康熙给穆占的最新指示是“亲赴永兴，扑灭贼众”，在他的极力催促和诱导下，穆占终于放下与喇布不和的心结，先派精兵携火炮赴永兴解围，继而又亲自赶往永兴督战。
在派穆占火速驰援永兴的同时，康熙还决定乘虚进攻岳州。他认定岳州乃湖南咽喉要地，只有收复岳州，长沙、荆州方面才能取得进展。
岳州攻守的关键在于水师，负责进攻岳州的安远靖寇大将军尚善主张稳扎稳打，徐徐图之，原因之一就是清军水师较弱，短时间内难以在湖中与吴军水师抗衡。康熙也知道清军不习水战，船只匮乏，多次下令让尚善“增船破敌”，“倍造鸟船沙船”，他不能接受和满足的只是这种长久僵持对峙的状况。
直到吴军水师将领林兴珠投诚，才终于让康熙眼前为之一亮。林兴珠是福建人，谙熟水性，所督造的鸟船“出入洪波大浪如平地，大小铳炮布列左右”，以往作战时往往令清军水师“寸板不得入”。吴三桂称帝后，封侄子吴应麒为楚王，在岳州辖制各军。吴应麒为人骄横无礼，与林兴珠产生了矛盾，他却恶人先告状，到吴三桂面前进谗言，说林兴珠有反吴投清的念头。吴三桂听后二话不说就将林兴珠调往湘潭，林兴珠气愤不过，一咬牙一跺脚就真的降了清。
康熙对林兴珠十分重视，优封他为侯爵，授建义将军，将其留在岳乐帐下效力。林兴珠降清时不仅带走了一批战船，使吴军水师实力蒙受很大损失，而且他熟悉洞庭湖水道，掌握吴军水师机密，有他提供情报和帮助策划，清军在水战中不再表现得缩手缩脚。
在总兵万正色的率领下，清军水师乘夜潜入洞庭湖中，利用芦苇为掩护，拔掉吴军在湖中设置的大批木桩，打开了航道，随后又一鼓作气冲入洞庭湖，击败了吴军水师。
吴军不甘失败，组织两百艘战船进行反击，但在激战中，其战船多被清军水师发射的火器焚毁，残部退回岳州，守城待援。清军水师乘胜前进，直逼岳州城下。
林兴珠降清后，吴三桂进行报复，将他的两个儿子全都杀了。林兴珠愤恨不已，天天都想着要报此血海深仇，为此特献水陆联营困破岳州策。康熙欣然采纳，命尚善拨出一半战船驻防君山，伺机截击常德方向驶来的吴军船只，另一半战船进至香炉峡、扁山、布袋口等处袭击吴军粮船，并派陆师屯兵九贵山，用以切断长沙、衡州与岳州的联系。
围困岳州需要投入大量兵力，康熙深信“击破逆贼，规定湖南，在此一举”，于是不惜从荆州、安庆，陕西、河南等地大批大批地抽调军队参加围攻岳州的战役，其中勒尔锦所得到的诏令是，除酌量留兵以守荆州、彝陵等地外，其余兵卒要全部发往岳州。
吴宫曲
吴三桂重新发起攻势后，偏重于永兴、郴州，而忽略了岳州。发现清军对岳州进行有效围困，且各地兵力不断向岳州会集时，他已来不及做出相应调整，这在心理上对他造成了很大冲击，令其心力交瘁，苦不堪言。
吴三桂称帝固然短期内有些作用，但并没有得到百姓和知识分子阶层的认可。他以“昭武”为年号，“昭”字横竖皆由两笔编成，衡州民间因此传出民谣：“横也是二年，竖也是二年。”意思就是他的新王朝时日无多，维持不了多久。还有人把“昭”字的“日”解为“斜日”，“召”解为“刀口”，说日已过午，不可久照，而“斜日”又在“刀口”之侧，主凶兆，吴三桂恐怕不久必死。另一个“武”字，则被解为“止戈”，也就是这场由吴三桂本人发起的战争也就将很快被平息。
看到军事不利，民心也不向着自己，吴三桂极为沮丧，每每自叹自怨，说：“何苦！何苦！”在极度的忧虑惶恐之中，他染上了中风之症，“形容憔悴”。
一天，一只狗突然跳上坐案，朝着他狂吠起来，吴三桂素来迷信，受惊之后疑为不祥之兆，病情由是加剧，遂致口不能张，食不下咽。俗话说祸不单行，不久他又得了赤痢，终于一病不起，于1678年10月2日病死。
明末清初诗人吴伟业因不忿于吴三桂降清，曾以吴三桂及其妾陈圆圆的故事为素材，创作了一首长篇叙事诗《圆圆曲》。《圆圆曲》最末一句是“为君别唱吴宫曲，汉水东南日夜流”，所谓“吴宫曲”，乃春秋时吴国宫中的古曲，专用以咏叹盛衰兴亡，诗人实际在借此暗喻吴三桂的最终结局。
吴伟业并无未卜先知的能力，《圆圆曲》诗成于顺治朝，那时又正是吴三桂称心如意、气焰熏天的时候，而到吴三桂反叛的前一年，连吴伟业本人都已经去世，《圆圆曲》也就被人们想当然地认为只是一篇诗人发泄不满的感怀之作了。谁都没能料到，吴三桂的最终结局竟与诗人所预言的分毫不差，“吴宫”建成之日，就是他兵败身亡之时，笼统算来，他一共只做了五个月的“周朝”皇帝。
吴三桂的猝死令其臣下措手不及。为防止军心涣散，留守衡州的夏国相等人秘不发丧，仍像平时一样向吴三桂进衣进食，同时关闭衡州城门，并潜令正在永兴、郴州作战的吴军立即撤回，以争取时间、商讨对策。
