卫所和五军都督府
军队是国家政权的主要组成部分之一，因此，明初的统治者也特别注意对军队的管理和建设。朱元璋建立了卫所制度。《明史amp;#8226；兵志》云：“自京师达于郡县，皆立卫所”。在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所。当时明朝约有军队二百万，都编置在卫所中，大抵每112人编为一个百户所，1，120人编为一个千户所，5，600人为一卫。卫所的军官称卫指挥、千户、百户。军户皆另立军籍，是世袭的。精锐的军队多驻在京师，朱元璋在南京一带设有48个卫，有军士20余万人，朱棣在北京设72个卫。
明代初年置行枢密院，太祖自领之。又置诸翼统军元帅府。不久，罢枢密院，改置大都督府，以朱文正为大都督，统领中外诸军事，下设司马、参军、经历、都事等官。明代定制，大都督府、大都督为从一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，从二品；副都督，正三品，佥都督，从三品；经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。不久罢统军元帅府。洪武十三年（公元1380年），在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。洪武十五年（公元1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。二十三年（公元1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。兵权始终掌握在皇帝手中，这是朱元璋从军事上加强和巩固皇权的重要措施。
在京各卫，称为京卫。京卫有上直卫，南京卫，北京卫，品秩相同。各有掌印、佥书。上直卫的亲军指挥使司有26个卫，即锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫（以上12卫，洪武中置），金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（以上10卫，永乐中置）、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫（以上4卫，宣德八年置）。其中锦衣卫掌侍卫，缉捕，刑狱之事，常以勋戚都督领之，恩荫寄禄无常员。凡朝会，巡幸，则具卤簿仪仗，率领大汉将军（共1，507员）等侍从扈行。宿卫则分番入直。锦衣卫名为宿卫扈从，实则假侦事之权，以欺压平民及一般官员，最为专横跋扈，特异于其他各卫。
留守5卫：旧为都镇抚司，总领禁卫，先属于中书省，后改隶大都督府，设都镇抚（从四品），副镇抚（从五品），知事（从八品）。旋即改称宿卫镇抚司，设宿卫镇抚，宿卫知事。洪武三年（公元1370年）改留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江、水军左、右10卫。洪武八年（公元1375年），复为留守卫，与天策等8卫，俱为亲军指挥使司（惟水军左右卫为指挥使司）并隶大都督府。洪武十一（年公元1378年）改为留守中卫，增置留守左、右、前、后4卫，仍为亲军。洪武十三年（公元1380年）始分隶五都督府。
南京另有一套军职：
南京设守备1人，协同守备1人，参赞机务1人。守备，以公、侯、伯充任，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之，其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。
南京五都督府为：左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督充任。分掌南京卫所，以达于南京兵部。
南京卫指挥使司，王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司。