除了在塞外防噶尔丹，这时候的康熙在朝中也防着一个人，此人就是索额图。自明珠派被打压后，身为“太子党”首领的索相便成了朝中最有权势的实力派大佬，他自己也明白，皇上抬举他，众人畏惧他，都与太子有着不可分割的联系，简而言之，太子上，他就上，太子下，他就下。
恐怕没有谁比索额图更希望太子及早登上大宝了，他的这些心思也都有意无意地投射到太子身上。当时太子的一切应用礼仪都要由索额图负责敲定，日后康熙查旧账，曾愤愤地提到，索额图为太子准备的服饰仪仗等物品，“逾越礼制，竟与朕所用相等”。
奉先殿是明清皇室用以祭祀祖先的家庙，通常只有皇帝才有权进入殿内祭祖，他的拜褥也就可以置于殿内，而包括太子在内的其他诸臣的拜褥都只能放置于槛外。1694年，太子年满二十，在古代，这代表着他已经成人，如《礼记》所言“男子二十冠而字”，索额图便以此为由，授意礼部，疏请将太子的拜褥置于殿内。
高宗模式
礼部上疏后，被康熙驳回。礼部尚书沙穆哈等人为了向索额图交代，便奏请将康熙的驳回决定记入起居注。康熙对此怒不可遏，下令将礼部的这些官员全部交吏部“严加议处”。吏部的建议是将沙穆哈革职并交刑部审讯，其他人一律革职。吏部建议呈送康熙，康熙却没有照此行事，而是开恩减轻处分：沙穆哈革职，但免交刑部审讯；其他官员从宽免革职。
康熙的最终处理结果让不少大臣感到了失望。索额图掀起“拜褥事件”毫无疑问是想加强太子的地位，甚至有迫使康熙尽早让位给太子的用意，以康熙之精明，自然马上就揣度到了，不然不会大发雷霆，可是他最终大事化小、小事化了的做法，又摆明是要避免与幕后的索额图和太子发生直接对抗。
“太子党”在朝中气焰熏天，令人侧目，朝臣们都希望老皇帝能出来说话，没想到康熙却选择了息事宁人、姑息容忍的态度，这让大家左右为难，都不知道一旦再发生类似事件，自己究竟应该站在哪一边为好。
康熙当然不惧索额图，要说姑息容忍，也主要是怕太子受到伤害。他经历过与鳌拜斗法等各种宫廷斗争，在如何施展权术，驾驭群臣方面早就炉火纯青，见群臣出现了畏惧索额图及太子党的趋向，他立刻重新扶植明珠派残余势力。
“拜褥事件”发生后不久，明珠原来的亲信佛伦便被任命为礼部尚书兼川陕总督。明珠的侄子、两江总督傅拉塔已经去世三个月，康熙仍公开赞扬他“和而不流”“不畏权势”，基于明珠派与“太子党”过往的矛盾和党争，何谓“不畏权势”，大臣们一听就能明白。
康熙一方面希望对索额图和“太子党”有所抑制，另一方面，为了防止太子多心，他又在1695年为太子正式册妃，表示他对太子是完全信得过的，未来继承大宝者非太子莫属。
康熙是这么做，也确实是这么想的，不管太子有过什么缺点和过错，在他心目中，仍是自己的唯一继承人，问题只是怎样继承以及何时继承。带着这一问题，他尝试着到史书中寻找答案，宋高宗赵构父子的一段往事引起了他的兴趣和关注。
一直以来，赵构因为听信谗言，杀害忠臣岳飞而受到人们的口诛笔伐，不过官方史书对他的评价倒很高，认为他维护和稳固了南宋疆土，加强了南宋与金朝对抗的地位，是宋朝当之无愧的“中兴之主”。赵构也确实是一位很有些主见的天子，岳飞生前上疏请立太子，被他认为干预皇室事务，对之极为不满，可到晚年时，他却出人意料地提前传位给太子，自称太上皇。
赵构退位后，继位的宋孝宗赵昚对他非常孝顺，这使太上皇的日子过得十分舒心愉悦，直至八十一岁才驾崩。赵昚本人也励精图治，除在赵构的默许下，为岳飞平反外，又整顿吏治，淘汰冗官，轻徭薄赋，其成就超越了父亲，被后世誉为南宋最有作为的皇帝。
