一、民国海军体制之建立
民国元年三月十日，袁世凯在北京就第二任临时大总统，十三日，任命唐绍仪为国务总理，于三十日组成第一届内阁，以刘冠雄为海军部总长。四月六日，任命汤芗铭为海军部次长、黄钟瑛为海军总司令、蓝建枢为海军左司令、吴应科为海军右司令；吴应科旋即辞职，以徐振鹏继任。
民国元年五月一日，刘冠雄、汤芗铭到部视事，海军部正式成立，海军部成立之初的主要工作，在接收各地海军机构，集中海军的权力，并制订海军部官制，于八月三十一日正式公布。
海军部依规定置总长、次长各一人，总长总理部务，管理海军军政，统辖海军军人、军属，监督所辖各官署。北京政府时期，历任海军总长为刘冠雄（民国元年三月至民国五年六月）、程璧光（民国五年六月至民国六年六月）、萨镇冰（民国六年六月至七月）、刘冠雄（民国六年七月至民国八年十二月）、萨镇冰（民国八年十二月至民国十年五月）、李鼎新（民国十年五月至民国十三年十月）、林建章（民国十三年十一月至民国十四年十二月）、杜锡。次长辅佐总长办理部务，历任次长有：汤芗铭、李和、曹嘉祥、刘传绶、徐振鹏、吴纫礼、刘永谦、谢葆璋。
海军部置总务厅（设有机要、编纂、统计、庶务四科，民国二年增设副官处、视察室）、军衡司（设有任官、赏赉、考核、司法四科，民国三年司法科分出，增置典制科）、军务司（设有典制、军事、测绘、义务四科，民国三年典制科改隶军衡司，新设电政科）、军械司（设有兵器、舰政、机器、设备四科）、军需司（设有司计、经理、储备、稽核四科）、军学司（设有航海、轮机、士兵、编译四科）。部内另置参事四人，掌理拟定关于海军部主管之法律命令案事务；技正四人、技士八人，掌理技术事务。民国三年，增置军法司，设审检、法学、典狱三科，掌理海军军法事项。
海军部直辖海军总司令，设海军总司令处，负责（一）管辖所属舰队、船坞、练营、医院；（二）派遣舰艇巡防江海；（三）每年督率操演二次；（四）任免、奖惩官佐等事宜。首任海军总司令为黄钟瑛，黄病逝后，由李鼎新继任。民国五年二月，海军总司令处一度裁撤，另设海军总轮机处，各舰队由海军部直辖。六年六月，恢复设置海军总司令处，以总轮机处并入，旋改为海军总司令公署，规定海军总司令于驻在地方设立海军总司令公署，直属海军部，管理所属各舰队和练营、鱼水雷营、医院等，置参谋长一人，下设军衡、军械、军机、军需、军法、军医、军务各课。自民国六年六月起担任海军总司令者，有：萨镇冰、程璧光、刘冠雄、饶怀文、蒋拯、杜锡、甘联、杨树庄。民国十六年三月，杨树庄归附国民革命军后，张作霖任命张宗昌为海军总司令，直属陆海军大元帅。
海军总司令下辖各舰队司令，其主要职务为（一）指挥所属舰队；（二）对所率舰队的安全应负责任；（三）协助驻在地方用兵。民国初年延续清季巡洋、长江舰队之编制，改称左、右舰队。民国元年十二月，左舰队改为第一舰队，右舰队改为第二舰队。第一舰队辖海圻、海筹、海容、海琛等4艘巡洋舰、飞鹰、永丰、永翔、联鲸、舞凤等5艘炮炮舰，南琛、福安2艘运输舰，江元、江亨、江利、江贞、楚同、楚豫、楚有、楚观、楚泰、楚谦、江鲲、江犀、拱辰、建中、永安等15艘炮舰，湖鹏、湖隼、湖鹗、湖鹰、辰字、宿字、列字、张字等8艘鱼雷艇，共25艘。民国二年七月，增设练习舰队，辖肇和、应瑞、通济3艘巡洋舰，以林葆怿为司令，旋因第一舰队司令蓝应枢调职，改任第一舰队司令，以饶怀文为练习舰队司令。至十六年三月，北洋海军易职，历任第一舰队司令有：蓝建枢、林葆怿、林颂庄、蒋拯、林建章、周兆瑞、陈季良；第二舰队司令有：徐振鹏、饶怀文、杜锡、甘联、李景曦、许建廷、陈绍宽；练习舰队司令有：林葆怿、饶怀文、徐振鹏、曾兆麟、蒋拯、杨敬修、杨树庄、李景曦。