10月6日，胡国柱、马宝等奉命焚毁营垒，率部悄然退回衡州。随着吴军撤兵，永兴之围自解，紧闭的城门终于再次打开。
消息传来，康熙长长地松了一口气，尽管他做通了穆占的思想工作，穆占也已亲自驰援永兴，但若不是老天帮忙，永兴能不能解围也仍然是一个未知数，他后来回忆道：“吴三桂兵围永兴城，破在旦夕。吴三桂一死，其兵皆退。此亦天意也。”
康熙即席赋诗：“遥天今日捷书来，万里欢声动地开，从此黎民皆乐业，军威应振凯歌回。”随诗还有一个序，说明了他这么开心的原因：“大将军报吴逆暴死，其下贼众溃散无余。大兵指日进取，恢复封疆。”
事实上，从整个平叛战争的进程来看，永兴之役和吴三桂之死确实是一个重要的转折点，特别是后者，对吴氏政权造成了致命一击。吴军士气一落千丈，已成树倒猢狲散之势，衡州诸将在慌乱中一致推举吴国贵总理军务，同时继续匿丧不发，而派胡国柱入滇迎吴三桂的孙子吴世璠奔丧。
在吴三桂的侄婿中，吴国贵素以勇武著称，连眼高于顶，对马宝、吴应麒、夏国相等一干武将都嗤之以鼻的军师方光琛也对其另眼相看，曾忠告吴三桂：“吴国贵虽倔强，然勇略过人，至死不变。”吴国贵认为吴三桂生前最大的战略错误是没有深入中原腹心和切断东南漕运，他提出“勿畏难，勿惜身，宁进死，勿退生”，号召众人拼死北上决战，“即令不能混一，黄河以南，我当有之”。
吴国贵的倡议虽然已经迟了，但若坚决实施，仍然能够给清军造成很大麻烦。可惜的是吴三桂一死，吴氏政权便失去了足够的凝聚力，诸将各揣心事，皆无进取之意，马宝更是首先反对，其他人随声附和，致使吴国贵的倡议泡汤，能拖多久拖多久成为吴军在前线的主导思想。
速取岳州
这边军事上毫无头绪，那边入滇的胡国柱也碰了壁。胡国柱原指望通过迎吴世璠奔丧重振军心，但吴世璠的岳丈郭壮图却以云南是根本重地为由，力阻吴世璠出滇。胡国柱在东郊大哭数日，然而无济于事，只得返回衡州，和其他人一起将吴三桂尸体偷运至常德，又由方光琛送殡至云南安葬。
吴世璠出不出滇，其背后实际是权力之争，不久郭壮图便自挟立吴世璠在云南即位，改元“洪化”。胡国柱闻知再至云南，想请吴世璠出滇坐镇湖南，但遭到郭壮图的阻挠：“以弃湖南守险隘，犹可以作夜郎王。”
吴政权内部的钩心斗角，人心涣散是康熙早就预料到的，吴三桂死讯一传开，他就立即抓住这一有利时机，指令诸路大将军、将军“各统大兵，分路进剿”，同时诏令“水陆夹击，速取岳州”。
由于原岳州主帅尚善已经病故于军营，康熙命贝勒察尼代尚善为安远靖寇大将军，辖制岳州各部。察尼乃多铎系皇族，虽然也是平叛战争开始后才接触军事，但他此前在勒尔锦军前任参赞，后又佩靖寇将军印参战，在荆州前线多有战绩。尽管如此，考虑到统帅刚刚易人，康熙仍不放心，于是又一次提出要御驾亲征，他对议政王大臣们说：“今日之事，以岳州最为紧要，不可不速行攻取。乘此民心所向，朕欲亲统六师，躬行伐罪。”
与先前一样，在议政王大臣们的反对下，康熙亲征的愿望依旧没能变成现实，但他速取岳州的决心未变。1678年10月，朝中就如何突破吴军在荆岳方面的防线，令湖南战场的各位大将军进行合议。岳乐、勒尔锦、察尼各自上疏，岳乐愿意亲赴岳州指挥，调大炮急攻吴军陆营，勒尔锦建议将防守兵力全部投入一线，增加鸟铳手，“五路渡江，齐力大举”，但他们的提议都没有能够让康熙满意：“安亲王、顺承郡王所奏俱不必行。”
只有察尼所奏得到了康熙的认可，察尼主张待洞庭湖水涸后破敌，并请以大队清军陆路立营。前者仍然来自林兴珠之策，康熙为之拍案叫绝：湖水干涸后，吴军水师难以出湖，破敌必能取得最大成效。
洞庭湖水干涸必须等待天时，在此之前，继续围困岳州，令其“不战而毙”仍是关键。虽然清军已经采取了水陆联营困破岳州的策略，但仍无法完全切断岳州的水上补给线。
林兴珠投清后，原效力于台湾郑氏家族的杜辉继任岳州水师主将。杜辉善于水战，他所督造的飞船有别于清军的鸟船、沙船，后者的船型当时都较小，而飞船船型庞大，且分上中下三层，上中两层左右各安大小铳炮三十六门，遇敌远则射击，近则可将敌船撞沉。
依靠强劲的飞船水师，吴军不断从衡州、湘阴等处运来粮米、器械，以供岳州驻兵所需。有一次，杜辉等人驾驶二十多艘飞船，自岳州赴湘阴运取粮米火药，清军出动一百三十多艘船只在扁山进行拦截，杜辉急命水兵两面放炮，趁清军躲避之际，飞船冲出重围，继续驶往湘阴。之后等杜辉一行载着军粮火药，从湘阴返回再次经过扁山时，还是边开船边向两面放炮，而清军水师不敢邀战，只能眼睁睁地目送吴军船队进入岳州。
