一、南京临时政府
（民国元年元月元日至二月十五日）
依“修正中华民国临时政权组织大纲”，采总统制，大总统为国家元首、行政首长、海陆军统帅。
国防组织：
（一）军令系统。陆海军大元帅，孙文；参谋部，总长黄兴（陆军总长兼）。设大本营，为战时最高之军事统率机关，大总统兼陆海军大元帅，置兵站总监：黄兴；作战局长：史久光；兵站局长黄郛。主要目标是北伐，并迫清帝退位。
（二）军政系统。置（1）陆军部，总长黄兴；次长蒋作宾。分军衡、军务、军械、军需、军学、军医、军法等7局，及副官处；（2）海军部，总长黄钟瑛，次长汤芗铭。分军政、船政、教务、经理、司法等5局及军机处。以上两部分统陆海军及各军事学校。
二、北京（洋）政府
（民国元年二月十五日至十七年六月八日）
（一）北京政府时期
（民国元年二月十五日至十三年十一月二十四日）
依“中华民国临时约法”，采责任内阁制，国务总理为国家最高行政首长，大总统为国家元首、陆海军大元帅。
此一时期：大总统：袁世凯、黎元洪、冯国璋、徐世昌、曹锟。
1.军令系统
（1）参谋本部。掌管全国国防用兵、统辖全国参谋将校、陆军大学、海军大学、航空学校、陆军测量学校、驻外武官及军事交通等事宜。民国元年五月十五日成立，八月十五日铨叙局编参谋本部职官表。总长黎元洪（兼），次长陈。初设第一至第六局，九月增制图局，十一月增第七局。民国四年九月，改为六局（第一至第六）及制图局。
（2）军事处。袁世凯为指挥联系全国之军队，民国元年四月二十二日，在总统府内置军事处，处长冯国璋，顾问官蒋翊武、孙武、张振武。民国三年五月十二日裁。民国五年六月，陆军大元帅统率办事处裁后恢复，民国十三年十一月裁撤。
（3）陆海军大元帅统率办事处。民国三年五月一日，袁世凯公布“中华民国约法”，将责任内阁制改为总统制，取消国务院及国务总理，在总统府内设政事堂，以国务卿处理政务。同时在军令系统废军事处，设“陆海军大元帅统率办事处”，统率全国陆海军。设三所（第一至第三所主任）及总务厅，办事员：黎元洪（副总统兼参谋总长）、段祺瑞（陆军部长）、刘冠雄（海军部长）、荫昌（侍卫长）、萨镇冰、王世珍。民国五年六月十日，黎元洪下令裁撤。同时又恢复责任内阁制。
（4）陆军训练总监部。设立于民国四年七月，为陆军教育最高机关，直隶陆海军大元帅，辖军学编译局，陆军军官学校，陆军第一、第二预备学校，留日学生监，武技术教练所，置训练总监一人，下设步兵、骑兵、炮兵、工兵、辎重兵监各一人，负责各兵科教育。
2.军政系统
（1）陆军部。民国元年五月十二日成立，掌全国陆军行政事务。第一任陆军总长段祺瑞。设军衡、军务、军械、军学、军需、军医、军法、军牧等8司，及总务厅。民国七年裁撤军牧司。
（2）海军部。民国元年五月十二日成立，掌全国海军行政事务，第一任总长刘冠雄，辖军衡、军务、军械、军学、军需、军法等6司，及总务厅。
（二）临时执政政府时期
（民国十三年十一月二十二日至十五年四月二十日）
此段期间，北京临时执政府，执政段祺瑞，其军令、军政系统乃维持北京政府时期原样。只是将“军事处”，改为“军务厅”。惟广东国民政府已建立，其在北洋势力范围内及全国各地，已形成军系割据。国防组织，徒居形式。
（三）中华民国军政府时期
（民国十六年六月十八日至十七年六月七日）
张作霖为陆海军大元帅，设国务院，由大元帅任命之国务总理执行政务。军令、军政合设军事部，总长何丰林，初设四署：
