江南虽然总体上是全国最为繁荣富庶的地区，但内部各府县之间发展水平上的差距亦相当大，苏南平原、杭嘉湖平原和宁绍平原等平原地区比较发达，而边缘的山地丘陵地区相对落后。[1]这种差距在文献资料方面也表现得十分显著，苏州、上海、杭州、江宁等中心地区，医书、笔记和文集等各类资料非常丰富，有关记载也相对全面。而诸如于潜、昌化、武康、六合、新昌等一些边缘小县，则几无医书、文集等资料可供利用，因此，疫情记载的全面程度自然就受到影响。不过，江南地区各县清代的县志则基本完备，除了杭州的钱塘、仁和两县缺乏可资利用的县志[2]和湖州武康县仅修至道光九年（1829年）外，其他各县都有光宣时期或民国初年所修的县志，钱塘、仁和两县之缺憾，因有著名的民国《杭州府志》而可大致弥补。在中心地区，除了县志，还有为数不少的乡镇志可作补充。这些为本书以下的统计分析奠定了基础。不过，不同的方志修纂者，对瘟疫的重视程度多有差异，使得不同府县之方志对疫情记载详略不同，具体而言，松江、太仓、苏州、嘉兴和宁波等府州的记载较为详尽，而镇江、杭州和绍兴等府之方志较少记载，其中，以上海、嘉定、青浦、宝山和常（熟）昭（文）、溧水、靖江、嘉（兴）秀（水）、归（安）乌（程）、慈溪和象山等县县志和乡镇志的记载最为完备，而六合、海宁、于潜、海盐、安吉、武康和新昌七县之县志则对疫情完全没有反映。钱（塘）仁（和）、长（洲）元（和）吴（县）、丹徒、丹阳、德清、山（阴）会（稽）等县地方志中的有关记载也比较简略。另外，一些方志对不同时段疫情的记载也详略有殊，比如杭州府，整个雍（正）乾（隆）时期，全府没有一次相关记载。太仓州镇洋县的方志，雍乾和嘉道时期分别载有6次和4次瘟疫，而顺康时期没有一次，咸丰以后亦仅1次。上虞和奉化县在咸丰以前没有疫情记载，而咸丰以后却分别有2次和7次，镇海和诸暨嘉庆以前也全无记载。
当然，方志及其他文献的作者对瘟疫关注程度的高低，也从一个侧面反映出该地区、该时段疫情的严重与否，但它并不构成绝对相信方志等文献记载的理由，可以肯定，方志等文献记载的缺失决不等于该地没有疫情。以钱塘和仁和为例，该地在其县志、乡镇志和《杭州府志》的“祥异志”中，没有一次瘟疫记载，但在方志的其他部分如“人物传”等和医书等文献中却搜集到了该县的10次疫情。不过，在笔者所搜集的资料中，雍乾时期仍没有肯定的证据表明该地有疫情发生，但袁枚的小说《子不语》中的一则故事讲到，雍正十一年（1733年），“杭州虾蟆瘟大作”[3]。刘凤诰也在一首诗中写到，乾隆五十年（1785年），杭城“居民疫疠气弗苏”[4]。而像奉化县，咸丰以后，该县方志（包括乡镇志）记载，曾发生7次瘟疫，而此前未见一次，亦甚乖情理。可见，该表所反映情况的全面性和准确度都是相对而言的，因此，在以下的统计分析中，也往往会根据资料实际情况和一定的逻辑关系做适当的调整。
[1] 笔者曾对江南地区差异比较明显的杭、湖两府各县的发展差异做过划分，参见余新忠：《清前期浙西杭州、湖州府社会、经济和文化发展的三个层次》，载《苏州铁道师范学院学报》，2001（1）。
[2] 钱塘县康熙以后有吴允嘉所纂的嘉庆《钱塘县志》，为个人所修，内容甚简；仁和县则有萧治辉、孙峻纂的光绪《仁和县志稿》，但目前仅存“封畛”、“县令”两门。
[3] 袁枚：《子不语》，卷4，96～97页，长沙，岳麓书社，1985。
[4] 张应昌：《清诗铎》，卷24，890页，北京，中华书局，1960。