随着冬季到来，湖水变浅，有的地方甚至已逐渐干涸，吴船出岳州就没原来那么容易了。当然清军大战船也很难进湖，但清军有办法，他们在湖北的新堤决堤，引江水通船，把这个难题给解决了。在清军水师的各种战船中，有一种叫作艨艟的船只，这种船只形状狭长，航速快，专用以突击敌方船只，清军把数十艘艨艟集中起来，上排铁钉，船外密布渔网，用以与飞船抗衡。当飞船疾驶过来时，一旦划桨被渔网缠住，船只即无法转动，整个飞船也就成了瓮中之鳖。
这时岳州已云集诸路清军共三万有余，鸟船百艘、沙船四百三十八艘，实力超过吴军，加上飞船被击破，吴军水师再无能力随意在湖面行动，岳州遂成孤城一座。吴应麒自出守岳州起，曾按方光琛之计，预备三年军粮，且平时不允许擅动，如果他一直坚持这么做，即便岳州的供给线被切断，也能勉强维持。只是后来荆岳长期对峙，两军不仅很少大动干戈，还互通贸易，各自设关抽税，以佐军需。由于湖北荆州粮贵盐贱，湖南这边反之，盐贵粮贱，吴应麒便下令停发军粮，将应发军粮折价缩值成银两发给官兵，军粮则被他拿去倒卖换盐。
吴应麒的愚蠢和贪鄙成性使得城内所贮备的粮食很快为之一空，待到岳州陷入重围，不再能从外地运进粮米时，城内立即陷入了粮荒，就算出高价都买不到米。吴应麒这才慌了神，他四处告急，结果却发现清军“水陆联营，绵亘百里，赴援者皆不敢进”。
一战定乾坤
在求援不得的情况下，吴应麒只得转守为攻，组织兵力向清军扼守的各处水陆要隘发起主动攻击。1679年1月，他命令杜辉等人驾驶两百五十艘大船，乘风进犯清军驻地柳林嘴，企图打口缺口，疏通粮道，但遭到清军的火炮猛击。清军阵地上本来就配备有威力很强的红夷大炮，统帅察尼又从江南调来一千门子母炮，炮火中，半数吴船被击毁，许多吴军溺死于湖中。
水师突破不成，吴应麒再遣五千吴军急速渡江，对陆石口发起进攻，但也因清军防守严密而告失败。康熙得到报告后做出判断，认为在湖水渐涸，敌船难出的情况下，岳州城内一定已缺乏粮饷，不然不会在陆路上这样冒死进行突破。他指示察尼，吴军越穷迫，对岳州的围逼越不能松懈。
察尼谨奉圣旨，一面命令镇守诸要路的将军大臣，严缉奸细，务求做到风雨不透，彻底切断岳州的外援及其内外音信；一面派人混入岳州散发劝降书，对吴军施行心理战。
清军双管齐下的措施以及粮米的断绝，使得城内人心沸然，有民谣云：“吴应麒！吴应麒！杀了你献康熙。”杜辉首先发生动摇，派人向清军请降，不料事机不密，被吴应麒察觉，除其部将陈华、李超等得以潜逃投诚外，杜辉本人及多名同谋者皆人头落地。
到了这个地步，杜辉是死是活其实已不重要，重要的是吴军已经乱了，特别是陈华、李超等投诚后，康熙俱授以官职，把他们留在察尼军前招抚吴军，致使吴军内部进一步分化。1679年2月，吴军总兵王度冲、将军陈珀等率舟师归降，吴应麒在内外交困中被迫弃城而逃，清军收复岳州。
消息传至京城，康熙喜不自胜，特赋诗庆祝。他在诗序中展望前景，认为在收复岳州后，吴军在湖南的其余势力已不足惧，将被清军迅速扫除，“解吾民之倒悬，行有日矣”。
在接下来的两个月内，湖南战场上出现了诸路并进的大好形势。顺承郡王勒尔锦率大队渡江，驻守太平街、虎渡口的吴军不战而溃，清军进踞常德。安亲王岳乐也从水陆两面夹攻长沙，吴应麒、胡国柱等焚毁船舰后弃城潜逃，接着，康熙命简亲王喇布、贝勒察尼前往长沙，归岳乐调遣。在岳乐的指挥下，清军水陆并进，猛攻衡州，衡州内的吴国贵、马宝、夏国相弃城遁逃，衡州连同湘阴、湘潭等城都先后被清军收入囊中。
吴应麒、胡国柱等从长沙出逃后，在辰州集结溃军达一万三千人，他们用木石堵塞辰龙关等隘道，以对追击而来的清军进行阻截。辰龙关为辰州门户，又是“通云贵的孔道”，清军势所必争，但这一带山势险峻、林木茂密，在特别狭窄的地方，只能容一匹马通过。勒尔锦、察尼先后奉命攻取辰龙关，然而看到地形如此不利，都不敢骤行攻击。
除了辰龙关，当时由湖南入黔还有一条险道，这就是武岗的风木岭。在辰龙关暂时难以攻取的情况下，康熙预计如果能够拿下武岗、风木岭，就可以截断辰州、辰龙关的后路，令吴军无法踞守，因此决定派岳乐、喇布会攻武岗、风木岭。
在风木岭，清吴两军爆发激战，结果一战定乾坤，吴军大败，吴国贵中炮阵亡。正如康熙所料，清军只要拿下武岗、风木岭，辰州、辰龙关便不足虑——察尼率军从小路抄袭，一举攻破辰龙关，辰州吴军情知抵抗无益，立刻选择了献城归降。