1.参谋署（原参谋本部）。次长干国翰、辖六司（第一至第六），及全国陆军测绘总局；
2.陆军署（原陆军部）。次长杨毓，辖军衡、军务、军械、军学、军需、军医、军法等六司；
3.海军署（原海军部）。次长温树德，亦辖六司（与陆军同）；
4.航空署（新设）。次长赵延绪，设机械、管理两司。
民国十七年四月三日军事部改组：总长何丰林继任，增二位次长干国翰、杨毓，及总务厅。参谋署、陆军署维持原编制。次长改为署长，人事未动。海军、航空两署次长裁撤，留参事及各司办理业务。
三、国民政府
（民国十四年七月至二十六年七月）
（一）广州时期（民国十四年七月至十五年十二月）
国民政府成立之前为“陆海军大元帅大本营”，亦称“陆海军大元帅府”（民国十二年二月至十四年七月）。大元帅孙文。在军令系统为参谋长（第一任蒋中正，民国十二年三月至四月）及参谋处、参军处与军事顾问、军事参议，在军政系统；（1）军政部，部长程潜、许崇智，辖军需、军务、军衡、审计四局，及军法处；（2）海军部，部长汤廷光。此外另设军事委员会，管理所辖各（省）军。大元帅行营，直辖大元帅府军队。
国民政府采委员制，以若干委员组成之，设常务委员5人，处理日常政务，并推举一人为主席，为国家虚位元首。其军事建置：
国民政府主席：汪兆铭、谭延。
1.军政系统—军事委员会。民国十四年七月五日，依“军事委员会组织法”，确定“以党建军”、“以党治军”原则，规定军事委员会受中国国民党之指导及监督管理。统率国民政府所辖境内陆海军、航空队，及一切军事机关。第一任军事委员：汪兆铭、胡汉民、伍朝枢、廖仲恺、朱培德、谭延、许崇智、蒋中正。军委会主席汪兆铭（民国十四年七月）（前），蒋中正（民国十五年四月）（后）。辖：（1）参谋团；（2）政治训练部；（3）海军局；（4）航空局；（5）军需局；（6）广州卫戍司令部；（7）虎门、长洲（两）要塞司令部；（8）兵工厂；（9）广东民团统率处。
2.军令系统—国民革命军司令部。民国十五年六月五日，依“国民革命军总司令部组织大纲”正式成立。规定：“凡国民政府下之陆海空各军均归其统辖”。且“总司令对国民政府与中国国民党，在军事上须完全负责”，又“总司令兼任军事委员会主席”。辖参事厅、政治部、办公厅、卫士团等。
3.军事部。民国十四年七月，依国民政府组织法建置，部长许崇智。职掌有三：（1）国民政府对外军事代表；（2）国民政府之军事工作，及军事问题议决案之代表说明者；（3）指挥各省军事厅之工作。民国十五年十二月裁撤。
（二）武汉时期（民国十六年一月至八月）
国民政府主席，谭延、汪兆铭。
此一时期，中国国民党—国民政府有“宁汉分裂”，惟其军事机关乃维持“军事委员会”与“国民革命军总司令部”组织，武汉国民政府于民国十六年三月十一日第二届三中全会，为提高党权，免去蒋中正军事委员会“主席”，与国民革命军“总司令”职。然四月十七日，中国国民党中央执委会第七十四次政治会议，决定奠都南京。至七月十五日，武汉政府分共，八月十九日，武汉“中国国民党中央党部”及“国民政府”发表迁都南京，又合而为一。
（三）南京初期（民国十六年四月至十七年十月）
国民政府主席：胡汉民，谭延代。
1.军政系统——军事委员会。民国十六年四月二十九日，中央政治会议第八十四次会议通过“军事委员会组织大纲”。规定：军事委员会为国民政府最高军事机关，委员若干人。常务委员为胡汉民、何应钦、李鸣钟、阎锡山、杨树庄、李宗仁、李济深。主席团成员有蒋中正、胡汉民、谭延、何应钦、汪兆铭、李宗仁、白崇禧、冯玉祥、阎锡山、朱培德、程潜、唐生智、李济深、杨树庄。辖：