民国五年二月，海军总司令曾一度裁撤，各舰队司令归海军部直辖，各舰队司令处设于司令所驻旗舰，指挥所属舰队。六年三月，第一舰队改为巡洋舰队，司令驻于上海；第二舰队改为长江舰队，司令驻于南京。是年六月，两舰队恢复原名。
二、海军的分裂
民国二年，二次革命后，海军虽然还维持统一的局面，但反袁力量在海军中滋长。四年十二月，停泊在上海附近黄埔江上的练习舰队之肇和舰，在中华革命党人的策动下起义反袁，虽然失败，但海军因政治立场不同导致的分裂，则成为不可避免的事实。
肇和舰起义失败后，袁世凯为了加强对海军的控制，于民国五年二月，将海军总司令处裁撤，海军总司令李鼎新及练习舰队司令徐振鹏裁撤查办，各舰队改归海军总长直接指挥，另设海军总轮机处，管理各舰轮机事务。同时派海军南下，镇压反对其称帝的护国运动。民国五年六月六日，袁世凯逝世，副总统黎元洪继任总统。但是黎氏继任总统，在段祺瑞以国务院名义发布的通电，系依据民国三年通过的新约法，代行大总统职权。而护国军军务院、中华革命党及国会议员，则认为应依据民国元年三月公布的临时约法，继任大总统，因而与段祺瑞之间引起了约法之争。六月二十五日，李鼎新以海军总司令的名义与第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟暨各舰舰长联合发表宣言，宣布加入护国军，要求恢复约法及召开国会，并不接受北京海军部的命令。这项举动虽然只有部分海军参与，但第一舰队是海军的主力，因此对段祺瑞形成极大的压力，不得不退让。六月二十九日，黎元洪颁令仍然遵行民国元年的临时约法，并订于八月一日召开国会。三十日，新内阁成立，以程璧光为海军总长。因护国运动的目的已经达到，护国军停止军事行动。七月十五日，李鼎新、林葆怿等宣布取消海军独立，率舰回军，归还建制。
民国六年六月，因黎元洪免除段祺瑞国务总理职，引发督军团叛变，进而导致国会被解散，使北京政府陷入不安的情势。时海军总长程璧光见事机危迫，欲护卫黎元洪南下，号召义旅，歼除横逆。黎元洪犹疑不决，程氏再三敦促，黎终无南下之意，但命程先行出京，集中舰队，相机行事。程璧光乃赴沪，与孙中山先生等商议，决以讨逆为职志，孙氏并应允予以经费资助。七月，张勋复辟事起，程璧光等除通电讨逆外，并派应瑞舰护送孙中山等南下广州护法。迨复辟事平，国务总理段祺瑞拒绝重新召开国会，程璧光偕第一舰队司令林葆怿于七月二十一日发表海军护法宣言，以拥护约法、恢复国会、惩办祸首三事自矢，同时率海圻、永丰、飞鹰、同安、豫章、福安、舞凤等舰自上海南下广州。北京政府闻讯后，曾多方阻挠，但终无法挽回。九月，护法军政府在广州成立，至此中国出现了南北两个对立的政府，海军在此情势下，正式宣告分裂。
三、军系混战中的海军
民国六年七月，驻沪海军南下护法后，北京政府的海军实力大受影响，人心亦十分浮动。北京政府立即对海军部进行改组，刘冠雄重任海军总长，第二舰队司令饶怀文升任海军总司令，海筹舰舰长林颂庄署理第一舰队司令，海容舰舰长杜锡署理第二舰队司令，局面暂时稳定。
民国六年八月，北京政府宣布对德、奥宣战，参加第一次世界大战。德、奥两国在华的10余艘舰船，均由北京政府海军部接管，其中两艘炮舰更名为利捷、利绥，一艘拖船更名为利通，均归海军编制。其余商船则分别更名为华甲、华乙、华丙、华丁、华戊、华己、华庚、华辰、华壬、华癸，于民国九年夏，由海军部组织租船监督处，经营租船业务。未几该处因营运不善被撤销，所余华甲、华乙、华丙、华癸4艘商船，分别改名为华安、普安、靖安、定安，编为海军的运输舰。华安、普安、定安3舰，拨归第一舰队管辖，靖安舰拨归练习舰队管辖，利通舰则属第二舰队建制。