令人哭笑不得的是，到了这种时候，有人居然还在梦中。吴应麒退至沅州，稍稍缓了口气，就准备营造他的楚王宫（吴应麒被吴三桂封为楚王），手下官兵愤懑不已，说：“刀都架在脖子上了，还造什么大殿？”说完一哄而散。未几，征南将军穆占进兵沅州，吴应麒、胡国柱仓皇出奔贵州，湖南全境宣告克复。
与此同时，广西平叛战争也接近尾声。广西巡抚傅弘烈、镇南将军莽依图在多次受挫后，越挫越勇，终于得以大败吴军，吴军统帅吴世琮负重伤逃亡，广西随之平定。
眼看南方形势渐定，康熙陆续将安亲王岳乐、顺承郡王勒尔锦、贝勒察尼、康亲王杰书等人的大将军、将军职务予以解除，命他们解印归京，并对其功过分别给予奖惩。
这批皇族贵胄久劳于外，按说没有功劳也有苦劳，但康熙在战争中遵循的原则却是“罚先行于亲贵”，也就是要处罚首先处罚诸王贝勒。据此，勒尔锦、察尼以屡误军机罪，被分别削去郡王、贝勒及其余一切职务，前者遭到羁禁，后者即没家产后降为闲散宗室。贝勒尚善“屯兵岳州城下，八年不战”，虽已病死于军中，但仍被革去贝勒。
相比其他高级武职官员，康熙当然更信任自己的皇族，但唯其如此，他才更要近乎严苛地对皇族进行要求。岳乐在平叛战争中战功最为卓著，然而他所能得到的奖励，不过是传谕盛赞，说上几句好话而已，甚至康熙吸取鳌拜事件的教训，为了防止亲王坐大，进而对皇权造成威胁，后来还以类似于“鸡蛋里挑骨头”的方式，削去了岳乐、杰书的军功，并各罚俸一年。
入川
康熙决计进取的下一个目标是四川，该省通联云南、西藏，且吴世璠已有与西藏方面暗通款曲的迹象，所以势在必夺。此时陕西的汉中、兴安尚未收复，1679年5月，宁夏提督赵良栋上疏主张：“今湖南既定，宜取汉中、兴安，以图四川。”他还毛遂自荐，主动请战。
赵良栋原任天津总兵官，平叛战争开始后经甘肃提督张勇推荐，出任宁夏提督。因赵良栋曾为吴三桂部属，人皆言不可重用，赵良栋便请以家眷留京为质，只身赴任，此次为了向朝廷显示自己的忠心，更是欲以平川“竭尽自效”。康熙看完奏疏后深为嘉许，即命抚远大将军图海统率满汉大军进取汉中、兴安。
图海在平定布尔尼、王辅臣之役中曾屡建奇功，是康熙心目中入川清军统帅的第一人选，但这次受命出兵时却颇为犹豫踌躇。原因是安西将军赫业曾率八旗军进兵四川，一度打到保宁，可是一直没能打下保宁，后来还又因被吴军抄后路、断饷道，导致所带去的八旗精锐部队伤亡殆尽。图海等人对此心有余悸，于是在再次入川上的积极性上便远不如赵良栋等汉将。
康熙未尝没有与图海等人相似的担心和忧虑。不管他在战争中如何重用绿营，但八旗军始终都是他和王室所必须依赖的核心力量，而满洲人口又较少，能征集到的适龄兵卒数量非常有限，可以说八旗军在平叛战争中每出现一次大的伤亡，都足以让康熙心跳不已。
相对于严苛地对待参战皇族，康熙为普通八旗官兵（也包括绿营）制定了较为优厚的恩赏和抚恤制度，从赐恤致祭到为之代偿债务，都有明文规定。他还要求将领们在攻城野战时，只要条件许可，就必须收取官兵骸骨，如果做不到，将官将降二级调用，领战大臣也要罚俸一年，岳乐后来被罚俸一年，罪名就是在长沙会战时没有能够及时收取阵亡官兵的骸骨。
康熙曾经神情怅然地说：“我花二十年时间，才能培养一个能够征战的满洲士兵，如今效死疆场，怎么能不厚恤呢？”虽然爱惜满洲士卒，但他更希望及早取得战争的胜利，图海的态度让他很不高兴，斥责道：“懦怯易退，何时乃得破贼？”
图海等人**不够，同时又考虑到四川山陵起伏，沟谷纵横，满洲骑兵的威势确实容易受到限制，康熙决定像平定王辅臣战役中那样，倚任汉兵汉将完成平川任务，为此他下令将来自北方和东北地区的大部分八旗兵陆续从前线撤回，并指示议政王大臣：“进取四川，以满洲大兵为后，应最为紧要。”
1679年11月，康熙派使前往陕西，传谕赵良栋及位列“河西四汉将”的张勇、王进宝、孙思克，让他们就入川事宜进行共同商讨。在进兵四川问题上，汉将的意见其实也并不一致。王进宝、赵良栋非常踊跃，主张迅速发兵入川，且都争着承担军事任务，而张勇、孙思克却与图海等满将的想法接近，认为入川的时机未到，对康熙的部署表现得不以为然。张勇奏称，眼下即将进入寒冬时节，坚冰截路，运饷困难，不如等明年春天再出兵。孙思克顾虑更多，说吴军多步行，逾岭登山，如履平地，对一些小路曲径也非常熟悉，如果清军大举入川，就怕他们由小路曲径包抄后路，断绝饷道，“为害滋甚”。