（1）主席（团）办公厅。主任、机要室、高级参谋、高级副官。
（2）参谋厅。厅长、副厅长、办公厅主任，第一、第二、第三局。
（3）军政厅。厅长、副厅长、办公厅主任，军务、军械、交通、航空、军医、军法、营房设计、总务、经理、审计、军事教育等处。
（4）兵站总监部。总监、参谋长、副官长，经理、交通二处。
（5）政治训练部。主任、副主任，总务、秘书、宣传、组织四处。
（6）各集团军、路军、军、师司令部，海军总司令部。
（7）军事委员会直属机关。a.淞沪卫戍（后改警备）司令部；b.首都卫戍司令部；c.武汉卫戍司令部；d.京津卫戍司令部；e.江南剿共司令部；f.江北剿共司令部；g.湖北清乡督办公署；h.中央陆军测量局（各省测量局）；i.中央陆军军官学校。
民国十七年二月六日，中国国民党二届四中全会第二次会议，修正“军事委员会组织大纲”，复设军事委员会主席，蒋中正任主席。辖办公、参谋、军政、总务四厅，经理、审计、军事教育部三处。及政治训练部。
2.军令系统——国民革命军总司令部。民国十六年五月二日，中国国民党政治会议第八十六次会议，通过“国民革命军总司令部组织大纲”，规定总司令部直隶于国民政府，凡编入作战战斗序列之陆海空军均归其统辖指挥。特任国民革命军总司令一人（蒋中正），凡属于国民革命军之陆海空各军，均归其节制指挥。
总司令、总参谋长、副总参谋长、总参议，及参谋团主任（各1人）。
（1）司令部。参谋、副官、军法、经理四处。
（2）办公厅。主任、副主任、机要、总务、人事、文书四科。
（3）政治训练部。主任、副主任，秘书长，另总务、秘书、宣传、组织四处。
（4）战地政务委员会。民国十七年三月九日公布组织条例，六月二十七日，中央政治会议第一百四十六次会议裁撤。
（5）东北特别委员会。民国十七年三月三十日成立，联络处理有关东北问题。
（6）兵站总监部。总监、参谋长，军械、卫生、参谋、经理、交通等5处，及总医院。
（7）上海兵工厂。
（8）警卫司令部。司令陈诚；宪兵第1、第2团；警卫第1、第2、第3团。
（9）直辖警卫部队。炮兵第1、第2团，警卫第1、第2团。
国民革命军总司令部指挥部队：
（1）陆军各集团军、各军、师司令部。
（2）海军总司令部。
（3）航空司令部（民国十七年一月二十七日建立）。
（4）首都警卫司令部（民国十七年三月三十一日建），司令陈诚。
（5）各要塞（江宁、马尾、厦门、江阴、吴淞）司令部。
民国十七年八月八日，中国国民党二届五中全会，召开国防会议，裁军事委员会及各集团军总司令部，（各路）总指挥部，所管事务分别移交新建之军政部，参谋部，军事参议院，及训练总监部等机关办理。
（四）安内攘外时期（民国十七年十月—二十六年七月）
国民政府主席：蒋中正（民国十七年十月八日至二十年十二月十五日）、林森。
1.军政部。民国十七年十月成立，同年十一月二十一日，国民政府公布组织条例，掌管全国陆海空军行政事宜，设部长1人，政务、常务次长各1人。参事、秘书各若干人。第一任部长冯玉祥（十七年十月二十四日），第二任部长何应钦（十九年三月三日）。初辖：
（1）总务厅。分文书、人事、管理、交际四科。
（2）陆军署。依“组织条例”，陆军署统理陆军行政事宜，设署长、副署长各1人，下置军衡、军务、军械、交通、军医、军法六司。