毫无疑问，“高宗模式”是一个双赢的结果，也可以说是皇位传承的最好选择。康熙以此作为可资效法的模板，有一天他甚至直接对太子说：“朕经常羡慕宋孝宗对高宗的孝敬和赡养，将来朕也会把国家政事全部交给你，到那时朕会去找一处有山有水的风景佳处，一边可以怡然自得地安享晚年，一边还能时不时听到人们对你善理国政的称颂之词。”
为了与“高宗模式”相衔接，康熙需要给太子找到一个锻炼和检验其治国能力的机会，而这就是远征漠北时期的代理国务。
一个非常好的兆头
在漠北，经过数年经营，特别是在西藏桑结嘉措和青海诸王公的暗中援助下，科布多地区逐渐呈现出“食渐丰足，牲畜繁滋”的景象，噶尔丹所部的经济状况也开始恢复至乌兰布通战役前的水平，这使野心勃勃的噶尔丹越来越难耐寂寞。
1695年春，桑结嘉措派使者到达科布多，以达赖的名义怂恿噶尔丹：“南征大吉也（当时南亦指东）。”噶尔丹一听正中下怀，遂重新组织人马，开始所谓的“东征”，即向喀尔喀人居住的克鲁伦河流域深入，他在到处窜扰、抢掠的同时，也搜罗和拉拢一些尚未内附清廷的喀尔喀部落，借以壮大自身力量。
其时康熙正率皇子巡视塞外，闻讯忙命黑龙江将军萨布素于克鲁伦河下游布防，并调预备部队北上集结，随时准备抓住战机给予噶尔丹以致命打击。正好噶尔丹又致书引诱科尔沁亲王沙津，康熙知道后便密授沙津，让他派属下佐领鄂齐尔前去欺骗噶尔丹，就说：“我科尔沁十旗都已归附你了，你可以直接来我科尔沁，我等当在科尔沁接应你。”
按照康熙的设想，只要噶尔丹中计到达近地，他便将亲统大军，以风驰电掣的速度将其一举全歼，但噶尔丹正如康熙所说，“为人极其狡猾”，还没等鄂齐尔到达噶军大营，他就率部扭头去了克鲁伦河的源头巴颜乌兰。
噶尔丹忽东忽西地进兵和驻营，乃是其对付清军的新策略，至于驻扎巴颜乌兰则是受到了桑结嘉措的蛊惑。此前他曾遣使西藏，询问“东征”之后，“在克鲁伦和土拉二者中，进驻哪一个更为合适”， 西藏方面回答说：“为了吉利起见，驻二者之间为宜。”巴颜乌兰位于克鲁伦河和土拉河之间，噶尔丹选定此处作为过冬营地，将所部在巴颜乌兰环列扎营，同时对外派出三路远哨，显见对清军非常警惕。
在前后两次设计诱歼噶尔丹的计划双双落空的情况下，如何对付这个大敌才能更有利？康熙采取了广开言路、集思广益的办法，先谕八旗武官集议，结果他发现多数人对于远涉大漠作战都存有畏难情绪，只是强调“待噶尔丹前来，可与之一战”，仅喀尔喀郡王善巴主张主动出击，认为“噶尔丹不可使久据克鲁伦地方，应速征剿”。
接着，康熙又命议政王大臣集议。让他感到失望的是，对于远征漠北依旧“举朝皆以为难”，赞同者不过安北将军费扬古等三四人而已，其余人虽然嘴上说着“噶尔丹不过小丑，何足道哉”之类的话，但明显可以看出心里都怕得很。
康熙对此甚为愤懑，立即严词驳回了“近地以战”的建议：两次命沙津诱敌均告失败，说明噶尔丹已经吸取了在乌兰布通受到重创的教训，“创痛之余，不复再至”，想让他自己送上门来是再也不可能了。
康熙强调，虽然噶尔丹暂时不敢深入漠南，但他从未中止对喀尔喀进行劫掠。在多数喀尔喀部落都已内附清廷的情况下，清廷自有保护之责，可要是在收到警报后再派大军出征，势必迟缓，无法做到朝发夕至，相反，噶尔丹却可以“我进彼退，我还彼来”，如此再三反复，则蒙古诸部都将“大遭其**”。