而在袁世凯死后，中国出现了军阀割据及混战的局面，北京政府的权力则依次由皖系、直系及奉系三系军阀所控制，海军在此种形势的影响下，不仅发展上受到了相当限制，连带导致人事上的纠葛。
民国十一年五月，第一次直系战争结束后，直系掌握了北京政府的权力。第二舰队司令杜锡以连年协助直系征战有功，擢升海军总司令，第一舰队司令林建章则因依附皖系而被免职。民国十二年二月，直系为扩张势力至福建，派兵入闽，引起福建民众的抗拒，一时间“闽人治闽”、“联省自治”等呼声甚高，目的在反对直系军阀的武力统一。四月，驻青岛的海筹、永绩两舰南驶上海，与原驻上海之建康舰及列字鱼雷艇，联合宣布独立，并由各舰艇长联名发表通电反对直系军阀的武力统一方针，主张联省自治，是为“沪队独立事件”。独立各舰同时推举林建章为海军领袖，成立海军领袖处，下设参谋处、副官处、秘书处及轮机处，并接管江南造船所，与北京政府的海军部相抗衡。海军领袖处的的经费由皖系的浙江督军卢永祥所提供，因此沪队实际上在皖系的掌控之中。
沪队独立事件发生后，受到反直系各派力量的支持，但却造成海军再一次的分裂，杜锡为了防止事件继续扩大，加紧对海军的控制，并积极争取民国六年南下参加护法的海圻、海琛等舰北归。十二年十二月，温树德率领海圻、永祥、同安、肇和、海琛、楚豫等6舰，离粤北上，于次年一月抵青岛，经编为渤海舰队，以温树德为司令。而沪队独立事件至民国十三年九月，直系的江苏督军齐燮元与卢永祥为争夺上海，发生齐卢战争，卢永祥失败后，海筹、永绩等舰北归，投奔杜锡，林建章随即下野，亦宣告结束，至此海军复归统一。
民国十五年七月，广州国民政府的国民革命军誓师北伐，不到半年时间，先后击溃吴佩孚、孙传芳两大军阀的主力。十六年三月，海军总司令杨树庄率驻沪海军第一舰队、第二舰队宣布加入国民革命军，北京政府所辖之海军仅余渤海舰队及奉系之东北舰队。十六年六月，张作霖在北京就任陆海军大元帅，组织中华民国军政府。军政府将原陆军部、海军部、航空署及参谋本部等合并为军事部，关于海军部分置海军署，下设军衡、军务、军械、军学、军需、军法六司。至十七年四月，修正军事部官制，将原设陆军、海军、航空三署合并为军政署，下依军种不同，分置军衡、军务、军械、军学、军需、军法六司。六月，北京政府结束，十二月二十九日，东北易帜，东北舰队加入国民政府海军。
四、东北海军之形成与发展
民国七年，北京政府海军部拟趁俄国十月革命之后之时机，将长期以来为沙俄所侵占的黑龙江、松花江之航权收回，于五月派少将视察王崇文前往调查，并于部内设立江防讨论会，处理此事。八年七月，海军部设立吉黑江防筹备处，任命王崇文为处长，归海军总司令节制，并自第二舰队抽调江亨、利川、利绥、利捷等4艘炮舰前往。但因白俄及日本军队的阻挠，4舰至民国九年方抵达哈尔滨，与中东铁路局拨借的利济舰，及由商船改装的江平、江安、江通3舰，合组吉黑江防舰队。吉黑江防筹备处改称吉黑江防司令公署，直属海军部，以王崇文为司令、沈鸿烈为参谋长。
民国十一年五月，第一次直奉战争后，张作霖因奉军失败出关，宣布东三省自主，成立东北边防司令长官公署。适时因海军部财政困难，吉黑江防舰队在三年内欠饷达十个月，而有改隶东三省政府之举。八月，张作霖在沈阳设立航警处，以沈鸿烈为处长，下设总务、海事、军需等科，主管江海防务，领导所有水警、渔业、航运、及吉黑江防舰队，成立东北江防舰队，为东北海军的前身。