民国二十三年七月，军械司并入兵工署，二十四年一月裁陆军署，三月军衡司归并新建军事委员会铨叙厅，军医司改制军医署，其余各司直隶军政部。
（3）海军署。依“组织条例”海军署统理海军行政事宜，设署长1人，下置总务处、军衡、军务、舰械、教育、海政五司，及海巡测量局、海岸巡防处。
民国二十年四月十二日，海军署改为海军部。掌管全国海军行政，辖：总务、军衡、军务、舰政、军学、军械、海政、军医等司。
（4）航空署。依“组织条例”，掌管全国航空事宜。设署长、副署长各1人，下置军务等处。
民国二十二年十一月，改隶新建军事委员会。
（5）军需署。依“组织条例”军需署管理全国陆海空军军需一切事宜。设署长、副署长各1人，置总务处，会计司（民国二十三年三月改会计处）、储备司、营造司（工程处）、审核司（民国二十三年三月改为财务司）。
（6）兵工署。依“组织条例”掌管全国兵工及关于兵工建设事宜，设署长、副署长各1人，初设总务第四科，后改总务处，增资源、行政、技术三司。民国二十三年四月，资源司归军事委员会之资源委员会，行政司改为制造司。
（7）宪兵司令部。
2.参谋部（参谋本部）。民国十七年十月成立，同年十一月二十八日，依照中国国民党中央政治会议第一百六十五次会议，将参谋部改为“参谋本部”，直隶属国民政府，掌理国防及用兵事务，统辖全国参谋人员，陆海空军大学校，陆地测量总司及驻外武员。设参谋总长1人，总理部务，参谋次长2人，辅助总长处理部务，下置：
（1）总务厅。
（2）第一厅（人事）。
（3）第二厅（情报）。
（4）第三厅（作战）。
（5）陆地测量总司。辖各省陆地测量局。
（6）陆军大学。
民国二十一年九月二十六日，依新组织法，增：
（7）边务组。
（8）国防设计委员会。
民国二十二年增城塞组，二十四年国防设计委员会与兵工署资源司合并，改组为资源委员会，直隶军事委员会。
3.训练总监部。民国十七年十一月正式成立，直隶国民政府，掌管全国军队教育。设总监1人，副总监2人，参事6人，下置：（1）总务厅；（2）步兵监；（3）骑兵监；（4）炮兵监；（5）工兵监；（6）辎重兵监；（7）国民军事教育处；（8）军学编译处；（9）政治训练处。
同时辖：（1）中央陆军军官学校；（2）陆军步兵学校；（3）陆军骑兵学校；（4）陆军炮兵学校；（5）陆军工兵学校；（6）陆军辎重兵学校；（7）陆军机械化学校。
民国二十四年五月，增设（10）交通兵监；（11）通讯兵监。
4.军事参议院。民国十七年十月成立，直隶国民政府，民国十九年九月十八日公布“军事参议院组织法”，为军事最高咨询、建议和高级军官储备机构，设院长、副院长各1人，参议、咨询各若干人，下置：军事、政治两研究会，及总务、军事二厅。
5.重建军事委员会。民国二十一年“一·二八”淞沪作战爆发，中国国民党中央党部及国民政府临时迁到洛阳，三月一日至六日在洛阳召开中国国民党第四届二中全会，决议重新成立军事委员会，“定全国防卫计划”。并通过国民政府“军事委员会组织大纲”，军事委员会直隶国民政府，为全国军事最高机关，设委员长1人，委员7～9人，由中央政治会议选定，国民政府特任。行政院长、参谋总长、军政部长、训练总监、军事参议院院长为当然委员。委员中推3～5人为常务委员。
民国二十五年十二月，常务委员增为5～7人，增设副委员长2人。其组织：
委员长蒋中正（民国二十一年三月八日任）
副委员长阎锡山（民国二十五年十二月十八日任）
副委员长冯玉祥（民国二十五年十二月十八日任）