康熙的态度非常明确，对于噶尔丹，只能远征，也必须远征，从地理位置上看，科布多距北京三千多里，克鲁伦距北京已不足两千里，所以眼下就是出征漠北的最佳时机，一旦错过，悔之莫及。在他的坚持下，经过再次商议，议政王大臣会议终于同意出兵，“赴巴颜乌兰进剿”。
史载，汉武帝时期一共对匈奴发起过十四次大规模进攻，其出击时间大多在春季，这是因为此时刚刚经历过严冬，草原部落的马匹相对疲瘦，不便于远遁。1695年12月，安北将军费扬古建议，由其率部于来年春寒料峭，青草萌发时，对巴颜乌兰实施突袭。
康熙经过反复思量，认为此举事关重大，仅以一旅孤军进剿，难以置敌于死命。他的意见是只有实施大范围的战略包围，方能使飘忽不定的噶尔丹无法逃逸。
康熙酷爱行围狩猎，他有一次在辽东行围，所猎获鹿的数量之多令当地佐领那柳看得目瞪口呆，直呼“真神奇也”，康熙则不为然，说：“从来哨鹿行围，都能打到这么多鹿，何神奇之有？”康熙并不是在说大话，就在决定远征噶尔丹的当年，他在鄂尔多斯行围，一天就猎获了野兔一百多只。
康熙骑射技能高超、经验丰富，围场野生动物丰裕，都是康熙能打到这么多猎物的必要因素，但最重要之处还在于，行围乃是由各方人员共同配合的一种集体狩猎方式，其猎物数量自然非一般的田猎所能比拟。反之，如果让康熙孤身去荒野狩猎，要想一天就轻而易举地猎获一百多只野兔，可能就比较困难了。一个明显的例子是，在鄂尔多斯的那次行围中，不光康熙收获惊人，就连八皇子胤禩都猎获了五十二只野兔，而胤禩当年不过才十五岁。
对于清皇室而言，行围绝不是单纯的娱乐，更是一种大型的军事训练活动，也因此，康熙每次行围，八旗劲旅都要参加，其围场也随着中央政府用兵重心的转移而不断发生变化——早期主要在南苑，至1681年，即平叛战争行将结束时，开辟了著名的木兰围场，实际就是为了适应塞外征战的环境而备。
用行围的方式对敌人进行战略大合围，乃是康熙最容易想到，也最为擅长的战略战术。“我军进剿噶尔丹，宜分为三路”，他决定组成东西中三路大军出征：东路军由黑龙江将军萨布素率领，由东向西，“沿克鲁伦河进剿”；费扬古被任命为抚远大将军，率西路军“由归化城进剿”；中路军直接奔袭克鲁伦河。
西、中路军同为此次出征的主力，但中路军一直未任命统帅，群臣猜测皇帝有意亲征，自任中路军主帅，遂纷纷上疏劝阻。
康熙也确有此意，多年前的乌兰布通战役功败垂成，令他最感遗憾和痛心疾首之处，便是未能亲自统兵，结果导致福全等诸将发生“不行追杀，纵敌远遁”的错误，以致把噶尔丹这个祸患留存至今。
对于再次亲征，康熙也有过犹豫，倒不是怕别的，而是他在第一次亲征时，曾梦见祖母孝庄阻其亲征，当时就以为只是一个梦，没有听从，但是随后便生了病，出征也不顺利。这次为了得到祖母在天之灵的眷佑和支持，从1694年起，他便数度拜谒孝庄的陵墓，之后果然又梦见了孝庄，孝庄对他说，此番出兵，一定可以大获全胜。康熙认为这是一个非常好的兆头，遂不顾众人劝阻，毅然决意亲率中路军出征漠北。
行军
1696年3月，科尔沁亲王沙津传来密报，告知噶尔丹仍在巴颜乌兰。机不可失，时不再来，康熙当即传令启程出发，同时命太子留守北京，听理国政。此前不论康熙身在何处，南巡也好，出塞也罢，所有奏章都必须送交他本人处理，在确定太子听理国政后，来自京城的奏章便全部交由太子审批，其余奏章虽由康熙审批，但也需抄送太子一份。
