当抗战胜利，台澎列岛重归我国版图，政府为求统一军事，维护治安，巩固国防，并处理军事受降及接收事宜，遂有台湾省警备总司令部之组设。迄大陆情势逆转，政府播迁来台，此后组织虽历经递嬗，名称亦数度更易，但任务相承，脉络始终一贯。兹将其组织之发展与变更，概述如下。
一、台湾省警备总司令部时期
（三十四年九月至三十六年五月）
民国三十四年九月一日，台湾省警备司令部创建于重庆，首任总司令由台湾行政长官兼任，在总部下设机要室、第一处、第二处、第三处、第四处、副官处、经理处、军法处、调查室等九个幕僚单位暨三个直辖部队。总部干部由中央在重庆之各机构及部队中甄选调派，直辖部队特务团（后整编为营）由福建省保安司令部一个团拨编，通信连由陆军通信兵独立第一营第二连原建制拨编，军乐队则采用丙种编制。同年十月五日，迁抵台北。三十五年四月，在台北大直成立劳动训导营，收训一般奸犯流氓等不法之徒。同年五月一日，成立军事法庭，审判战争罪犯。
二、台湾全省警备司令部时期
（三十六年五月至三十八年一月）
三十六年春，改组为台湾全省警备司令部，并归台湾省政府主席指挥，于同年五月十日在台北市上海路成立（三十七年迁驻博爱路）。司令部设办公室、参谋处、情报处、副官处、新闻处、军法处、军事法庭，直辖部队有特务营、通信连、军乐队等；同年七月，成立预算室；九月，成立游民习艺训导所；十月，将劳动训导营改为职业训导纵队与游民习艺训导所，分别收训游民及窃盗受保安处分之人犯。三十七年三月五日，新闻处改组为政工处；同年八月，台湾全省警备司令部列入第二期实施新制，并颁发修正编制表，裁撤预算室，于十月一日实施。直属部队方面，三十六年十月一日，将特务营扩编为特务团，三十七年元月一日，又扩编为警备旅，下辖直属部队及第一、二两团，同年十二月一日，成立该旅第三团。
三、台湾省警备总司令部时期
（三十八年二月—三十八年八月）
三十八年初，台湾全省警备司令部改为台湾省警备司令部，由省主席兼任总司令，同年一日，省警备总部在台北市博爱路全省警备司令部原址组织成立。总部下设办公室，第一、二、三、四处、政工处、经理处、总务处、军法处、预算室；直属部队为警备旅、通信连、军乐队、汽车队等。各单位人员，由前全省警备司令部原有人员扩编而成。编成后隶属于国防部，受东南军政长官公署指挥。
四、台湾省保安司令部时期
（三十八年九月至四十七年六月）
三十八年秋，台湾警备总司令部裁撤，分别成立东南军政长官公署及台湾省保安司令部。保安司令部于同年九月一日正式成立。司令部及所属各级部队，均由省警备总部相关单位改编。同年十二月三十一日，司令一职改由台湾省政府主席兼任。三十九年四月，保安司令部隶属行政院受国防部指挥监督。四十四年十一月十四日核定，并受国家安全局指导，至司令部之组织，在成立之初，编制简单。自中枢迁台以后任务渐趋繁重。为求适应业务需求，其编制乃有变异，兹志其概括如后：
台湾省保安司令部成立之初，编制仅设司令、副司令、参谋长各一员，副参谋长二员，迄由省主席兼任司令后，改为副司令二员。司令部下设政工处、办公室、保安处、督察处、军法处、总务处6个幕僚单位；电信监察所、防空指挥部、防空情报指挥所等3个特业单位；及警卫营、通信连、汽车连、军乐队、检诊所等5个勤务部队；直辖职业训导纵队、游民习艺所等单位。此外并经组织基隆、高雄、马公、花莲、苏澳等各港口，及松山、台南两机场等联检单位。