常务委员白崇禧（民国二十五年九月五日任）（原李宗仁）
常务委员何应钦（民国二十五年十二月十三日任、军政部长）
常务委员程潜（民国二十五年十二月十三日任、参谋总长）
常务委员唐生智（民国二十五年十二月十三日任、训练总监）
常务委员陈绍宽（民国二十五年十二月十三日任、海军部长）
常务委员陈调元（民国二十六年五月七日任、军事参议院院长）
常务委员徐永昌（民国二十六年五月七日任、军事委员办公厅主任）
委员（略）
高级参谋：民国二十一年四月，任钱卓伦、秦德纯、张允荣、李兴中、刘兴、胡宗铎等11人。
（1）办公厅。主任、副主任；
（2）第一厅（军令）。主任（参谋总长兼）、副主任，辖：参谋本部事务处，第一处、第二处、第三处；
（3）第二厅（军政）。主任（军政部长兼）、副主任，辖：陆军、海军、空军、铨叙等军务处，及政治训练处。民国二十四年五月撤销。
（4）第三厅（审计）。主任、副主任，辖：秘书、副官、总务、审计、监察、预算等处。民国二十四年五月改为审计厅。
（5）铨叙厅。民国二十三年三月增设，厅长、副厅长，辖：第一、第二、第三等处。
（6）军事调查统计局。民国二十四年五月四日筹备，民国二十七年八月正式成立。设局长、副局长，其组织遍全国。
（7）军事委员会委员长侍从室。民国二十二年三月成立，主任林蔚，辖四组：第一组警卫王世和；第二组秘书王庆祥；第三组调查记录邓文仪；第四组总务陈希圣。另设侍从参谋3人，第一组下设侍官与特务员，归侍卫长楼景樾指挥。同年十二月宣铁吾任侍卫长，二十三年十二月，何宣接侍卫长。
民国二十四年二月初，侍从室改组扩大，主任贺国光，第一处主任，辖三组：第一组总务陈希圣，第二组参谋于达，第三组警卫王世和；第二处主任陈布雷，辖二组：第四组秘书王庆祥，第五组研究陈布雷（兼）。原第三组组长（调查登记）萧赞育改任侍从秘书。民国二十五年一月，钱大钧接侍从室主任，兼侍卫长。
四、对日抗战
（民国二十六年七月七日至三十四年八月十日）
国民政府主席林森（民国三十二年八月殁），蒋中正继任。
（一）初期组织
七七事变后，国民政府由南京先迁武汉，再迁重庆。根据民国二十六年八月十二日中央常务委员会暨国防会议决议：改国防会议为国防最高会议，以军事委员会为大本营，蒋委员长中正为大元帅，不另设大本营。八月十四日国防最高会议决议，对日不采宣战绝交方式，只发自卫声明，八月二十日，大本营训令第一号，颁发国军战争指导方策，其中第二、第三条组织统帅部（大本营）规定。其组织：
军事委员会（大本营）委员长（大元帅）蒋中正，辖：
参谋总长程潜（九月二十五日程调第一战区司令长官）、何应钦（兼）；
副参谋总长白崇禧；
办公厅主任徐永昌—高级幕僚，总机要室；
顾问（若干人）；
侍从室：第一处主任钱大钧—三组；第二处主任陈布雷—三组；第三处主任陈果夫—三组，侍卫长钱大钧（兼）。另警卫大队；
军事参议院陈调元；
军法执行总监唐生智（兼）；
训练总监唐生智；
军政部长何应钦；
各院部会代表。
军事委员会下置八部：
第一部（军令）黄绍；
第二部（政略）张群；
第三部（财经金融）孔祥熙；
第四部（经济）吴鼎昌；
第五部（宣传）陈公博；
第六部：（训练）陈立夫；
后方勤务部俞飞鹏；
管理部朱绍良。
军事委员会指挥单位：
1.各战区司令长官；
2.各预备军司令官；
3.各独立集团军总司令；
4.独立军长；
5.海军总司令（海军部改制）；
6.空军总司令；