4月1日，中路军分两支离京北上，除绿旗营由领侍卫大臣福善率领，出古北口外，康熙自领主力由独石口出关，其部以营为单位间隔行军，每营相距一两天的路程，御营居中，“不得分散错乱”。
出征时虽已届初春，然而塞外春寒尤甚，大风时作，雨雪载途，行军非常艰苦。少数人原先在京城中养尊处优，一时无法忍受和接受这种生活，随康熙出征的法国传教士张诚就亲眼见到，一名侍卫因畏难不前而选择了自杀。这名侍卫做过康熙的牧马官，没想到如此经不得风雨，康熙非常生气，当即下令将此人的财产充公，所有行李、马匹、骆驼及家奴都分配给其他牧马者，而尸体则抛弃于露天，“以儆效尤”。
康熙自己虽然贵为大国之君，且早已过不惑之年，但仍像他的祖辈努尔哈赤、皇太极那样，有着与士卒同甘共苦的精神和品质。每天天还没亮，有些官兵还在帐中贪睡，他就已经起床，凌晨即撤营就道，日中便在新的宿营地扎营。遇上雨雪交加的天气，如果官兵尚未扎营，康熙一定不先进入为他准备好的帐篷，他会穿上雨衣，与皇子、大臣们一起站立于雨雪之中，直到官兵的帐篷全部扎起为止。其间若有侍臣以天寒雨雪太大，请他到帐篷中暂避，康熙的回答总是：“军士们还没有全部安排好，朕怎么忍心一个人独自到帐中享受安逸呢？”
远征漠北对后勤输送提出了极高的要求，出征官兵每人都要自带八十天的口粮。为了节省军粮，康熙规定每日一餐，他自己身体力行，每天只吃一顿饭，而且要等到官兵们都开始吃饭，才会进膳。
皇帝和三军主帅是两个不同的角色，康熙自觉地扮演起了后者，他命令免去常规礼节，但凡他在野地里休息闲坐，所有从他面前经过的军士都无须下马行礼，有时看到运粮车在沙漠中前行困难，他还会主动上阵，与皇子大臣们共同推车——皇帝亲自推车，这在中国古代历史上恐怕还是前所未有的事！
康熙深谙治军之道，曾对已故的国舅佟国纲说过：“行军以得人心为要。”如何得人心，就是要知道体恤和爱护士卒。行军途中，康熙“常以休息士马为念”，他早上看到军营炊烟缭绕，官兵们已在进食，而向导和负责运送行李的骆驼队却还在拖拖拉拉，迟迟未能运载起行，于是立即命负责官员查明原因并予以整改。自此以后，他每天五更即起，亲自督促骆驼队及早启行，使行李先至营地，从而保证了“士马大得休息”。
康熙是个极为认真细致的人，对于行军中的交通和供给等细节都亲自过问，具体指示。出征塞外必须经过戈壁滩，戈壁滩上渺无人烟，一望无垠，而且通常都见不到河流，但有着塞外巡视和行围经验的康熙知道，只要能够成功掘井，则人马依旧可以在戈壁上生存和进行长途行军。
户部侍郎思格色奉命在戈壁滩掘井，事毕来向康熙奏报，康熙当面问他：“一口井可供多少人马饮水？”思格色张口结舌，答不上来，康熙知道他在敷衍塞责，当即痛斥思格色：“为人昏聩，官做得也不正派。”随后他将思格色予以撤职，下放至基层部队服役。
康熙转遣副都统阿迪勘察，阿迪据实回奏：“冰雪凝冻，未能掘井。”如果无法掘井，只能依靠后勤辎重部队送饮用水上来，或者临时修改路线，但这势必拖延行军速度。“用兵之道，以速为贵，大兵行期，断不可缓”，康熙判断，时当春季，地脉将融，就算有冰封，一旦设法凿开，下面也一定会冒出水来，因此又派副都统阿毓玺领着士兵去进行试掘。
阿毓玺依法先掘水井，再凿冰冻层，之后果然清泉涌出，全军顿时欢声雷动。掘井成功并不意味着就不需要再为之操心了，按照康熙的要求，军队全部以水井为中心扎营，且扎营时互为掎角，这样可以方便官兵从不同方向取水，以避免取水时的拥挤和争吵。他还指示对每口井都要悉心看护，前队营在拔营走人前，必须将对井的看护任务交由后队兵接替，严防水井遭到破坏和污染。