民国十二年，张作霖在葫芦岛设立航警学校，培养海军专门人才，并购入两艘商船，改装为军舰，分别命名为镇海、威达，开始筹建东北江防舰队。十三年十一月，第二次直奉战争后，奉军自大沽造船所接收破冰船一艘，经武装后命名为定海。嗣后又自日本购进旧鱼雷艇一艘，命名为飞鹏。东北海防舰队至此正式成立。东北海防舰队以营口为基地，巡防为主任地，巡防东北各海口，同时成立东北海防总指挥部，以沈鸿烈为总指挥。
民国十五年一月，东北海防总指挥部更名为东北海军总司令，由沈鸿烈任司令，司令部设于沈阳，统辖东北海军江防舰队及东北海军海防舰队两个舰队。东北海军江防舰队舰队长为尹祖荫，辖江亨、利捷、利绥、江安、江平、江通、利川等舰；东北海军海防舰队舰队长为凌霄，辖镇海、威海、定海、飞鹏4舰。
民国十六年三月，杨树庄率领第一、第二舰队在上海加入国民革命军后，东北海军海防舰队与渤海舰队在青岛组成海军联合舰队，推张宗昌为联合舰队总司令、沈鸿烈为副司令，以渤海舰队为海防第一舰队，东北海防舰队及海圻、江利两艘合编为海防第二舰队。十七年五月，渤海舰队司令吴志馨因与国民革命军暗中有所联系，为张宗昌下令处决后，渤海舰队处于群龙无首的混乱状态，各舰队后由东北海军接管。
民国十七年六月，张作霖遇难后，张学良继承父业，掌管东北军政大权。十二月，东北海军重组，在沈阳设立东北海军总司令部，由张学良兼任海军总司令，沈鸿烈为副司令，按各舰性能重新编组为江防舰队、海防第一舰队、海防第二舰队，以青岛、烟台、长山岛和哈尔滨为海军基地。江防舰队驻哈尔滨，舰队长为尹祖荫，辖江亨、利捷、利绥、利济、江平、江安、江清、江泰、江通等舰；海防第一舰队驻青岛，舰队长为凌霄，辖海圻、海琛、肇和、同安、镇海等舰；海防第二舰队驻长山岛，舰队长为袁方乔，辖永翔、楚豫、江利、定海4舰及海鹤、海鸥、海青3艘炮艇。民国十八年十月，中苏同江海战后，因江防舰队受创甚剧，重新整编，计有江亨、利绥、江平、利济、江通、江清6舰，舰队长改由东北海军总司令部参谋长谢刚哲兼任。
五、海军各造船机构
民国初年之海军造船机构，大抵延续清季之海军造船机构，有福州船政局、江南造船所、大沽造船所、黄埔船厂、厦门船坞等，兹分别说明于下：
福州船政局。福州船政局成立于清同治五年（1866），原称福建船政局，至光绪三十三年（1907）因经费困难等因素停办。四十年间，共造舰船40艘，总排水量47000余吨，其中兵船32艘，占国内自建兵船总量的70%，为清季最具规模的造船厂。民国元年恢复，划归省辖，更名为福州船政局，但因当时福建财政状况混乱，船政局经费依旧无着，业务难以开展。民国二年，福州船政局收归海军部管辖后，始趋于稳定，而有增设船坞，疏浚河道等措施。然而在船舰制造方面，由于经费不足，仅于民国六七两年间，完成海鸿、海鹄2艘炮艇。民国九年之后，在军阀混战的情势下，福州船政局的经营更加困窘，不得不停止造船，只承担一些船只的修护工作，勉强维持生计。民国十五年，福州船政局改称海军马尾造船所。抗战军兴，该所遭到日军严重破坏，胜利后，于三十六年八月恢复，作为海军舰艇修配厂，但无甚成绩。三十八年，随政府迁台，机器设备大部移往台湾高雄左营。
江南造船所。江南造船所的前身为江南制造局，创设于清同治四年（1865），最初为制造枪炮和轮船的工厂。光绪三十一年（1905），造船厂自造船局分出，定名为江南船坞，采商业化方针经营。辛亥革命，上海光复后，江南船坞由沪军都督府接管。民国元年四月，由北京政府海军部接收，更名为江南造船所，经营方针仍旧，承揽修造官商船舰。民国二年，造成瑞辽、安海2艘缉捕船及引擎、麦士门2艘破冰船；民国三年，造成永健、永绩2艘炮舰；民国五年，造成利川号拖船；民国六年造成海凫、海鸥2艘浅水炮舰。在厂房设备方面，江南造船所在原有厂房外，添建新厂，并扩充了内部设备，改用电动机发动。