政工处于三十九年四月改组为政治部，电信监察所于四十三年六月，改为电信监察处，下设3个科、1个船舶管制室、3个电信监察组；同时并将保安处所统之邮电监察所改为特检处，下设2个科及11个特检组（四十六年五月，该处奉准扩充，下设3个科及甲种编制特检组6个、乙种编制特检组12个）。原台湾省情报委员会秘书处，改为侦防处。各处改编后，均直属司令部。四十一年十一月，成立联络组专司外事联络、外宾接待及编译事宜。嗣为健全组织，于四十五年冬修正编制，计辖政治部（辖5科）、办公室（辖2科）、人事室（辖2科）、保安处（辖4科、保安大队一、电台一、谍报组二十四）、参谋处（辖3科）、督察处（辖3科）、总务处（辖4科）、特检处（辖3科、特检组十八）、电信监察处（辖3科、船舶电信管制室一、电信监察组三）、军法处（辖2科及看守所）、以及联络组等幕僚单位，与警卫营、勤务连、通信队、汽车队、军乐队、检诊所等勤务单位。四十六年五月二十二日成立本部大队，将勤务连、通信连、汽车连、军乐队等，辖于该大队指挥。此外，为防制匪谍渗透及人口不合理流动，四十一年十一月编组军民出入境联合审查处，嗣奉准改称入出境管理处，负责人员入出境之管制工作。
保安司令部所属一级单位，其因任务编成情形如次：
1.新生训导处
三十八年冬，国军于金门、登步两度大捷，俘虏4000余名共军送台处理，因此责令保安司令部筹组感训机构。于二月一日在台北市广州街警察学校正式成立。三月一日移驻台北县内湖国民小学，展开感训工作。四十年三月十六日改组为新生训导处，于同年五月十五日迁址于台东县绿岛乡，进驻新建营舍，复并同感训叛乱犯，四十三年夏以后专收共俘。
2.干部训练班及保安干部大队
三十九年十月一日保安干部纵队在宜兰县金六结成立。以收训各部队编余军官及无职军官，于四十一年七月三日，移驻台北县新店镇大崎脚。四十三年六月十九日，改编为保安干部团，旋以服勤人员遍布全省沿海及山区，指挥掌握与补给支援均感不便，于四十六年五月二十六日，该团除保留一个保安干部大队及编成干部训练班外，番号裁撤，其余勤务人员分别编组沿海联检组队，纳入山地治安指挥所山地警备组编制。
3.台中区指挥所
台湾省政府疏迁台中后，为便于公务协调及联系，于四十六年一月十九日，成立台中区指挥部。指挥部下设三个科，以统一督导协调驻于中部地区之各治安及查缉单位。
4.联检机构
为加强人员与物资之入出境管制，以维护社会治安，于三十九年五月，将原设之联合检验处改为专设，隶属于省府及保安司令部，同时并设置花莲、苏澳两港口联检处。四十四年四月，设置和平岛、布袋港两联检组。同年九月，苏澳联检处移设安平港，改称安平联检处。四十三年六月，将松山联检组改称为处，四十六年一月三十日，改称台北国际机场联合检验处；同时并将安平港、台南机场两处组，合并改称为台南联检处；和平岛联检组并入基隆联检处。此外，为统一沿海检查哨所之指挥，于四十五年九月十九日，编组特设东港、成功、旧港、布袋港等四个联检组。嗣以保安干部团之裁撤，于四十六年五月二十二日奉令成立联检队。截至保安司令部并编前一年，联检机构计有基隆、高雄两个甲种编制联检处，马公、花莲、台南三个乙种编制联检处，台北国际机场联检处，南澳、旧港、东港、成功等四个联检组及九个联检队。
5.游动查缉组
为实施对中共经济作战，执行经济检查，于三十九年五月设立游动查缉组。四十年八月，成立游动查缉第二、三两组，原游动查缉组赋予第一组番号，组以下各设三个小组。游动查缉第一组驻台北，二组驻高雄，三组驻台中。其主要任务为缉办走私、及妨碍国家总动员（地下钱庄、套汇、非法买卖金钞等）、私烟酒等案件，并防止非法入出境，严查军用物资济助中共，及中共地区物资来台。