康熙之所以要倚重绿营，不是认为八旗不如绿营，而是觉得绿营的作战特点更适合西南山地，他因此指责说，陕西绿营兵很多，其中步兵不少，且在各省绿营中，陕西绿营的精锐程度向来称第一，吴军固然能够跋涉山岭，但你们陕西绿营也以步战和山地战见长，又受朝廷恩养多年，怎么就做不到呢？
在既往的西北平叛战争中，绿营虽自成一军，有时还独立作战，然而整个战场上都还有数量不在少数的八旗军。这次却是例外，在决定倚重绿营后，首先入川的将会是几乎清一色的汉兵汉将，康熙知道张勇等人对此难免有所疑虑，因此特谕张勇，说自古汉人造反，朝廷也都是以汉兵予以剿平，那个时候满人还没有入关呢，又到哪里找满兵助战？
眼看康熙的决心难以改变，图海不得已，只好表示：“如有进取之机，酌量分道而行。”当月，他便与王进宝、赵良栋、孙思克等人分四路出发，向汉中挺进。
你们为什么不朝我射
四路入川兵马中，时任奋威将军兼平凉提督的王进宝率先传出捷报，他在收复汉中后，直抵位于川陕边界的青石关，迫使吴军大将王屏藩退守保宁。赵良栋继之而起，击败了另一名吴军将领吴之茂，乘胜克复进川要道阳平关。
康熙闻讯大喜，立即部署配合王、赵入川事宜。当初清军在保宁战役中虎头蛇尾，功亏一篑，主要原因还是粮饷不继，康熙吸取教训，分析认为如今吴军人心涣散，从军事上予以削平应该不难，难的是如何确保粮饷不会断绝，“唯蜀路运粮最为重要”。于是他将二线部队一分为二，其中的一半由图海统率，驻屯于凤翔，以防守陕西通省，另一半由建威将军吴丹统率，继王进宝、赵良栋之后，与陕西总督哈占一起负责协饷，以确保“转饷源源不断，相随而进”。
1679年12月，王进宝与赵良栋会师，疏请进兵，这时两人在究竟合路进还是分路进上又发生了分歧，王进宝主张合路同进，赵良栋主张分川西川东两路。康熙支持了赵良栋的意见，决定分两路进兵，即由赵良栋取成都，由王进宝取保宁，理由是取成都和取保宁缺一不可：若不拿下成都，就不容易克复保宁；若不拿下保宁，即便已取成都，也难以固守，势必还要重蹈保宁战役时的覆辙，仍旧会被敌军逼出四川。
除批准王进宝、赵良栋分兵两路入川外，康熙还下达谕令，授王进宝为奋武将军，赵良栋为勇略将军，并规定只要王、赵需要，图海必须尽速调兵至指定地点，不得有误。
勇略将军的封号要高于奋武将军，取成都的战功也实际大于取保宁，显见得康熙对赵良栋更为倚重一些，这是因为他认为赵良栋有勇有谋，“虽系武员，通晓文义”，而王进宝勇敢有余，策略较差。
王进宝对这样的安排自然很不高兴，也因此与赵良栋产生了嫌隙，两人都想通过建立战功来压倒对方一头。1680年1月27日，王、赵在遵旨各凑足万余人后，连年也顾不上过，就分头向四川挺进。首先出拳的仍是王进宝，他通过击败朝天关守敌，迅速占领了广元，接着便兵分三路急趋保宁。保宁与汉中连境，为川陕间之要冲，如同第一次保宁战役一样，王屏藩仍以重兵扼守，两军随即展开激战，吴军大败，被逼退至城外翠屏山。
王进宝及其子王用予继续率部猛冲，连破四座敌营，并夺取了保宁城的浮桥。当他们攻至城下时，守兵欲张弓搭箭，王进宝忽然敞开衣襟朝城上大喊：“你们为什么不朝我射？”
吴军见过胆大勇猛的敌将，却还没见过如此不要命的，一时惊愕不已，全都愣在当场。王用予趁机砍开城门，指挥官兵冲入城内。王屏藩本是吴三桂帐下数一数二的骁将，但他自王辅臣兵败降清后就已对前途失去信心，见保宁城陷，遂与另一名吴将陈君极一同自缢而死，剩下的吴之茂等十七员战将束手就擒。
王进宝勇悍过人，即便在满将中，也只有穆占可与之相比，其余皆莫能及。不过这名勇将并不野蛮嗜血，占领保宁后，他一再命令诸军不得惊扰乡里，被百姓称为“仁义将军”。
赵良栋同样一往无前，所部昼夜兼行，很快兵抵位于川江上游的白水坝。白水坝号称“铁门坎”，吴军在此扣留舟船，夹江而阵，设炮以待，防御十分严密，缺乏舟船的清军只能望江兴叹。
赵良栋见状大怒，喝令道：“元旦（古代指正月初一）渡江，大吉大利，到时看我的马鞭指向哪里，你们就要冲向哪里，敢退者斩！”次日黎明，赵良栋身先士卒，亲自带着五十名官兵下江试水，结果发现江水很浅，于是便指挥官兵涉水冲锋。
跑动中，赵良栋所骑战马突然失足，他离鞍落马，跌进湍急的江水中，但在被亲兵扶起后，又立即跨上战马，继续向对岸冲去。将士们看到主帅在前面舍生忘死，谁也不敢怠慢，纷纷策马抢渡，江面上出现了呼声震天、万马奔腾的壮阔景象。
对岸吴军连连发炮，清军死伤数十人，但无一人敢回顾迟延。吴军大惊失色，说：“这位老将军军令如山，没法抵抗。”当下无人再敢恋战，纷纷抱头鼠窜，恰巧这时又刮起了大风，吹马如吹船，清军转眼之间便冲上对岸，占领了白水坝。