7.各地守备司令；
8.宪兵司令；
9.各省保安司令；
10.防空司令；
11.铁道运输司令；
12.船舶运输司令；
13.通信指挥官。
（二）民国二十七年一月统帅部改组
民国二十七年一月一日，行政院改组，将军委会原设第三、第四部改为经济部，并入行政院管辖，同月十七日，统帅部（军事委员会）改组，其建制：
军事委员会委员长蒋中正；副委员长：冯玉祥、阎锡山；
参谋总长何应钦；副参谋总长白崇禧。下置：
1.办公厅主任贺耀祖；
2.侍从室主任钱大钧；
3.军事调查统计局局长贺耀祖；
4.参事室军事参议官（若干人）。
军事委员会，辖：
1.军令部部长徐永昌；
2.军政部部长何应钦；
3.军训部部长白崇禧；
4.政治部部长陈诚；
5.军法执行总监部部长鹿钟麟；
6.航空委员会委员长蒋中正，主任周至柔；
7.铨叙厅厅长林蔚；
8.军事参议院院长陈调元。
军事委员会，指挥：
1.各战区司令长官；
2.海军总司令陈绍宽；
3.后方勤务部俞飞鹏；
4.各防空司令部；
5.各江防司令部；
6.各卫戍司令部。
（三）军事委员会，所辖各部、院、厅、会、局组织
1.军令部（原参谋本部）。民国二十七年一月命令建置，二月一日正式成立，掌管全国国防及用兵事宜，设部长、政务次长、常务次长各1人，下设三厅：
部长徐永昌；政务次长熊斌、罗卓英、秦德纯；常务次长杨杰、林蔚、刘斐；
第一厅（作战）。刘斐、彰秉钧；
第二厅（情报）。徐培根、杨宝诚、郑介民；
第三厅（总务）。陈焯、李瑞浩；
第四厅（民国三十二年一月增设）。晏勋甫。
2.军政部。隶属行政院，受军事委员会指挥，其组织：
部长何应钦（原任）、陈诚（民国三十三年十一月任）；
政务次长曹浩森（原任）、钱大钧（民国三十一年二月任）、林蔚（民国三十三年十二月任）；
常务次长张定（民国二十七年一月任）、俞大维（民国三十三年十二月任）；
主任参事，参事（略）；
总务厅厅长项雄霄（原任）、陈启文（民国三十一年任）、刘翼峰（民国三十四年一月任），下置：
人事处处长秋宗鼎、陈春霖；
军务司司长王文宣（原任）、方天（民国三十三年三月任），民国三十四年一月，升格为军务署。
军务署署长方天，下置：
马政司司长金玉琼（原任）、朱其；
交通司司长王景楠（原任）；
军法司王震南、张仁德、刘千俊；
兵役司司长朱为珍（原任），民国二十八年二月升格为兵役署。
兵役署署长程泽润（民国二十八年二月任），民国三十三年九月兵役署升格兵役部，改隶行政院，民国三十四年十二月设兵役署。署长徐思平。下置：
总务处处长吴诏全；
役政司司长张学濂；
国民兵司司长何志浩；
军需署署长周骏彦（原任）、陈良（民国二十九年任），下置：
财务司司长汪奇柏、孙作人；
储备司司长王钟、吴中林；
营造司司长周子齐。
兵工署署长俞大维（原任），下置：
总务处处长周自安；
制造司司长杨继曾；
军械司司长陈隐翼、陈东升；
技术司司长郑家俊；
民国三十一年四月增设机械化司。司长李青。
军医署署长张建（原任）、胡兰生（民国二十七年七月任）、卢致德（民国三十三年二月任）、徐希麟（民国三十三年三月任）、林可胜（民国三十四年七月任），下置：
第一处处长梁任枢、徐世纶；
第二处处长朱孝兰、李穆生；
第三处处长李生；
会计长陈良、闵湘帆、李邺。
3.军训部（原训练总监）。民国二十七年一月一日，国民政府明令设置，掌全国陆海空军之训练、整理、校阅，所属军事院校之教育、建设之改进，及国民兵之教育规划、校阅等事宜，设部长1人，次长2人，主任参事1人，参事4人。其组织：