6.山地治安指挥所
为确保全省山地治安，三十九年十月一日，设立北峰、新峰、中峰、高峰、雄蜂、东峰、莲峰、吴凤等地治安指挥所，分别由保安司令部及当地驻军宪警派员兼任编成。四十一年四月，改为专设，指挥官由当地县长兼任，保安司令部指挥官专负其责，并冠以所在地县名，分别改称宜兰、新竹、南投、嘉义、屏东、高雄、台东、花莲等山地治安指挥所。四十三年三月一日，奉令增设台北、桃园、苗栗、台中4个指挥所，合计12个指挥所，分别办理山地32个乡之治安、警备、管制、肃防等工作。四十六年七月一日保安干部团裁撤后，各所成立一个警备组，由保安干部团人员编成，以充实内部组织。
7.日月潭发电区警备指挥所
日月潭发电所，为本省主要电源之一。四十年五月，奉指示编组统一管制机构，六月一日成立日月潭发电区管制室。四十三年八月改称日月潭警备指挥所。四十六年七月一日，所内增设一个警备组。
8.职业训导总队
四十一年五月一日，职业训导总队改编为职业训导一总队，原游民习艺训导所改编为职业训导第二总队。其间于四十二年一月，奉令成立职业训导独立大队于金门，四十四年五月一日迁驻屏东县小琉球，四十五年春，拨编为职业训导总队第三大队，四十六年一月一日正式成立职业训导第三总队。
9.种牧马场
该场原隶联勤总部。四十一年三月，成立筹备委员会，在台中后里筹组成立。同年八月一日，正式成立台湾种牧马场及兽医器材库，兽医器材库址在台北县内湖国小。四十四年九月一日，改隶陆军总司令部。四十五年四月十日，牧马场及兽医器材库改隶保安司令部；十月一日兽医器材库并于种牧马场。
10.生产作业总队
政府为开发台湾省中央山脉天然资源，沟通台中与花莲间交通，经勘定横贯公路路线，利用已决军事犯调服外役力量，期其兴建。四十六年四月一日正式成立，于五月十日进驻南投县。
11.要塞总（大）队
基隆、高雄、马公三个要塞司令部，原直隶陆军总部。四十六年春，改隶保安司令部，并缩编为基隆、高雄两要塞总队及马公要塞大队，于五月一日正式成立，各该要塞总（大）队之任务，与编前相同，一般行政则由保安司令部直接指挥监督。作战方面，则仍分别配属第一、二军团及澎湖防卫司令部指挥，以遂行战斗任务。
12.有关单位
先后编组防空指挥部及防空情报指挥所，三十九年四月，另改设全国性之防空司令部。四十年四月，设立省垣警备指挥部，所属人员均由保安司令部派兼，不另组编。迨四十一年七月，为巩固战时首都之治安，成立台北卫戍司令部，除兼办一般政工及行政业务外，并另成立参谋处专负其责，原省垣警备指挥部之编组同时裁撤。四十二年八月，台北卫戍司令部编制改组。其成立之日，保安司令部参谋处亦能同时裁撤。此外，四十二年五月，台湾省政府交由保安司令部筹组之台湾省生产教育实验所，于四十三年七月一日成立于土城并划归保安司令部指挥。所主任一职由保安司令部副司令兼任，另由保安司令部政治部主任及台湾省警务处处长兼副主任，负责收训感化，从事思想训练及生产技艺之教育。四十六年三月一日，该所兼任主任改由保安司令部政治部主任兼任，副主任改由保安司令部派任，嗣后人事由保安司令部掌理。
五、台湾警备总司令部时期
（四十七年七月至六十九年十月）