2月10日，赵良栋所指挥的陕甘绿营攻至成都近郊，吴军献城归降。成都乃四川省会，一经攻克，全川倾服，这使得清军仅用三个月时间就收复了四川的绝大部分地区。
大决战
在成都、保宁克复之前，紫禁城太和殿发生了一场火灾。当时每当中国发生重大事件，康熙都要遣使向朝鲜进行通报，这场火灾也不例外。值得注意的是，火灾还被与前线尚处于胶着的战况联系起来，康熙在相关诏文中称：“太和殿灾，朕心惶惧，也弄不清究竟是什么原因导致了火灾，是朕德行不够，还是用人不当？”
继永兴之战后，康熙的情绪再次出现了大的波动。这个时候前线的捷报比什么灵丹妙药都强，平川战役的成功令他大喜过望，也不再纠结于火灾的来头，当即给予赵良栋重赏，同时破格特授其为云贵总督（仍领将军衔）。
1680年3月1日，康熙认为“速定云贵”的时机已到，遂命满将吴丹、鄂克济哈从勒尔锦军中挑选精锐兵马，按照以往满汉联合作战的方法，与赵良栋等组成西路四川大军，一同出兵云贵。
除了四川大军，康熙还以彰泰、穆占领衔组成中路湖广大军，以喇布、莽依图领衔组成东路广西大军，让他们结束休整，“分道进取云贵”。
平叛战争终于进入了最后的战略大决战阶段，正如赵良栋在密奏中所言：“吴三桂、吴国贵已死，所余之吴应麒、吴世璠、胡国柱、马宝等皆已成惊弓之鸟，系无能鼠辈！当此已取四川之际，倘分兵进取云贵，则一举可定。”
当年吴三桂用“神龟”预卜吉凶，那神奇的小白龟总是在地图上绕那么一圈，即从长沙、岳州、常德爬回云南。那时吴三桂还以为这是预示自己可以割据江南了，如今真相大白，原来是吴军终究要被赶回云南，等着人家来征剿的征兆！
在清军入川后，贵州垂危，郭壮图忙携吴世璠东行贵阳，以图重振，吴应麒、胡国柱、夏国相、马宝、王绪等也都退至贵阳，奉命侍卫，然而仍是各怀异志，也均有惶惶不可终日之感。吴应麒在上朝时大骂方光琛，认为吴三桂若不是听了他的话，也不至于铤而走险，沦落到如今这个地步。看到吴应麒一副把肠子都悔青的样子，夏国相等人被触动心思，当场大哭起来。吴世璠没有参与云南起兵，只能一言不发地任由文臣武将在朝上骂的骂，哭的哭，乱成一团。
世上终究没有后悔药可买，吴世璠等人闹腾过一番后，还是选择继续垂死挣扎。就在清军兵分三路，部署就绪之际，经吴世璠唆使，本已投诚的马承荫突然在柳州复叛。广西巡抚傅弘烈猝不及防，被解住贵州遇害，吴世璠则乘机派吴军从云南分路进攻广西，广西大军受到牵制，镇南将军莽依图等人不得不以全力应付这一突发事件。
6月9日，马承荫的叛军与云南吴军迫近清军阵营，在五里之外占山为营，莽依图命八旗军与绿营共守营墙，官兵着甲坚守。仅隔两天，双方便在陶登展开大战。是时吴军排列鹿角、藤牌、火绳枪、大象四队，对清军进行轮番冲击。莽依图则按照满汉联合作战时的通用战术，置绿营兵于前，八旗殿后，并将第一队列于战场右翼，第二队列于战场正面。
战斗打响后，吴军方面的枪声如同爆豆一般，绿营兵虽亦以鹿角居前，以避敌排枪，但仍力不能支。由于绿营兵被火器压制，致使背后的正黄、正红二旗间隔率先出现缺口，吴军乘机蜂拥突进，加上象阵的冲锋，清军在右翼的第一队为之动摇，官兵纷纷后退，两面大旗也被吴军所夺。
象阵冲击第一队成功后，又转向正面的第二队，这时八旗军显示出了他们在箭术上的优势，一时箭如雨下，把战象们射得好像刺猬一般。大象固然皮糙肉厚，但也经不住被人这样射，于是纷纷向山上逃去。吴军势头大挫，其官兵依靠鹿角桩掩护，忙由平地战场撤出，分散缩回山上密林之中。
当天白天的作战最为关键，看似打了个平手，实际吴军已在心理上完全落败。入夜后，莽依图亲率两百精兵向吴军实施突袭，吴军被打得溃不成军，一败涂地。
陶登一战基本解除了广西危机，马承荫日暮途穷，不得不再次请降，后俘送京师，被康熙以“背恩复叛，致误征讨大事”论斩。
作为重新勘定广西的功臣，莽依图就在这时因病去世。莽依图不仅勇敢善战，而且坚持战时不杀降、不掠民，与王进宝一样被称为“仁义将军”。他死后，无论八旗还是绿营抑或是当地平民，均哀痛不已，在他出殡时，人如云集，自愿前来的老百姓为之焚烧纸钱，道士、和尚也都哭泣不止，念经祈祷。
莽依图曾于行军之际斩杀过一条大蟒，有人说：“蟒者莽也，杀之于将军不利。”他认为莽依图生病致死就是错杀了那条大蟒，其实莽依图就和攻打岳州的尚善一样，是积劳成疾所致。
