隆武王朝死于外部环境压迫和内部人员的分裂。原本依靠军阀势力而崛起，又因为军阀的遽然离去而落败。首鼠两端的军阀海贼郑芝龙坐拥实力，待价而沽，早已心怀二心。他没有公开决裂，乃是与清廷的投降条件一直未有谈妥，清廷没有表态给予他什么样的投降待遇以继续维护家族的根本利益。他像是一条另择主子的老狗潜伏在安海老巢，静静等待着主子抛出的肉骨头。
据计六奇《明季南略》记载[1]：清廷福建招抚使为御史黄熙胤，福建晋江人，与郑芝龙是老乡。开始时，郑芝龙秘密派遣使者，悄悄与黄熙胤联络。后来汀州、漳州皆为清军攻下，惟芝龙尚保有安平。郑家军军容烜赫，战舰齐备，炮声不绝，响震天地。以前老郑向清廷输诚发出的信件，多尔衮当局一直未有回复，主要是投降后的职位没有做出承诺。他只能坐拥重兵犹豫观望，未敢出动人马迎接清军到来。
老海贼自恃不顾隆武帝命令擅自先撤关兵，空****的关隘，面对虎狼之师，对清军无一矢相加，无疑是开门揖盗，他是有大功于大清的。如果他率领广西、广东所属部下，投降清军，大清将兵不血刃地占领两广，他就应该是闽广的总督。这是他投降的前提条件。这时清军主帅多罗贝勒知道泉州乡绅郭必昌与老郑有交情，派遣他去招安郑芝龙。
老海贼对郭必昌说：“我并非不欲忠于大清，生怕清方以我拥戴唐王为帝而怪罪我。”这时清军的固山将军率兵已经逼近安平，郑芝龙大怒说：“既然要招安我，又何必以军戎相逼我！”
多罗贝勒闻听此说后，批评了固山，并令其离安平三十里驻军。再派遣内院两位官员，持书至安平，书中道：“我之所以敬重将军者，也就是因为将军能够立唐王也。作为人臣为君主服务，如果有所作为，必然需要竭尽全力；力尽不能胜天，则投奔明主而事，抓住时机建立不世之功，此才是识时务的豪杰。如果将军不辅立唐王，我又怎么能够重用将军呢！虽然两广未平，我已经铸刻了‘闽广总督’印信虚位以待将军前来领取。所以我恳切期待将军的到来，见到将军后，我们共同商量地方的人才如何使用。”也就是他的部将们如何安排，等于给了老海贼一颗定心丸。
果然郑芝龙得到书信后，心中十分高兴，他准备去赴约，见见多罗贝勒。他的儿子弟兄们对于清廷的承诺，心存疑虑，纷纷规劝老海贼带着他的舰队入海。他们说：“鱼是不可能脱离深渊的！”他们不愿意投降。而郑芝龙自有自己的小算盘，因为他的田地庄园遍布福建、广东、广西，自从他接受招安实际秉政闽广以来，增置庄园、粮仓五百余所。这些切身利益使他成为一匹年老昏聩的驽马深深地眷恋自己马厩，已经完全听不进子弟们的劝谏了，再加上多罗贝勒所加灌迷魂汤，头脑更加混乱，遂一意孤行进献降表。在过泉州的时候，郑芝龙大肆传播张扬，夸大自己投诚的功劳；特别是老海贼手持贝勒爷的书信一路招摇，到处封官许愿，卖官鬻爵，想得官者就地议价。
十一月十五日，行至福州，谒见贝勒，两人握手言欢，折箭为誓，以表示决不违背契约的意思。贝勒爷命令摆酒痛饮，宴席开张痛饮三日。第三日半夜，老海贼醉眼蒙眬，还没睡醒，就在恍恍惚惚中，被忽然拔营而起的清军挟持而北去，其实是被武装劫持押解着去了北京。他所带来的随行五百人马，皆被安置在别的营地不得相见，亦不许通家信。
为了保住性命，老海贼无奈地对着清军将领的面书写家书数封，皆叮嘱“无忘大清朝大恩”等语。
他面对背信弃义的多罗贝勒竟然说：：“北上面君，乃芝龙本愿。但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何？”话中绵里藏针暗含机锋，语带威胁。贝勒却说：“这些事就与你没有关系了，亦不是你我能够考虑的问题。”
老海贼就这样结束了自己当年横行闽越的半盗半官、官匪一家、官商勾结的生涯。他不得不告别故土和莽苍苍的大海，被押解到北京成了清政府的高级人质。郑芝龙远行，郑彩、郑鸿逵、郑成功等弟子皆率所部入海。张肯堂、沈犹龙等一批隆武朝官员亦前往舟山依靠鲁王去了。唯他的三弟郑芝豹在安平奉养老母。[2]
郑芝龙被劫持进京，陛见大清朝皇帝去了。他被编入汉军正红旗，顺治五年（1648年）八月，以归顺有功受封一等精奇尼哈番。顺治十年（1653年）五月，晋封同安侯。为安抚郑成功，清朝对投降的郑芝龙优待有加，芝龙数次奉令命郑成功归顺，郑成功均坚辞不受。
顺治十二年（1655年），郑芝龙被弹劾纵子叛国，乃削爵下狱。顺治十四年（1657年），原明郑芝龙的将领，提督黄梧上疏，力主叛臣之家族应当逐出帝都，乃被命充军盛京宁古塔（今黑龙江省牡丹江市），唯未果行。
郑芝龙北上投清，郑采、郑成功继续打着隆武年号，从海上反攻入漳州、泉州诸县，汀州、邵武等地并乱；占据建宁府，福建的邮路为之阻隔。1648年，清顺治五年戊子夏，清兵再入闽，破建宁，郧西王率建州军民抗清，死守建宁府。清军破城，血刃三日。大劫之后建宁府城内百姓被屠杀十多万，幸存者不上三百人，并殃及乡村四里，史称“戊子之役”。（见《建宁府志》）
[1] 见计六奇著：《明季南略》，中华书局，第330页。
[2] 见计六奇著：《明季南略·郑芝龙降清》，中华书局，第330页。