台湾警备总司令部，系由台湾防卫总司令部、台湾卫戍总司令部、台湾省保安司令部及台湾省民防司令部四个单位编并，于四十七年五月十六日成立，同年七月一日正式行使职权。除台湾防卫司令部撤销后其戒严业务由台湾警备总司令部接管外，经就台北卫戍总司令部、台湾省保安司令部、台湾民防司令部等三个单位，以保安司令部为基础，统筹并编，隶属于国防部。五十三年七月一日，成立台湾军管区司令部，司令及参谋长由警总总司令及参谋长兼任，并编设动员处及后备军人管理处两个专业单位，其余幕僚业务由警总相关单位兼办。至此，警总使命，遂形成警备、保安、民防暨动员四大任务，工作目标厘订为“安定后方，支援前线”。五十四年五月十六日零时起，台湾本岛海岸警戒与检查任务，由台湾警备总司令部统一指挥。陆军海防支援师，纳入警总作战管制。自此警总之职责日趋繁重，各项业务亦随主客观状况而与日俱增。其使命归纳如下：
动员“戡乱”时期
统一运用民力，构成全民作战体系，加强肃奸、防谍、防空、防爆、执行台湾地区戒严，及拱卫中枢之台北卫戍勤务、沿海海岸警戒，与兵役动员、后备军人管理组训等工作。
反攻作战时期
统一指挥防守台澎任务之国军部队及宪兵、警察，并负责台澎地面防卫作战，及地区之警备、治安与民防等任务。
台湾警备总司令部（以下简称警总）所属单位编成及组织发展概述如下：
1.幕僚单位
警总成立之初，计有政治部、研究发展室、总司令办公室、联络室、第一处、第二处、第三处、第四处、民防处、检查处、特检处、军法处、电信监察处、总务处、预财室、入出境管理处等16个单位，分别掌理一般及特业参谋业务。其后因适应任务需求，组织年有变更调整，兹志如次：
四十八年十一月，将第一、第二、第三、第四各处分别改称人事、保安、警备、后勤等处，预财室改隶总务处，另行成立主计处，并将入出境管理处纳入正式编制，均于同年十二月一日生效。
四十九年五月一日，成立特检处之技术检验室。八月一日，研究发展室扩大，改称警备研究督察委员会。十二月一日，检查处增设调查研究室，掌理渔民保防及案件调查。
五十四年四月一日，检查处改称安全管制处，同年五月一日，将处属科（室）一律改为组。
五十二年四月一日，为加强电检业务，成立电子技术勤务组。同年八月十六日起，各级政工机构称谓，改称政治作战部、处、室，原称政治指导员（官），修订为政治作战辅导官，政工科修订为政治作战官科，专长名称亦冠以政治作战。十月一日起军法处第一、二、三组及普通复判庭名称，修改为军法行政组、检察组、审判组、与复判庭，各组并编设主任书记官一员。
五十四年九月一日，省警务处配属警总入出境管理处之人员，连同经费，划拨纳入警总入出境管理处编制。
五十五年七月一日，裁减安全管制处，调整联络室为二级单位，警备研究督察委员会更名为警备研究委员会。
五十六年七月一日，裁减民防处法规研究室、主计处第五组，暨警备研究委员会结训新生联络组、保安处职业训导组及考核管训组、后勤处之卫勤小组等任务编组单位。九月一日，编设政治作战部中兴出版社及反情报队。十二月一日，编设政治作战部艺术工作大队（基干编组）。
五十七年一月一日，总司令办公室第三组改编为第三、五两组，分别掌理文卷案管业务。七月一日，编设保安处两个缉私组。九月一日，编成军眷管理处。十二月一日，总司令办公室第四组（译电业务）并入后勤处第四组（通信业务）。并将保安处情报中心、警备处电情管制中心，均改为直属勤务单位。
五十八年二月一日，成立缉私室，并将保安处之缉私组纳入该室建制。
五十九年七月一日将缉私室、保安处五组、警备处五组并编成立检查管制室。
六十一年五月一日将检查管制室改称检查管制处。九月一日入出境管理处奉令改隶内政部（六十二年一月底正式转移）。