由于中路军准备充足，康熙事必躬亲，加上天气也很帮忙，“遇无水之地而得水，无草之地而草生，寒暑俱调”，因此他们这一路的行军极其顺利，几乎未遭损失。1696年4月19日，康熙一行到达察哈内境内的揆宿布喇克，并与出古北口的绿旗营会合。
惊人的消息
揆宿布喇克水草丰美，沙中多有树木，而且遍布湖泊，可提供丰富的饮用水、饲草和燃料。康熙将揆宿布喇克作为他们在关外的第一个兵站，下令将部分军粮存放于此处，作为回程时食用。次日，他接到费扬古的奏报，得知西路军已越过汛界（即清军驻防地界），预定将于5月24日至土拉河，27日至巴颜乌兰。根据这一时间表，他决定继续出发，同时掌握行军速度，以便与西路军约期合击噶尔丹。
行军中的艰苦虽然不会让康熙皱眉，但他和普通士卒一样，每当夜深人静时也会思念家中的亲人。再次出发前夕，他给太子写了一封信，通过太子向太后请安，信中说：“恭请皇太后万安。朕躬甚安，诸皇子诸王以至臣工军士皆好。皇太子佳否？”
这里所提到的太后是指孝惠章皇太后。孝惠是顺治的第二任皇后，为人温厚纯良，她兼有孝庄侄孙女和儿媳妇的双重身份，对孝庄非常孝顺，在孝庄的葬礼上，其哀痛之状不亚于康熙。孝庄生前，康熙与这位嫡母仅保持着官方关系，但也就是从此开始，母子二人加深了感情，以后康熙只要出京，都会通过各种方式向孝惠请安。
除了孝惠，康熙最牵挂的自然还是太子，他写信除了问候太后外，最主要的还是想念太子，与太子的书信往来，也成了他解除征途疲惫的一剂良药。
5月6日，中路军抵达位于内外蒙古交界处的格德尔库。早在三路大军出师前，康熙曾先后派侍卫克什图、主事保住出使噶尔丹大营，除希望设法羁其远遁外，主要是想侦察噶军实力及活动范围。不料两人一到噶尔丹大营，就遭到软禁，后虽被释放，但坐骑已被没收，两人只得步行而返。尽管如此，他们还是带来了一个重要的情报，即噶尔丹已移驻土拉河。
通过使者坐骑被扣留这一细节，康熙分析噶尔丹尚不知清军到来，故而不会暂时从新驻地远遁。按照计划，中路军的目的地为克鲁伦河，如果噶尔丹尚在土拉河的话，正好可以遏制其东窜之路。此时萨布素的东路军正在赶往克鲁伦河的途中，康熙认为他们已来不及参加战斗，为免兵马徒然劳顿，遂下令东路军停止前进，“于喀尔喀河相近、好水草处喂养马匹”。
在克什图、保住被噶尔丹软禁后，科尔沁亲王沙津奉康熙旨令，也派属下佐领鄂齐尔以“投顺”为名，前往噶尔丹大营，希图扰乱噶尔丹的行动计划，然而噶尔丹早已洞察了康熙的用意，鄂齐尔很快就被他打发回来了。
5月10日，中路军抵达科图，此时鄂齐尔正好返回。他给中路军带来了一个十分惊人的消息，听完之后，包括内大臣索额图、大学士伊桑阿在内的随征臣僚无不为之色变。
据鄂齐尔奏报，噶尔丹当面对他说，之前向俄罗斯借的六万鸟枪兵已经到了，除此之外，他又向俄罗斯借了六万鸟枪兵，只要这批部队一到，他就会顺克鲁伦河而下，直抵科尔沁，因此希望沙津等人作为内应，与之紧密配合。
中路军内有噶军的投诚者，他佐证说噶尔丹先前确曾向俄国请求援兵，上个月就有二十多个俄国使者来访，随后俄国便将一千名俄罗斯鸟枪兵和一批车装大炮发至克鲁伦河界，用以援助噶尔丹。
