嘉熙四年，蒙军又纷纷南下，汪世显再次攻克成都，窝阔台汗趁势遣达鲁花赤月里麻思为使与宋议和。但这一次宋廷却出奇强硬，扣押了月里麻思，拒绝议和。这位月里麻思也堪称豪杰，宋人许以富贵毫不心动，被囚于长沙飞虎寨36年而卒，堪称蒙古苏武。后元世祖赐其子忽都哈思为答剌汗，东征日本时战殁，是蒙古（元）为数不多的满门忠烈。淳佑元年（1241年），窝阔台汗驾崩，享年55岁，在大汗位12年，元世祖追赠庙号元太宗。窝阔台汗崩时，大蒙古国通过“长子西征”，击败了俄罗斯、匈牙利、波兰和波斯等国，只有进攻南宋始终不利。窝阔台汗遗嘱由阔出之子失烈门继位，但年龄太小，暂时由其妻脱列哥那摄政，史称乃马真哈敦（哈敦相当于皇后）。但五年后乃马真哈敦立其子贵由为大汗，在位三年而崩，元世祖追赠庙号元定宗。这一段时间蒙古战线拉得过长，更重要的是，游牧民族每一位领袖去世，都意味着新一轮的内斗开始。
贵由汗甚至曾率兵西征金帐汗国，不过崩于途中，避免了蒙古的一次严重内耗。贵由汗崩后，其妻海迷失哈敦摄政。此时阔出之子失烈门、拖雷之子蒙哥、贵由之子脑忽、忽秃黑展开了激烈争夺，三年没有选出新的大汗。这一段时间蒙古非常混乱，而且没有留下史料，《元史》只能以一句“行事之详，简策失书，无从考也。”来交代。南宋也获得了宝贵的喘息之机，对自身进行了调整。四川是南宋的三大防区之一，也是最重要的上游屏障和经济支柱，但曹友闻殁后战绩非常糟糕，川军早已不复当年吴氏兄弟的威风。淳佑二年，宋廷以大理少卿余玠为兵部侍郎、四川安抚制置使兼知重庆府。当时四川大部分地区包括成都都已沦陷，余玠此去既要重振川军，更要先收复失地。赴任前余玠慨然对理宗保证：“手挈全蜀还本朝，其功日月可冀。”孟珙也支援了6000军、10万石军粮随余玠入川。蒙军不能在成都平原上坚守，于是又焚平成都，退出四川，恢复此前稳固的川陕边界。
在余玠之前16年间，四川换了三名宣抚使、九名制置使、四名副使主持工作，有的昏庸无能，有的在任太短，四川军政日益败坏。余玠到后，人心初定，开始大力整饬。余玠最重要的工作是深入研究四川的地形，在险要处筑城，以使蒙军不敢轻入。尤其是合州（今重庆合川）钓鱼山，最为形胜，“贤于十万师远矣，巴蜀不足守也。”随后余玠又筑青居、大获、钓鱼、云顶、天生等十余城，都是因山为垒的险要，将郡守都迁徙至城砦中，囤积物资，这些城砦尤其是钓鱼城后来都成为抗蒙战争的中坚。在余玠的治理下，四川恢复了元气，在与蒙军作战中屡屡获胜。蒙军多次突入四川劫掠，在余玠的打击下往往得不偿失。中路的孟珙更是只手遮千里，不但在京湖战区屡败蒙军，还经常驰援川东、淮西，威风八面。直面京湖战区的蒙古河南行省人心惶惶，“降者不绝”，甚至领行省事范用吉（女真族，原名孛术鲁久住）也秘密联络孟珙请降，但宋廷没有同意接受。
当时孟珙已病重，叹道：“三十年收拾中原人，今志不克伸矣。”以检校少师、宁武军节度使致仕。淳佑六年（1246年）九月，汉东郡公孟珙薨，享年51岁，累赠至太师，封吉国公，谥忠襄，立威爱庙。孟珙灭金抗蒙，无疑是南宋后期最耀眼的一颗将星，虽名气远远不及岳飞，但如果仅论战绩，未必在岳飞之下。而余玠的下场比孟珙要惨一些，他虽累官至资政殿学士、四川制置大使，但在任上因为工作关系得罪了下属的云顶山统制姚世安。姚世安联合宰相谢方叔等对抗余玠，余玠郁郁不乐。宝佑六年（1258年），余玠听说要召他入朝，非常不安，一天晚上突然就死了，有人说是服药自尽。“蜀之人莫不悲慕，如失父母。”余玠的生年、赠、谥均不详。在窝阔台汗崩后十年间，蒙古陷入内乱，南宋也获得了宝贵的喘息之机。但随着孟珙、余玠这两位旗帜性名将的去世，宋军其实也并不乐观。而蒙哥汗（元宪宗）继位后，蒙古却走出调整阶段，进入新一轮强盛期。宋军也将迎来更加残酷的新挑战。