教育家要培养进步的人格，以适应进步的社会，取道甚迂，成功甚缓，然而又坚信其可能。
——林砺儒：《教育危言·序》
林砺儒一贯提倡教师指导青年学生，“一不是凭权威部勒，二不是凭笼络操纵”[4]，而必须了解青年，和他们做真诚的朋友，然后以人格的力量教化学生。他有一句教育名言：“教育是人格和人格的交感。”基于这种以人为本的教育成长观，林砺儒指出：“一个完整的人格，包含有动物的、人类的、公民的、职业的四种资格。”[5]这些资格完整地体现了人在教育发展中所应有的生理和心理特征，只有具备这些特征，人才能健康自由地发展。人格渗透和体现在生活中，他指出：“生活是全人格的活动。谈生活就联想到物质的衣食住，谈人格便联想到道学式的规行矩步，这都是误会。我们人类天生有一副活动能力，时时要向外扩张，与周围发生关系，人格的活力扩张所及之周围，就是生活范围。”[6]青少年对周围的生活越有兴趣，人格的活力越扩张，人格就越完善，人也就越健康。“教育是人格的成长，学校里教学生学习的是他们人格往后成长的资本，要能生息……要将来能应用到各方面应付自然，应付社会，才算是真为他们所有。”[7]中等教育应当使学生的人格得到充分陶冶，然后在此基础上让学生“自由选择”和发展自己的个性，所以“中等教育的任务就是引导少年人格之放射线到各方面去”[8]。这些话都鲜明地体现出林砺儒“全人格”教育的思想。
作为附中的校长，林砺儒在办学过程中使全人格教育思想得到了充分的实践。为更好地适应学生人格的发展，林砺儒提出了以环境为中心的课程改造观。他指出不少课程的编排体系存在问题，不利于儿童的身心发展。“近日普通学校教科……皆以教科目为基础而组织教材。这样的办法，实在有点儿不妥当……无论何种教材，皆互相关系密切，不能孑然独立……各科之分立，非由儿童之地位所承认者，乃按全知识之客观组织而区分者也。”[9]以教材为中心的时代已成为过去，“今日是使教授适合儿童发达原则之时代，即承认课业应适合儿童之要求，趣味及能力也”，“故学校之各教科，当以问题境遇为中心而组织之，使儿童于各方面应用各种教材，能于成人社会行应用，且由是而得经验”[10]。
在教学方式上，林砺儒尤其注重师生的互动，在1923年制定的《北京师大附中各科课程标准》中，明确指出教师在讲授时“提出意思不明了处，令学生讲解；提出原文简单处，令学生补充；提出与别篇不同之处，令学生比较；提出思想上应订正处，令学生批评”。他还提倡学生多质疑和发表意见，“多予优等生以发表意见之机会，注意劣等生之理解及疑难，教者分别予以充分订正及解释”。
林砺儒也十分重视对学生品行的教育，制定了一套非常完整、合理的评价学生道德品行的机制。学校的道德品行训练，一切以学生的人格发展为出发点，因此北师大附中的训育方针是“不尚压制而尚开导。对于学生之一切禁令，必使学生觉悟其所以然之意义，以收心悦诚服之效”。林砺儒从学生的身心出发，对学生的操行进行评定，从他制定的评价项目可以窥见确实下了一番工夫，主要项目有环境状况、遗传特点、气质、智力、感情、意志、态度、言语、行为、长处、短处、总评等。林砺儒还十分重视学生的身体素质，他制定的体育成绩考查方法也充满人性化，“身体方面注重考查其体格、体质与体力；精神方面注重考查其诚意、勇气及规律协同；技能方面注重考查其姿势与能力”。
林砺儒的教育实践，使北师大附中成为培养杰出人才的摇篮。张岱年回忆道：“20年代，我在师大附中读书，受到了深切的教育，奠定了我一生治学的基础。”[11]这既是学生对母校的感激，也是对林砺儒教育思想的充分肯定。