自民国八年起至民国十年，三年之间，新建合拢厂、铸铁厂、木模厂、打铁厂、打铜厂、铸船厂、铁工厂、大库栈等配套工厂，添置新式气压机、电力剪机、起重架等机器设备，并扩充船坞，疏浚坞前水道，工程日益发达。民国八年，江南造船所承接了美国订购的4艘一万吨级的运输舰，这是中国造船厂首批建造的万吨级船只。此后江南造船所的业务量日见扩张，旧有船坞不敷使用，除将原有的泥船坞改建为木质的第一号船坞，使能容纳4000～5000吨级的船只外，并于民国十四年增辟第二号船坞，配以新式抽水设备，以便利进坞检修船只的出入。
大沽造船所。大沽造船所原名大沽船坞，为中国北方最早的一座船舶修理工厂，民国二年二月由海军部接管后更名。曾先后建造船舰10余艘，修理军舰商船200余艘，所务日趋发达。民国七年，该所扩充枪炮厂，添建枪炮检查室及一号炮厂，大量制造枪炮。枪炮产量占全厂生产量的80%，船舶修造仅占全场生产量的20%。民国九年之后，受到直奉等系军阀混战的影响，大沽造船所的领导阶层变动频繁，造船无甚发展，军火生产则成为该所主要业务。
黄埔船厂。黄埔船厂的前身为广东军装机器的柯拜船坞和顺船坞，清光绪十一年（1885）分出设立黄埔船局，先后制造101～400吨的内河小轮船和浅水炮艇17艘，水雷艇9艘，650吨的铁甲炮舰2艘，至光绪十九年（1893）裁撤。光绪二十七年（1901）虽再恢复，但规模大受影响。民国五年，粤督龙济光去职后，黄埔船局的船坞由广东省实业厅接收，改称黄埔船厂，曾为广东海军建造东江、北江2艘浅水炮舰。嗣以桂、粤军阀混战，船厂经费困难，被迫只能勉强维持修船业务，至民国十四年，船厂宣告停办。民国二十三年，掌握广东军政大权的第一集团军总司令陈济棠曾计划将黄埔船厂建成为可以建造万吨船舶的广东造船厂。后因广东江防舰队有异议，扩厂工程于二十五年初停办。
厦门船坞。厦门船坞原为英商所经营的厦门船坞公司，创建于1858年。民国八年由福建督军兼省长李厚基向英商赎买收回后更名。民国十三年，李厚基出走后，福建内部纷争不断，北京政府派海军练习舰队司令杨树庄暂行兼任闽厦警备司令，率舰进驻厦门，厦门船坞遂归海军部管辖。此时因厦门港经常驻有海军舰艇，其修护工作即由厦门船坞担任，同时还承修一些内河商船及外商轮船，如荷兰轮船公司所属的万吨级以上的远洋船舶等。
六、海军飞机制造处
第一次大战期间，飞机、潜艇在战争中所发挥的作用，受到世人的关注。民国四年，海军部选派12名员生赴美学习飞机、潜艇技术，同时命令在英国学习海军的学生11人亦转往美国深造。其中巴玉藻、王助、王孝丰、曾贻经等4人学习飞机制造技术，其余诸人则学习潜艇使用技术与舰船、潜艇制造技术。民国六年巴玉藻等先后返国，建议海军部筹款设立一小规模的飞机制造厂。民国七年一月，经北京政府国务院通过在福州船政局附设飞机工程处，任命巴玉藻为处长，王助、王孝丰、曾贻经为副处长，展开飞机制造工程。八年八月，该处试制成功中国第一架水上飞机—甲型一号，但在试飞时不幸失败。九年，海军部再派出沈德燮、江元瀛、蒋逵等赴英国学习飞机制造。在此同时，海军为培养飞行员，曾派员生至菲律宾航空专科学校学习飞行技术，学成回国后成为中国第一批海军飞行员。
民国十二年六月，海军在马尾成立航空教练所，培训飞行人员，并对飞机工程处制造之飞机进行试飞。是年，飞机工程处更名为海军马尾飞机制造处，改归海军总司令公署管辖，此时该处所制造的飞机在性能、时速上已有明显的进步。至二十年十月，该处共制造甲型一号、甲型二号、甲型三号、乙型一号（以上为拖进式双桴水上教练机）、丙型一号、丙型二号（以上为双翼水上轰炸机）、江鹳、江凫、戊型三号、江鹭（以上为拖进式双桴水上教练机）、海鹰一号、海雕（以上为双翼飞船）、海鹰二号（拖进式水上巡逻机）、江鸿、江雁（以上为拖进式双桴水上高级教练机）、江鹤、江凤（以上为拖进式水陆交换高级教练机）等17架水上飞机。