部长白崇禧；次长刘士毅、黄琪翔（后阮肇昌、王俊）；
主任参事，参事（略）。
总务厅厅长徐国桢、周维纲、陆荫辑。
步兵监阮肇昌、徐国桢、杨政治；
骑兵监门炳岳、林湛；
炮兵监刘瀚东、王和华；
工兵监林伯森；
辎重兵监毛福成、汤；
通信兵监华振麟；
机械兵监徐庭瑶；
国民兵教育处处长杜心知；
军学编译处处长杨言昌。
4.政治部。民国二十七年一月一日，国民政府明令设置，掌管全国军队政治训练，民众军事组织训练，宣传文化工作及战地服务，设部长1人、副部长2人、秘书长1人（民国二十九年九月裁撤），主任参事1人。其组织：
部长陈诚（民国二十七年一月）、张治中（民国二十九年九月）。
副部长周恩来、黄琪翔（民国二十七年二月）、王东原、梁寒操（民国二十九年九月）、袁守谦（民国三十三年一月）、何浩若（民国三十三年八月）、黄少谷（民国三十四年三月）。
秘书长张万生。
主任参事（略）；
第一厅厅长贺衷寒、邓文仪；
第二厅厅长康泽、徐会之；
第三厅厅长郭沫若、何浩若、黄少谷、李俊龙；
5.军法执行总监部。民国二十六年九月六日，国民政府明令设置。掌理全国军队纪律之维持与军法之执行事务、审理将级人员违法案件，设总监1人，副监2人。（民国三十四年十二月一日，军政部恢复军法司，军法执行总监部结束）。
总监唐生智（民国二十六年九月六日任）、鹿钟麟（民国二十七年二月九日任）、何成浚（民国二十七年六月十四日任）。
副监谷正伦、王懋功、秦德纯、贺国光、张镇。
6.航空委员会。民国二十七年一月国民政府明令设置，民国二十八年七月改组，设委员长1人，委员10～14人，主任、副主任各1人，其组织：
委员长蒋中正（兼）。
委员：孔祥熙、宋子文、何应钦、白崇禧、周至柔、蒋宋美龄、徐永昌、陈诚、贺耀祖、唐生智、龙云。
主任：周至柔，副主任：黄光锐、毛邦初；
参事室：首席参事陈庆云；
秘书室：主任秘书周鸣湘；
参谋处：处长胡百锡；
航政处：处长汪丰；
机械处：处长朱家仁；
人事处：处长欧阳璋；
经理处：处长李祖铨；
交通处：处长石邦藩；
副官室：副官长曹文炳；
会计处：处长云大选；
政治部：主任简朴；
训练监部：训练监沈德燮，副监林伟成；训练处何泾渭；教育处林伟成（兼）；
防空监部：防空监黄镇球；副监王鹗；积极防空处严武；防空情报处黄静波；消极防空处陈独真。
民国三十年四月，及三十二年二月两度改组，委员长未变，委员略有增减（略）。惟增：法制委员会—首席委员曹宝清；飞行失事审查委员会—首席委员邢铲非。
7.铨叙厅。民国二十四年二月设置，属军事委员会，掌理全国陆海空军之铨衡、考绩与恤赏事务，设厅长、副厅长各1人，下辖三处。
厅长：林蔚（民国二十三年四月任）—吴思豫（民国二十七年四月任）—钱卓伦（民国三十四年一月任）。
副厅长：殷组绳（民国二十四年五月任）—钱卓伦—刘祖舜（民国三十五年三月任）。
第一处：处长吴克润（民国二十三年六月任）。
第二处：处长黄思基（民国二十三年六月任）。
第三处：处长戴铭忠（民国二十三年六月任）。
8.军事参议院。原军事参议院，民国二十七年一月改组，其组织详前军事参议院。院长陈调元，副院长王树常。
9.后方勤务部。民国二十六年八月设置，综理全国作战军兵站事宜，设部长、副部长、参谋长各1人，办公厅及各处，民国四十四年一月，行政院会议，改制为后勤总司令部，隶属军政部。其组织：