在平叛战争中，相同的例子还有不少，从韶州保卫战起就随莽依图征战的巴尔堪就是如此。巴尔堪死前拒绝别人将他以阵亡上报，说：“我身为宗室，不得身死阵前，不幸卧床而死，岂敢再以阵亡冒功？我也绝不希望我的家人因为这个原因得到朝廷的特别照顾。”
若以宗室地位而论，尚善居上，莽依图居中，巴尔堪居于底层，足以代表参战的新一代皇族。他们生于安乐，却死于忧患，其军事生涯充满了各种幸运、坎坷、成功、失败，但最终又都为自己及其家族赢得了尊重和荣誉，没有他们的助力，很难想象康熙能够最终完成平定三藩之乱的漫长征程。
那就跳过去
1680年8月22日，北京发生地震，“摇撼京城”。与年初的太和殿火灾一样，面对突如其来的自然灾害，人们又都惶恐起来，不知道老天究竟要降下什么样的不祥预示。
在前线，这样的预示似乎已经成为现实，因为马承荫复叛、粮草转输困难等原因，前线三路清军的行动均较为迟缓，原定四月份就要进兵云贵，结果到了八月份还没有任何进展。康熙为此心情不佳，身体抱恙，直至无法进食，太皇太后孝庄非常着急，便催促着皇帝暂时移出紫禁城，到南苑休养。
康熙本来是对所谓灾异最不感冒的皇帝，但处于特殊时期，你纵不迷信，也不能不在命运即将给出的裁决面前感到惶恐。大臣们更是如此，御史魏象枢自称有密本上奏，康熙单独召见后，他说此次地震乃非常事变，只能重处索额图、明珠，才能有消弭此灾。
魏象枢所奏并非个人的异想天开，按古史所载，汉朝有灾异发生，即重处一宰相。这时的索额图任内大臣，明珠任大学士，朝中分别尊称他们索相、明相，均为宰相级重臣。
康熙熟读古史，也经常从古史中汲取治国理政的经验，但他认为汉朝的这种做法乃是大错特错。因为宰相只是帮助国君办事的助手，别说灾异并不一定意味着朝政出现失误，即有失误，也应君臣共同负责，如果把责任都推给宰相，是非常不合情理的一件事。
听了魏象枢的密奏，康熙直截了当地对他说：“倘若地震是对政事失误的惩罚，那也是朕本身的过错，与他们（指索额图、明珠）有何相干？朕断不将自己的错误推给他人！”
康熙将“倘有失误，君臣共之”的理念贯彻于平叛战争的始终，哪怕前方战况再不好，个人心情再郁闷，他也不随意迁怒于大臣。这使得大臣们都能放下包袱，积极参与筹谋，索额图最初极力反对裁撤三藩，吴三桂起兵反叛后又建议将主撤藩者斩首，但一俟朝廷平叛大计已定，他就立即成为朝中运筹军事的骨干，“料理军书，调度将帅，皆中肯要”，因此还招来吴三桂的妒恨，不惜派刺客潜入京城，要对他进行暗杀。
就在康熙君臣为如何推动前线进展殚精竭虑的时候，吴世璠出于牵制清军进兵云贵的用意，又派胡国柱、夏国相、马宝等人率吴军主力，向清军实力较弱的四川发起进攻。
西路大军组成后，吴丹实际成为主帅，赵良栋退居第二，王进宝以生病为由请辞，经康熙批准回西北治疗，其标下官兵由王进宝之子王用予暂行统领，驻扎于保宁。
吴丹、鄂克济哈虽直接统率原勒尔锦部的八旗精锐，但两人在军事指挥上均非胡国柱、夏国相等人的对手，后者大打突袭战，忽然绕至清军身后，先进占泸州，接着又攻陷了永州、叙州诸处，归降清军不久的谭弘父子也随之据万县复叛。
康熙闻报，急忙对四川人事做出调整，将指挥不得力的吴丹、鄂克济哈予以撤换，代之以佛尼勒、觉罗纪哈里二将，让他们与赵良栋“会商剿贼”。王进宝也被重新起用，康熙命令他“驰赴保宁，兼守汉中”，以对付谭弘父子的骚扰。
四川战场出现反复，本来对清军而言是件雪上加霜的坏事，迷信者甚至可以把它当成对地震预警的又一个响应，但作为善用兵者，康熙却立即从中看到了战机：吴军分兵重新进犯四川，必然要削弱其在云贵的防守力量，这个时候正好组织东路、中路大军进击云贵。
东路大军主帅是扬威大将军、简亲王喇布，他可以称得上是新一代年轻皇族在军中实现蜕变的一个典型，尽管他曾在吉安螺子山打过败仗，但在后来攻占衡州等地以及进定广西的过程中，都没有出现过明显失误，其军事指挥已明显由青涩走向成熟。不过康熙对喇布的看法，与他对尚善等人的评价相似，就是觉得作战不够大胆，“历战皆逡巡不前”。他担心即便自己给喇布下命令，指挥风格已基本固定的喇布在推进速度上也达不到自己的要求。
必须重换一个主帅，康熙经过一番物色，看中了都统赖塔。赖塔虽非宗室子弟，但与莽依图一样“上过茅麓山”，平叛战争中又随康亲王杰书在福建、广东征战，“劳绩素著”。
康熙授赖塔为征南大将军，让他“调遣满汉大兵由南宁直进，速定云南”。赖塔充分领会了皇帝的意图，在到达南宁后，立即召集众将，对他们说：“有谁愿意为国家奋勇效力，站出来！”将领们热血沸腾，全都跃跃欲试，当又被问到一旦遇到城池和鹿角挡路，该怎么办时，他们异口同声地答道：“那就跳过去！”