民国二十年二月，海军马尾飞机制造处正式并入上海江南造船所，改称为海军飞机制造处，仍继续制造江鹊、江鹇（以上为拖进式双桴水上教练机）、宁海二号（舰载水上侦察机）、江鹉、江鹦、江鹗（以上为拖进式双桴水上教练机）等6架水上飞机，并在二十三、二十四年间，仿造出美国弗力提式双翼陆上教练机12架。
民国二十六年八月，日军进攻上海，海军飞机制造处撤往成都，改组为中央航空委员会第八修理厂，海军飞机制造处正式结束。
七、海政机关的设置
海政事务繁杂，其进行之大纲，可分为海道测量及海岸巡防两项，分设机关办理，其内容分述于下：
海道测量局。中国海岸线绵长而曲折，港湾林立，形势险要，尤须详细勘测地貌与水深沙线是否适合条件作为军港商港，以利防御而畅通。早期中国的海道测量业务一直由外国人所把持，海军及商船所用的本国海区海图都是外国人绘制的，沿海地形、水深、潮汐、气象等数据均使用外文记录。中国海关主管航行标志及海道测量的巡工司负责人，均由外国人担任。为了改正此种情况，北京政府海军总司令部在民国九年间曾派舰员刘德浦等学习测量，以筹划测政进行之准备。十年七月，海界讨论会成立，海军部派许继祥为委员与总统府、国务院、外交部、税务处委员会议，商定设立海道测量局。十月，以海军部军务司司长陈焘兼任局长，在部内附设办公机关。十一年二月，海道测量局迁上海，借用原吴淞海军学校旧址办公，就近归海军总司令部节制，以许继祥为局长，并因开办初期与海关接洽事项繁多，特聘海关副巡工司比禄司（Mr.S.V.Mills）为副局长，专管测绘技术及教练测绘学员事项。海道测量技术经费，初由总税务司每月拨关余支应。十五年八月，海道测量局迁新西区之新署办公后，每年经费始列入国家预算。
海道测量局成立后，因总商会暨扬子江领江工会呈请修改订于清同治七年的引水章程，遂设立引港传习所以培养专材，为改革引水制度作准备。民国十三年一月，海道测量局以测量方面人员不敷调遣，呈请于练习舰课中增设水道测量技术一科，以期测绘知识遍及全军，并先后派测量员刘德浦等赴欧美及日本，考察研习测量、制绘技术。
民国十一年九月，海道测量局筹派测量队实行测量，该局所属测量舰艇、初由海防团拨调海鹰、海鹏两炮艇，经修理配制更名为庆云、景星，但是两艇容量较小，只宜于近港，而不适于外海，再向英国购置外海测量舰一艘，命名为甘露号。十六年十一月，海道测量局派庆云测量艇开测南京至芜湖水道，由海军总司令部陈请军事委员会通饬该区域军民长官接洽照料。十八年十一月，国民政府公布海道测量局之组织条例及编制后，局务更加发展。至二十六年抗战军兴，在日军的攻击下，海道测量局随同驻沪海军各机关陷落，所有测量事项改归海军总司令部主持办理。至抗战胜利，海道测量局复员。
海岸巡防处。海岸巡防为海军要政之一，民国十三年，海军部筹设海岸巡防机关，经与交通部协商，决定采用海岸巡防处名义，并划定权限。关于添设灯志、浮标事项与航路行政有关者，由海军、交通两部会商办理，巡防江海则专属海军部。是年六月，全国海岸巡防处正式成立，由海道测量局局长许继祥兼任处长，办公处所亦暂设于海道测量局内，经费由海关民船附税指拨。十一月，海岸巡防处订制巡艇一艘下水，不另订名，即以号数编列，称为海防第一号。十四年六月，再增加巡舰一艘，命名为秋阳号，展开各项工作。因中国海岸线绵长，沿海区域辽阔，海岸巡防处筹议分界设防，计划就东三省、直鲁、粤琼、苏浙闽等处海岸分为四区，每区设一分处，辖报警台、观象台与巡防舰队。此议经报准执行，于民国十五年五月，成立苏浙闽海岸巡防分处，该处所属之坎门、嵊山及厦门三个报警台亦先后设置。