部长俞飞鹏（民国二十六年八月任）；
副部长端木杰（民国二十六年八月任）—陈劲节；
参谋长汤；下置：
参谋处长冯环；
秘书处长史济寅；
副官处长黄耀；
铁道运输处长陆福廷；
经理处长彭熙同；
军械处长陈东生；
卫生处长卢致德。
10.海军总司令部。民国二十七年一月军事委员会改组，裁海军部，设置海军总司令部，总司令陈绍寅。其组织：
参谋长1人。下置：
参谋处：军务科、训练科、文书科；
军衡处：铨叙科、恤赏科；
舰械处：轮电科、兵器科、雷务科；
军需处：会计科、储备科。
11.军事委员会侍从室。民国二十六年九月，侍从室改组，精简第二处，另设置军事委员会秘书处，张群为秘书长，陈布雷为副秘书长，原第二处人员编入秘书处。
民国二十七年初，政府迁武汉，将原特务团与卫士大队合并，扩为特务旅，辖3个团，石祖德任旅长，任委员长蒋中正外围武装警卫。
是年底，侍从室再扩编，侍卫长王世和。
第一处，钱大钧—林蔚—贺耀祖—张治中—周至柔，辖第一组，总务，陈希圣；第二组军事，于达—赵桂森；第三组警卫，王世和（特务旅改成特务团，团长：楼秉国—柳天麟）；第六组情报，唐纵。
第二处，陈布雷—周佛海—张道藩—陈方，辖第四组，政务，汪日章—陈方；第五组，党务研究，陶希圣。
第三处，主任陈果夫，副主任：罗良鉴、刘永尧、萧赞育，掌理全国人事调查、登记、考核、分配等有关事宜，分第七、八、九、十等四组，濮孟九、杨锦煌、姜超岳、罗时实、梅磷高、孙慕迦、邓翔海等人先后分任组长。
参事室：主任朱家骅—王世杰，参事：周鲠生、陶希圣、陈豹隐、王征、张忠绂、郭斌佳、甘介侯，研究内政外交问题。
民国三十二年八月一日，蒋中正再任国民政府主席，原侍从室第一、二、三处，及参事室不变，另正式成立侍卫长室，由俞济时专任侍卫长，将第一处第三组业务全部划归侍卫长室。
按：军事委员会侍从室是抗战时期，最具威权的机构。
（四）军事委员会，民国二十七年一月后，新建单位
1.军事委员会调查统计局（简称军统局）。民国二十七年八月正式成立。其组织：
（1）内勤组织
局长：贺耀祖（民国二十七年八月任）—钱大钧（民国二十九年任）—林蔚（民国三十一年九月任）—戴笠（民国三十三年代）。
副局长：戴笠（民国二十七年八月任至三十五年三月飞机失事）——毛人凤（民国三十五年三月）。
督察室、会计室、技术研究会、设计委员会。
秘书主任：总务科、编制科、译电科、文书科；
第一处：人事科、训练科、交通科、警务科；
第二处：军事科、政治科、国际科；
第三处：行动反间科、司法科；
第四处：业务科、工务科、侦收科。
（2）外勤组织
华北区——天津区；平绥区：察哈尔站、绥远站、青岛站、济南站、石家庄站、保定站、北平站、天津站。
华东区——南京区；上海区：浙江站、安徽站、屯溪站、杭州站。
华中区——武汉区；西北区；川康区：西康站、河南站、宁夏站、九江站、江西站、湖北站、湖南站、甘肃站、山西站、陕西站、成都站、重庆站。
华南区——闽南站、闽北站、贵州站、广西站、广东站、香港站。
派出单位：铁路破坏队、军事谍报流动组、京沪流动行动总队、策反委员会、山东行动委员。至民国三十三年，情报组织649个，行动组织60个。
边区组织：
西藏：拉萨工作站。
新疆秘密工作站：伊犁、阿山、喀什、莎车、阿克苏、乌耆、哈密七组。
东北：大连、沈阳、滨江；长春、鞍山、吉林、哈尔滨、佳木斯、齐齐哈尔。
海外组织：
越南：河内、海防、西贡3组；
泰国：曼谷组；