1998年8月，教育部印发了《关于认真做好“两基”验收后巩固提高工作的若干意见》，强调基本普及九年义务教育，基本扫除青壮年文盲（以下简称“两基”）工作虽取得显著成效，但仍然存在着标准低、基础薄弱、指标波动等问题，地区之间发展也不平衡，一些地方出现辍学率有所回升、放松扫除剩余文盲等现象，所以要坚持“两基”为“重中之重”的方针，突出重点，抓好薄弱环节，要以普及程度、师资队伍建设和进一步改善办学条件为重点，扎扎实实巩固提高“两基”原有评估项目及指标要求；加强领导，优先保证“两基”巩固提高经费投入，要进一步发展和完善以财政拨款为主，其他多种渠道筹措教育经费为辅的教育投入体制。采取减免杂费、书本费，建立健全助学金制度等办法，帮助贫困家庭儿童少年接受义务教育。有条件的地方，可逐步扩大义务教育阶段残疾学生的免费范围。“两基”与“两全”是一个有机整体，推行素质教育最终要落实在全面贯彻教育方针，全面提高教育质量上。在巩固提高阶段，要以全面提高国民素质为宗旨，使实施素质教育初见成效，把“普九”提高到一个新水平。
“两基”目标的实现中，农村地区“两基”工作是我国教育工作的重中之重。2004年发布的《国家西部地区“两基”攻坚计划（2004—2007年）》指出，到2002年年底，“两基”人口覆盖率达到91%。经过西部地区各级政府的不懈努力，西部教育发展迅速，成效显著，但教育发展的总体水平仍然偏低，发展很不平衡。西部地区人均受教育年限仅有6.7年，比全国平均水平低1.3年；“两基”人口覆盖率仅77%，比全国低14%；15岁以上文盲、半文盲人口占总人口的比重为9.02%，比全国高2.3%。截至2002年，西部地区仍有372个县（市、区）以及新疆生产建设兵团的38个团场，共410个县级行政单位尚未实现“两基”，涉及345万平方千米国土和8300多万人口。西部地区“两基”攻坚已经成为提高整个中华民族素质的当务之急，是必须做好的一项重要工作。为此，2004年，教育部、财政部联合下发《关于进一步加强农村地区“两基”巩固提高工作的意见》，指出今后5年加强农村“两基”巩固提高工作的目标：义务教育的普及程度进一步提高，小学适龄儿童都能按时入学，在校生年辍学率控制在1%以下；初中阶段毛入学率达95%以上，在校生年辍学率控制在3%以下，按时毕业率明显提高，17周岁人口初级中等教育完成率明显提高；视力、听力和智力残疾儿童少年义务教育阶段入学率分别达到85%；全面扫除有学习能力的青少年文盲（15～24岁），青壮年文盲率下降到5%以下，复盲现象得到有效控制，脱盲人员巩固率逐年提高。为切实实现农村“两基”工作的完成，制定了相应的措施：以加强农村初中建设为重点，进一步改善农村中小学办学条件，地方各级人民政府要加大校舍建设和危房改造力度，高度重视学生宿舍和学校公共卫生设施建设，进一步加强初中实验室和图书馆建设；各地要遵循“小学就近入学，初中相对集中”的原则，稳步推进农村学校布局结构调整工作，提高办学规模和效益；进一步巩固完善农村义务教育管理体制，增加义务教育经费投入；加大控制初中辍学的力度，提高义务教育普及程度；加快推进课程改革，进一步提高中小学教育质量；切实加强师资队伍建设；大力推进中小学信息技术教育；切实保障弱势群体接受义务教育权利；进一步提高中小学管理水平，建立和完善中小学生学籍管理制度。
随着我国经济体制和政治体制的改革，教育体制改革也逐步展开。义务教育作为教育结构中最基础的环节，首先开始了办学体制上的调整。由于我国经济发展水平相对较低，教育经费严重不足，因此，针对较为庞大的义务教育经费的需求，我国开始采取以政府投入为主，多渠道筹措教育经费为辅的经费投资体制。由此，在义务教育办学形式上，开始增加多种形式的办学。1998年发布的《关于义务教育阶段办学体制改革试验工作的若干意见》中指出，各地在党的十五大精神指引下，以《中国教育改革和发展纲要》及其实施意见为依据，进行了“公办民助”“民办公助”等不同形式的办学体制改革试验。这对逐步建立以政府办学为主、社会各界共同办学的体制；对合理配置教育资源，吸收社会资金投入教育；对加强基础薄弱学校的建设，增强学校的办学活力；对规范义务教育阶段公办学校的办学行为，治理乱收费，缓解择校的压力等，起到了积极的作用。但在办学体制改革试验过程中，也出现了一些值得注意的倾向和问题，主要表现在：将好的或比较好的学校转变为“民办公助”，在义务教育阶段高收费；依托办学水平较高的公办学校办“校中校”“校中民办班”或“一校两制”；一些试验学校仍在较大范围招生并进行选拔性的文化课考试；一些学校乱收费、乱集资，有的甚至比较严重；各地仍然存在着不少薄弱学校，群众很不满意，也助长了择校行为。这些倾向和问题如不及时引导和规范，将会冲击我国九年义务教育的实施，妨碍素质教育的推进，甚至影响社会的稳定。