中路军统帅部一片哗乱。如果鄂齐尔的情报属实，清军所面对的就不再只是噶军，而是噶俄联军了，噶尔丹军本身号称两万，再加上助阵的十二万俄罗斯鸟枪兵，将达到十四万人。虽然清军的三路大军合计有十五万人左右，但必须去掉相当一部分运粮驮运人员、厮役，而且火器方面的优势也已**然无存。无怪乎鄂齐尔透露说，噶尔丹已经露出了一副稳操胜券的样子，甚至扬言可与沙津平分天下：“若我们能打败满洲人，我们将直接进军北京，若我们征服了皇朝，我们将瓜分地盘。”
亲贵、枢臣们个个心怀疑惧，认定此去凶多吉少。他们以索额图、伊桑阿为首，入奏康熙，谎称“噶尔丹去之已远”，请圣驾回銮，只令西路军进剿。
康熙大为震怒，说：“真不知道索额图、伊桑阿等把朕看成什么人了！朕太祖高皇帝（努尔哈赤）、太宗文皇帝（皇太极）都亲自仗剑上阵厮杀，这才建立了大清基业，朕可以不效法祖辈们的行事吗？”
康熙也不能确定噶尔丹的话到底是真是假，他只知道，就算噶尔丹真的借到了那么多俄罗斯鸟枪兵，清军可能力不能及，也决不能“傚妇人怯懦退缩”。因为在中西两路军已经约期夹击噶尔丹的情况下，一旦中路军半途撤还，不仅意味着放弃了擒灭噶尔丹的大好机会，而且也等于将偏师受敌的西路军推上绝路。
“（若圣驾回銮），朕将如何回京城？如何昭告天地宗庙社稷？”康熙言辞慷慨，越说越激动，以至于泪下。他严厉警告众臣：“你们这些大臣都是自愿从军效力的，既至此地，谁敢不奋勇争先，逡巡退后，朕必诛之！”
见康熙如此激愤，诸臣连忙免冠叩首，恳请皇帝息怒：“臣等确实是因怯懦而妄奏，该死！该死！”
不久，派出去刺探噶尔丹行踪的人回来报告，证实噶尔丹并未远遁，只是已撤离土拉河，转营至克鲁伦河驻扎。既然噶尔丹还在，打退堂鼓的理由就更不能成立了，大臣们只得再次向康熙认错，表示钦佩皇帝的高见。
坏运气
一场进退之争得以平息，康熙统一了全军意志，下令继续北行。1696年5月13日，中路军越过汛界，进入漠北喀尔喀地区。考虑到噶尔丹行踪不定，仍有可能逃逸，康熙派人向费扬古传令，要求他在继续按原计划向噶尔丹靠近的同时，抽调部分兵力对其可能逃逸的方向和道路进行堵截。
次日，中路军从“擒胡山”前经过。“擒胡山”是一座由明成祖朱棣命名的山，当年朱棣五次亲征大漠，第一次便到达克鲁伦河并大败蒙古鞑靼部首领阿鲁台，至今山顶仍有朱棣的御笔石刻。近三百年后，康熙作为清朝的皇帝亲征蒙古，其进军的季节、路线与朱棣几乎如出一辙，这不只是巧合，说明向来注重研究明史的康熙显然是借鉴了朱棣的经验。
5月21日，中路军到达西巴尔台，距离土拉河已仅三日行程，但就在这时，康熙突然收到费扬古的急报：西路军为风雪所阻，已无法按照预期与中路军会师于土拉河！
西路军分为两支，一支是由费扬古亲率的归化城军，另一支是由甘肃提督孙思克率领的宁夏军。两军都比中路军出发得早，一个早十二天，一个早八天，但是他们的路程比中路军要远，自然条件也更为恶劣，沿途尽为荒漠沙碛，加上遭遇暴风雪，不仅行程缓慢，而且牲口倒毙、粮饷不继。
无奈之下，费扬古被迫裁减兵员，归化城军原有人马估计在三万以上，被精简了三分之二，费扬古率剩下的一万余人继续北上。宁夏军更惨，该军尚未休整便上路，既影响行军速度，又考验体能，结果刚从宁夏出平罗口，就出现了饿毙者，直至次年康熙再次经过宁夏军的行军路线时，仍可以收敛到当时未及整理的士兵遗体。