六十二年三月一日民防处撤销（其业务并入警察机构），并于警备处增设一个民防组，平时协调警察单位执行民防业务督导，战时管制警察单位协力军事作战。
六十四年七月一日，并编战情中心与情报中心为战情中心。
六十六年六月十六日，成立职业训导处任务编组。
六十七年五月一日，成立电子计算机中心任务编组。同年十二月一日，正式成立电子计算机中心。
六十八年八月一日，保安处增编技术室。福利处由政战部督导，战情中心由警备处督导，电子计算机中心由保安处督导。
六十九年三月十六日，增编保安处观光保防室。五月一日，增编政战部第六处。
六十九年五日一日，以原渔事中心编组运用基干员额，编设渔事工作处。
2.直属（外勤）单位
四十七年七月一日，台湾警备总司令部正式行使职权，下设北部、中部、南部、东部四个地区警备司令部，业务由台北、台中、台南及台东四个师管区司令部兼办。台北卫戍勤务，由警总兼办。嗣因任务需要，于四十七年七月二十九日在各地区警备司令部之下（不含澎湖）计成立宜兰、台北、桃园、新竹、苗栗、基隆、台中、彰化、南投、云林、嘉义、台南、高雄、高雄市、屏东、左营、台东、花莲等10个警备分区指挥部，除左营分区由左营要塞守备队兼任外，余均由各该县市团管区兼任。
四十八年十二月一日，撤销部本部大队部。
四十九年二月一日，有线电与无线电两队合并改编成立通信队。四月一日，改隶军犬育训中心为直属一级单位。
五十四年四月一日，撤销台北国际机场安全协调中心，成立游动查缉第四组。并将基隆、高雄两港口安全协调中心及花莲、澎湖、台南、彰化、新竹、宜兰、屏东、台东等港区联检处名称，一律改称为港区检查处。七月十六日成立警备开发纵队，平时负责本省东部土地之开发，战时担任警备治安任务。十一月一日，撤销四个联检队，将临时编组之沿海检查所哨分别纳入各该地区检查处正式编制。
五十一年四月一日，各地区警备司令部警备处增设警备、保安、民防三个科，各警备分区指挥部设置警备科，以加强指挥部组织。七月一日，成立警备开发第二总队，原警备开发总队改称警备开发第一总队。
五十二年十二月十六日，保安大队第一、二、三中队名称，改为情报队、特勤队、警卫队。
五十三年四月一日，干部训练班编设学员生第一、二队及勤务排。日月潭发电区警备指挥所编设行政组。种牧马场编设蹄铁班。七月一日，撤销游动查缉第一、二、三组，并改组游动查缉第四组为台北国际机场联络中心。
五十四年二月一日，撤销未爆弹处理队及船舶管制中心。六月一日，撤销通信队番号，改编为通信营。七月一日，修订师团管区役政处（科）为后备军人管理处（科）。
五十五年一月一日，成立警备第四总队。九月一日，成立电情管制中心，及各地区警备司令部电情管制组。十月一日，修订外勤特情单位之调查组、特检组、电监组，其具有文官资格人员改为军官、文官两用制。十二月十六日，撤销新竹、台中、屏东、台东四个港区检查处。
五十六年四月一日，台东师管区司令部编阶提高为中将，参谋长与政战部主任提高为少将。七月一日，配合台北市改制，台北市团管区司令部改为直隶军管区司令。
五十七年七月一日，增编各警备总队（中队）。八月一日，各警备总队所属单位班长编阶，一律提高。
五十八年二月二十日，勤务队文电中心，拨隶通信营。四月一日，成立高雄国际机场协调中心。
五十九年三月成立独立警备第11大队。八月，新生训导处改编为绿岛地区警备指挥部。九月，成立特种调查室及海上警备队。十一月，成立独立警备第12大队。