海岸巡防处成立后，曾先借用江苏钧和水警巡船，在江浙海面察勘地势，筹设报警台，并与香港政府接洽，派员赴东沙岛履勘，为建造气象台作准备。十四年二月，沈家门报警台成立，由海岸巡防处派员前往服务。是时香港英方当局提议由香港政府出资建筑东沙岛观象台，海军部以事关领土主权，坚持自行修建，限期完工，同时购置长短波无线电机及各项观象仪器。十五年七月，东沙岛观象台落成，开始与胶澳各电台同报广播气象，东沙岛同时定为军事区域，归海军部管辖。
民国十五年，新署址落成，海岸巡防处迁入办公，海岸巡防业务亦进入发展时期。是年，海岸巡防处因各报警台渐次成立，为保持海上公安起见，除分咨交通部、税警处饬令中外轮船一律装设无线电机，并对所属巡防舰艇未装无线电机者，亦予添装，以期互通警讯，俾靖海氛。十六年，海岸巡防处添购运舰一艘，命名为瑞霖号，拨交东沙观象台使用；公顺号缉私巡船改名祥云号，编入巡防舰队。海岸巡防处同时因所属之无线电及观象机关设立日多，专门技术人员需用孔急，先后设立无线电报警传习所暨观象养成所，召训学生，毕业后分派至东沙岛观象台及沿海各报警台服务。
八、海军军械及医务、编译等机构的创办
海军军械所。海军缔建之始，所需军械大多向外国订购，或由各地制造局拨给，至清末方在上海浦东杨思港设置工作所，用以检验军火。民国二年七月，海军部在上海高昌庙创立海军军械所，归海军总司令处军械课管辖。旋就清水师统领旧署分设各库，以整、军、经、武、紫、电、青、霜八字命名，至是海军军械始有专司。次年，另在杨思港建地字库，专储军火，之后再于杨思港扩建天、玄、黄三库。民国十五年，海军军械所增设工厂，修造械件，次年，该工厂增加马力，创制机枪。于是海军军械所修造、保管、检验等项，各有基础，事务日益繁重。十七年，杨思港添建海字库，储存烈性爆炸药，并于该所内兴建储炮库。十八年七月，制定海军军械所暨所属各股库编制，依规定置兵器修造股、验药股，并附兵器库，外有杨思港药弹库、南京药弹库、马尾药弹库等，均为海军军械机关。十九年，军械所所属紫、电、青、霜、武各库日渐朽圯，改造大库一座，仍名之为霜，另将经字库改建厂屋。二十年，霜字库因江南造船所展拓坞地，拆除库件，由军政部拨借一座库房储存；同年，兴建杨思港各库守卫兵舍及晏字库。二十二年一月，海军军械所改为海军军械处，并定订组织条例，置修造、检验、兵器三课，管理所属各地修械所暨各药弹库事务。是年十月，设立海军马尾修械所及兵器库、长门药弹库，以利驻防闽省之海军舰艇及陆战队的军械修理与兵器、药弹之请领。二十五年十二月，完成新药弹库一座，定名为河字库，储存优良军火，同时在江西湖口亦完成药弹库一座。二十六年八月，淞沪战起，军械处办公室、库房及杨思港各库附近先后被炸，十月，迁往湖口办公。二十七年初，海军军械处缩改为海军修械所，各海军炮队应需炮械，饬由该所随时修整配发，以应抗战时期之需要。该所旋迁往湖南靖钢，再迁四川巴县办事。