后来坏运气又接连光顾了宁夏军，他们先被狂风刮了两个昼夜，继而又淋了一昼夜的大雨。“寒威凛冽，俨若隆冬”之下，马匹大量冻馁而死，没死的不少也疲弱不堪，只能沿途丢弃，以致“一兵不足一马，且仅存皮骨”。西路军原定在翁金河会师，然而当归化城军到达翁金河时，宁夏军距翁金河尚有十日路程，费扬古见状只得率归化城军先单独前进。
宁夏军距翁金河尚远，而且因为延误了日期，所携军粮也仅够一个月食用。孙思克忧心如焚，立即召集众将商议，提出汰弱留强，集中粮、马，选锐北上。孙思克并非西路军主帅，独自做这样的决策需承担很大的政治风险，诸将都不同意，但孙思克坚持己见，他颇为动情地对大家说：“如果朝廷要因此加罪于我，我自承当。再者，与其让我饿死在异域，还不如以我的一死来换取数千子弟的生还！”
孙思克下令从宁夏军的两万余人马中挑选出两千精壮者，其余兵卒由在军中素有威望的将佐率领，一律带回宁夏。孙思克年近七旬，右臂早已伤残及骨，但仍决定继续率兵北上，被遣回的将士厮役全都感佩痛哭，跪请同往，称即使到不了前线，在途中冻饿而死也心甘情愿。老将军含泪劝慰道：“你们都是我平日训练出来的子弟兵，皆忠勇可嘉，只是现在条件所限，不能不令你们回去。”
孙思克率五百精兵先行，剩下的一千五百人加速跟进，最后他们终于追上了归化城军。
西路军会合后依旧麻烦不断。噶尔丹在从土拉河拔营转移前，为预防清军，下令将周围方圆数百里的草原全部予以焚毁。当西路军推进至这片区域时，看到的已经是一片灰烬。由于战马不得饱食，部队只能绕道而行，另觅水草地，费扬古遂急报康熙，除告知无法如期到达土拉河的原因外，还请求将西路军的到达时间推迟十天。
西路军突然改期，使中路军可能先期与噶尔丹相遇，这令康熙颇有措手不及之感，遂连忙召集前后各营诸王、皇子、副都统以上人员至御营，以举行大型战前会议的方式，讨论在这种情况下，究竟是缓行以待，还是主动出击。
会上众人意见不一，有主张急进者，有主张暂停者，有主张徐行者。康熙原来拟订的作战方案为：孙思克指向西北，以截断噶尔丹退路，萨布素遏敌沿克鲁伦河东进，费扬古从背后压向敌人，与突袭克鲁伦河的中路军实施夹击，最终歼灭噶尔丹。该方案的要点是中路军兵贵神速，在保守康熙亲征秘密的情况下，首先对噶尔丹发起攻击，同时以西路军配合截击，三皇子胤祉、领侍卫内大臣福善等人基于此，建议一面移文催促西路军，一面趁噶尔丹不备，仍趁机会主动出击。与之相反，另外一些诸王皇子大臣则主张“缓行以待，两路夹攻”。
仅仅是移文催促，改变不了西路军已经延期的事实，如果中路军单兵突进，西路军必定来不及截击。可要是暂停的话，倘若噶尔丹在此期间顺克鲁伦河而下，则中路军又要扑空。康熙经过深思熟虑，决定既不急进，也不暂停，而是采纳第三种意见，“稍微缓进，以观局势”。后来的事实证明，这一改变进军速度但不改变约期合击的决策是完全正确的。
一言以定策
“四月天山路，今朝瀚海行，积沙流绝寒，落日度连营。”漫漫征途中，康熙写下了一首《瀚海》。1696年5月24日，中路军到达察罕布喇克，在这里他们停止了前进，原因是士兵们自带的八十天口粮大部分已经吃光，连御营都面临着绝粮的危险。此时幸亏副都统吴留村熟悉塞外地形，命其负责押运的粮队走捷径先到军中，这才得以缓解危机，康熙喜出望外，在信中以庆幸的口吻告诉太子：“我父子有救了！”
在中路军越过汛界前，康熙曾给太子写过信，自此之后，他一直企盼着能尽快收到太子的复函，但是别说复函，竟连一封简短的问候书信都未能收到。