曾国藩调陈国瑞驻防清江浦，其目的在于建立运河防线，阻击捻军渡河。但捻军这时并不急于过河向东，他们在豫鲁苏皖一带广阔的天地里，与湘淮军和这几个省的防兵周旋。捻军最擅长骑战和平原旷野之战，他们往来奔驰，飙狂如风，常常引得驻守在周家口、临淮、归德等地的张树声、周盛波、刘松山等部与他们接战。交锋不久，只见锣号一响，战旗一指，瞬时间便全军跑了。潘鼎新等游军跟在屁股后面穷追，追过一两天后，往往踪影全无，弄得垂头丧气。李昭庆的马队因买不到口外好马，始终建不起来。就这样，曾国藩受命北上整整一年了，除消耗大量粮饷外，无一战功可言。朝野开始有闲言了。
捻军歼灭僧格林沁军后，随即从城武、定陶向南转移。张宗禹部由永城趋宿州、毫州，避开来迎的清皖军，夺取了高炉集。赖文光、牛洛洪、任化邦等继至，遂合围捻军的家乡雉河集，把安徽布政使英翰围困在那里。英翰只能带二十余骑退至西洋集。捻军集结于皖北。山东战场岑寂。
面对这个变化，曾国藩改变了原来的部署。他决定不先去徐州老营，而带领金陵的六营人马，和宁国的六营人马，赴临淮驻扎。同时，重点布防的十三州府，不再只以徐州为老营，而分兵四路：安徽以临淮为老营，江苏以徐州为屯营，山东以济宁为老营，河南以周家口为老营。这几个地方，多储粮草、子药。曾国藩企图一个省有难的时候能够几个省都去支援，四省也可以相互照应，避免了部队疲于奔命的窘况。
这时候的捻军正活跃在自己的故乡一带，本地的人都支援捻军，与捻军通风报信。捻军从老百姓取得粮草，补充兵员，曾国藩感到仍然没有办法取得胜利，只有截断捻军与人民的联系，才可望扼杀捻军。
于是曾国藩做出以下决定，首先要清查户口，有参加捻军的都要编入“莠名册”，只要是上了这么名册的人如果追到就要就地正法，要是在捻军之中算是个首领的，则全家被杀。与捻军关系不大的或者没有关系的则编入“良民册”，这个要由圩长做担保，无事则已，只要有事就要五家连坐。另外，曾国藩还奖励高密，如果邻居之中有捻军就奖励三十两银子，如果举报捻军头目的则赏银四十两。
这些措施是非常狠毒的。可是这个如意算盘却并不如意，因为他们这是在捻军的地盘，而捻军纪律严明，深得百姓爱戴，人们多对官兵仇恨不会与自己的军队作对，因此收效甚微。
捻军想再度夺回雉河集，集中兵力于雉河集周围，将清军团团围困。清军顽抗四十多天，粮食几乎断绝。清总兵欧玉标屡次突围，都不得逞。曾国藩于是调遣大军增援：七月二十四日，周盛波从北岸用排炮轰击捻军马队，连破捻圩，同时，英翰从南岸攻下张庄、五圩。捻军张宗禹从龙山来救援，又为周盛波截击。这时雉河集的清军，趁机分路冲出，才算死里逃生。
捻军未能夺得雉河集，便分兵向西，进入河南：张宗禹、任化邦由商邱、柘城进至太康，一眨眼又入睢州境内，转入许州，西向汝、洛，赖文光、李蕴泰等由太康边进入淮宁，复至商邱、陈州和曾国藩重点设防的周家口一带。捻军大军进入河南，河南巡抚吴昌寿大为惊恐，一面派军堵截，一面疾奏朝廷，请求增援。
朝廷给的命令当然是让曾国藩率领部队前去支援。但是曾国藩却给了朝廷一个软钉子，他说：“对于捻军的赖文光的不对，有刘铭传驻扎在周家口足够了。张宗禹的部队陈实在是无从下手。”
清朝中央封建势力与地方封建势力之间，地方势力与地方势力之间，从镇压太平天国到“围剿”捻军，都因为利害关系，矛盾斗争始终错综复杂。
捻军进入河南，施展出他们的流动战术，摆出一副要攻击山西、湖北的态势，向豫西南进军。曾国藩慌了手脚，赶快建议同治帝，“在晋、豫两省多设一些炮船才能抵御得了他们。”
可是，捻军只是在豫西南边境兜了一圈，就倏忽东向，于十月又进入山东。赖文光、牛洛洪、任化邦等，率马步六七万，活动在菏泽、曹州、定州一带。并且，以一支人马东南向徐州进击，攻破了铜山境内的地主圩寨，一支进击济宁的长沟，准备渡运河而东。
捻军主力向东转移，曾国藩也于九月移驻徐州老营。仍将主力刘铭传一军，驻河南的周家口，周盛波留于归德府。
捻军的大部到了山东，只张宗禹一部仍留河南南阳一带。朝廷深怕这部分捻军进入山西、陕西门户，下令李鸿章督带杨鼎勋等，驰赴河洛一带扼要驻扎，两江总督著吴棠署理，让曾国藩专事东路。李鸿章是曾国藩的弟子，曾国藩深知他野心勃勃，不甘于人下。曾国藩指挥的‘剿捻”军队，主力刘铭传、周盛波等，都是淮军。如果李鸿章来负责西路的“剿捻”事宜，势必分散他的事权，曾国藩当然不愿意。他于是上疏，找出种种理由反对。清廷也只好“旨罢前议”。曾、李有师生之谊，且李为曾国藩所一手栽培，一遇到利害关系，他们的矛盾便是这样的深不可平。
曾国落还在为自己的利益盘算的当儿，在进击铜山、湖团一带的捻军，又走虞城，趋睢州，准备由旧黄河北岸绕道夺汴梁，与留在河南的张宗禹会师。
曾国藩决定腾出刘铭传、李昭庆两军，作为游击之师，按照僧格林沁的方法与捻军周旋，打算拖垮他们。
九月十七日，曾国藩从济宁移营周家口。可是他到达周家口刚刚七天，二十四日，他的河上设防战略，就被英勇的捻军击破了。
曾国藩下令于沙河、贾鲁河设防，清军日夜构筑。刘铭传、潘鼎新负责的贾鲁河堤墙已经完成。河南巡抚李鹤年命令豫军六营于朱仙镇迤北开壕。可是，这段河浮沙壅塞，挖壕的工程进展极慢。捻军探出汴梁附近的堤还未筑好，便集中力量突击。九月二十四日夜，捻军像汹涌的潮水，猛冲堤墙。清军三营防守，哪里阻挡得住，都被冲破。捻军越过清军的沙、贾防线，又在山东驰骋了。
十一月六日，李鸿章视师徐州。
曾国藩缴捻连连失败，朝廷也诽谤的居多，他感到很是惭愧，于是向朝廷请求去别处效力，皇上也应允了他，让他继续回两江接任总督，李鸿章为钦差大臣专门处理缴捻一事。
曾国藩接到两江总督的官印就回到了其任所。两年之后离开金陵到了北京。