郑氏的意见占了上风，施琅遂被卸任召回北京，否则的话，福建水师提督的位置未必能够轮到万正色。