六十年三月，将原编十四个乙种特检组修编为甲种特检组。五月，增编四个特检组。成立特种调查室南部工作站及金融调查组。
六十一年五月，各特勤单位改隶各相关幕僚处，同月高雄国际机场协调中心扩编为三个组，台北国际机场协调中心增编第四组，专司国内班机检查。同年十月，电情中心改编为战情中心，同时裁撤北、南部地区警备司令部雷情中心，其任务交由海军接替。
六十二年五月一日增编警备总（大）队通信幕僚，无线电台及海防通信支援组。七月民防指挥管制中心撤销。八月警卫营改编为警备宪兵230营。十月台南港区检查处改编为屏东港区检查处及台南机场检查组。
六十三年五月，裁撤日月潭发电区警备指挥所，及警备开发两个总队各一个大队。保安大队改编为保安特勤行动队，直隶保安处原调查第十一组与保安大队之情报队合并为台北调查组。电信监察处所属电子技术勤务组、船舶管制组，改并为处内第五、六组；另增编北、中、南电信侦测指挥中心各一个。检查管制处增编台中、台东机场检查组，另成立台南机场检查组。
六十四年六月，检查管制处缉私组更名为机动缉查组，同月奉核定裁撤警备开发第一、二总队。同年七月一日，增编小琉球地区警备指挥部、兰屿地区警备指挥部、警备第三总队海上警备队、台中港区检查处、高雄港口检查处第六组。同年十二月一日，增编特检处第三十四特检组，以加强国际机场邮检任务。
六十五年五月一日核定嘉义、苗栗两团管区改隶台中师管区。同年九月，增编台中地检处政战室及三、四组。
六十七年一月一日，特检处裁减第34特检组。电监处增编第九电信监察组。六月十六日，增编警备宪兵239、240、241营，及274、275、276连。同年七月一日警备第一总队裁大队一、直属中队一。警备第二总队裁大队二、直属中队一。警备第三总队裁直属机动分队一。警备第四总队裁大队一、直属机动分队一，增编直属中队一、海上警备队一。
六十七年九月六日，宪兵230、239、240、241营及274、275、276连改隶宪兵司令部，自九月一日生效，仍配属警总执行任务。十月一日，增编中正国际机场协调中心，并调整台北国际机场协调中心为台北机场协调中心。
六十八年一月一日，宜兰港区检查处更名为苏澳地区检查处，并于三月一日增编该处第四组，及南安、南兴、苏澳三站。四月一日，增编通信营补给保修连。十一月一日，增编台北、台中、台南师管区本部连补给保修排各一。同年八月一日，增编高雄国际机场协调中心行政组。九月一日，增编各地区警备司令部保安处。裁撤东部地区司令部电情中心。十月一日，台中机场检查组并编纳入台中港区检查处。
六十九年一月一日，增编电监处埔里测向台。增编绿岛地区警备指挥部两个大队。二月一日奉核定台东、台南机场检查组，分别并编纳入花莲港区检查处及高雄国际机场协调中心。
六十七年十二月二十一日，后备军人管理处各组修订为行政室及第一、二、三、四组。
六十九年三月十四日，编设警备后备营20个（除澎湖团管区外，每个团管区一个），自六十九年四月一日生效。
为配合高雄市自六十八年七月一日起改为院辖市，自六十九年十月一日起，高雄市团管区改隶台湾警备总司令部，受台南师管区司令部作战管制。
历任总司令（司令）名册见附表7.2；台湾警备总司令部组织系统表见附表7.3；台湾军管区司令部组织系统表见附表7.4；台湾警备总司令部指挥管制关系系统表见附表7.5；台湾警备总司令部组织规程如附件一。
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