海军医务机构。海军自创建以来，并无特定的医务机构。民国初建，舰队多集中于上海，为维护军队卫生，北京政府海军部乃于民国二年三月成立吴淞海军医院，从事设备。三年十月，复于沿江沿海舰队、学校、练营屯驻地点分设海军养病所，但规模不大。民国六年春，南京、芝罘两地海军养病所扩充为养病院，并改组南京养病所，由西医取代中医主其事，从事推广，增添器具药品，设置化学检验室等。民国十三年，因海军绥靖闽厦，各舰艇巡弋频繁，而海军岸上各机构亦陆续成立，遂先后扩设马尾、厦门两海军医院。民国十八年，国民政府海军部计划在南京、上海、武昌、湖口、象山、烟台、黄埔、马江、厦门等地各兴建大规模之医院一所，后以军费支绌，乃择要兴建，第一步先行建筑南京海军医院，于十九年十一月落成。二十二年四月，上海海军医院落成，配置完备，组织健全，为各海军医院之冠。二十四年五月，海军陆战队第一旅调护南浔路，于九江设立陆战队临时医院。是年十一月，海军医院及医务所组织条例并编制表修整公布，南京、上海、马尾、厦门等处均设医院，湖口、武昌等处则设医务所。抗战军兴，上海及厦门两医院因各该院所在地先后沦陷而裁撤，湖口及武昌医务所，又因海军部归并，樽节经费，同时取消。南京海军医院则以疗治病伤工作日繁，先迁湖口，继迁湘阴，二十七年十二月至湖南辰溪设临时医院。此外位于天津的海军军医学校原名北洋医学校，由直隶省创办于光绪年间，民国四年十月收归海军部管辖，改名海军军医学校，至民国十九年停办，毕业学生共16届，219人。该校为增进学生经验，附设医院，按日由学生轮班随同教员分科诊治，该校学生毕业后，分别派往海军各舰艇、机关练习，为海军医事人员之主要来源。
海军编译机构。民国元年八月，海军部设编译处，以严复为总，令部员翻译外国海军图籍，并出版海军杂志，是为海军编译机构创设之始。民国三年十二月，编译处与编史处合并，称海军部编译委员会，编译各科学书籍，如航海学、航艺学、弹道及射击学、兵器学、电气学、磁气学、水雷及鱼雷、轮机学、造船学、各种操典、各国海军军制、各国海军伟人传记、各国海军通览，以及其他足资海军参考之各种书籍与记载等。民国八年十一月，编译委员会裁撤。
九、海军陆战队之创建与发展
海军陆战队为海军的辅助力量，亦为海军军备上必要之部队。海军陆战队成立于民国三年十二月，系由海军部裁撤所属卫队改编而成。海军陆战队创建之初，仅有一个营，下辖4个连，编制582人。民国七年二月，添设机关枪一连，七月，再招募新兵四连，编为第二营。两营兵力均直属海军部，分驻北京、上海、马尾三处，担任警卫。
民国十一年十月，福建因军阀专横，土匪蜂起，海军部乃派海军陆战队统带杨砥中率分驻北京及上海之陆战队入闽，会合驻马尾之陆战队，协同东路讨贼军戡平闽乱，设立驻闽海军陆战队统带部。海军陆战队随之扩编一个营及炮兵、工兵、机关枪、迫击炮各一连，总兵力为二个营及一个独立营。民国十二年春，再先后招募，连同原有八连，编为步兵八营，机枪、山炮各一营，工兵、辎重各一连，正式建立海军陆战队的营制，分驻长门、马尾、头、长乐、连江、南港、尚干等处。十二年五月，海军陆战队扩编为海军陆战队第一混成旅，以杨砥中为旅长，下辖第一、第二两个团及一个独立营，嗣后独立营改编为第三团。十三年，混成旅改为三团制，同时增编特别步兵团一团，辖机枪、手枪和迫击炮三个营，又将原有炮兵营由二个连扩编为三个连，其中一连为野炮，另两连为山炮。八月，将福建陆军第一独立团，改编为海军陆战队独立团，随同海军陆战队第一混成旅赴浏河作战。十四年三月，海军陆战队独立团改编为海军陆战第一混成旅步兵第三团，分防福宁属境。十六年一月，收编原福建陆军第十一混成旅，改为海军陆战队。第一、第二两独立团，集中于闽江口长门要塞附近训练。三月，海军陆战队因兵力不敷分配，乃扩充分为第一混成旅及步兵第一旅两旅，并将原海军闽厦警备司令部卫队营扩编为海军陆战队第一补充团。同时收编闽南沿海各县盐务缉私队，组织海军陆战队第二补充团。此时因杨树庄归附国民革命军，海军陆战队随之亦加入国民革命军。十七年二月，海军陆战队扩编为两个混成旅，以步兵第一旅改编为第二混成旅，同时增编第三、第四两个补充团，总兵力达于自建军以来的最盛。