惊天动地
1680年12月，赖塔率东路广西大军自南宁启行，向西北进发。沿途路狭谷窄，道路泥泞，雨雹交加，行军非常艰难，连当地土著都说“此处自古即非行军之路”，但大军没有退路，只能咬牙挺进。
次年2月，清军抵达云南边境的安笼所。安笼所前有险关石门坎，此处羊肠石径，易守难攻，吴将何继祖早已凭险据守隘口。赖塔没有一味猛打猛冲，而是令前队官兵沿大道前进，先向关前发动进攻，自己则与两广总督金光祖兵分两路，自关后履险而上，乘敌不备，从后面突击，一举夺取关隘并乘胜收复了安笼所。
何继祖溃败后，与吴将詹养等会合，重又聚兵两万，退守黄草坝。赖塔率大军向黄草坝列阵推进，兵卒漫山遍野，给人一副要依靠人多势众，对吴军实施强攻的架势，其实这不过是赖塔为踏勘敌营，进行阵前侦察所故意制造出来的假象。
根据侦察得到的情况，赖塔判断吴军阵地地势险要，依旧不能从正面强攻，而只能抄袭其后路。发起攻击的当天，他将守营的一千四百名满汉兵布阵于正面，用以诱敌，主力分成翼队、第一队、第二队，这三队均由绿营兵在前，满洲兵在后，列四层队列，执盾持枪，直取敌军的后山小路。
抄袭后路的清军走着走着，突然大雾迷漫，咫尺之间无法辨别方向，得亏吴军在山口处并未严加警备，清军才得以进入山口。到这时，吴军也发现了清军，遂设立鹿角，排列大角、盾牌、炮铳、鸟枪四阵，与突前的绿营兵接战，一时间枪炮声如炒豆，惊天动地。
绿营兵只是起一个开路先锋的作用，真正重磅的还是后面赶来的满洲兵。他们呐喊冲锋，其势如同山崩地裂，连用于防护自己的盾牌都被扔在了路旁，有人中途负伤倒地，但又马上挣扎着爬起来继续前进。吴军终于被这种一往无前的气势所压倒，防守力量土崩瓦解，突袭战从凌晨五六点开始打响，至下午两三点结束，清军连续摧毁敌营二十三座，俘敌将詹养以下千余人。
黄草坝之战打开了广西大军的进滇门户，使他们“独先诸路”，成为第一支深入云南的清军。历史总是特别具有讽刺性，这条从广西出发经黄草坝的进滇路线，其实也正是当年吴三桂追歼南明永历帝所走过的道路。对于赖塔谨奉谕旨的神速行动，康熙表示十分满意，后来特别加以赞扬说：“平定云南，赖塔之功最大。”
就在赖塔挂帅出征的前两天，身为中路湖广大军主帅的贝子彰泰也接到指示：“于文到日，速进取贵阳，以图遵义。”这时湖广大军早已进入贵州，康熙传来的旨意只是加快了他们的推进速度。
吴军自溃退贵州后，便粮饷皆无，在镇远府，只能每人发五两盐作为唯一给养，士兵不得不像土匪一样抢粮充饥，谓之“打粮”。据镇远的老百姓说，镇远的吴军不仅每天都有士兵出去“打粮”，而且对每人须完成的打粮定额还有规定。
吴军的皮盔棉甲在战争中丢的丢，坏的坏，后来又得不到补充，仍有盔甲者已不过十之二三，以至于几乎个个衣衫破烂，赤足无履者也相当普遍。鸟铳攻击本是吴军的一个优势，但十个人里面也只有四五杆火绳枪，其余人身上都仅佩一把腰刀，换句话说，他们不光要饿着肚子从军，往往甚至还要赤手搏战。这样的装备和状态别说迎战清军了，仅仅打粮都要付出沉重代价，有一次吴军到九古地方打粮，苗民予以反击，吴军作为正规军都打不过对方，一下子就被杀死了四五百人。
吴军颓丧已极，在吴世璠调兵遣将时，许多士兵一听要调往贵州，都口出怨言，说：“若是调回云南就去，若还调往别处，我们各人取方便吧。”有的将领也公然违抗命令，不肯随马宝去遵义。
自吴三桂起兵以来，这种将不听命、兵不从调的局面还从来没有发生过，士兵们都知道吴家政权已走到末路，私下纷纷议论：“等下回清朝兵马来，我们大家散去。”
还在清军到达镇远的前一天晚上，吴军将领就悄悄逃走了，清军轻易便占领了镇远府城，之后直逼省城贵阳。吴世璠闻讯，除将胡国柱、马宝继续留在四川作战外，急召夏国相等从四川还军，用以救援贵阳。可是没等这些援兵到达，清军已进抵贵阳郊区，吴世璠慌忙偕同吴应麒等乘夜逃奔昆明，其文武百官两百余人归降，清军顺利进据贵阳。
乘吴军“百官星散”，陷入极度慌乱之中，彰泰乘机挥师奋进，连下遵义、平远等诸城。然而清军克复贵州的过程也并非一帆风顺，仍在贵州顽抗的夏国相等重新攻占平远城，屯兵两万余盘踞于平远西南山上，又分兵万余据守于江西坡。前者还没费太大事，征南将军穆占与提督赵赖率满汉兵发起进攻后，很快就大败吴军，收复了平远城，相比之下，打得最艰苦的是江西坡，在那里，清军经历了一场类似于“茅麓山”的恶战。